비용이 실제 지출된 것으로 보아 손금 인정

상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담으로 한다.

상고이유를 본다. 기록에 비추어 살펴보면, 원고 회사가 ○○○○ 주식회사로부터 금속절삭기계 제작에 사용되는 반제품 등 26개 품목을 매입하고 그 대금으로 현금을 지급하였으나 사정상 이 사건 ○○○ 세금계산서와 ○○○○ 세금계산서를 교부받았으므로 그 세금계산서의 공급가액 상당은 실물거래로서 모두 손금에 산입되어야 한다는 원심의 판단은 정당하여 수긍이 가고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같은 채증법칙 위배로 인한 사실오인, 심리미진 등의 위법이 없다. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하는 것으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. [ 세 목 ] 법인 [ 결정유형 ] 국패 [ 문서번호 ] 서울고등법원2005누2713 (2005.11.16) [직전소송사건번호 ] 수원지방법원 2004구합2760 [전심사건번호 ] 심사 법인2003-3021 [ 제 목 ] 비용이 실제 지출된 것으로 보아 손금 인정 [ 요 지 ] 원고는 소외 회사에서 이 사건 ○○○세금계산서와 ○○○○세금계산서의 공급가액 상당 이상의 물품을 실제로 매수하고 그 대금을 지급하였으므로, 위 세금계산서의 공급가액 상당은 실물 거래로서 모두 손금에 산입되어야 함. [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

] 법인세법 제9조

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2002.12.12. 원고에게 한 1997 사업연도 법인세 53,877,815원의 부과처분 중 182,415원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 1994.9.28.부터 ○○시 ○○면 ○○리 ○○에서 금속절삭기계 제조업을 영위해 왔다.
• 나. 원고는 1997년 사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 1997.10.10.부터 1997.12.30.까지 주식회사 ○○○에서 교부받은 세금계산서 6장(이하 이건 ○○○세금계산서라 한다)의 공급가액 60,302,000원과 1997.10.16.부터 1997.12.22.까지 ○○○○반도체 주식회사에서 교부받은 세금계산서 7장(이하 이 사건 ○○○○ 세금계산서라 한다)의 공급가액 101,431,000원을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 산정하였다.
• 다. 피고는 ①2002.5.6. 위 ○○○세금계산서를 실물 거래 없이 교부된 가공세금계산서로 보아 그 공급가액 60,302,000원을 손금 불산입하여 총결정세액 15,902,154원을 산정한 후, 여기에서 자진 납부세액 182,415원을 공제한 15,719,730원을 1997년 사업연도 법인세로 증액 경정․고지하였다가(이하 이건 제1차 증액경정처분이라 한다), ②2002.12.12. 다시 위 ○○○○ 세금계산서도 실물 거래 없이 교부된 가공 세금계산서로 보아 그 공급가액 101,431,000원을 손금 불산입하여 총결정세액 53,877,829원을 산정 한 후, 여기에서 자진납부세액 182,415원과 이 사건 제1차 증액경정처분 세액 15,719,730원을 공제한 37,975,670원을 1997년 사업연도 법인세로 경정․고지하였다(이하 이사건 처분이라 한다. 뒤에서 보는 바와 같이 증액경정처분이 있는 경우 당초 처분은 그 증액경정처분에 흡수되므로, 이 사건 처분에는 위 자진 납부세액 182,415원, 제1차 증액경정처분 세액 15,719,730원이 모두 포함되는 것으로 보아 판단한다.) 【인정근거】 갑 제1호증의 1, 갑 제2호증의 1,2, 을 제1~6호증, 을 제10호증의 각재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단(이 사건 소 중 제1차 증액경정처분 취소청구의 적법여부) 피고는 이 사건 제1차 증액경정처분은 2002.5.6. 원고에게 고지되었고, 원고는 그때부터 90일이 경과한 2003.3.14. 이의신청을 제기하여 청구기간을 준수하지 못하였으므로, 이사건 소 중 위 제1차 증액경정처분의 취소청구 부분은 부적합하다고 본안전 항변을 하였다. 그러나 과세처분 후에 증액경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라, 당초 처분의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 쟁송의 대상이 되고, 이는 증액경정처분을 하면서 당초 결정분과 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하므로, 증액경정처분이 있는 경우 전심절차의 준수 여부와 제소기간은 증액경정처분을 기준으로 하여 판단하여야 할 것인바, 앞서든 증거에 의하면, 원고는 증액경정처분인 이 사건 처분을 고지 받은 후 90일 이내인 2003.3.14. 이의신청을 하고, 이에 대한 결정서를 송부 받은 후 적법한 심사청구를 거쳐 이 사건 소를 제기한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고의 위 항변은 이유 없다. 3.처분의 경위

