증빙미비의 경우 양도소득금액 계산의 적정 여부

청구인에 2004.11.10. 부과 처분한 2004년 귀속 양도소득세 193,474,730원은 건물취득가액으로 131,300,000원을 추가로 가산하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 주장은 기각합니다.

청구인이 2002. 5.30. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 448.6㎡를 취득하여 2003. 2. 7. 그 지상에 여관건물 1,703.19㎡(이하 “쟁점건물” 이라 함)을 신축한 후 ○○모텔이라는 상호로 여관업을 운영하다가 2003. 8.20. 양도하면서, 총 양도가액을 18억원으로 하고 토지와 건물가액을 구분하여 양도하였다 하여 2003.10. 31. 토지는 기준시가로 건물은 실지거래가액으로 양도소득세 예정 신고한데 대하여, 처분청에서 ○○지방국세청 정기 감사 시 현지시정 지시(실지거래가액 신고자에 대한 취득 및 양도가액 확인조사)에 의하여 이를 확인한 바, 총양도가액이 20억원으로 확인되고 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다 하여 토지는 청구인의 신고대로 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고, 건물은 기준시가로 안분계산한 금액을 실지거래가액으로 보아 2004.11.10. 양도소득세 193,474,730원을 부과 처분하였다.

쟁점건물은 청구인이 모텔업에 대한 경험부족 등으로 인하여 지인에게 양도하면서 토지가액은 몇몇 공인중개사에 문의하여 적정가액인 평당 3,850,000원으로 하여 5 22,445,000원으로 정하고, 건물가액은 청구인이 신축한 건물이므로 실지 신축에 소요된 비용과 모텔 비품가액 등을 포함하여 청구인이 신축한 건물이므로 실지 신축에 소요된 비용과 모텔 비품가액 등을 포함하여 총양도가액을 18억원으로 하였는데, 처분청에서 양수자로부터 총양도대금을 20억원이라고 확인하였다는 것은 양수자가 양도대금을 잔금청산일까지 모두 지급하지 않고 소유권이전등기함으로써 그에 대한 지체상금으로 볼 수 있는 이자성격의 2억원(현재까지 1억원은 미수)을 합하여 이를 양도대금으로 본 결과이므로 실지양도가액을 20억원으로 본 처분은 부당하며, 가사, 실지양도가액을 양수자가 추가부담하기로 한 금액인 2억원을 포함하여 총양도가액을 20억원으로 볼 수밖에 없다면 실지양도가액은 청구인이 신고한 18억원과 비교하여 사실과 다른 것으로 볼 것이 아니라, 매매계약서상 구분 표시된 토지와 건물가액은 인정하되 추가로 양도가액에 포함하여야 한다고 본 2억원에 대해서만 토지와 건물가액의 비율로 안분계산하여 건물부분의 금액에 가산하는 것이 타당하다 할 것인데, 총양도가액이 청구인이 신고한 가액과 다르다는 사정만으로 사실상 구분하여 양도한 토지와 건물가액까지 불분명한 것으로 본 것이 부당하다는 주장이고, 건물 취득가액을 산정함에 있어서도 쟁점건물은 신축한 관계로 공사비용으로 지출한 금액에 대한 영수증과 확인서 등을 첨부하였음에도 세금계산서를 교부받지 아니하였다는 점과 청구인의 예금계좌에서 지급사실이 확인되지 않는다는 사정 등으로 이를 부인하는 것은 부당하다는 주장이다.

