상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서 등의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 관하여
- 가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 제2항, 제4항, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제5항에 의하면, 법인이 특수관계자에게 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율․요율이나 임대료로 대부하거나 제공함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 이를 부당행위계산으로 보아 시가와의 차액 등을 익금에 산입하도록 하고 있고, 이때 그 시가는 금전 대여의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 에 따라, 그 밖의 자산 또는 용역 제공의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 각각 달리 계산하도록 하고 있다. 부 당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산․용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적․경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다.
- 나. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의 하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(1) 원고는 2005. 10. 26. 주식회사 BB로부터 00시 00면 소재 토지 및 그 지상 건물을 분양받아 2006. 7. 28. 및 2007. 6. 1. 토지와 건물에 관한 소유권이전등기와 소유권보존등기를 각 마쳤다(이하 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다).
(2) 원고의 최대주주인 CC는 건물 완공 직후인 2007. 4.경부터 이 사건 부동산에서 무상으로 거주하였고, 2008. 10. 29.부터는 임료 연 1,800만 원으로 하는 임대차계약을 체결하였으며, 2010. 12. 31.까지 그 계약을 연장하였다.
(3) 이에 피고는 2012. 3. 2. 원고가 CC에게 이 사건 부동산의 취득자금 등을 대여한 것으로서 업무무관가지급금에 해당한다는 이유로 그 인정이자 상당액 합계 549,897,573원을 2006 내지 2010 각 사업연도의 익금에 산입하고, 익금산입액을 CC에 대한 상여로 소득처분하였다.
- 다. 위와 같은 사실관계와 더불어 기록에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 CC에게 이 사건 부동산을 무상 또는 저가로 제공한 것으로 봄이 타당하므로, 이러한 부동산의 제공에 대하여 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 시가와의 차액 등을 계산하여 익금에 산입하는 것은 별론으로 하고, 원고가 CC에게 실질적으로 이 사건 부동산 취득자금을 대여하였다고 보아 그에 따른 인정이자를 익금에 산입할 수는 없다.
(1) CC는 원고의 창립자이자 대주주로서 2002년경부터 고문으로 재직하여 왔는데, 2005. 8.경 위암 수술을 받은 후 의료진의 권유에 따라 2005. 9.경부터 제주도에서 생활하던 중 원고가 분양받은 이 사건 부동산이 완공되자 2007. 4.경 그곳으로 주거지를 옮겼다. 이러한 거주 경위에 비추어 볼 때, CC는 질병의 요양 목적으로 잠정적인 주거지 를 마련한 것일 뿐 자신이 직접 이 사건 부동산을 분양받으려는 의사는 없었던 것으로 보인다.
(2) 원고의 내부문건인 2005. 10. 20.자 ‘게스트하우스 구입 품의서’에 의하면 국내외 거래처 귀빈을 위한 숙소 및 휴식처로 제공할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였음을 알 수 있다. 설령 그것이 CC에게 이 사건 부동산을 제공하기 위하여 만들어낸 명목에 불과하다고 하더라도 원고는 자신의 자금으로 이 사건 부동산을 분양받은 후 CC로 하여금 그곳에 거주하도록 한 것일 뿐, 그 등기부상 소유명의에도 불구하고 원고가 이 사건 부동산을 실질적으로 취득하지 못하였다고 볼 만한 특별한 사정은 보이지 않는다.
(3) 또한 CC가 이 사건 부동산의 신축 과정에 주도적으로 관여하였다거나 CC 외의 다른 사람이 이 사건 부동산에 거주한 적이 없다는 등의 사정만으로는 CC가 사용인 또는 임차인으로서의 일시적인 사용수익권을 넘어서 실질적인 소유자로서 이 사건 부동산에 대한 배타적인 사용․수익․처분권을 취득하였다고 볼 수도 없다. (4) 그리고 원고가 CC에게 이 사건 부동산의 취득자금을 대여하는 경우와 비교하여 조세 부담을 줄이고자 하는 의도에서 이 사건 부동산을 무상 또는 저가로 제공하는 형식을 취한 것이라고 볼 만한 사정도 없다.
- 라. 그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 원고가 CC에게 실질적으로 이 사건 부동산 취득자금을 대여한 것으로서 업무무관가지급금에 해당한다고 보아 그에 관한 인정이자를 익금에 산입하고, 익금산입액을 CC에 대한 상여로 소득처분한 이 부분 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 법인세법상 부당행위계산의 유형에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 정당하다.
2. 상고이유 제2점에 관하여
- 가. 구 법인세법 제27조 는 법인의 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입에 관하여 제1호에서는 ‘업무무관자산의 취득․관리비용’을, 제2호에서는 ‘그 밖의 업무무관지출’을 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목은 법령상 유예기간을 경과하도록 해당 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(이하 ‘비업무용 부동산’이라고 한다)을 위 업무무관자산으로, 제50조 제1항 제2호는 해당 법인의 주주(지분율 1% 미만의 소액주주 등은 제외한다)인 임원이 사용하고 있는 사택의 유지비․관리비․사용료와 이와 관련되는 지출금을 위 그 밖의 업무무관지출로 각 분류하고 있다. 한편 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 가목에서는 업무무관자산이 있는 경우 차입금 이자 중 일정한 계산식에 따라 산정되는 지급이자를 손금불산입하도록 규정하고 있다.
