정부출연금에 대한 익금산입시기 등

처분청이 2002. 1. 2. 신청인에게 한 1997~2000사업연도에 대한 법인세 등 과세처분은, ① 공업기반기술개발사업과 관련하여 익금산입한 정부출연금 1997년 184, 800,000원, 1998년 180,100,000원, 1999년 216,880,000원은, 공업발전시행령 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 언제인지를 재조사하여 그 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고, 산업기반기술개발 사업과 관련하여 2000연도에 익금산입한 정부출연금 189,000,000원은, 아직 기술개발 중에 있으므로 이를 익금불산입하며, 정부출연금에 대응하는 손금부분은 필요시 재조사하여 경정결정합니다. ② 대표이사 개인명의의 차입금 100,000,000원에 대한 지급이자 부인액은, 동 차입금이 회사의 운영자금 등으로 사용되었는지 여부를 재조사하여 그 밝혀진 사실에 따라 해당 지급이자의 손금산입여부를 결정합니다.

○○지방국세청장(납세의 고지는 ○○세무서장이 하였으나 세무조사는 ○○지방국세청장이 하였으므로 이하 ○○지방국세청장을 ‘처분청’이라 한다)은 신청인(이하 ‘신청인’ ‘법인’ ‘회사’등으로 부른다)에 대한 1997사업연도부터 2000사업연도까지의 법인세정기조사를 마친 뒤, 2001.12.경 조사결과에 따른 법인세과세표준경정결의서 등을 납세지 관할 ○○세무서장에게 통보 하였고, 이를 통보 받은 ○○세무서장은 통보내용에 따라 2002. 1. 2. 1997사업연도 분 법인세 24,073,870원과 농어촌특별세 3,076,500원, 1999사업연도 분 법인세 210,365,140원과 농어촌특별세 7,630,810원, 2000사업연도 분 법인세 60,834,120원 등 합계 305,980,440원을 부과 ․ 고지하는 이 건 과세처분을 하였다.

① 공업발전법에 의한 정부출연금을 그 교부받은 연도의 익금에 산입한 과세처분은 잘못이다(청구주장 1). 국세청예규(법인 46012-2806, 1996.10.9.)에 의하면, ‘공업발전에 의하여 교부받은 정부출연금의 익금과 손금의 귀속 시기는 기술개발 종료 후 동법시행령 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도’로 보아야 한다. 처분청은 회사가 공업발전법에 의하여 산업기술정책연구소로부터 교부받은 정부출연금 581,780,000원(1997년 184,800,000원, 1998년 180,100,000원, 1999년 216, 880,000원)을 국고보조금으로 보아 이를 받은 각 사업연도의 익금에 산입하여 과세처분을 하였는바 이는 잘못이다. 즉, 회사가 산업발전법(공업발전법이 폐지되면서 산업발전법으로 명칭이 바뀌었다)에 의하여 2000년도에 산업기술평가원으로부터 받은 정부출연금 189,000,000원에 대해서도 처분청은 이를 국고보조금으로 보아 2000사업연도의 익금에 산입하여 과세처분을 하였는데, 2000연도에 받은 정부출연금 역시 관련 기술개발(총 개발기간 2000. 8. 1~2002. 7.31.)이 진행 중에 있으므로 이것도 2000사업연도의 익금에 산입할 것이 아니라 추후 관련 기술개발이 완료되어 관리가 종료되는 때에 익금산입되어야 한다.

② 대표이사 개인명의의 빌린 은행대출금 100,000,000원을 법인과의 자금운용약정에 따라 법인이 직접 사용하고 이자를 부담하였는바, 동 차입금에 대한 지급입자 31,563,823원(1997년 12,000,000원, 1998년 16,000,000원, 1999년 3,563,823원)은 마땅히 손금산입대상임에도 각 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 손금불산입한 것은 잘못이다. 따라서 조사에 의하여 추가고지세액이 발생한 이 건 과세처분 뿐 아니라, 환급액이 발생한 연도(1998사업연도)의 세액까지 모두 바로 잡아 경정되어야 한다.

