아파트 분양계약의 해제에 따른 손익의 귀속시기를 그 계약해제일이 속하는 사업연도로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

사 건 2017두44251 법인등부과처분취소 원고, 피상고인 주식회사 ○○○ 피고, 상고인

○○세무서장 원심 판 결 서울고등법원 2017. 3. 21. 선고 2016누77362 판결 판 결 선 고

2017. 9. 21.

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 가. 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제45조의2 제2항 제5호 및 그 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고․결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’를 들고 있다. 그리고 법인세에서도 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적․반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014.3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조). 한편 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항은 ‘도급공사 및 예약매출을 포함하는 건설․제조 기타 용역의 제공으로 인한 익금과 손금은 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. 그런데 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 법인세법 시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다)은 제69조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)을 신설하여 ‘작업진행률에 의한 익금과 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다’라고 규정함으로써, 계약의 해제로 인하여 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하도록 하여 후발적 사유를 원인으로 한 경정청구권의 행사를 제한하고 있고, 개정 시행령 부칙 제2조는 ‘이 영은 2012년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있다.

• 나. 권리확정주의는 실질적으로 불확실한 소득에 대하여 장래의 실현을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로서, 일정한 후발적 사유의 발생으로 인하여 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하게 된다. 그러므로 구 국세기본법 제45조의2 제2항, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 는 당초 사업연도의 익금 산입에서 제외할 수 있도록 하는 후발적 경정청구제도를 인정하고 있다. 이처럼 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 그 납세의무의 근거가 소멸되는 등의 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 당초의 과세표준 및 세액의 산정 기초에 변동이 생긴 경우에, 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 잘못된 당초의 과세에 대한 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데에 취지가 있다. 또한 후발적 사유가 발생한 사업연도에 결손금이 누적되어 있거나 사실상 휴․폐업 상태여서 차감할 익금이 없는 경우에도 후발적 사유가 발생한 사업연도의 손익으로만 반영하도록 하는 것은 납세자의 권리구제에 미흡하고 형평에도 어긋나는 결과가 된다. 따라서 후발적 경정청구를 제한하는 규정은 그 적용시기를 명시적으로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 규정의 시행 전에 이루어진 잘못된 당초의 과세에 대한 후발적 경정청구권에는 영향을 미치지 못한다고 보아야 한다. 그런데 개정 시행령 부칙 제1조는 시행일에 관하여 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정한 다음, 제2조는 일반적 적용례로 ‘이 영은 2012년 1월 1일 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있을 뿐, 이 사건 조항에 관한 개별적 적용례를 별도로 규정하고 있지 아니하다. 이는 개정 시행령과 같은 날인 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정된 구 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호 에서 계약이 해제되어 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약해제일이 속한 과세기간에 부가가치세에서 차감하여 수정세금계산서를 발급할 수 있도록 규정하면서, 부칙 제7조에서 2012년 7월 1일 이후 최초로 수정세금계산서 발급사유가 생기는 분부터 적용한다는 개별적 적용례를 두고 있는 것과도 대비된다. 따라서 이 사건 조항은 계약의 해제일과는 관계없이 2012. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도에 관한 후발적 경정청구에 적용된다고 할 것이다.

2. 가. 원심은 그 채택증거를 종합하여 다음과 같은 사실을 인정하였다.

(1) 원고는 아파트 및 주택판매업 등을 영위하는 법인으로서 파주시 교하읍 소재 AAA 아파트 000세대 등(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)을 건설하면서 2006 사업연도에 이 사건 아파트를 모두 분양하였다.

(2) 원고는 2006 사업연도 내지 2008 사업연도까지 이 사건 아파트의 작업진행률을 기준으로 법인세를 신고․납부하다가, 잔금 지급기일이 속한 2009 사업연도에 이 사건 아파트 중 000세대의 분양계약이 잔금 미지급 등의 사정으로 해제되었다는 이유로,182세대에 관한 2006 사업연도 내지 2008 사업연도 분양수익은 그대로 둔 채 2009 사업연도 분양수익에서 차감하는 방식으로 처리하여 2009 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

(3) 이에 피고는, 000세대의 분양계약이 2009 사업연도에는 해제되지 않았고, 2009사업연도 이후에 해제된 일부 분양계약과 관련된 익금과 손금은 그 해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영되어야 한다는 이유로, 2013. 2. 1. 2009 사업연도 법인세를 증액하여 부과하였다.

(4) 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 6. 9. 000세대 중 ① 2010 사업연도 및 2011 사업연도에 분양계약이 해제된 00세대에 관하여는 원고의 청구를 받아들인 반면, ② 분양계약이 해제된 것으로 볼 수 없는 00세대와 ③ 2012 사업연도에 분양계약이 해제된 000세대(이하 ’이 사건 쟁점 세대‘라 한다)에 관하여는 원고의 청구를 기각하였다(이하 당초 부과처분 중 위 결정에 따라 감액 경정되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 나. 그런 다음 원심은, 이 사건 쟁점 세대의 분양계약이 2012 사업연도에 해제되었더라도 이 사건 조항은 계약의 해제일과는 관계없이 2012. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도에 관한 후발적 경정청구에 적용되므로, 2009 사업연도의 법인세 부과처분을 다투는 이 사건에는 적용되지 아니한다는 이유로, 이와 다른 전제에 있는 피고의 주장을 배척하였다. 그리고 다만 계약이 해제된 이 사건 쟁점 세대의 분양수익은 원칙적으로 작업진행률에 따라 수익으로 인식하였던 각 사업연도의 법인세 계산에서 공제되어야하므로, 이 사건 처분은 2009 사업연도 작업진행률에 대응하는 분양수익의 감액 부분에 한하여 위법하다고 판단하였다.
• 다. 앞서 본 규정과 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 이 사건 조항의 시적 적용범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.