임대사업자의 등록이 말소되면 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제 임대주택에 해당하지 않으므로, 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 됨

사 건 2025구합105 종합부동산세추징경정 원 고 주식회사 △△ 피 고

○○세무서장 원 심 판 결 변 론 종 결

2026. 1. 15. 판 결 선 고

2026. 2. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2025. . . 원고에게 한 2022년 종합부동산세 ,,*원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1991. *. **. 부동산 매매 임대업 등을 목적으로 설립된 회사이다.
• 나. 원고는 2021년 및 2022년 귀속 종합소득세 과세기준일 현재(2021. 6. 1. 및 2022. 6. 1.) 시 동 ***-*, 101호 등 주택 42호(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 보유하고 있다.
• 다. 원고는 2013. . . AA시청에 이 사건 임대주택에 관하여 임대사업자등록을 하였다. 이 사건 임대주택은 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)상 단기민간임대주택이었는데, 위 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 단기민간임대주택의 유형을 삭제하고 위 유형의 민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되게 되었다. 이에 2020. . . 위 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 임대의무기간 종료로 원고의 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록이 말소되었다. 원고는 2022. . . AA시청에 이 사건 임대주택을 민간임대주택법 제2조 제5호 의 ‘장기일반민간임대주택(임대의무기간 10년)’으로 하여 다시 임대사업자 등록을 하였다.
• 라. 피고는 AA시장으로부터 이 사건 임대주택의 임대사업자등록 말소를 통지받고 2021. . . 원고에게 ‘2021년도 종합부동산세 합산배제 제외 신고안내’를 하였다. 이에 원고는 2021. . . 이 사건 임대주택에 대하여 2021년도 종합부동산세 합산배제 제외 신고를 하였으나 2021. . . 2021년도 종합부동산세 합산배제 신고를 다시 하였고, 2022. . . 2022년도 종합부동산세 합산배제 신고를 하였다.
• 마. 피고는 2025. . . 이 사건 임대주택이 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 구 종합부동산세법 시행령(2023. 9. 5. 대통령령 제33696호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항의 합산배제 임대주택의 요건에 해당하지 않는다고 보고, 원고에게 이 사건 임대주택에 대한 2021년 귀속 주택분 종합부동산세 ,,원(이자상당가산액 ,,원 포함)과 농어촌특별세 ,,원 등 합계 ,,원 및 2022년 귀속 주택분 종합부동산세 ,,원(이자상당가산액 ,,원 포함)과 농어촌특별세 ,,원 등 합계 ,,원을 결정․고지(이하 ‘이 사건 원처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 이 사건 원처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2025. . . 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2025. . . ‘이 사건 원처분 중 이자상당가산액을 부과하지 않는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정(기 고지세액을 한도로 한다)하고 나머지 심판청구는 기각한다.’는 결정을 하였다.
• 사. 피고는 2025. . . 위 조세심판원의 결정에 따라 원고에게, 이 사건 임대주택에 관한 2021년 귀속 주택분 종합부동산세 ,,원(이자상당가산액은 제하고, 납부지연가산액 ,,원 포함), 농어촌특별세 ,,원(= 산출세액 ,,원 + 납부지연가산액 ,,원) 등 합계 ,,원을 경정․고지하고, 2022년 귀속 주택분 종합부동산세 ,,원(,,원에서 이자상당가산액 ,,원을 제함), 농어촌특별세 ,,원 등 합계 ,,원을 경정․고지하였다(이하 원고가 다투는 부분인 2022년 귀속 주택분 종합부동산세 ,,원의 부과처분만을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 임대주택이 합산배제 대상이라는 주장 원고는 2005. 1. 5. 이전에 임대사업자등록을 하였으므로, 이 사건 임대주택의 임대사업자가 자동말소되었다고 하더라도 종합부동산세 합산배제를 받을 수 있다. 그럼에도 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2. 조세법률주의 위반 피고의 이 사건 처분은 구 종합부동산세법(2022. 9. 15. 법률 제18977호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’이라 한다) 제17조 제5항1)의 규정에 반하여 임의로 감경받은 세액을 추징한 것으로, 조세법률주의에 위반된다.