• 가. 당사자의 주장 피고가 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 원고가 1997.8.25.경 원고의 하청업체에게서 금속절삭기계 제작에 사용되는 반제품 등 26개 품목을 180,000,000원에 매입하고 그 대금을 실제로 지급하였으나, 위 하청업체의 사정으로 세금계산서를 교부받지 못하고 이 사건 ○○○ 세금계산서와 ○○○○ 세금계산서를 교부받았던 것뿐이므로, 피고가 이를 단순히 가공 매입으로 보아 모두 손금불산입한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
• 나. 판단

(1) 납세의무자가 신고한 어느 비용 중 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물 거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지 비용인지의 여부를 다투어지고, 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 입증하여야 한다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조)

(2) 그러므로 살피건대, 갑 제1호증의 1,2 갑 제3호증의 1~11, 갑 제4,5호증, 갑제6호증의 1~4, 갑 제8호증의 1,2, 갑 제9호증의 1,2, 갑 제10호증의 1,2, 갑 제11호증의 1,2, 갑 제12호증의 1~9, 갑 제13,14호증, 을 제4호증의 각 기재(다만 을 제4호증의 기재 중 뒤에서 배척하는 부분 제외), 제1심 증인 ○○○, ○○○, 당심 증인 ○○○의 각 증언(다만 제1십 증인 ○○○의 증언 중 뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론 전체의 취지를 종합하면, ○○정밀 주식회사(이하 소외 회사라 한다)는 ○○시 ○○리 ○○에서 금속절삭기계 등을 생산하면서 원고의 하청업체로서 원고 제품의 제조 공정 중 일부를 맡아왔으나, 1994년 8월경 이후 자금 사정이 어려워지고 장기간 종업원들의 임금을 지급하지 못하게 되자, 소외 회사의 실질적인 경영자이었던 ○○○이 종업원들에게 체불임금과 퇴직금을 지급하기 위하여 원고에게 소외 회사의 재고 자산을 인수하여 줄 것을 요청한 사실, 이에 원고는 1997.8.25. 소외 회사에서 소외 회사가 보유하고 있는 DK-800CNC 등의 반제품, 전자부품과 기계 부품 26개 품목을 180,000,000원(부가가치세 별도)에 매수하되, 그 대금은 1997.12.30.까지 현금으로 분할 지급하기로 약정한 사실, 원고는 1995.9.18.부터 1999.3.31.까지 소외 회사의 주소인 ○○시 ○○리 ○○에 지점을 설치한 바 있었는데, 원고는 위 약정일 이후 소외 회사에서 위 매수 재고 물품이 있는 창고 열쇠를 교부받음으로써 위 물품을 인도받고, 1997.9.13. ○○○에게 10,620,000원을 지급한 것을 비롯하여 1997.12.24.까지 9차례에 걸쳐 178,245,327원을 현금으로 지급한 사실, 당시 원고는 ○○○에게 위 대금을 직접 지급하면서 그 때마다 바로 세금계산서를 교부받지 못하였는데, 원고가 ○○○에게 세금계산서를 교부하여 줄 것을 독촉하자, ○○○은 자신 또는 소외 회사 앞으로 양도소득세등이 체납되어 있어 소외 회사 명의로 세금계산서를 교부하기 어렵다고 하면서, 원고에게 이 사건 ○○○세금계산서와 ○○○○세금계산서를 교부하였고, 원고로서는 당시 제품 생산에 하청업체인 소외 회사의 도움이 여전히 필요한 상태이어서 이를 거부하지 못하고 할 수 없이 교부받게 된 사실, 한편 원고는 1997년경 소외 회사에 방전가공기 조립을 하청 주고 그 대금을 부가가치세를 포함한 127,600,000원을 지급한 바 있는제, 이에 대해서는 소외 회사가 원고에게 세금계산서를 교부하였던 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 을 제4호증의 일부 기재, 제1심 증인 ○○○의 일부 증언은 믿지 아니하며, 달리 반증은 없다. 위 인정 사실에 의하면, 원고는 소외 회사에서 이 사건 ○○○세금계산서와 ○○○○세금계산서의 공급가액 상당 이상의 물품을 실제로 매수하고 그 대금을 지급하였으므로, 위 세금계산서의 공급가액 상당은 실물 거래로서 모두 손금에 산입되어야 하고, 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 처분 중 위 공급가액 상당을 모두 손금 불산입하여 산정한 53,695,400원 부분(15,719,730원 + 37,975,670원; 이 사건 처분 중 자진납부세액 182,415원을 제외한 부분)은 위법하다.

그렇다면 1997년 사업연도 법인세 53,877,815원의 부과처분 중 182,415원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 처분 중 182,415원을 초과하는 부분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.