조세법령이 전문개정인 경우 부칙에서 규정한 면세 경과규정도 실효됨

【판시사항】 [1] 법령이 전문 개정된 경우, 전문 개정 전 부칙 규정도 소멸하는지 여부(적극) [2] 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우, 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하기 위한 요건 [3] 전문 개정된 조세특례제한법령이 시행된 1999. 1. 1. 이후에 양도된 농지의 경우, 자경농지에 대한 양도소득세의 면제에 관하여 종전의 통작거리규정이 적용되지 않는다고 한 사례 [4] 구 조세감면규제법시행령 제54조 제2항, 구 조세특례제한법시행령 제66조 제4항 이 헌법상 평등권을 침해하거나 국세기본법에 규정된 조세평등주의 또는 신뢰보호의 원칙에 위반되어 무효인지 여부(소극) 【주문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다. 【이유】

1. 상고이유 제1점에 대하여

• 가. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호는 "대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자"가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고, 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호는 위 "농지소재지에 거주하는 거주자"의 하나로서 '농지로부터 농지임대차관리법시행령 제23조 제2항 제2호 에 규정된 거리(20㎞)이내에 있는 지역'에 8년 이상 거주하면서 경작한 거주자를 규정하고 있었는데(이하 '통작거리규정'이라 한다), 그 후 위 조세감면규제법시행령이 1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되면서 개정 전의 제54조 제2항 제3호의 통작거리규정을 삭제하고, 부칙 제10조 제3항에서 "이 영 시행당시 종전의 제54조 제2항의 규정에 해당하는 거주자가 개정규정에 의한 요건에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 개정규정에 불구하고 종전의 해당규정에 의한다."는 경과규정(이하 '면세 경과규정'이라 한다)을 두었다가, 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호 와 1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법시행령 제66조 제4항 은 전문 개정 전의 구 조세감면규제법령의 면제규정을 그대로 이어받았으나, 부칙에서 통작거리규정과 관련하여서는 아무런 경과규정을 두지 아니하고, 다만 조세특례제한법 부칙 제9조 제2항에서 "이 법 시행일전에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면할 국세 및 지방세에 관하여는 종전의 규정에 의한다."는 일반적 경과규정을 두었으며, 위와 같이 전문 개정된 조세특례제한법령의 규정은 1999. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용된다.
• 나. 이와 같이 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 하는 것이고(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 참조), 한편 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 위 조세특례제한법 부칙 제9조 제2항과 같은 경과규정을 근거로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 고 할 것이므로(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 참조), 전문 개정된 조세특례제한법령이 시행된 1999. 1. 1. 이후에 양도된 농지에 관하여는, '면세 경과규정'은 위 전문 개정으로 인하여 실효되었고 또한 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 조세를 면제한다는 취지로 규정되어 있지도 아니하므로 종전의 통작거리규정은 적용되지 않는다고 할 것이며, 이는 양도의 원인이 토지수용인 경우라도 마찬가지라고 할 것이다. 같은 취지의 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법령개정시 경과규정의 해석에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여 조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것이므로(대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 참조), 1995. 12. 30. 개정된 조세감면규제법시행령 제54조 제2항 이나 1998. 12. 31. 전문 개정된 조세특례제한법시행령 제66조 제4항 이 법의 위임에 따라 " 농지소재지에 거주하는 거주자" 에 관하여 규정하면서, 종래의 통작거리규정을 삭제하고 행정구역만으로 농지소재지 거주 여부를 판단하도록 하였다고 하여도 그러한 사정만으로 위 시행령이 헌법상 평등권을 침해하거나 국세기본법에 규정된 조세평등주의 또는 신뢰보호의 원칙에 위반되어 무효라고 할 수는 없을 것이다. 같은 취지의 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 시행령의 무효 여부에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 원고가 부담하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다. 【참조조문】 [1] 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호 (현행 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호 참조) 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호 (현행 삭제) 부칙(1995. 12. 30.) 제10조 제3항, 구 조세특례제한법(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제1호, 부칙(1998. 12. 28.) 제9조 제2항, 구 조세특례제한법시행령(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 / [2] 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호 (현행 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호 참조) 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호 (현행 삭제) 부칙(1995. 12. 30.) 제10조 제3항, 구 조세특례제한법(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제1호, 부칙(1998. 12. 28.) 제9조 제2항, 구 조세특례제한법시행령(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 / [3] 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호 (현행 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호 참조) 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 제3호 (현행 삭제) 부칙(1995. 12. 30.) 제10조 제3항, 구 조세특례제한법(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제1호, 부칙(1998. 12. 28.) 제9조 제2항, 구 조세특례제한법시행령(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 / [4] 헌법 제11조, 국세기본법 제15조, 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것) 제55조 제1항 제1호 (현행 조세특례제한법 제69조 제1항 제1호 참조) 구 조세감면규제법시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제54조 제2항 (현행 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 참조) 구 조세특례제한법시행령(1999. 3. 12. 대통령령 제16184호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 【참조판례】 [1][2][3] 대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두12929 판결 /[1] 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결(공2002하, 2091), 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결(공2004하, 1249) /[2] 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결(공2001하, 1523) /[4] 대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결(공2001하, 1526)