• 가. 청구주장 1에 대한 의견 국세청예규(법인 46012-2806, 1996.10. 9.)에 의하면, 회사가 받은 정부출연금은 기술개발 완료시점(관리종료시점)에 총익금 및 총손금으로 회계처리 하여야 할 것으로 보이는바, 정부출연금을 국고보조금으로 보아 이를 받은 연도에 익금산입한 과세처분은 잘못이라는 신청주장은 일리 있어 보인다. 하지만, 앞의 국세청예규에 의하면 정부출연금의 사용액은 기술개발이 완료된 시점까지는 손금산입할 수 없음에도 법인이 이를 회사경리의 일부로 처리하면서 개발비상각, 인건비 등으로 손금계상 하였으므로, 정부출연금의 익금부분에 대한 신청주장이 타당하다면 회사가 그와 관련하여 이미 손금 계상한 부분도 관련 손익계상내용을 (재)확인하여 적절히 경정되어야 한다.
• 나. 청구주장 2에 대한 의견 회사는 1997. 4. 1. 대표이사차입금 150,000,000원을 계상한 뒤 이 중 차입금 100,000,000원에 대한 지급이자만 부담하였는바 이는 납득하기 어렵고, 가계자금의 대출목적은 개인의 주택자금구입 등 가계에 필요한 자금의 지원에 있는 것이지 법인의 운영자금 지원에 있는 것이 아닌바, 동 차입금에 대한 지급이자는 대표이사 개인이 사적으로 사용할 목적으로 차입한 가계자금 대출금에 대한 지급이자에 해당하므로, 이른 손금불산입한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

① 회사가 산업기술평가원 등으로부터 출연 받은 정부출연금에 대한 익금산입시기가 언제인지 여부 및 그에 대응하는 손금산입액의 적정여부

② 대표이사 개인명의의 차입금을 회사의 운영자금에 사용하였는지를 밝혀 관련 지급이자가 손금산입대상인지를 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

○ 청구주장 1 관련 공업발전법(1996.12.30. 개정된 법률 제5214호) 제13조 제1항은,󰡒통상산업부장관은 공업기반기술개발계획을 효율적으로 추진하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각 호의 1에 해당하는 기관 ․ 단체 ․ 사업자등(이하 ‘주관기관’이라 한다)으로 하여금 공업발전에 필요한 기술개발사업(괄호생략)을 실시하게 할 수 있다.

1. 국 ․ 공립연구기관

2. 특정연구기관육성법의 적용을 받은 특정연구기관

3. 내지 4. 생략

5. 공업 및 에너지기술기반조성에 관한법률 제15조의 규정에 의한 생산기술 연구원 및 동법 제18조의 규정에 의한 민간생산기술연구소

6. 내지 9. 생략󰡓 같은 법 제13조 제2항은, “통상산업부장관은 주관기관이 공업기반기술개발사업을 실시하는데 소요되는 비용에 충당되는 자금을 출연할 수 있다.” 공업발전시행령(1996. 3.11. 개정된 대통령령 제14939호) 제11조 는, “법 제13조 제2항의 규정에 의한 통상산업부장관의 출연금 및 제9조 제1항의 규정에 의한 출연금을 지급받은 개발사업주관기관은 이를 별도의 계정을 설정하여 관리하여야 한다(* 공업발전법시행령을 이어받은 산업발전법시행령은 제24조에서 공업발전법시행령 제11조 와 같은 내용을 규정하고 있다).” 국세청예규(법인 46012-2806, 1996.10. 9. 법인 46012-1905, 1994. 7. 2.) 는, “사내기술연구소를 설치하고 있는 법인이 공업발전법 제13조 의 규정에 의거 공업기반기술개발사업을 위한 정부출연금을 교부받아 개발 사업에 사용한 경우 동 출연금의 운영에 따른 총익금과 총손금은 기술개발 종료 후 같은법시행령 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도의 확정된 금액으로 하는 것이며, 동 법인이 기술개발사업에 사용한 금액은 연구개발비로 보아 법인세법시행령 제38조 제2항 제4호 의 규정에 따라 처리하는 것”이다. 법인세법(198.12.28. 개정된 법률 제5581호) 제40조 는, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 하고 있다.

○ 청구주장 2 관련 국세기본법 제14조 제2항 은, “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 ․ 수익 ․ 재산 ․ 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.” 국세청예규(법인 46012-3836, 1998.12. 9.) 는, “법인이 대표이사 개인의 부동산을 담보로 대표이사 명의로 대출받은 차입금을 당해 법인이 사용하였음이 명백히 확인되는 경우 당해 지급이자는 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입 한다”고 하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계 신청인이 증거로 제출한 ‘산업기반기술개발사업협약서’ ‘산업기술개발사업최종평가결과 및 사업비사용실적보고서 검토결과 통보’ ‘산업기반기술개발사업 과제의 중간평가결과 통보’ ‘공업기반기술개발사업 사용실적보고서 검토결과 통보’ ‘공업기반기술개발사업협약서(2부)’ ‘산업기반기술개발사업협약서’등에 청구취지와 처분청 의견을 보태면 다음의 사실이 인정된다.

