과세기간 경과후 소급하여 작성한 세금계산서의 매입세액의 공제 여부

【판시사항】 과세기간이 경과한 후 세금계산서의 작성일자를 이전 과세기간에 속하는 실제 공급시기로 소급하여 작성한 경우, 매입세액의 공제 여부(소극) 【주문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이유】

원심은 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 매입세금계산서는 그 과세기간이 경과한 후인 2000. 10.경 작성일자를 공급시기인 1998.경으로 소급하여 작성되었으므로 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 소정의 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 따라서 위 규정에 의하여 이 사건 매입세액을 공제하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다는 피고의 주장에 대하여, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행·교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로, 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성·교부했다 하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이고, 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 매입세액을 불공제한 부분은 위법하다고 판단하였다.

과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는, 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다 (대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체판결 참조). 그런데 원심이 인정한 사실관계 및 기록에 의하면, 원고는 1998년 제1기에 세금계산서의 수수 없이 원○○로부터 경유를 공급받아 오다가 그 과세기간이 경과한 후에 서울지방국세청장의 세무조사과정에서 원○○의 세금계산서 미교부 사실이 적발되자 비로소 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 이 사건 매입세금계산서를 교부받았다는 것이므로, 위 세금계산서에 의한 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다 할 것이다. 그럼에도 불구하고, 이 사건 매입세금계산서에 의하여 그 매입세액이 공제되어야 한다고 판단한 원심판결에는 사실과 다른 세금계산서에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【참조조문】 [1] 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 【참조판례】 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결, 대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두5853 판결