3. 평등의 원칙 위반 이 사건 처분은 다른 납세자와 원고를 차별취급하는 것이므로, 평등의 원칙에 위반되어 위법하다.

4. 신뢰보호원칙, 소급입법금지 원칙, 비례의 원칙 위반

2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정된 종합부동산세법 시행령은 부칙 제6조로 ‘ 종합부동산세법 시행령 개정 전부터 사업자등록을 한 자에 대해서 경과조치’를 두어 임대사업자 등록 없이도 합산배제 요건을 인정하도록 하였고, 원고는 법인세법상 사업자등록을 한 사람이므로, 위 부칙에 따라 임대사업자 등록 없이도 합산배제 요건을 충족한 것으로 보아야 한다. 그럼에도 피고는 위 부칙에 반하는 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙, 소급입법금지 원칙에 위배되고, 또한 비례의 원칙에도 위배된다.

5. 절차적 하자 주장 피고는 원고에 대하여 종합부동산세 추징이 법리에 맞지 않음을 인식하고 이 사건 처분통지서에 제3의 세목으로 과세 근거를 모호하게 하였다. 그리고 이 사건 처분은 구 종합부동산세법 제17조 제5항 에 따른 추징임에도 피고는 서면에서 이와 다른 성격의 ‘납부불성실 가산세’를 주장하고 있는데, 이는 처분의 법적 근거를 사후에 변경한 것으로 중대한 모순이 있다. 따라서 이 사건 처분은 위와 같은 절차적 하자가 있어 위법하다.

• 나. 이 사건 임대주택이 합산배제 대상인지 여부

1. 관련 규정 및 법리 종합부동산세법 제8조 제2항 은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.”라고 규정하면서 제1호로 “민간임대주택법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택”이라고 규정하였고, 위 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 “법 제8조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 ‘임대사업자’라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 ‘합산배제 임대주택’이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.”라고 하며 각 호로 세부 내용을 규정하였다. 따라서 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 의 ‘합산배제 임대주택’이 되기 위한 임대사업자 요건은 민간임대주택법에 따른 ‘임대사업자등록’을 할 것 뿐만 아니라 ‘임대사업자등록을 유효하게 유지’하고 있을 것을 포함하는 것으로 봄이 타당하다. 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제7호는 “‘임대사업자’란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.”라고 규정하고, 제5조는 임대사업자의 등록에 관하여 규정하면서 제2항에서 그 종류를 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택(제2호), 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택(제3호)으로 구분하였다. 그런데 구 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택의 임대기간이 종전 8년에서 10년으로 연장되었고(제2조 제4호), 장기일반민간임대주택에서 ‘아파트를 임대하는 민간매입주택’이 제외되었으며(제2조 제5호), 민간임대주택법의 정의 규정(제2조 제6호) 및 임대사업자 등록 구분 규정(제5조 제2항)에서 단기민간임대주택이 각 삭제되었고, 제6조 제5항으로 “종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.”라는 규정을 두었다. 그에 따라 2020. 10. 7. 대통령령 제31085호로 개정된 종합부동산세법 시행령은 제3조 제1항 제6호 가목 단서, 제7호 단서, 제8호 나목 등으로 합산배제 임대주택에서 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 단기민간임대주택 등을 제외하였고, 제3조 제1항 제7호, 제8호로 합산배제 임대주택의 의무임대기간을 종전 8년에서 10년으로 상향조정하였다. 위와 같은 민간임대주택법 및 종합부동산세법 시행령의 개정으로 2022년 귀속 종합부동산세 과세표준에 합산하지 않는 임대주택의 범위가 종전과 달라지게 되었고, 따라서 민간임대주택법이 법률 제17482호로 개정․시행된 2020. 8. 18. 이후에는 단기민간임대주택의 경우 임대의무기간이 종료되게 되면 별도의 조치 없이 그 임대사업자의 등록이 말소되게 되고, 임대사업자의 등록이 말소되면 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 정한 합산배제 임대주택에 해당하지 않으므로, 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 된다.

