상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제2점에 대하여
- 가. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산 하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입 세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도 로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경 우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하 도록 한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에 는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방 법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).
- 나. 원심은 그 채택증거를 종합하여, ① 원고가 산업기술혁신촉진법 제42조 에 따라 설립된 전문생산기술연구소로서, 생산기술의 개발, 섬유정보화 지원, 섬유기술의 지도,보급 및 훈련 등을 통해 국가시책 관련 연구개발과제를 수행하는 고유목적사업과 섬유제조업체에서 의뢰하는 품질성능분석 및 인증업무 등의 수익사업을 함께 수행하고 있는 사실, ② 원고의 운영재원은 국고보조금, 시․도 기타보조금, 수익사업에서 발생한수입금 등으로 구성되어 있는데, 국고보조금은 산업기술혁신촉진법 제42조, 시․도 보조금은 000 시 사무의 민간위탁 촉진 및 관리 조례와 00도 보조금 관리 조례 등에 근거한 것인 사실, ③ 위 국고보조금과 시․도 기타보조금은 일반운영보조금과 특정과제보조금으로 구분되는데, 일반운영보조금은 원고의 운영비로 사용되는 보조금 이고, 특정과제보조금은 원고가 연구개발계획서를 지원기관에 제출하면 지원기관에서 심사한 다음 지급하는 보조금으로서 연구개발의 성패에 따라 지원금이 환수되거나 차 회 보조금이 지급되지 않는 것은 아닌 사실 등을 인정하였다. 이러한 사실관계를 토대로 하여 원심은, 원고가 과세사업인 수익사업과 비과세사업 인 고유목적사업을 겸영하고 있고, 원고가 지급받은 보조금은 고유목적사업 수행에 대 한 대가로 볼 수 없으므로 원고의 고유목적사업 수행은 무상의 용역 제공에 불과하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 그런 다음 원심은, 원고가 수령한 보조금을 비과세공급가액이라고 볼 수 없는 이상 비과세사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로, 비과세사업과 과세사업에 공통되는 공통매입세액의 안분계산에 관하여 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 유추 적용할 수 없다고 보아, 피고가 원고에게 이 사건 2007년 제1기분 내지 2011년 제2기분 각 부가가치세 부과처분을 하면서 원고의 수익사업과 고유목적사업에 공통되는 매입세액을 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 따라 안분한 것은 위법하다고 판단하였다.
- 다. 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기 에 상고이유 주장과 같이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분 방법에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.
2. 상고이유 제1점에 대하여 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 구축한 00소재센터 (이하 ‘이 사건 센터’라 한다)에서 슈퍼섬유 시제품 제작, 제품생산․신기술 제공 및 교육, 시험분석 및 테스트베드 평가 인증 획득 등의 고유목적사업을 수행하는 한편 섬유업체 등으로부터 수수료를 받고 수익사업도 수행하였으므로 이 사건 센터는 비과세사업인 고유목적사업뿐만 아니라 과세사업인 수익사업에도 사용되는 것인데, 각각에 사용되는 부분이 명확히 구분되지 아니한다는 이유로, 이와 달리 피고가 이 사건 각 부가가치세 부과처분 중 2011년 제1기 내지 제2기 부분에 관하여 이 사건 센터의 구축 비용 전액을 비과세사업 관련 매입금액으로 보아 그에 대한 매입세액을 모두 공제하지 아니한 것은 위법하다고 판단하였다. 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기 에 상고이유 주장과 같이 과세사업과 비과세사업의 구별에 관한 법리를 오해하거나 필 요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 없다.