쟁점노무비를 손금으로 인정할 수 있는지 여부

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 자료상으로 고발된 ○○건업 박○○으로부터 실물거래 없이 공급가액 2000. 1기 40,000,000원, 2000. 2기 55,633,000원, 2001. 1기 94,050,000원 합계 189,683,000원과 ○○전기공사 강○○으로부터 실물거래 없이 2000. 1기 9,99 8,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 각 과세기간별 부가가치세 신고 시 매입세액 공제하고 각 사업연도별 소득금액 계산 시 손금에 산입하였다. 처분청은 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 수취한 가공매입세금계산서로 확인되어 매입세액 불공제하고 손금불산입하는 한편, 2002. 3. ○○세무서장의 고충처리 시 청구인이 2000. 2기에 (주)○○기획과 ○○산업(주)로부터 실물거래 없이 수취한 각각 공급가액 23,650,000원과 36,500,000원의 매입세금계산서상 매입금액에 상당하는 원재료를 ○○건업 박○○으로부터 실제 매입한 것으로 인정되어 손금으로 인정한 원재료 매입액 60,150,000원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다) 역시 가공매입으로 확인되어 손금불산입하여 2004. 8. 1. 청구인에게 부가가치세 37,63 8,500원(2000. 1기 10,174,590원, 2000. 2기 10,809,490원, 20001. 1기 16,654,4 20원)과 법인세 89,503,450원(2000사업연도 64,202,660원, 2001사업연도 25,300, 790원)을 경정고지 하였다.

청구법인은 일용노무비 지급명세서상 2000년 노무비 153,645,000원 중 71,468,0 00원, 2001년 노무비 225,185,000원 중 64,095,000원 합계 135,563,000원(이하 “쟁점노무비”라 한다)을 장부에 계상하지 않아 당초 법인세 신고 시 손금에 산입하지 않았으므로 이를 손금에 산입하여야 한다는 주장(쟁점1)이고,

○○세무서장이 고충처리 시 ○○건업으로부터 실제 매입한 것으로 인정하여 손금으로 인정받은 쟁점매입금액을 ○○건업이 자료상이라는 이유로 손금 부인한 당초 처분은 신의성실의 원칙에 반하는 처분이므로 이를 취소하여야 한다는 주장(쟁점2)이며, 처분청이 쟁점매입세금계산서 상 매입금액과 쟁점매입금액을 손금불산입하여 경정한 소득률이 2000년 48.3%, 2001년 25%로 표준소득률 7.9%의 6.1배와 3.1배에 달하고, ○○공사 발주 ○○S/S운휴설비철거공사의 경우와 같이 실지노무비는 125,659,000원이나 장부에 계상된 2001. 8. ～ 2001.12. 노무비는 43,940,000원으로 과소 계상되어 있는 등 청구법인이 비치․기장한 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위에 해당하므로 법인세법 제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조에 의거 각 사업연도 소득금액을 추계조사결정 하여야 한다는 주장(쟁점3)이다.

청구법인은 추가로 제출한 노무비 지급명세서상의 노무비를 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 추가 제출한 노무비 지급명세서는 당초 확인조사 시 제출되지 않은 서류로 노무비 수령자의 인장이 날인된 원시대장이 아닌 전산출력물로 진위여부가 확인되지 않는 등 신빙성이 없으므로 쟁점노무비를 손금으로 인정할 수 없다. 청구법인은 쟁점노무비를 손금으로 인정하지 않는 경우 각 사업연도 소득금액을 추계조사결정 하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 당초 법인세 신고 시 청구법인이 비치․기장한 장부와 증빙자료를 근거로 하여 세무대리인의 세무조정을 거쳐 소득금액을 계산하였고, 가공매입에 대응하는 다른 원가에 대한 정확한 증빙의 제시가 없이 실지조사결정이 추계조사결정 보다 불리하다거나 납세자가 스스로 추계결정을 원한다하여 이를 인정하는 것은 근거과세의 원칙에 반할 뿐만 아니라, 법인세법 제66조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제104조에 규정하고 있는 추계조사결정사유에 해당하지 않으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점노무비를 손금으로 인정할 수 있는지 여부(쟁점1)와 당초 경정 시 손금으로 인정한 쟁점매입금액을 다시 경정하여 손금 부인한 처분이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부(쟁점2) 및 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 추계조사 결정할 수 있는지 여부(쟁점3)를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손금의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

