1. 처분의 경위
- 가. 원고는 1998.8.25.부터 컴퓨터 및 그 부품 등의 도매업을 영위하는 사업자로서 2001년 제2기 과세기간에 소위 자료상으로 고발된 주식회사 OOO컴(이하 ‘소외 회사’라고만 한다)으로부터 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 3,500만원(부가가치세 제외)의 매입세금계산서 3장(이하 ‘이 사건 세금계산서“라고만 한다)을 수취하고 위 공급가액을 2001년 제2기분 부가가치세의 매입세액으로 공제하고, 2001 사업연도 귀속 법인세의 과세표준계산시 손금산입하여 2001년 제2기분 부가가치세 및 2001 사업연도 귀속 법인세를 각 신고하였다. 순번 발행일자 물품종류 공급가액(부가가치세 제외) 1 2001.9.26 INS3120DES 등 1,600만 원 2 2001.10.15 D-INS3131DES 등 800만 원 3 2001.11.29 D-INS3130DES 등 1,100만 원 합계 3,500만 원
- 나. 피고는 이 사건 세금계산서가 실질거래 없는 가공거래로 인하여 발행된 것으로 보고 위 세금계산서상의 공급가액을 부가가치세 매입세액에서 불공제하고. 법인세 과세표준에서 손금불산입하여 2005.8.12 원고에게 2001년 제2기분 부가가치세 6,186,250원 및 2001 사업연도 귀속 법인세 10,161,190원을 각 부과. 고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고만 한다)하였다.
- 다. 원고는 위 각 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2005.11.9. 국세심판원에 심판 청구를 하였으나 2006.4.24.국세심판원으로부터 심판청구 기각결정을 고지받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 3호증의 1~4, 갑 7호증의 1,2, 을 1호증의 1~11, 을 2,3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 이 사건 세금계산서는 가공거래가 아닌 실질거래로 인하여 발행된 것이므로 이와 다른 전제에서 한 이사건 각 처분은 위법하다.
- 나. 관계 법령 [부가가치세법] 제17조 (납부세액)
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 [법인세법] 제19조(손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
- 다. 판단 일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결 등 참조) 을 4호증의 1~4, 을 5호증의 각 기재에 의하면, 소외 회사가 2001년 제2기 과세기간 총매출액이 약 3,892,000,000원이었고 위 기간 실물거래 없이 허위로 발행한 세금계산서에 의한 매출액이 합계 1,030,825,000원이었는데, 위 허위 매출액 중 이 사건 세금계산서상의 공급가액은 포함되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있으므로, 소외 회사가 총매출액중 일부 매출액에 대하여 실물거래 없이 허위로 매출세금계산서를 발행하였다는 사정만으로 이 사건 세금계산서도 실물거래 없이 허위로 발행되었다고 단정할 수는 없다. 따라서 과세요건사실의 입증책임을 부담하는 피고로서는 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 발행되었다는 사실을 입증하여야 할 것이나 앞서 본 증거들 및 을6호증의 기재만으로는 위와 같은 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다{피고는, 소외 회사가 원고로부터 이 사건 세금계산서상의 공급가액상당액을 송금받은 날 곧바로 위 금액을 인출하였음을 들어 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 발행되었다고 주장하나, 을6호증의 기재에 의하면 소외 회사가 월말인 2001.11.30. 원고로부터 35,090,000원(부가가치세가 포함된 공급가액 중 미지급 잔액)을 송금받고 곧바로 위 금액보다 많은 약 7,500만 원을 다른 계좌들로 이체한 사실을 알 수 있는바, 소외 회사로서는 월말 자금결제가 필요하여 원고로부터 위 금액을 송금받은 후 곧바로 거래업체들에게 결제금액을 송금할 필요성이 있었을 수 있고, 원고로부터 송금받은 금액보다 훨씬 많은 금액을 다른 계좌들에 이체한 점에 비추어 보더라도 피고가 주장하는 이와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 사실이 추정된다고 할 수 없다.). 오히려 갑 2호증의 1,2,3, 갑 4호증의 1,2,갑 5호증의 1~5의 각 기재와 증인 김OO의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2001.10.25. 주식회사 OO컴퓨터로부터 물품대금조로 받은 액면금 3,410,000원의 약속어음 1장을 2001.11.21.소외 회사에 이 사건 세금계산서상의 물품대금조로 지급하였고, 같은 달 30. 나머지 물품대금 35,090,000원(공급가액 3,850만 원(부가가치세 포함) - 341만 원}을 소외 회사의 OO은행 통장(계좌번호:919-01-000000)에 입금한 사실이 인정되므로, 이 사건 세금계산서는 실물거래로 인하여 발행된 것으로 추정될 뿐이다.
- 라. 소결론 따라서 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.