① 사내에 부설연구소((주)○○ 부설연구소)를 두고 있는 회사는, 공업발전법(제13조 제2항)에 의한 출연금(정부출연금)을 지원받기 위하여, 특정연구기관육성법의 적용을 받는 생산기술연구원 부설 산업기술정책연구 소장과 ‘자동차 NVH 개선 Hydro Bush 개발(이하 ‘공업기반기술개발사업’이라 한다)‘과 관련한 공업기반기술개발사업협약을 체결하였는바, 그 내용이 아래와 같은 사실

• 협약체결일: 1997.11.11.(1차) 1998.12.(2차) 1999.12.(3차)

• 총개발기간: 1997.11. 1. ~ 2000.11.30.

• 협약기술개발기간: 1차연도 1997.11. 1. ~ 1998.11.30. 2차연도 1998.12. 1. ~ 1999.11.30. 3차연도 1999.12. 1. ~ 2000.11.30.

• 정부출연금: 1차연도 184,800천원, 2차연도 180,100천원, 3차연도 216,880천 원 합계 581,780천원

② 위 공업기반기술개발사업협약 결과에 따라 회사는 1997.11.26. 1차연도 정부출연금 184,800,000원을, 1998.12.22. 2차연도 정부출연금 180,100,000원을, 1999.12.30. 3차연도 정부출연금 216,880,000원 등 합계 581,780,000원을 각 받은 사실

③ 공업기반기술개발사업은 200.11.30. 완료되었고, 그에 따른 한국산업기술개발평가원(종전의 산업기술정책연구소)의 최종평가결과 기술개발이 정상완료 되었다고 2001. 4.12. 회사에 통보된 사실

④ 한편 회사는, 산업발전법(종전의 공업발전법)에 의한 정부출연금을 지원 받기 위하여 한국산업기술평가원장(종전의 산업기술정책연구소장)과 ‘경량 고강도 TPEE형 Constant Velocity joint Boots 설계기술개발(이하 ’산업기반기술개발사업‘이라 한다)’과 관련한 산업기반기술개발사업협약을 체결하였는바 그 내용이 아래와 같은 사실

• 협약체결일: 2000. 8.

• 총개발기간: 2000. 8. 1. ~ 2002. 7.31.

• 협약기술개발기간: 1차연도 2000. 8. 1. ~ 2001. 7.31. 2차연도 2001. 8. 1. ~ 2002. 7.31.

• 정부출연금: 1차연도 189,000,000원, 2차연도 190,000,000원

⑤ 위 산업기반기술개발사업협약 결과에 따라 회사는 1차연도 정부출연금 189, 000,000원을 2000.10. 6.에 받은 사실과, 2002. 4. 현재 이에 대한 기술 개발이 아직 완료되지 않은 사실

⑥ 회사는 공업기반기술개발사업과 관련하여 받은 정부출연금에 대해서는 자본조정계정으로, 산업기반기술개발사업과 관련하여 받은 정부출연금에 대해서는 예수금계정으로 회계처리 함으로써 정부출연금을 익금에 산입하지 아니하거나 신고조정에 의하여 익금과 손금에 동시 산입한 사실, 처분청은 이를 국고보조금으로 보아 각 받은 연도의 익금에 산입하는 한편 익금에 대응하는 비용(목적사용액 등)을 손금에 산입하여 이 건 과세처분을 한 사실

⑦ 처분청은 대표이사 개인명의의 차입금 100,000,000원에 대한 지급이자 31,563, 823원(1997년 12,000,000원, 1998년 16,000,000원, 1999년 3,563,823원)을 손금불산입하여 이 건 과세처분을 한 사실 등.