2. 구체적인 판단 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 이 사건 임대주택은 단기민간임대주택에 해당하는데, 원고의 임대사업자등록이 2020. *. **. 말소되어 원고는 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 기준으로 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있지 않았음이 명백하므로, 원고에 대하여 합산배제 규정이 적용되지 않는다고 보아 종합부동산세 등을 과세한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

• 다. 조세법률주의 위반 주장에 관한 판단 살피건대, 구 종합부동산세법 제17조 제5항 은 합산배제 규정을 적용받을 수 있는 임대주택이 추후 합산배제 규정의 적용대상에서 제외된 경우를 상정한 것인데, 이 사건 임대주택은 앞서 본 것과 같이 2022년 귀속 종합부동산세 과세 시 처음부터 합산배제 규정의 적용대상이 아니므로, 원고의 주장은 그 전제가 잘못된 것으로 받아들일 수 없다.
• 라. 신뢰보호의원칙 위반 주장에 관한 판단 살피건대, 원고는 2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 종합부동산세법 시행령 제3조 제3항 의 “다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.”라는 등록간주 규정에 따른 임대사업자가 아니고, 2013. **. *. AA시장에게 직접 임대사업자등록을 한 민간임대주택법상의 임대사업자였으므로, 원고가 주장하는 규정은 원고에게 적용되는 조항이라고 볼 수 없다. 나아가 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 전단은, 주택에 대한 종합부동산세 과세표준으로 납세의무자별로 주택의 공시가격을 모두 합산하도록 한 원칙(같은 법 제8조 제1항)에 대하여 그 합산배제 특례를 규정한 특혜조항이므로 이를 엄격히 해석하여야 하는데, 앞서 인정한 것처럼 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 당시 원고의 임대사업자등록이 말소된상태였음이 분명하므로(조세법령에 명시된 요건인 형식, 실질 중 형식에 관한 등록이 인정되지 아니하므로), 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 전단 문언상 원고는 과세표준 합산배제 요건을 충족하지 못하였음이 명백하고, 원고 주장과 같이 ‘원고가 법인세법상 사업자등록을 한 자’라는 사정만으로는 이와 달리 판단하기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
• 마. 소급입법금지원칙 위반 주장에 관한 판단 이 사건 처분은 2022년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2022. 6. 1. 기준으로 이 사건 임대주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 않게 되었음을 전제로 하여 이루어진 것으로, 민간임대주택법 제6조 제5항 및 구 종합부동산세법 시행령 제3조 는 비과세요건이 이미 충족된 과거의 사실 또는 법률관계에 소급 적용된 것이 아니라, 그 시행일 이후로서 당시 진행 중인 비과세요건의 충족 여부와 관련된 사실 또는 법률관계에 적용된 것임을 알 수 있다. 따라서 이 사건 처분은 진정소급입법에 의한 과세라고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 바. 평등의 원칙, 비례의 원칙 위반 주장에 관한 판단 살피건대, 원고가 제출한 증거만으로 이 사건 처분이 평등의 원칙, 비례의 원칙에 위반되었음을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 모두 받아들일 수 없다.
• 사. 절차적 하자 주장에 관한 판단

1. 이 사건 처분에는 원고의 주장과 같은 ‘납부불성실 가산세’가 부과되지 않았고, 종전 ,*,***원의 부과처분에서 조세심판원 결정에 따라 이자상당가산액 추징을 제외한 세액만을 부과처분한 것이므로, 원고의 ‘법적 근거를 사후에 변경하였다’는 취지의 주장은 이 사건 처분과 아무런 관련이 없는 주장이다.

2. 그 외 제3의 세목으로 과세 근거를 모호하게 하였다는 주장은 원고의 주장 외에 이를 뒷받침 할 아무런 증거가 없다.

3. 따라서 원고의 절차적 하자 위반에 관한 주장도 모두 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.