상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)에 대하여 판단한다.
1. 원고의 상고이유 제3, 4점 및 피고의 상고이유 제1점에 대하여
- 가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되 는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하도 록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령제22812 호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제4항은 ‘법인이 임원에게 지급한 직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니 한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액’을, 제2호에서 ‘제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의10분 의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액’을 각 정하고 있으며, 제44조 제5항은 ‘제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여 지급 규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다’라고 규정하고 있다. 위 각 규정이나 관련 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방 지하기 위한 입법취지 등에 비추어 보면, 임원에게 지급할 퇴직급여의 금액 또는 그 계산 기준을 정한 정관이나 정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정(이하 통틀어 ‘임원 퇴 직급여 규정’이라 한다)에 따라 지급된 임원 퇴직급여는 전액이 손금에 산입되는 것이 원칙이나, 임원 퇴직급여 규정이 근로 등의 대가로서 퇴직급여를 지급하려는 것이 아 니라 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적인 방편으로 마련된 것이라면, 이는 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항 에서 정한 임원 퇴직급여 규정에 해당하지 아니한다고 볼 것이다. 따라서 임원 퇴직급 여 규정이 종전보다 퇴직급여를 급격하게 인상하여 지급하는 내용으로 제정 또는 개정 되고, 그 제정 또는 개정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있거나 그와 밀접한 관계에 있는 사람이 퇴직임원으로서 급격하게 인상된 퇴직급여를 지급받게 되며, 그에 따라 지급되는 퇴직급여액이 해당 퇴직임원의 근속기간이나 근무내용 또는 다른 비슷한 규 모의 법인에서 지급되는 퇴직급여액 등에 비추어 볼 때 도저히 재직기간 중의 근로나 공헌에 대한 대가라고 보기 어려운 과다한 금액이고, 그 규정 자체나 해당 법인의 재 무상황 또는 사업전망 등에 비추어 그 이후에는 더 이상 그러한 퇴직급여가 지급될 수 없을 것으로 인정되는 등 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 퇴직급여 규정은 실질적으 로 근로의 대가로서 퇴직급여를 지급하기 위한 것이 아니라 퇴직급여의 형식을 빌려 그 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 일시적 방편에 불과하다고 볼 것이므로, 이 경우에는 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 의 규정에 따라 산정되는 금액을 넘 는 부분은 퇴직급여로 손금에 산입될 수 없다고 할 것이다. 그리고 그와 같은 일시적인 방편에 불과한 임원 퇴직급여 규정을 만든 법인이 특정 임원에게 퇴직급여의 형식으로 법인의 자금을 분여하기 위하여 그 임원의 퇴직 직전에 퇴직급여의 산정 기초가 되는 월 급여를 아무런 합리적인 이유 없이 인상한 경우에는 인상되기 전의 월 급여를 기초로 하여 산정되는 금액만이 퇴직급여로 손금산입 대상이 된다고 보아야 한다.
- 나. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(1) 원고(변경 전 상호 유한회사 00000)는 2005. 6. 1. 설립되어 주택건설업 등 을 영위하는 법인인데, 2010. 4. 29. 유한회사 ### 주식회사 @@@@@ 등을 흡수합병하였다. 위 합병 전 회사들은 모두 주식회사 aaa(이하 ‘aaa’이라 한다)의 계열회사인데, 합병 전 bbbbb과 합병 전 cccc의 정관에서는 ‘임원의 퇴직금은 사원총회 결 의로 정하는 임원퇴직금 지급규정에 의한다’, 합병 전 ddddd의 정관에서는 ‘퇴직 한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다’고 각 규정하고 있었다.
(2) eee과 fff는 각각 합병 전 bbbbb과 합병 전 cccc의 이사로, ***섭은 합병 전 ddddd의 이사로 각 근무하면서 모두 월 5,389,500원의 급여를 지급 받아 오다가, eee의 급여가 2009년 8월부터 월 3,000만 원으로, fff와 ggg의 급여는 2009년 9월부터 월 2,000만 원으로 각각 인상되었다.
(3) 합병 전 ddddd는 2009. 7. 1. 주주총회를, 합병 전 bbbbb과 합병 전 $$$$은 2009. 10. 30.에 임시사원총회를 각각 개최하여, 그 결의로 퇴직하는 임원(이사 및 감사)에게 ‘퇴직 직전 3월의 평균임금 × 재임연수 × 지급률(20배)’의 산식에 따라 계산한 퇴직금을 지급한다는 동일한 내용의 임원퇴직금 지급규정을 마련하였다. 이에 따라 합병 전 회사들은 인상된 월 급여를 기초로 새로 마련한 임원퇴직금 규정을 적용하여, 2009. 9. 28. 합병 전 bbbbb에서 퇴직한 이사 eee에게 1,963,055,383원의 퇴직급여를, 2009. 12. 31. 합병 전 cccc에서 퇴직한 이사 fff에게 1,795,711,600원의 퇴직급여를, 2009. 12. 23. 합병 전 ddddd에서 퇴직한 이사 ggg에게 1,812,193,286원의 퇴직급여를 각각 지급하였다.