쟁점건물의 총양도가액에 대하여 양수자로부터 확인한 바에 의하면, 토지와 건물가액을 별도 구분 없이 20억원에 양수하면서 청구인이 쟁점건물을 담보하여 대출받은 1,450,000,000원을 인수하는 조건으로 나머지 550,000,000원에 대하여 2003. 8.18. 까지 450,000,000원을 지급하고 잔액 1억원은 미지급상태에 있다고 확인한 사실이 있으므로, 청구인이 양도대금의 지연지급으로 인한 이자성격으로 보아야 한다는 2억원은 사실과 다를 뿐만 아니라 청구인이 제출한 양도가액 18억원으로 표시된 매매계약서는 매매거래 후 청구인이 양수인에게 협조를 구하여 별도로 작성된 것이라고 양수자가 확인하고 있어 실지 양도가액을 18억원으로 볼 수 없고, 건물 취득가액에 관한 신축공사비용에 대해서는 이미 설비공사대금으로 인정한 부분과 중복되고 또는 실질적인 거래당사자인지 여부와, 동 금액이 사실상 공사비용으로 투입된 것인지 여부도 확인되지 않는 등 객관적으로 신축비용이라고 여길 수 있는 증빙으로 볼 수 없으므로 당초 처분이 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 실지양도가액이 얼마인지 여부(쟁점①)와 토지와 건물가액을 구분하여 양도하였는지 여부(쟁점②) 및 건물 취득가액의 산정이 정당한지 여부(쟁점③)를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제100조 제1항에서 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다고 규정하고, 제2항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하고 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

○ 소득세법 제97조 제1항 제1호에서 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제하는 필요경비는 토지 및 건물의 경우 취득가액은 취득 당시의 기준시가로 하고 다만, 당해 자산이 소득세법 제1항 각호의 1(실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 경우)의 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 한다고 규정하고, 제4항에서는 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 청구인은 이 건 불복청구 시 쟁점건물의 토지가액을 522,445,000원으로 하고 건물가액, 구축물 및 집기비품의 가액을 각각 구분한 총양도가액을 18억원으로 한 매매계약서를 제출하였고, 양수자인 주○○의 확인서도 제출하였는데 위 매매계약서 이외 다른 계약서를 작성한 사실은 없으며 위 매매계약서상 표시금액 이외 2억원을 추가 지급하기로 하였으나 2004.11.20. 현재 1억원은 미지급상태에 있다고 확인하고 있고, 토지가액에 대하여 인근 공인중개사로부터 양도 당시 쟁점건물의 토지가액을 평당 360만원 및 370만원 등으로 자문하였다는 확인서와 쟁점건물의 토지 및 인근토지에 대한 감정가액 및 감정평가서를 제출하고 있는 바,. 쟁점건물의 토지와 관련하여 2003. 2.24. 평가한 800,000원/㎡, 2003. 8. 4. 평가한 975,000/㎡과, 인근토지인 ○○동 ○○번지를 2003. 9.18. 평가한 1,050,000원/㎡, ○○동 ○○번지를 2003. 7.31. 평가한 1,100,000원/㎡ 등의 가액을 제시하면서 쟁점건물의 토지에 대하여 청구인이 양수자와 양도당시 합의한 3,850,000원/평은 당시 시세로 보아 적정한 가액이라고 주장하고 있는 반면, 처분청에서는 양수인이 주○○로부터 토지와 건물가액의 구분 없이 총양도가액을 20억원으로 하여 대금지급은 청구인이 당초 대출받은 1,450,000,000원을 주○○가 인수하는 조건으로, 나머지 550,000,000원에 대하여 계약금 60,000,000원, 중도금 390,000,000원을 2003.8.18 일까지 지급하고 현재까지 1억원은 미지급상태라고 확인한 사실이 있으므로, 쟁점건물의 양도가액은 18억원이 아니라 20억원이고 토지와 건물가액 또한 구분하여 양도한 사실이 확인되지 아니한다는 의견과 함께 관련 확인서 등을 제시하고 있다. 그리고, 청구인은 불복청구서를 제출하면서 실질적으로는 신고 당시 제출하였던 공사비용보다 많은 206,960,500원이 소요되었다고 주장하며 거래자의 사실 확인서 등을 첨부하여 다음과 같은 내용으로 제출하였고 처분청에서는 이에 대해서도 사실상 건축비용으로 소요되었는지 여부가 불분명하다 하여 이를 부인하였다. 공 사 명 거래일자 거래처 금 액 증빙서류 등 1차시공

