가공매입세금계산서 발행자에게 지급한 부가가치세 등의 소득처분

청구인이 이 건 이의신청에서 청구한 세액 중 근로소득세 324,082,450원은 불복청구의 대상이 된 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않은 자의 불복(당사자 부적격)에 해당하므로 “각하” 하고, 나머지 종합소득세 32,212,570원에 대한 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 “기각” 합니다.

처분청은 2004. 8. 3. 부터 2004. 8.13. 까지 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 ○○정밀(주)[대표이사: 서○○(청구인)](이하 “청구외법인” 이라 한다)에 대한 세무조사를 실시하여 청구외법인의 가공매입 사실을 확인하고 가공매입으로 인하여 손금부인 된 금액 973,426,706원(2001년 귀속 246,024,330원, 2002년 귀속 393, 011,546원, 2003년 귀속 334,390,830원)(이하 “쟁점가공매입금액” 이라 한다)에 대하여 대표이사(청구인)에게 상여처분하고 2004.10. 1. 청구외법인에게 소득금액변동통지 하였다. 이에 청구외법인은 2004.11.10. 근로소득에 대한 원천징수이행상황 수정신고서를 제출하고 근로소득세 323,874,570원(2001년 귀속 85,409,730원, 2002년 귀속 12 9,784,150원, 2003년 귀속 108,680,690원)을 추가 자진납부 하였으며, 청구인은 2004.11.30. 종합소득세 수정신고서를 제출하고 종합소득세 32,212,570원(2001년 귀속 12,275,800원, 2002년 귀속 9,899,290원, 2003년 10,037,480원)을 추가 자진납부 하였다. 그 후 청구외법인은 처분청의 소득금액변동통지 전에 쟁점가공매입금액을 전액 사내로 회수하였으므로 처분청이 당초 상여처분 한 것은 부당하다고 주장하면서 2004.12.27. 과다 수정신고 납부한 근로소득세에 대하여 경정청구서(청구금액: 20 01년 귀속 85,409,730원, 2002년 귀속 129,992,030원, 2003년 귀속 108,680,690원, 합계 324,082,450원)를 제출하였고, 같은 날 청구인은 과다 수정신고 납부한 종합소득세에 대하여 경정청구서(청구금액: 2001년 귀속 12,275,800원, 2002년 귀속 9,899,290원, 2003년 귀속 10,037,480원, 합계 32,212,570원)를 제출하였다. 이에 대하여 처분청은 청구외법인에게는 2005. 1.18. 당초 상여처분의 정당함을 이유로 근로소득세의 경정불가 통지를 하였고, 청구인에게는 2005. 2.15. 종합소득세 경정불가 통지를 하였다. 이에 청구인은 2005. 5. 13. 이 건 이의 신청서를 제출하면서 청구인의 종합소득세 32,212,570원 및 청구외법인의 근로소득세 324,082,450원에 대하여 경정(환급)하여 줄 것을 요구하였다.

법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 소득처분은 실질과세 원칙이나 응능부담원칙에 비추어 그 금액의 귀속자를 명확히 판정하여 사실상 경제가치의 수혜자인 당해 소득의 귀속자에게 소득처분 하여야 하고, 인정상여 처분이 있기 위해서는 그 절대적 전제로서 당해 금액이 사외로 유출되어야 하나, 청구인이 쟁점가공매입금액 전액(2004.

11. 428,291,600원, 2004. 8.19. 270,428,400원과 369,160,000원, 합계 1,067,880,000원)을 청구외법인의 ○○통장계좌로 입금한 바와 같이 청구외법인은 처분청이 쟁점가공매입금액에 대한 소득금액변동통지를 한 2004.10. 1. 이전에 사외유출 된 금액을 전액 회수하여 사외유출 된 금액이 없고, 법인세법 시행령 제106조 제4항 (법조문 내용: 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.)은 2000.

12.

29. 신설된 조문이나 2003.12.

30. 삭제되었다가 2005. 2.19. 다시 신설된 조항으로서 본 건 소득금액변동통지 처분이 있은 2004.10.

