실물거래 없이 수취한 세금계산서이므로 이 사건 처분은 적법함

사 건 2025구합20532 부가가치세부과처분취소 원 고 △△ 피 고

○○세무서장 원 심 판 결 변 론 종 결

2025. 11. 13. 판 결 선 고

2026. 1. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고에 대하여 한 2024. . .자 2022년도 2기분 부가가치세 ,,원의 부과처분 및 2024. . .자 2023년도 1기분 부가가치세 ,,원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2020. . .경부터 시 *면 **에서 ‘AA자산’이라는 상호의 중고기계·고철·비철 도소매업을 영위하였다.
• 나. 원고는 아래 표 기재와 같이 2022년 제2기 과세기간부터 2023년 제1기 과세기간까지 주식회사 BB(이하 ‘BB’라 한다)에게 공급가액 ,,원의 세금계산서 1매를 발행하였고(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다), BB로부터 공급가액 합계 ,,원의 세금계산서 3매를 수취하여(이하 아래 표와 같이 각 ‘제1 내지 3매입세금계산서’라 하고 위 매입세금계산서를 통칭하여 ‘이 사건 매입세금계산서’라 하며, 이 사건 매출·매입세금계산서 전체를 통칭하여 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다), 이에 따른 부가가치세를 각 신고하였다. 과세기간 구분 작성일자 공급가액 세액 품목 2022년 제2기 (제1매입세금계산서) 매입 2022.10.. ,, ,, 재단 외 3종 (수량3) 2022년 제2기 (제2매입세금계산서) 매입 2022.11.. ,, ,, 친환경목재제품 (수량 , 단가 00,000원) 2022년 제2기 (이 사건 매출세금계산서) 매출 2022.11.. ,, ,, 마스크 (수량 ,,, 단가 0원) 2023년 제1기 (제3매입세금계산서) 매입 2023.02.. ,, ,,* CNC장비(수량1)
• 다. △△△세무서장은 2023. . .부터 2023. . .까지 BB에 대한 2022년 제2기 과세기간의 부가가치세 세목별 조사(범칙조사)를 실시한 결과, BB가 2022년 제2기 부가가치세 과세기간에 실물거래 없이, 원고로부터 이 사건 매출세금계산서를 수취하는 한편, 원고에게 제1, 2매입세금계산서(공급가액 합계 ,,원)를 발행한 사실을 확인하고, 2024. *. **. 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 라. 이후 △△△세무서장은 BB가 2023년 제1기 부가가치세를 무신고하자 2023. . . 2023년 제1기 부가가치세를 결정·고지하면서 제3매입세금계산서(공급가액 ,,원)도 실물거래 없는 세금계산서로 보아, 2024. . **. 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 마. 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 판단하고, 관련 매출 공급가액을 과세표준에서 감액하고, 관련 매입세액을 불공제하여 원고에게 2024. . . 2022년 제2기 부가가치세 ,,원을, 2024. . . 2023년 제1기 부가가치세 ,,원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2024. . . 및 2024. . . 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. . . 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 원고는 BB와 실제로 실물거래를 하여 이 사건 각 세금계산서를 발행하고 수취한 것이다. 따라서 이 사건 각 처분은 그 처분사유가 존재하지 않아 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 관련 법리 1) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 에서 ‘필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 규정하고 있다. 이러한 경우 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에도 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 등 참조).

2. 특정 거래가 부가가치세법이 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래 당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다. 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조). 다만 납세의무자가 신고한 특정 재화의 거래에 관한 세금계산서가 재화의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조).

• 라. 판단 앞선 인정사실 및 증거, 갑 제1, 4, 5호증, 을 제2, 4, 5, 7호증의 각 기재, 증인 CCC의 일부 증언, 이 법원의 ○○교회에 대한 사실조회 회신, 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 피고는 이 사건 각 세금계산서가 실제 재화의 거래가 없음에도 마치 재화를 제공하거나 제공받은 것처럼 가장하여 수수된 것이라는 점에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 충분히 증명하였고, 원고의 주장이나 제출된 증거만으로 이를 달리 보기 어렵다. 따라서 이 사건 각 처분은 적법하고 이를 다투는 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

1. 이 사건 매입세금계산서와 관련하여

① BB의 대표자 CCC은 2023. . .경 조세범칙 혐의로 심문을 받으면서 제1, 2매입세금계산서 관련 거래에 대하여 ‘BB가 AA자산에 발급한 2022년 2기 귀속 세금계산서 2매(공급가액 ,,원)는 실제 재화나 용역을 공급하지 않고 발급한 거짓세금계산서가 맞다. AA자산은 기존부터 알고 있던 업체이고, 임○○이 거짓세금계산서를 발급하면 대금을 마련할 수 있을 거라 해서 AA자산에 부탁하였다.’는 취지로 진술하였다. 또한 CCC은 위 심문과정에서 ‘원고로부터 2022. . . BB의 은행 계좌로 ,원, ,,원, ,,원이 입금되었고, 그 직후 BB 계좌에서 다시 ,원이 원고에게 이체되고, ,,원, ,,원이 현금으로 인출된 경위’에 대하여 질문받자, ‘2022. .에 AA자산(원고)으로부터 수취한 거짓세금계산서에 대한 증빙으로 돈을 받은 후 마스크 구매대금 ,,***원을 제외한 나머지 금액을 원고에게 돌려주었으며, 차액은 2023년에 변제하였다.’고 진술하였다.