2002. 8.13. 윤○○ 48,000,000 각서,영수증 실내가구 2002.11.13. 이○○ 30,000,000 거래사실 확인서 설비공사

2003. 2.28. 장○○ 19,000,000 거래사실 확인서 내부목공사

2003. 2.28. 김○○ 47,000,000 거래사실 확인서 간판공사

2003. 2.28. 최○○ 20,000,000 거래사실 확인서 전기배선

2003. 1.10. 임○○ 16,000,000 거래사실 확인서 담장공사

2003. 2.28. 이○○ 5,800,000 거래사실 확인서 잡철공사

2003. 2.28. 편○○ 4,500,000 거래사실 확인서 초명취부착

2003. 2.28. 김○○ 4,500,000 거래사실 확인서 실내장식

2003. 2.28. 징○○ 3,500,000 거래사실 확인서 법무사수수료

2003. 2.28. 장○○ 6,200,500 청구영수증 법무사수수료 2002.10.24. 최○○ 1,760,000 청구영수증 방염검사비

2003. 4.15.

○○소방 700,000 입금표 합 계 206,960,500

○ 판단 쟁점① 및 ②에 대하여 살펴보면, 청구인은 이 건 이의 신청서를 제출하면서 토지와 건물가액을 구분하여 양도하였고 총양도가액도 18억원인데 잔금을 모두 받지 못한 상태에서 소유권이전등기를 해주는 과정에 지체상금에 해당하는 이자성격으로 2억원을 추가로 받기로 하였다고 주장하고 있는데, 매매대금의 지급내용을 보면 양수자에게 승계시킨 대출금(○○은행 ○○기업영업센타) 1,450,000,000원과 2003. 8. 5.계약금 60,000,000원, 계약일 이후 2003. 8.18. 까지 중도금 390,000,000원 합계 1,900,000,000원을 소유권 이전등기일인 2003. 8.20. 이전에 수령(대출금 포함)하였음에도 차액 2억원을 지체상금으로 볼 수 있는 이자성격의 금액이라고 보기에는 신빙성이 떨어지고, 토지와 건물가액을 구분하여 양도하였다는 주장도 처분청에서 이를 조사 할 당시 청구인과 양수인의 진술이 모두 이를 구분하지 않았다고 진술한 점 등을 고려할 때 청구인의 주장은 사실과 다르다고 판단된다. 쟁점③에 대하여 살펴보면, 양도소득세 신고 시 건물양도가액을 1,078,486,020원으로 하고 취득가액을 신축공사비 1,033,647,000원, 필요경비 44,839,000원으로 하여 양도차익은 영(0)으로 신고하였는데, 처분청에서 총양도가액을 20억원으로 확정하고 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다 하여 총양도가액 중 여관비품등의 가액을 제외한 금액을 기준으로 안분계산하여 건물의 실지양도가액을 1,429,477, 707원으로 산정한 후, 위 사실관계에서 보는 바와 같이 청구인의 예금계좌에서 지급된 사실이 확인되는 금액 894,407,254원을 취득가액으로 하고 등록세 및 취득세 65,322,263원을 필요경비로 산입하여 양도차익을 469,748,190원으로 산정하였다. 이에 대하여, 청구인은 신축공사비용으로 건물의 취득가액에 포함할 금액은 당초 조사 시 부인한 금액 139,239,746원 보다 더 많은 금액이 지출되었다고 주장하면서 206,960,500원에 해당하는 공사별 금액과 실지 시공자들의 확인서 등을 제출하였고, 처분청에서 청구인이 제출한 서류를 검토한 후 실지 시공하였다는 거래자는 사업자가 아닌 일반인이고 서래사실 또한 실지 공사금액으로 지급되었는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니한다 하여 이를 모두 부인하였다. 