세금계산서 관련 공급가액을 손금불산입하고, 귀속자가 불분명한 사외유출로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 적법함

사 건 2024구합961 소득금액변동통지처분취소 원 고 A 피 고 B세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 17. 판 결 선 고

2025. 10. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 상여 ○○원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ○북 ○○시 ○구에서 철근콘크리트공사업 등을 영위하는 회사이다.
• 나. C가 대표자로 있는 소외 D은 2021. ○○. ○○. 원고에게 징크판넬과 관련한 공급가액 ○○원의 세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 관련 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다)를 발급하였고, 원고는 2021 사업연도 법인세 신고 당시 이 사건 세금계산서 관련 공급가액을 손금으로 계상하였다.
• 다. 피고는 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 본 조사청 조사 결과에 따라 이 사건 세금계산서 관련 공급가액을 손금불산입하고, 20○○. ○○. ○○. 원고에게 2021 사업연도 법인세 ○○원을 경정·고지하는 한편, 위 세금계산서 공급가액 및 세액 합계 ○○원(이하 ‘이 사건 거래대금’이라 한다)을 귀속자가 불분명한 사외유출로 보아 원고의 대표자 E에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 20○○. ○○. ○○. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 20○○. ○○. ○○. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고의 자매회사인 F종합건설 주식회사(구 F종합건설 주식회사, 이하 ‘F’라고만 한다)는 ○북 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○ 무인텔 신축공사와 관련하여 공사 분야별로 개별 하도급업체와 하도급계약을 각 체결하였는데, 그 중 20○○. ○. ○○. 원고와는 철근콘크리트 및 수장공사 관련 하도급계약을, 20○○. ○○. ○○. 소외 G디자인(이하 ‘G’이라고만 한다)과는 인테리어공사 관련 하도급계약을 각 체결하였다. 원고는 징크판넬을 대신 구입하여 달라는 F의 부탁을 받고 징크판넬 대금 ○○원을 포함한 이 사건 거래대금 ○○원을 F를 대신하여 G에게 지급하기로 하였는데, G의 대표자 H의 요청에 따라 징크판넬 공장으로 알고 있는 D으로부터 이 사건 세금계산서를 발급받고 D에게 이 사건 거래대금을 지급하였다. 따라서 이 사건 세금계산서는 원고의 사업과는 관련이 없는 것으로 이 사건 거래대금은 원고의 관계회사채권인바 이를 자산으로 인식하는 사내유보 소득처분을 하여야하고, 위 세금계산서는 F의 비용이므로 F에게 사외유출과 관련된 소득처분을 할 수 있을 뿐이다. 설령 원고 회사에서 발생한 사외유출이라고 보더라도, 징크판넬은 실제 공사에 사용되었고 이 사건 거래 상대방은 G으로 이 사건 거래대금은 H에게 최종 귀속되어 그 귀속자가 분명한 경우에 해당하므로 H에게 소득처분이 이루어져야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 “법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 소득세를 납부할 의무가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조). 사외유출된 법인의 자산은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분 할 수밖에 없고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2017. 10. 26. 선고2017두51310 판결 등 참조). 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 20○○. ○○. ○○. D명의 계좌로 ○○원을 송금한 사실, 위 돈은 같은 날 D의 대표자 C 명의의 신한은행 계좌로 이체되었다가 그 중 ○○원을 제외한 ○○원이 C 명의의 기업은행 계좌로 이체되었고 다시 같은 날 소외 I 명의의 계좌로 위 ○○원이 이체된 사실을 각 인정할 수 있다.

2. 위 인정사실에 앞서 든 증거와 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 거래대금 상당액이 가공의 비용이라는 점이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하다. 또한, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 거래대금이 H에게 귀속되었음이 분명하다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 거래대금은 원고로부터 유출되어 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이를 이유로 대표자인 E에 대한 상여로 소득처분한 것은 적법하다고 봄이 타당하다.

