2. 이 사건 처분의 적법 여부
- 가. 당사자들의 주장 (1)원고의 주장 (가) 피고는 원고가 소외 회사의 주식 630,000주를 취득하면서 증권거래법 제200조의 2의 규정에 따라 금융감독위원의 등에 제출한 주식등의 대량보유(변동) 보고서 및 이에 첨부된 주택양도계약서에 위 이○○, 진○○로부터 소외 회사의 주색 610,320주를 금 10,204,550,400원으로 인정하였으나, 위 보고서는 단지 금융감독위원회 등에 보고를 하기 위하여 편의상 작성된 것으로 사실과는 다른 것이다. (나) ① 원고는 2000. 2. 23 위 이○○과의 사이에, 이○○, 진○○가 소외 회사의 주식 680,000주를 담보로 차용한 금원 및 동인들이 부담하고 있는 약속어음금채무 등 합계 11,369,750,000원의 채무를 원고가 인수하되, 그 대가로 이한경 등으로부터 위 주식 680,000주를 양수하기로 하는 계약을 체결하였다.
② 그 후 위 주식 중 600,000,000원 상당의 80,000주는 매매목적물에서 제외되어, 원고는 위 이○○ 등으로부터 소외 회사의 주식 600,000주를 10,769,750,000원(11,369,750,000 - 600,000,000원)에 매수하게 되었는데, 원고가 위 이○○의 차용금채무를 번제하는 과정에서 차용금에 대한 이자 등으로 91,715,488원을 지급함으로써 결국 원고는 소외 회사의 주식 600,000주를 10,861,465,488원(10,769,750,000원 + 91,715,488원)에 취득하였다.
③ 한편 원고는 2000. 3. 8 원고와 특수관계자의 지위에 있는 주식회사 ○○지로부터 소의 회사의 주식 10,320주를 무상으로 취득하였다.
④ 따라서 원고는 소외 회사의 주식 610,320주를 10,861,465,488원에 취득하였다가 이를 구○○ 등에게 양도한 것이므로 과세표준을 산점합에 있어 위 금원 전부가 손금에 산입되어야 함에도 피고는 그 중 10,204,550,400원만을 손금산입하고 나머지 금원은 손금불산입한 채로 이 사건 처분을 하였으므로 이는 위법하다.
(2) 피고의 주장 피고는 원고에 대하여 세무조사를 하면서 원고가 금융감독위원회 등에게 소의 회사의 주식 610,320주를 10,204,550,400원에 취득하였다는 보고서를 제출한 것을 발견하고 수차례에 걸쳐 원고에게 신고내용과의 차액에 대하여 소명을 요구하였으나 아무런 점등에 비추어 보면, 원고의 위 주식의 취득가액은 위 보고서에 기재된 금액이라 할 것이다.
- 나. 관련 법령 법인세법 제19조 (손금의 범위)
① 손금은 자본 또는 출자의 환급. 잉여금의 처분 및 이법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 손자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통산적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다
③ 제1항의 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법시행령 제19조(손비의 범위) 법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판미한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 부대비용
2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액
- 다. 판단 (1)인정사실 을 제7, 8호중의 각 기재, 을 제4호중의 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2000. 2. 23. 이○○ 의 1인으로부터 소외 회사의 주식을 1주당 약 16,720원으로 하여 680,000주를 11,369,750,000원에 양수하되, 그 양수대금의 지급은 위 이○○등이 위 주식을 담보로 고○○으로부터 빌린 600,000,000원을 비롯한 차용금 합계 3,990,000,000원 및 약속어음금 지급채무 합계 7,379,750,000원 등 합계 11,369,750,000원을 원고가 변제하는 것으로 대체한 사실, 또한 매매계약 체결일인 2000. 2. 23.까지의 위 차용금에 대한 연체이자는 위 이○○ 등이, 그 이후의 연체이자는 원고가 각 지급하고, 위 이○○등은 권고가 자신들의 채무를 전부 변제하면 소외회사의 경영권을 원고에게 인계하기로 약정한 사실, 그 후 원고와 이○○은 이○○이 고○○으로부터 600,000,000원을 빌리면서 담보로 제공한 소외 회사의 주식 80,000주를 매매대상에서 제외하기로 한 사실, 이에 따라 원고의 주식양수대금은 10,769,750,000(11,369,750,000원 - 600,000,000원)으로 감액된 사실, 원고는 이○○ 등의 채무를 변제하면서 그 변제시까지의 위 차용금에 대한 이자 등으로 91,715,488원을 지급하여 결국 원고는 이○○등으로부터 소외 회사의 주식 600,000주를 양수하면서 10,861,465,488원을 지출한 사실, 그 무렵 원고는 원고와 특수관계자인 주식회사 ○○지로부터 소외 회사의 주실 10,320주를 무상으로 양수한 사실, 그런데 원고는 상장법인의 발행주식총수의 100분의 5 이상을 보유하게 된 자는 그 보유상황을 금융감독위원회 등에게 보고하도록 되어 있는 증권거래법 제200조의2 의 규정에 따라 이를 보고하면서 이○○ 등으로부터 양수한 소외 회사의 주식 600,000주와 주식회사 ○○지로부터 양수한 주식 10,320주 등 합계 610,320주를 위 이○○, 진○○로부터 1주당 16,720원(당초 원고가 이○○ 등으로부터 매수하기로 한 금액이다.) 등 총 10,204,550,400원에 양수하였다는 취지의 매매계약서(갑제5호중의 1, 2)를 첨부하고, 그 첨부된 매매계약서의 내용과 같이 소외 회사의 주식을 취득하였다고 보고한 사실, 한편 원고의 대표이사이던 이○○는 피고의 원고에 대한 세무조사 당시 주가조작 등으로 수사지관으로부터 수사를 받으면서 자금서류 등 경영관련서류를 수사기관에 제출하는 바람에 원고는 피고의 소명요구에 제대로 응하지 못한 사실 등을 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제5호중의 1,2(을 제5호중의 3,4와 동일하다.)의 각 기재는 그 내용이 단순히 4개의 조문으로만 되어 있어 100억이 넘는 주식거래에 대한 매매계약서로서는 매우 허술하고, 그 양식도 전형적인 계약서에 공란을 채우는 식으로 되어 다소 조잡한 점 등에 비추어 믿지 아니하며, 따라서 이에 근거하여 작성된 갑 제4호중(을 제5호중의 2와 동일하다.)의 기재도 믿지 아니하고, 을 제2,3호중의 각 1,2의 각 기재 및을 제4호중의 일부 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니하며, 달리 반증이 없다. (2)판단 위 인정사실에 의하면 원고는 소외 회상의 주식 610,320주를 10,861,465,488원에 취득하였다고 할 것이고, 따라서 원고의 2000 사업연도 법인세 과세표준을 정함에 있어 위 10,861,465,488원 전부를 손금산입하지 아니하고 10,204,550,400원만 손금산입하여 이사건 법인세의 과세표준을 정한 피고의 이사건 처분은 위법하다. 3 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.