- 나. 원심은 제1심판결을 인용하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 부동산이 비업무용 부동산에 해당한다는 이유로 2007 내지 2010 사업연도 감가상각비, 유지관리비, 재산세 등 합계 104,794,066원과 2009 사업연도 지급이자 중 7,506,157원을 손금불산입하고, 그 중 유지관리비 등을 CC에 대한 상여로 소득처분한 피고의 당초 처분사유가 적법하다고 판단하였다. 그리고 위 2007 내지 2010 사업연도 감가상각비 등이 업무무관지출 규정에 의해 손금불산입되고 그 중 유지관리비 등을 CC에 대한 상여로 소득처분한다는 피고의 추가적 처분사유에 관하여는 별도로 판단하지 않았다.
- 다. 그러나 원심의 이러한 조치는 다음과 같은 이유에서 수긍하기 어렵다. 위 관계법령의 체계와 문언, 개정 연혁과 취지에 의하면, 법인의 사택에 대해서는 일정한 경우에 업무무관지출에 관한 위 구 법인세법 제27조 제2호 가 적용될 수 있을 따름이고, 비업무용 부동산에 관한 구 법인세법 제27조 제1호 및 제28조 제1항 제4호 가목 이 적용될 수 없음이 분명하다. 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 대주주이자 고문으로 재직 중인 CC에게 처음 약 18개월 동안은 무상으로, 그 이후로는 저가의 임료를 받고 이 사건 부동산을 그의 질병 요양을 위하여 일시적인 주거지로 제공하였다. 이와 같이 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것은 사택 제공에 해당하여 위 업무무관지출 규정이 적용되는 것은 별론으로, 비업무용 부동산에 관한 규정이 적용될 수는 없다. 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 그 판시와 같은 이유만으로 비업무용 부동산의 유예기간이 경과되지 아니한 점도 간과한 채 피고의 당초 처분사유가 적법하다고 판단하고 말았다. 이러한 원심의 판단에는 구 법인세법 제27조 제1호 와 제2호의 관계 및 법인세법상 비업무용 부동산의 범위에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 취지의 상고이유 주장 역시 정당하다.
3. 상고이유 제3점에 관하여
- 가. 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의10 제1항 제1호, 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 제2호 라목에 의하면, 법령상 요건을 갖춘 해운기업은 외항운송활동과 관련된 소득인 해운소득에 대하여 그 외의 비해운소득과 구분하여 선박표준이익을 계산하는 방식으로 법인세 과세표준을 산정할 수 있도록 하고 있고, ‘외항해상운송활동과 연계된 활동’ 중 하나인 ‘선박의 취득․유지․관리 및 폐기와 관련된 활동’으로 발생한 소득을 해운소득에 포함시키고 있다. 이러한 관련 규정들에서 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산의 특례를 두고 있는 취지, 해운소득의 범위에 관하여 각 호에서 세가지 유형으로 구분하여 정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항 의 문언과 체계, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 선박의 취득 등과 관련된 활동으로 발생한 것으로서 해운소득에 포함되는 소득은 선박의 취득 등과 직접적인 관련이 있는 소득에 한정된다고 할 것이다.
- 나. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의 하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
(1) 원고는 1984년경 선박 5척을 취득하면서 그 피담보채무인 산업은행 대출채무를 인수하였다.
(2) 원고는 1995년~1997년경 위 선박을 모두 매각하였으나, 대출채무를 상환하지 아니하고 산업금융채권 및 정기예금 등(이하 ‘이 사건 질권설정자산’이라고 한다)을 대체담보로 제공하였다.
(3) 이후 원고는 2006 내지 2010 사업연도에 이 사건 질권설정자산에서 발생한 이자소득 합계 625,530,960원(이하 ‘이 사건 이자소득’이라고 한다)을 해운소득으로 계상하였고, 이에 피고는 이 사건 이자소득을 비해운소득으로 재분류하여 익금에 산입하였다.
- 다. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고는 선박을 매각하면서도 그 피담보채무인 대출채무를 그대로 유지하기로 하여 이 사건 질권설정자산을 은행에 담보로 제공한 것에 불과하고, 이러한 선박 매각 후의 대출채무 유지는 선박의 취득을 위한 것이라고 보기 어려우므로, 이 사건 이자소득은 선박의 취득과 직접적인 관련성이 없어 해운소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 이와 결론이 같은 원심의 이 부분 판단은 앞에서 본 법리에 기초한 것으로서, 그 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있으나 상고이유 주장과 같이 구 조세특례제한법상 해운소득의 범위에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.