① 세무조사 당시 이 사건 거래 상대방인 D의 대표자인 C는 범칙혐의자 심문에서 ‘J이라는 사람의 지시에 따라 원고에게 이 사건 세금계산서를 발급하였고 원고에게 징크판넬을 공급한 적은 없으며 J이 지시한 대로 이 사건 세금계산서를 작성하였다’라고 진술하였는바, 이 사건 거래대금은 원고와 D 사이에서 발생한 징크판넬 등의 공사대금이 아니라 가공의 비용으로 사외유출된 금액으로 봄이 타당하다. 더구나 이 사건 세금계산서에는 징크판넬에 대해서만 공급가액 ○○원이라고 기재되어 있는데, 원고도 자인하고 있듯이 징크판넬 부분만은 ○○만 원 상당이고 나머지는 인테리어 공사 기성금이라는 것인바 이 부분에 대해서도 허위로 기재되었다고 볼 수 있다.

② 이에 대하여 원고는, 원고가 F를 대신하여 G에게 공사대금을 지급한 것으로 ‘관계회사 대여금’인바 2021 사업연도 법인세의 소득처분이 유보되어야 한다고 주장하나, 원고의 주장대로라면 원고가 F에게 자금을 바로 대여하는 것이 일반적 거래 형태에 부합하고 굳이 D으로부터 이 사건 세금계산서까지 발급받을 필요는 없어 보인다. 또한, 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문은 ‘법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다’고 규정하고 있다. 이는 해당 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 주기 위한 취지에서 규정된 것으로, 사외유출된 이 사건 거래대금을 위 조항에 따라 사내유보로 처리하려면, 원고가 이를 회수하여 장부상 계상하는 것만으로는 부족하고 회수한 금액을 수정신고기한 내에 세무조정으로 익금에 산입하여 당해 사업연도 법인세의 수정신고를 하였어야 하는데, 원고는 2021 사업연도 법인세와 관련하여 수정신고한 사실이 없으므로, 위 규정이 적용될 수도 없다.

③ 또한, 원고는 무인텔 공사 도급계약서 및 설계도면 등을 제출하면서 G은 실제 징크판넬을 포함한 인테리어 공사 전체를 실제 수행하였는바 가공의 거래가 아니라고 주장하나, 기록상 징크판넬의 정확한 공급시기와 공급자를 확인할 수 있는 운송내역 및 거래명세서, 현장입고증 등의 입증서류가 없는바 원고가 제출한 증거들만으로는 거래품목인 징크판넬이 실제 거래되었는지 여부가 객관적으로 입증된다고 보기 어렵다.

④ 더 나아가 원고는 이 사건 거래대금은 H에게 최종 귀속되어 그 귀속자가 분명한 경우에 해당한다고도 주장하나, D 계좌에서 출금된 이 사건 거래대금이 H에게 전달되었다고 볼 자료가 전혀 없다. 오히려 세무조사 당시 C는 J의 지시에 따라 이 사건 세금계산서를 발행한 후 이 사건 거래대금 중 ○○만 원을 제외한 나머지는 마찬가지로 J의 지시에 따라 J의 어머니인 I 명의 계좌로 이체하였고 J은 인적사항도 전혀 모르는 사람이라고 진술하였는바, 이 사건 거래대금은 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.

⑤ 앞서 살핀 바와 같이 원고와 D 사이에 이루어진 이 사건 거래는 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 통해 이루어진 거래라고 봄이 타당하고, 대표자에게 실제 소득이 발생하였는지 여부가 아니라 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하는 인정상여제도의 취지에 의하면 사외유출된 금액의 귀속이 분명하다는 점에 대하여 증명이 되지 않는 이상 이 사건 거래대금이 현실적으로 E에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 대표자는 소득세를 납부할 의무가 있다.

• 다. 소결론 따라서 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바 주문과 같이 판결한다.