부과제척기간 도과한 증액처분은 무효이고, 심사결정의 기속력 법리를 오해한 위법이 있음

사 건 2010두5127 법인세부과처분취소 원고, 상고인 겸 피상고인 XX 주식회사 피고, 피상고인 겸 상고인 삼성세무서장 환 송 판 결 대법원 2008. 9. 25 선고 2006두3711 판결 원 심 판 결 서울고등법원 2010. 1. 28 선고 2008누27379 판결 판 결 선 고

2011. 10. 27.

원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원으로 환송한다. 피고의 상고를 기각한다.

상고이유를 판단한다.

1. 피고의 상고이유에 관하여 먼저 본다.

• 가. 상고이유 제1점에 관하여 먼저 본다. 원심은 이 사건 최종부과처분은 국세징수절차가 아닌 증액경정의 처분으로서 항고 소송의 대상이 된다고 판단하였다 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인 점과 판단은 옳고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 경정처분의 법리에 관한 법리 오해 등의 위법이 없다.
• 나. 상고이유 제2점에 관하여 본다. 국세 부과권의 제척기간은 조세법률관계의 신속한 확정을 목적으로 하여 설정된 제도로서 부과권의 제척기간이 만료된 날 이후에는 국세를 부과할 수 없고, 따라서 제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 된다(대법원 1993. 12. 28 선고 93누 17409 판결, 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 등). 한편, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제2항은 행정심판청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 등에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는데, 이 규정은 과세 처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것으로서(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결), 위 규정의 문언상 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 한다(대법원 2002. 9. 24 선고 2000두6657 판결 참조). 원심은 이 사건 최종부과처분이 정당세액을 벗어나 과다하게 행하여진 것을 환급 받은 의미라 해도 그 실질이 엄연히 증액처분인 이상 원고에 대한 2000 사업연도 귀속 법인세를 부과할 수 있는 시점으로부터 부과 제척기간 5년을 도과한 이후에 이루어져 무효라고 볼 수밖에 없으므로, 이 사건 최종 부과처분의 가산세 중 000원 부분은 무효라고 판단하였는바, 앞서 본 법리와 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 옳고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 부과제척기간의 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다
• 다. 상고이유 제3점에 관하여 본다. 조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적, 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여, 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다(대법원 2000. 9. 26 선고 99두1557 판결). 기록에 의하면, 원고는 이미 전심절차에서 부당과소신고가산세의 세율 등에 관하여 다툰 바 있으며 이 사건 최종부과처분에 관하여도 같은 취지의 위법사유를 주장하고 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 경우에까지 납세의무자인 원고로 하여금 굳이 전심절차를 거치게 하는 것은 가혹하다고 보이므로, 원고로서는 이 사건 최종부과 처분에 관한 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다. 그리고 원심 판결에는 피고의 ’전심절차를 거치지 않았으므로 이 사건 소 제기가 위법하다’는 취지의 주장에 관하여 판단하지 않은 위법이 있으나, 앞서 본 바와 같은 이유로 피고의 위 주장을 받아들일 수 없는 이상, 이러한 판단유탈은 판결의 결과에 영향을 미친 위법이라 할 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 상고도 이유 없다.

2. 원고의 상고이유에 관하여 본다. 과세처분에 관한 불복절차과정에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 법 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다 할 것이다(대법원 1990. 10. 23. 선고 89누6426 판결 참조). 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 후, 국세청장의 2003. 6. 30.자 심사결정의 기속력에 대한 피고의 주장에 대하여는 아무런 판단을 한 바 없이, 피고가 원고의 소득 누락 등이 발견되자 당초 원고가 신고한 최저한세 적용대상 익금 불산입액 익금 항목을 소득금액 조정을 통해 수차례 조정 한 끝에 000원으로 확정한 사실, 그 결과 당초 원고가 신고한 과세표준에서 제외하여야 하는 금액이 발생하였고 이를 감안한 미달신고금액은 2009. 6. 8.자로 감액된 과세표준 000원의 3분의 1을 초과하는 것으로 산정되며, 부당과소신고금액이 50억 원을 초과하는 사실도 명백하다고 보아, 미납부가산세와 과소신고가산세 합계 000원 중 부과제척기간 경과 후의 증액경정으로서 효력이 없는 위 000원을 제외한 000원은 정당세액의 범위 내임이 계산상 명백하다고 판단하였다. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 앞서 본 법리 및 아래와 같은 사정에 비추어 수긍하기 어렵다 갑 제2호증 등의 증거에 의하면 국세청장은 2003. 6. 30. 심사결정 당시 위 과소신고금액에 포함된 금액 중 주송 주식 관련 자산누락액 합계 000원은 제외되어야 한다고 결정한 바 있고, 이러한 심사결정에서의 판단은 행정청에 대하여 기속력이 있는바, 피고가 주장하는 바에 의하더라도 위 주송 주식 관련 자산누락액을 포함한 원고의 과소신고금액은 000원이므로, 위 심사결정에 따라 위 과소신고금액 에서 주송 주식 관련 자산누락액 000원을 공제하면 잔액은 000원 (= 000원 - 000원)에 불과하게 되어, 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제2호 가목에서 정한 ’정당한 과세 표준(000원)의 3분의 1(= 000원) 이상일 것’이라는 요건을 충족 하지 못하게 된다. 그렴에도 불구하고 원심은 원고의 미달신고금액이 정당한 과세표준의 3분의 1 이상이 되어 부당과소신고가산세의 요건을 갖추었다고 보아 위와 같이 판단하였으니, 원심판결에는 심사결정의 기속력에 관한 법리를 오해하고 구 법인세법 제76조 제1항 제2호에 정한 가산세율 적용에 관한 중대한 볍리를 오해하였을 뿐 아니라 원고의 주장에 대한 판단을 누락한 위법이 있고, 이러한 위법은 판결에 영향을 마쳤음이 분명하다

그러므로 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리 • 판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의건으로 주문과 같이 판결한다.