비사업용 토지에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 비사업용 토지 제외사유는 납세의무자가 증명책임을 부담하고, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례제도의 입법취지에 비추어 그 제외사유는 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 함
비사업용 토지에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 비사업용 토지 제외사유는 납세의무자가 증명책임을 부담하고, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례제도의 입법취지에 비추어 그 제외사유는 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 함
사 건 2025구합20607 법인세등부과처분취소 원 고 A 피 고
○○세무서장 변 론 종 결
2026. 3. 19. 판 결 선 고
2026. 4. 16.
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. ○. ○. 원고에 대하여 한 2022 사업연도 귀속 법인세 000,000.000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
원고는 이 사건 각 토지에 공장을 신축할 목적으로, 산지를 전용하여 공장부지로 조성하고 같은 부지 위에 공장 건축물을 신축하는 것으로 계획하여 광양시청의 관계 부처와 협의를 거쳐 건축허가서를 발급받았고, 인허가 의제규정에 따라산지관리법에따른 산지전용허가 및국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 형질변경허가 등을 일괄하여 득하였는데, 이처럼 토지 조성과 공장 건축물 신축이 유기적으로 결합된 경우에는 공장 신축의 필수적인 선행공사인 토목공사를 시작한 시점부터 건설공사를 착공한 것으로 보아야 하고, 일반건축물대장에도 착공일이 ‘2021. ○. ○.’로 기재되었다. 그렇다면 늦어도 원고가 D과 토목공사계약을 체결하여 D이 이 사건 각 토지에서 토사석을 채취하기 시작한 2021. ○. ○○.경부터는 건설공사에 착수한 것으로 보아야 하고, 이 사건 각 토지는 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 소정의 ‘사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’로서 비사업용 토지에 해당하지 않음에도, 이와 달리 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 원고에게 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.
1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).
2. 비사업용 토지에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 비사업용 토지 제외사유는 납세의무자가 증명책임을 부담하고, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례제도의 입법취지에 비추어 그 제외사유는 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637, 대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결 등 참조). 3)법인세법제55조의2 제1항 제3호는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 10/100을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 추가 납부하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 각 호는 비사업용 토지에 해당하는 토지를 농지, 임야, 목장용지 및 그 외의 토지 등으로 구분하여 열거하고 있으며, 같은 조 제2항 제2호는 임야를 원칙적으로 비사업용 토지로 규정하면서, 같은 조 제3항에서는 ‘제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다’고 규정하고 있다. 그리고 위 조항의 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 는 ‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지’는 기획재정부령이 정하는 기간 동안 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하였고, 다시 그 위임을 받은 이 사건 규정은 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함) 동안 법인세법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 규정하고 있다.
1. D이 원고와 체결한 2021. ○. ○○.자 평탄작업에 관한 계약의 이행으로서산(임야)이었던 이 사건 각 토지를 평탄화한 현황은 아래의 사진들과 같고, 위 계약서에는 공사기간을 2021. ○. ○○.부터 2022. ○○. ○○.까지로 기재하였다. <사진>
2. 원고는 2022. ○. ○○. C종합건설과 이 사건 각 토지 지상에 공장을 신축하는 공사에 관한 민간건설공사 표준도급계약서를 작성하였는데, 그 계약서 표지에는 ‘상기내용은 공사를 전제로 한 계약이 아니며 착공계 연장 신청을 하기위한 도급계약서이며 계약서 내용에 들어 있는 공사금 또는 공사일에 대한 내용은 착공계 연장 계약서 내용일 뿐 공사 또는 공사금에 대하여 어떠한 효력이 없다는 것을 수급인 C종합건설 대표 B이 확인하여 준다.’라는 기재가 있다. 【인정 근거】 앞서 든 증거, 갑 제12호증, 을 제5호증의 각 기재 내지 영상
① 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는, 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인을 규제함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있다. 또한 법인세법 제55조의2 제2항 제3호 가 임야를 원칙적으로 비사업용 토지에 포함되는 것으로 보고 예외적으로 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지만을 비사업용 토지에서 제외하는 형식을 취한 것은, 비사업용 토지 여부의 판정기준을 강화하여 법인이 사업을 빙자하여 부동산 투기에 이용할 목적 등으로 과다한 토지를 취득하는 것을 방지하려는 데 그 목적이 있다고 판단된다. 이와 같은 법인세법 제55조의2 의 문언과 체계, 입법 취지 등을 고려하면, 임야에 해당하는 이 사건 토지는 위 법령에서 정한 바 그대로 비사업용 토지로 보는 것이 앞서 본 과세요건의 원칙적 해석 방법에 부합한다.
② 원고가 이 사건 각 토지를 취득하여 D을 통해 부지정리 공사를 진행한 사실은 인정되나, 이 사건 규정의 ‘건설의 착공’, 즉 건축공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물의 신축을 위한 굴착공사 등에 착수한 경우에까지 나아간 것으로는 볼 수 없고, 원고가 이 사건 각 토지를 양도한 이후 시점에야 건설의 착공이 이루어진 것으로 봄이 상당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.
③ 원고는 2021. ○. ○. ○○시장으로부터 이 사건 각 토지 지상에 공장 신축을 위한 착공신고필증을 발급받았고, D이 이 사건 각 토지를 양수한 후 지상에 신축한 물품 제조공장의 일반건축물대장에는 착공일이 ‘2021. ○. ○.’로 기재되어 있기는 하나, 이는 앞서 본 여러 사정을 통해 확인되는 실제 건설의 착공 시점과 상이하여 위와 같은 일반건축물대장상 기재 등을 근거로 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에서 제외되는 사유가 있다고 인정하기에는 부족하다 할 것이다.
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.