비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 토지 양도소득이 발생한 경우 양도소득세율을 적용하여 법인세로 납부할 수 있음

사 건 2010두3763 법인세부과처분취소 원고, 상고인 재단법인 XX 피고, 피상고인 강서세무서장 원 심 판 결 서울고등법원 2010. 1. 21. 선고 2009누18396 판결 판 결 선 고

2012. 1. 26.

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제62조의2 제1항은 비영리내국법인(법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)은 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 ‘자산양도소득’이라 한다)이 있는 경우에는 제60조(과세표준 등의 신고) 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제2항은 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 (양도소득과세표준의 계산)의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조(양도소득세의 세율) 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다고 정하고 있다(이하 ‘이 사건 과세특례조항’이라 한다). 그리고 법인세법 제3조 제2항 제1호 는 제조업, 건설업, 부동산임대업 등의 수익사업(이하 ‘수익사업’이라 한다)을 열거하고 있다. 원심은 그 채용증거를 종합하여, 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 원고가 2003. 9.경 이 사건 토지를 양도한 후 같은 사업연도 내인 2003. 12.경 수익사업인 부동산임대업을 개시한 사실 등을 인정한 다음, 법인세법 제62조의2 제1항 소정의 ‘수익사업을 영위하는 비영리내국법인’은 위 규정의 문언 체계상 ‘양도소득이 발생할 당시 수익사업을 영위하는 비영리내국법인’이라고 새기는 것이 자연스러운 점, 이 사건 과세특례조항이 적용되면 법인세법 제62조의2 제7항 에 따라 자산양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하므로 자산양도시점을 기준으로 이 사건 과세특례조항의 적용 여부를 선택할 수 있어야 하는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 원고가 수익사업을 영위하지 아니하던 기간에 이 사건 토지의 양도로 인한 양도소득이 발생하였으므로 그 후 같은 사업연도 내에 수익사업을 영위하였더라도 위 양도소득에 대하여 이 사건 과세특례조항을 적용할 수 있다고 해야 한다고 판단하였다. 앞서 본 규정의 문언 및 수익사업을 영위하지 않는 비영리법인은 영리를 추구하는 법인이 아닌 점을 고려하여 자산양도소득에 대한 법인세 부담이 양도소득세보다 과중하여지지 않도록 하려는 이 사건 과세특례조항의 입법 취지 등에 비추어 볼 때, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유로 주장하는 법인세법 제62조의2 의 해석․적용에 관한 법리 등을 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.