기업합리화적립금이 아닌 별도준비금을 설정한 경우 감면세액의 추징여부

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고보충이유서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제123조 제1항, 제2항 및 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제145조 제1항, 제2항은 ‘세액감면 등을 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다’고 각기 규정하고 있다. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, 원고는 1998사업연도 및 1999사업연도에 관하여 부동산 양도소득에 대한 특별부가세 474,869,767원 및 7,497,530,944원을 각 감면받은 사실, 원고는 1998사업연도부터 2000사업연도까지 당기순손실이 발생하다가 2001사업연도에 7,129억여 원의 당기순이익이 발생하여 2,434억여 원의 이익잉여금이 발생하자, 2002. 3. 20. 정기주주총회에서 2001사업연도 이익금처분을 하면서 그 중 720억여 원은 이익준비금으로, 1억 6,600만여 원은 기타준비금으로, 1,100억여 원은 별도준비금으로 적립하였고, 2002사업연도 이익금처분시에는 5,690억여 원을 별도준비금으로 추가 적립하였으며, 그 후 2004. 8. 9. 임시주주총회를 개최하여 2003사업연도 이익잉여금처분계산서상 별도준비금 5,770억여 원 중 80억 원을 기업합리화적립금으로 계정과목을 수정하기로 의결하고 이를 재무제표에 대한 감사보고서의 주석에 기재한 사실, 피고는 원고가 2001사업연도에 처분가능이익이 최초로 발생하였음에도 그 이익금처분을 하면서 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다는 이유로 2004. 12. 1. 원고에 대하여 위 감면세액 등을 2002사업연도 법인세로 추징하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 적립한 ‘별도준비금’은 임의적립금의 일종으로서 그 사용용도가 특별히 한정되어 있지 아니하여 기업합리화적립금의 용도로 사용하는 것이 가능하고 그 적립금액도 원고가 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 액수를 훨씬 초과하고 있는 점, 원고가 부동산양도소득에 대한 특별부가세를 감면받은 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금처분시에 1,100억여 원을 별도준비금으로 적립한 다음, 2003사업연도 이익금처분시까지 적립된 별도준비금 중 80억 원에 대하여 계정과목을 기업합리화적립금으로 수정하기로 이 사건 처분 이전인 2004. 8. 9.에 의결함으로써 2001사업연도 이익금처분시부터 원고가 적립하여야 할 기업합리화적립금에 상당하는 금액이 사외에 유출되지 아니한 채 그대로 사내에 유보되어 왔다고 할 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 구 조세감면규제법 제123조 제1항, 제2항 및 구 조세특례제한법 제145조 제1항, 제2항에서 규정한 기업합리화적립금을 적립한 것으로 볼 수 있다는 이유로, 이와 다른 전제에서 행하여진 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다. 관련 규정의 취지와 내용 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유에서 주장하는 기업합리화적립금의 적립시기 등에 관한 법리오해 등의 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.