② CCC은 이와 관련하여 △△지방법원에서 조세범처벌법위반 혐의로 징역 6개월에 집행유예 2년을 선고받았고, 그 무렵 위 판결이 확정되었다(△△지방법원 20고단**).

③ CCC은 이 법정에 증인으로 출석하여, ‘제1, 2매입세금계산서와 관련한 두 거래는 모두 실물거래였고 세무서에서 조사받을 당시 그 사건에서 빨리 벗어나고 싶어서 조사관이 유도한 대로 허위로 답변하였다. 제2매입세금계산서와 관련한 목재제품의 대금이 약 억 ,만 원정도 됐는데, ,만 원하고 ,만 원은 현금으로 받았고 나머지 금액은 마스크로 받았다. 그 중 ,만 원은 원고가 은행에 가서 빼서 줬다’는 취지로 진술하였다. 그러나 CCC은 세무서에서 조사를 받은 이후 △△지방법원에서 형사재판을 받으면서도 위 두 거래가 가공거래였다고 자백하였는데, 법정에서 그와 같이 허위로 자백했어야 할 이유를 찾기 어렵고, 앞서 본 바와 같이 계좌거래내역(갑 제1호증)에 의하면 CCC은 목재제품의 대금 명목으로 ,만 원 및 ,*만 원을 모두 BB의 계좌로 지급받은 것으로 보임에도 이 법정에서는 모두 현금으로 지급받았다고 하는 등 그 진술이 객관적인 증거에 반하는 점, 이 법정에서 과거 형사재판에서의 진술과 다르게 진술을 번복하는 이유에 대하여도 납득할 만한 설명을 하지 못하는 점 등에 비추어 CCC의 진술은 신빙하기 어렵다.

④ 원고는 제2매입세금계산서 품목인 목재제품에 대하여, 원고의 부친이 운영하던 DD자산이 20년경 ㈜EE으로부터 매입하여 보관하다가, 이를 2021. .경 BB에게 판매하고도 이를 대부분 DD자산의 창고에 보관하고 있었는데, BB가 목재제품을 사용하려고 했던 공사가 진행되지 않자 원고 부친에게 다시 매수해 달라고 요청하였고, 이에 원고 부친은 당시 수억 원의 체납 등으로 사실상 폐업중이라 원고에게 BB에게 판매했던 가격 그대로 매입하라고 해서 원고가 다시 매입하였다고 주장한다. 그러나 원고가 제출한 증거만으로는 DD자산이 2021. .경 BB에게 목재제품을 ,,원에 매도하였다고 인정하기 부족하고, 원고 주장에 의하더라도 이미 수억 원의 체납 등으로 경제적 사정이 열악하여 사실상 폐업에 이른 원고 부친(DD자산)이 이미 BB에게 매도했던 목재제품을 구태여 원고(AA자산)로 하여금 다시 매수하게 하였다는 것도 납득하기 어렵다.

⑤ 원고는 부도 직전의 BB가 강제집행을 면할 수 있도록 재단기, CNC 장비 등을 모두 현금을 주고 매수하였다는 취지로 주장하나, 그 거래액이 상당한 규모인 점 등에 비추어 원고의 말을 그대로 믿기 어려운데다, 원고가 제출한 사진 등의 증거만으로는 원고가 이 사건 매입세금계산서와 관련된 재단기, 목재제품, CNC 장비를 보관하고 있다는 점을 넘어 BB와 실물 거래 내지 현금 거래가 있었음을 입증하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

2. 이 사건 매출계산서와 관련하여 원고는 BB로부터 앞서 본 제2매입세금계산서 품목인 목재제품을 매수하고 그 대금 중 일부로 지급하기 위해 이 사건 매출계산서 품목인 마스크를 BB에게 매도하였다고 주장한다. 살피건대, 갑 제4, 5호증의 각 기재 및 이 법원의 ○○교회에 대한 사실조회 회신에 의하면 원고가 2022. 6. .경 □□지방법원 □□지원의 유체동산 경매절차에서 마스크 ,,장을 ,,원에 낙찰 받은 사실, CCC이 마스크 00만 장을 ○○교회에 기부한 사실은 인정된다. 그러나 위 증거만으로 원고가 CCC에게 마스크 ,,장을 ,,원에 매도한 사실까지 인정하기 부족한 점, 앞서 본 바와 같이 목재제품 거래를 실물거래가 있었던 것으로 인정할 수 없는 이상 그에 대한 대가로서 마스크를 대물로 지급하였다는 주장 역시 인정하기 어려운 점, 앞서 본 바와 같이 CCC은 세무서에서 조사 받을 당시 마스크 구매대금이 *00만 원이었다고 진술한 점 등을 종합하면, 이 사건 매출세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.