○ 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 (가) 청구법인은 2000사업연도 및 2001사업연도 법인세를 청구법인이 비치․기장한 장부 및 기타 증빙자료를 근거로 하여 세무대리인의 세무조정을 거쳐 신고․납부하였음이 국세통합시스템에 의해 확인된다. (나) 청구법인이 이 건 이의신청 시 제출한 2000년, 2001년 일용노무비 지급명세서를 살펴보면 아래와 같다. ※ 일용노무비 지급명세서 요약표 (금액단위: 천원) 구 분 계 2000년 2001년 인원 금액 인원 금액 인원 금액 총지급노무비① 375,775 158,260 217,515 오류 자료 과연도분(1999) 12 21,060 12 21,060 사 업 자 10 21,105 2 14,885 8 6,220 주민번호오류 36 43,135 13 20,410 23 22,725 이 중 계 상 3 21,840 3 21,840 주민번호미기재 33 61,750 25 54,405 6 7,345 소 계② 94 168,890 52 110,760 40 58,130 오류비율(②/①) 44.9% 70.0% 26.7% 김○○ 외 11인에 대한 노무비 21,060,000원이 과연도인 1999년에 지급한 노무비로 확인되고, 김○○ 외 9인이 근로용역을 제공한 근무기간에 사업자등록이 되어 있는 사업자로 확인되고, 쟁점노무비 지급대장상 일용근로자 중 권○○ 외 35명에 대한 주민등록번호가 미등록 주민등록번호로 확인되고, 강○○ 외 32명의 주민등록번호가 기재되어 있지 않다. (다) 청구법인이 이 건 이의신청 시 제출한 노무비 지급명세서는 원시 노무비 지급대장이 아닌 전산 출력물로 노무비 수령자의 인장이 날인되어 있지 않고, 노무비 지급사실을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 않아 쟁점노무비를 실제 지급하였는지 여부가 불분명하다. (라) ○○세무서장은 당초 청구법인이 2000. 2기에 ○○기획과 ○○산업(주)로부터 수취한 각각 공급가액 23,650,000원과 36,500,000원의 세금계산서가 가공매입세금계산서로 확인되어 매입세액 불공제하고 쟁점매입금액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 경정고지 하였다가, 2002. 3.에 청구법인의 고충민원 처리 시 거래처의 거래사실 확인서, 공사현장별 자재수불현황 및 거래처 외상매입금에 대한 근저당권 등에 의해 쟁점매입금액에 상당하는 원재료를 ○○건업 박○○으로부터 실제 매입한 것으로 확인되어 매입원가를 손금으로 인정하여 당초 경정 고지한 법인세를 재경정하여 감액하였음이 확인된다. (마) 처분청은 자료상으로 고발된 ○○건업 박○○과 ○○전기상사 강○○으로부터 실물거래 없이 공급가액 2000. 1기 40,000,000원, 2000. 2기 55,633,000원, 200 1. 1기 94,050,000원 합계 189,683,000원과 2000. 1기 9,998,000원의 매입세금계산서가 가공매입세금계산서로 확인되어 매입세액 불공제하고 손금불산입하는 한편, ○○세무서장이 2002. 3. 청구법인의 고충민원 처리 시 손금으로 인정하였던 쟁점매입금액 역시 가공매입으로 확인되어 손금불산입하여 각 과세기간 부가가치세 및 각 사업연도 법인세를 경정하였음이 확인된다. (바) 청구법인의 2000사업연도 및 2001사업연도 법인세 신고내용 및 처분청의 경정내용을 살펴보면 아래와 같다. (금액단위: 천원) 구 분 2000사업연도 2001사업연도 신고(a) 경정(b) 차액(b-a) 신고(d) 경정(e) 차액(e-d) 총수입금액ⓐ 362,181 362,181 0 420,638 420,638 소득조정 익금산입 25 182,384 182,359 101 103,556 103,455 손금산입 16,578 16,578 9,405 9,405 소득금액ⓑ 9,119 174,900 165,781 10,938 104,988 94,050 소득률(ⓑ/ⓐ) 2.5% 48.3% 2.6% 24.9%