법인세법 시행령에 없는 조항이었던 바, 이를 근거로 한 당초의 상여처분은 부당하다. (쟁점1) 처분청이 2004.10. 1. 청구외법인에게 통지한 쟁점가공매입금액에 대한 소득금액변동통지금액 973,426,706원 중에는 가공매입세금계산서 발행자에게 지불한 부가가치세 97,080,000원과 직접세 비용 명목으로 지불한 수수료 24,449,950원, 합계 121,529,950원(이하 “쟁점가공매입경비” 라 한다)이 포함되어 있는 바, 이 금액은 사외로 유출된 것이 확실하고 그 귀속자 또한 분명하므로 상여처분 금액에서 제외되어야 한다. (쟁점2, 예비적 주장)

구 법인세법 시행령 제106조 제4항 이 2003.12.30. 삭제되었으나 동 조항의 적용 시기는 2004. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하는 것으로서 본 건의 경우 2001사업연도, 2002사업연도, 2003사업연도 분에 대한 소득처분이므로 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 의 규정을 적용 받는 것이며, 동 조항의 규정에 따라 세무조사 착수한 후 사외유출 된 금액을 회수한 경우로서 상여처분 한 당초 처분 정당하다. 청구인은 쟁점가공매입금액에 대한 소득금액변동통지금액 중에 가공매입세금계산서 발행자에게 지불한 쟁점가공매입경비가 포함되었다고 주장하나, 청구인의 주장내용을 입증할 수 있는 관련증빙서류를 제시하지 못하므로 청구주장 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 세무조사 착수 후 사외유출 된 가공매입금액을 사내로 회수한 경우의 소득처분이 상여인지, 유보인지 여부(쟁점1)와 가공매입세금계산서 발행자에게 지급한 부가가치세 및 수수료를 상여처분금액에서 제외할 수 있는지 여부(쟁점2)를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당․이익처분에 의한 상여․기타소득․기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

② ~③ 항 생략

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000.12.29. 신설, 2003.12.30. 삭제, 2005. 2.19. 다시 신설) ※ ④항 적용 시기에 대한 부칙 규정내용 2003.12.30. 삭제 조항 적용 시기 → 2004. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용, 2005. 2.19. 신설 조항 적용 시기 → 2005. 2.19. 이후 수정신고 하는 분부터 적용함.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 처분청은 2004. 8. 3. 부터 2004. 8.13. 까지 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 가공매입 사실을 확인하고 가공매입으로 인하여 손금부인 된 금액 973,4 26,706원(2001년 귀속 246,024,330원, 2002년 귀속 393,011,546원, 2003년 귀속 334,390,830원)에 대하여 귀속이 불분명한 것으로 보아 청구인(대표이사)에게 상여처분하고 2004.10. 1. 청구외법인에게 소득금액변동통지 하였음이 세무조사결과통지서 및 소득금액변동통지서에 의하여 확인된다. (나) 이에 청구외법인은 2004.11.10. 근로소득에 대한 원천징수이행상황 수정신고서를 제출하고 근로소득세 323,874,570원(2001년 귀속 85,409,730원, 2002년 귀속 129,784,150원, 2003년 귀속 108,680,690원)을 추가 자진납부 하였으며, 청구인은 2004.11.30. 종합소득세 수정신고를 이행하고 종합소득세 32,212,570원(20 01년 귀속 12,275,800원, 2002년 귀속 9,899,290원, 2003년 10,037,480원)을 추가 자진납부 하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다. (다) 그 후 청구외법인은 쟁점가공매입금액을 처분청의 소득금액변동통지 전에 전액 사내로 회수하였으므로 처분청이 당초 상여처분 한 것은 부당하다고 주장하면서 2004.12.27. 과다 수정신고 납부한 근로소득세에 대하여 경정청구서(청구금액: 2001년 귀속 85,409,730원, 2002년 귀속 129,992,030원, 2003년 귀속 108,680,6 90원, 합계 324,082,450원)를 제출하였고, 같은 날 청구인은 과다 수정신고 납부한 종합소득세에 대하여 경정청구서(청구금액: 2001년 귀속 12,275,800원, 2002년 귀속 9,899,290원, 2003년 귀속 10,037,480원, 합계 32,212, 570원)를 제출하였음이 확인된다. (라) 이에 대하여 처분청은 청구외법인에게 당초 상여처분의 정당함을 이유로 근로소득세의 경정불가 통지를 하여 청구외법인이 2005. 1.18. 수령하였고, 청구인에게는 종합소득세 경정불가 통지를 하여 청구인이 2005. 2.15. 수령하였음이 ‘경정청구에 대한 통지’ 공문 및 특수우편물 우편종적조회 서에 의하여 확인된다. (마) 청구인이 제출한 청구외법인 ○○통장(계좌번호000000-00-0000)의 입금내역 확인한 바 2004. 8.11. 428,291,600원, 2004. 8.19. 270,428,400원 및 369,160,0 00원이 각각 입금 되었으며, 청구외법인 계좌로 입금된 같은 일자에 입금된 금액과 동일한 금액이 청구인의 계좌에서 각각 출금되었음이 청구인이 제출한 입금전표 및 출금전표에 의하여 확인된다. (바) 청구인은 쟁점가공매입금액 중에는 가공매입세금계산서 발행자에게 지급한 부가가치세액 97,080,000원과 직접세 비용 명목으로 지불한 수수료 24,449,950원이 포함되었다고 주장하고 있으나, 이와 관련하여 제출한 관련증빙서류는 없다.