살피건대, 청구인이 당초 양도소득세 신고 시 신축비용으로 제출하였던 공사별 금액 1,033, 647,000원 중 처분청에서 조사당시 부인한 금액 139,239,746원 보다 더 많은 206,960,500원이 사실상 신축비용으로 소요되었다고 불복청구 시 주장하고 있는데, 이에 대하여는 청구인의 주장과 같이 현실적으로 건축공사 및 일반 건설공사에 있어서 소요된 비용에 대하여는 모두 세금계산서를 교부받았거나 예금통장 등을 통한 금융거래 추적에 의하여 반드시 확인되는 거래만 존재하는 것은 아니라 할 것이나, 적어도 거래의 형태 및 관행 등을 고려하여 객관적으로 정당한 거래라고 인식되어지는 정도의 거래형태를 갖춘 경우라면 이를 입증하는 증빙이 다소 미흡하다 하더라도 사실상의 거래로 보는 것이 타당하다고 여겨지는 바, 청구인의 경우는 양도소득세 신고 당시 제출하였다가 처분청으로부터 인정받지 못한 공사금액과 불복청구 시 건물취득가액에 추가로 인정하여야 한다고 주장하는 공사비용과는 다소 다른 면이 있어 신빙성이 떨어진다고도 여겨지나, 불복청구 시 제출한 확인서상의 시공자라고 확인한 자가 인감증명을 첨부하여 공사별 내역 및 시공사실을 인정하고 있음을 볼 때 이들이 쟁점건물의 신축공사에 전혀 관여하지 않았다고는 보이지 않고, 이러한 점은 공사별 내용이 처분청에서 인정하였던 건축공사 수급자인 ○○종합건설(주)의 공사별 내용과 다른 부문의 시공이고 공사금액 또한 소액으로서 기초공사 내지 구조물공사가 완공된 후 별도로 시공하여야 할 부문의 공사이며, 처분청에서도 이들이 사업자등록을 하지 않은 일반인이고 구체적인 공사개요와 공사대금 지급사실이 객관적으로 확인되지 않는다는 사정만으로 이를 부인하였던 점 등을 감안하면 청구인이 이 건 서류들을 임의로 작성하였다고 볼 수는 없다고 판단된다. 그런데, 청구인이 추가로 건물취득가액에 포함하여야 한다고 주장하는 공사 금액 206,960,500원 중에서 윤○○이 시공하였다는 1차 시공 공사금 48,000,000원은 윤○○이 제출한 각서 등을 보아 실지 시공하였는지 여부가 확인되지 아니하고, 장○○가 시공하였다는 설비목공사 19,000,000원은 처분청에서 확인한 바와 같이 기 세금계산서가 교부되었고 이미 신축비용으로 인정한 금액과 중복된 것이며 법무수수료 7,960,500원(근저당설정 수수료) 및 방염검사료 700,000원 합계 75,660,500원은 건물의 취득원가로 볼 수는 없는 것이나, 이들 금액을 제외한 금액 131,300,000원은 공사별 내용 등 그 정황으로 보아 쟁점건물의 신축공사비용으로 직접 지급되었다고 보는 것이 타당하다고 판단되고, 또한 당해 시공자들이 비록 사업자등록을 하지 아니한 일반인에 불과하여 세금계산서 또는 영수증 등을 교부하지는 않았으나 인감증명을 첨부하여 시공 사실을 확인하고 있으므로, 이들에 대한 부가가치세 과세여부 등은 별론 으로 하더라도 이는 쟁점건물의 신축과 관련한 공사비용으로 보아 건물의 취득가액에 가산하는 것이 타당하다고 판단된다.

청구인의 주장은 일부 이유 있다 할 것이므로 국세기본법 제66조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문(기각)과 같이 결정한다.