○ 판단 먼저, 쟁점1에 대하여 살펴보면, 장부에 계상하지 않아 당초 신고 시 손금에 산입하지 않은 부외경비는 동 비용의 신고누락사실에 관하여는 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의하여 비용의 존재와 비용금액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도 비용은 없다고 할 수 있을 것이다(같은 뜻 대법2002두12601, 2003. 2.28.). 청구법인은 쟁점노무비를 장부에 계상하지 않아 당초 법인세 신고 시 손금에 산입하지 않았으므로 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하면서 일용노무비 지급명세서를 제출하였으나, 청구법인이 이건 이의신청 시 제출한 일용노무비 지급명세서는 원시 노무비지급대장이 아닌 전산출력물로 노무비 수령자의 인장이 날인되어 있지 않고, 동 명세서상 과연도 지급노무비 및 사업자로 확인되는 일용근로자에 대한 노무비 등 오류자료비율이 2000년 70.0%, 2001년 26.7%에 달하는 점, 노무비 지급사실을 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 않아 지급여부가 불분명한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점노무비를 실제 발생하여 지급한 부외경비로 볼 수 없다할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다음으로, 쟁점2에 대하여 살펴보면, 청구법인은 당초 경정 시 손금으로 인정하였던 쟁점매입금액을 거래처가 자료상이라는 이유만으로 손금불산입한 재경정처분은 신의성실의 원칙에 반하므로 취소하여야 한다고 주장하나, 법인세법 제66조 제4항 에서 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.”고 규정하고 있고, 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다할 것이다(같은 뜻 대법2003두11100, 2004. 3.11.).

○○세무서장이 쟁점매입금액을 손금으로 인정한 당초 처분은 청구법인의 허위주장에 따른 것으로서 ○○세무서장이 사실관계에 대한 조사를 소홀히 한 잘못은 있다할 것이나, 당초 처분 시 ○○세무서장이 사실관계를 오인하게 된 귀책사유가 청구법인의 허위주장에 있고, 청구법인이 당초 처분이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 그 귀책사유가 있다할 것이므로 이 건의 경우 신의성실의 원칙이 적용될 수 없는 바 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다. 셋째, 쟁점3에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이 건의 경우 청구법인이 비치․기장한 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하므로 각 사업연도 소득금액을 추계조사결정 하여야 한다고 주장하나, 각 사업연도 소득금액을 납세자 스스로 작성하고 외부조정을 거쳐 신고한 장부에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계과세는 납세자의 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 달리 과세관청이 과세권을 행사하기 곤란한 경우에 사용하는 예외적인 방법이라 할 것인 바, 청구법인처럼 장부 및 증빙자료를 근거로 법인세를 신고한 자가 원가의 일부를 손금불산입하여 과세한 처분이 표준소득률보다 높게 과세되었다 하여 추계로 소득금액을 결정할 경우, 실지조사방법으로 신고한 후 납세자에게 불리한 상황이 발생하면 추계결정 요구하게 되는 것으로서 이는 국세기본법 제15조 에 의한 신의․성실의 원칙에도 부합하지 않게 되는 것(같은 뜻 국심2004구1104, 2004. 7. 8.)일 뿐만 아니라, 이 건의 경우와 같이 비치․기장한 장부나 증빙서류 중 일부 허위로 기재된 부분이 포함되어 있다고 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분이 사실에 부합하여 이를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 소득금액을 실지조사의 방법에 의하여 결정하여야 하는 바, 단순히 비치․기장한 장부를 근거로 실지 조사한 결정소득금액이 추계소득금액보다 많다하여 소득금액을 추계 결정할 수 없다할 것이므로 청구주장은 타당하지 않다고 판단된다.

이 건 이의신청은 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문(기각)과 같이 결정한다.