○ 판단 먼저 이 건 본안 심리에 앞서 이의신청요건의 적법성 여부에 대하여 살펴보면, 청구인은 이 건 이의 신청서를 제출하면서 청구인의 종합소득세 32,212,570원 뿐만 아니라 청구외법인의 근로소득세 324,082,450원에 대하여도 경정하여 줄 것을 요구하였는바, 근로소득세 324,082,450원에 대한 청구인의 청구는 위 과세내용에서 살펴본바와 같이 청구외법인의 경정청구에 대하여 처분청이 경정불가통지를 한 건에 대한 청구로서 불복청구의 대상이 된 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않은 자의 불복(당사자 부적격)에 해당하므로 국세기본법 제65조 제1항 의 규정에 의한 각하사유로서 심리제외 한다. 다음은 쟁점1에 대하여 살펴본다. 청구인은 가공매입과 관련하여 사외유출 된 금액을 처분청의 소득금액변동통지 이전에 사내로 전액 회수하였고, ‘세무조사 착수 후 사외유출 된 금액을 회수한 경우 상여처분 한다.’ 라고 규정한 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 이 2003.12.30. 삭제되었는바, 동 조항을 적용하여 처분청이 상여처분하고 소득금액변동통지 한 것은 부당하며, 이에 따라 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다고 주장하나, 삭제된 동 조항의 적용 시기에 관한 부칙규정에 의하면, 2003.12.30. 삭제된 규정은 2004. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하는 것으로서 본 건의 경우 2001사업연도, 2002사업연도, 2003사업연도 분에 대한 소득처분이므로 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 의 규정을 적용 받는 것이 타당하고, 동 조항의 규정내용에 따라 본 건 세무조사 착수한 후 사외유출 된 금액을 회수한 경우로서 당시 대표자인 청구인에게 상여처분 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단되며, 이에 따라 청구인의 경정청구에 대하여 경정불가통지를 한 당초 처분 정당한 것으로 판단된다. 다음은 쟁점2에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점가공매입금액에 대한 소득금액변동통지금액 중에는 가공매입세금계산서 발행자에게 지불한 쟁점가공매입경비가 포함되었으므로 쟁점가공매입경비는 상여처분대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액 등의 금액은 부가가치세 등 간접세를 포함한 총액으로 상여처분 하는 것이며, 매출누락액 등의 사실상 귀속자가 별도로 부담한 동 매출누락액 등에 대응하는 비용으로서 부외 처리되어 법인의 손금으로 계상되지 아니하였음이 입증되는 금액에 한하여 사외유출 등으로 처분하는 것인바(법인세법 기본통칙 67-106…11), 청구인은 쟁점가공매입경비를 지급하였다고 주장만 할 뿐 쟁점가공매입경비의 지급사실을 입증할 수 있는 증빙서류를 제시하지 못하므로 청구주장 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 이의신청은 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문(일부각하, 일부기각)과 같이 결정한다.