○ 판단

① 청구주장 1에 대하여 앞의 청구주장 ① 관련 법령에서 든 법인세법과 국세청예규에 의하면, ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도’이며, ‘공업기반기술개발사업을 위한 정부출연금을 교부받아 개발 사업에 사용한 경우 동 출연금의 운영에 따른 총익금과 총손금은 기술개발 종료 후 같은 법 시행령 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도의 확정된 금액으로 하여야’한다. 앞의 사실관계와 같이, 회사가 공업기반기술개발사업과 관련하여 받은 정부출연금의 익금귀속 시기는 이를 받은 사업연도가 아니라 총 개발기간(협약기술개발기간은 예산집행 등의 편의상 나눈 데 불과한 것으로 보인다)의 경과 후 총 개발 사업에 대한 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도(동 사업연도 종료일까지 금액이 확정된 경우)가 되어야 하고, 또, 회사가 산업기반기술개발사업과 관련하여 2000연도에 받은 정부출연금의 익금귀속시기 역시 이를 받은 사업연도가 아니라 추후(아직 개발 사업이 진행 중이다) 동 개발 사업이 종료되어 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도(동 사업연도 종료일까지 금액이 확정된 경우)가 되어야 한다. 따라서 이를 국고보조금으로 보아 받은 사업연도에 각 익금산입한 과세처분은 위법하다고 판단된다. 그런데 산업자원부고시 제1999-11호의 ‘공업기반기술개발사업 운영요령’ 제26조 제1항 내지 제5항에 의하면 공업기반기술개발사업과 관련한 정부출연금에 대한 관리가 종료하는 날은 총 개발기간이 종료하는 2000.11.30.로 보이지만 신청인은 이를 한국산업기술평가원의 최종평가결과가 회사에 통보된 2001. 4.12.이 되어야 한다고 하고, 또 제출된 증거서류만으로는 이를 구분하기가 쉽지 않으므로, 처분청은 이를 재조사하여 밝혀진 사실에 따라 경정하여야 할 것이다. 한편, 앞의 사실관계 ⑥과 같이 처분청은 정부출연금을 익금에 산입하는 대신 그 사용액 등을 손금산입 하였음이 확인되는 바, 앞의 국세청예규 등에 의하면 그 손금산입액 역시 정부출연금을 익금에 산입하는 연도의 손금에 산입하여야 하고, 또 처분청 의견에 의하면 󰡐회사가 개발사업과 관련한 정부출연금과 회사부담액을 구분경리하지 않고 회사의 경리의 일부로 처리하는 등 정부출연금의 적법한 익금귀속시기 이전에 이미 손금 계상한 사실이 있으므로 이에 대한 재조사가 필요󰡑하다는 것인바, 처분청 의견대로 개발사업과 관련한 회사의 손금산입액을 재조사하여 적법한 귀속연도의 손금으로 처리하는 것이 타당하다고 판단된다.

② 청구주장 2에 대하여 국세기본법의 실질과세원칙에 의하면, 비록 회사의 대표이사 개인명의의 차입금이라 할지라도 그 차입금을 회사의 운영자금 등으로 사용한 사실이 확인된다면 그에 대한 지급이자는 회사의 손금에 산입되어야 한다. 그런데 처분청은 관련 조사서에서 “대표이사 개인 가계대출 100,000,000원에 대한 지급이자 법인부담분 손금불산입 상여처분”이라고만 하였고, 또 처분청 의견에 의하면 “대표이사 개인이 사적으로 사용할 목적으로 차입한 가계자금 대출금에 대한 지급이자에 해당하므로”그 지급이자는 손금불산입대상이라고 하였는바, 관련 조사서와 처분청 의견을 모아보면 처분청이 관련 지급이자를 부인한 이유는 단지 ‘대표이사 개인 명의의 차입금이기 때문’인 것으로 보인다. 따라서 처분청은 대표이사 개인명의의 차입금이 회사의 운영자금 등에 사용되었는지 여부를 재조사하여 운영자금 등으로 사용된 사실이 확인된다면 마땅히 이를 손금에 산입하여야 한다. 결론으로 처분청은, ① 공업기반기술개발사업과 관련하여 익금산입한 정부출연금 1997년 184,800,000원, 1998년 180,000,000원, 1999년 216,880,000원은, 공업발전시행령 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 언제인지를 재조사하여 그 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 하고, 산업기반기술개발사업과 관련하여 2000연도에 익금산입한 정부출연금 189,000,000원은, 아직 기술개발 중에 있으므로 이를 익금불산입하여야 하며, 정부출연금에 대응하는 손금부분은 재조사하여 경정 결정하여야 한다. ② 대표이사 개인명의의 차입금 100,000,000원에 대한 지급이자 부인액은, 동 차입금이 회사의 운영자금 등으로 사용되었는지 여부를 재조사하여 그 밝혀진 사실에 따라 지급이자의 손금산입여부를 결정하여야 한다.

이상과 같이 청구주장은 이유 있으나 그에 대한 사실 확인 등이 필요하므로 국세기본법 제66조 제6항, 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 (재조사)결정한다.