(4) 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 5년 동안의 순이익 합계액은 합병 전 mmmmm 의 경우 약 50억 원, 합병 전 cccc과 합병 전 ddddd의 경우 각각 약 25억 원이다.
- 다. 이러한 사실관계와 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① eee 등은 합병 전 회사들을 계열회사로 둔 aaa의 사주인 nnn의 자녀와 사위로서 위 회사들의 주주이자 이사였던 점, ② 합병 전 bbbbb의 임원퇴직금 지급규정은 bbb이 퇴직한 후에 비로소 만들어졌고, 합병 전 cccc과 합병 전 ddddd의 임원퇴직금 규정 또한 fff, ggg이 퇴직하기 2개월 전 또는 6개월 전에 만들어진 점, ③ 임원퇴직금 규정의 신설을 전후하여 eee 등의 월 급여가 종전에 비하여 약 4배 내지 6배 정도로 인상되었는데, eee 등의 근속기간과 근무내용 등에 비추어 보 더라도 그와 같이 급격하게 월 급여가 인상될 만한 합리적인 이유를 찾기 어려운 점, ④ 퇴직 시까지의 근속연수가 약 4.3년 내지 4.5년에 불과한 eee 등은 이와 같은 임원퇴직금 규정의 신설과 퇴직 전 월 급여의 인상으로 인하여 결국 적게는 1,795,711,600원, 많게는 1,963,055,383원의 각 퇴직급여를 지급받게 된 반면, 비슷한 시기에 합병 전 bbbbb에서 퇴직한 임원인 kkk는 약 2억 9,000만 원의 퇴직급여를 지급받은 점, ⑤ eee 등이 퇴직급여로 지급받은 금액은 합병 전 회사들의 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 5년간 순이익을 기준으로 약 40% 내지 80%의 비중을 차지하는 규모로, 그 이후에도 계속적으로 위 임원퇴직금 규정에 따라 퇴직금을 지급하기는 곤란할 것으로 보이는 점 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴 보면, 합병 전 회사들의 임원 퇴직금 규정의 신설과 eee 등의 퇴직 전 월 급여의 인상은 모두 위 회사들이 eee 등에게 퇴직급여의 형식으로 법인 자금을 분여하기 위한 것일 가능성이 크고, 그렇다면 특별한 사정이 없는 한 인상 전 월 급여를 기초로 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 에서 정한 산식에 따라 계산한 금액만이 퇴직급여로 손금산입 대상이 된다고 보아야 할 것이다. 그런데도 원심은 이와 달리 이 사건 임원퇴직금 규정이 구 법인세법 시행령 제44조 제5항에 따른 것이라는 전제에서, 피고가 2013. 1. 2. 인상 전 월 급여를 기초로 원건 설의 임원퇴직금 지급규정에서 정한 산식[1년간 급여 × 1/10 × 근속연수 × 지급률(5배)]에 따라 퇴직금 지급한도액을 다시 계산한 다음, 이를 초과하는 금액을 손금불산입하여 합병 후 존속법인인 원고의 2009 사업연도 법인세를 경정.고지하고, 각 한도초과금액을 eee 등에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 사건 각 처분이 위법하다고 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 및 제5항의 해석에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 이 부분 상고이유 주장에는 정당한 이유가 있고, 이에 관한 원고의 상고이유 제3, 4점의 주장은 받아들일 수 없다.
2. 원고의 나머지 상고이유에 대하여
- 가. 상고이유 제1, 2점에 대하여 원고는 이 부분 상고이유로서 원심판결에 이 사건에 적용될 수 없는 구 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산부인 규정을 적용한 잘못이 있다고 주장하나, 원심은 ZZ Z 등에게 지급되어야 할 적정한 퇴직급여액이 증명되지 아니하였다는 이유로 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 한다는 피고의 주장을 배척하였으므로, 원고의 이 부분 상고이유는 이와 다른 전제에 선 것으로 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.
- 나. 상고이유 제5점에 대하여 합병 전 회사들이 부당한 방법으로 과세표준을 과세신고한 것이 아니므로 이 사건 처분 중 부당과소신고 가산세 부분이 위법하다는 이 부분 주장은 상고심에서 처음으로 하는 것으로서 적법한 상고이유가 될 수 없다.