근무한 사실이 없는 근로자에게 지급한 급여는 법인세법상 손금에 산입하지 아니함

사 건 2024구합25366 법인세등부과처분취소 원 고 A 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 18. 판 결 선 고

2025. 11. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. ○○. ○○. 원고에게 한 2020년 귀속 원천징수분 기타소득세 ○○원(납부지연가산세 포함) 및 2023. ○○. ○○. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세(지급명세서제출불성실가산세) ○○원에 대한 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 양약도매업 등을 영위하기 위하여 19

○○.

○○.

○○. 설립된 회사이다[2022.

○○.

○○.

○○ 약품에서 현재의 상호로 상호명이 변경되었는바, 변경 전후를 통틀어 원고라한다].

• 나. ○○ 지방국세청장은 2022.

○○.

○○.부터 2022.

○○.

○○.까지 원고에 대하여 2019년 사업연도 법인세에 관한 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 2022.

○○.

○○. 피고에게 아래 표 기재와 같이 원고가 지출한 관리약사 B에 대한 급여 및 4대 보험료(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)는 손금불산입 대상이라는 내용의 과세자료를 통보하였다. [이 사건 인건비] 사업연도 합계(원) 급여(원) 4대보험(원)

2019

○○

○○

○○ B은 원고회사에 실근무하지 않았으므로 손근불산입

• 다. 피고는 위 과세자료에 따라 2022.

○○.

○○. 원고에게

○○ 지방국세청의 통보에 따라 원고의 2019년 사업연도 법인세를 경정하고, 원고에게 소득금액변동통지서를 발송하였으나 원고는 이에 대한 원천징수 등을 이행하지 아니하였다.

• 라. 이에 피고는 2023.

○○.

○○. 원고에게 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세

○○ 원을, 2023.

○○.

○○. 2019사업연도 법인세(지급명세서제출불성실가산세)

○○ 원을 경정․고지하였다(이하 위 각 경정․고지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023.

○○.

○○. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 위 조세심판원은 2024.

○○.

○○. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

3. 이 시간 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 B은 원고 대표이사 C의 처로서, 2012.

○.부터 이 사건 세무조사 당시까지도 원고에 관리약사로 고용․재직하면서 원고의 의약품 도매 업무 관리를 수행하였고, 그 외에도 관리약사직을 수행하기 위하여 필수적으로 요구되는 교육을 이수하였다. 그리고 원고가 제출한 증거들에 의하면, B이 원고에 관리약사로 재직하면서 여러업무를 수행한 사실도 충분히 증명된다. 그럼에도 피고는 B이 원고에 실근무하지 않았다는 전제에서 이 사건 각 처분을 하였는바, 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 나. 관련 법리

1. 행정청이 현장조사를 실시하는 과정에서 조사상대방으로부터 구체적인 위반사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 내용의 미비 등으로 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부정할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두2864 판결 등 참조). 2) 법인세법 제19조 제1항 은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다.’고 정하고, 제2항은 ‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’고 규정하고 있다. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 등 참조).

• 다. 구체적인 판단 앞서 든 증거에다가 갑 제4호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 증인 C의 증언 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 인건비는 근로의 대가로서 지급한 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출한 증거만으로는 B이 원고에 고용되어 실근무 하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 이 사건 세무조사 과정에서 원고가 확인 후 자필로 서명한 ‘확인서(을 제3호증)’에는 ‘대표이사 C의 배우자인 B은 조사법인에서 실제 근무한 사실이 없으며, 조사법인은 급여를 지급하고 경비로 처리하여 신고한 사실이 있습니다.’는 취지가 기재되어 있고, 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명․날인되었다는 등의 특별한 사정이 없으므로, 위 확인서는 상당한 증명력이 있다.

② 원고는 B이 2019년도에 원고 회사에서 관리 약사로 계속 근무하였다고 주장하나, B이 2019년도에 근무하였음을 인정할 수 있는 근로계약서나 기타 이와 유사한 서류는 존재하지 않는다. 다만, 원고와 B 사이에 2021.

○.

○. 작성된 근로계약서만 존재하는바, 위 근로계약서에 의하면 B에 대한 근로계약 개시일은 2021.

○.

○.인바(제6조 제1항), 위 근로계약서에 의하더라도 B은 2019년도에는 원고에서 근무하지 않았던 것으로 보인다 1). (각주1) 다만, 위 근로계약서 제1조에 B의 채용일자가 2012.

○.

○.이라는 취지의 기재가 있으나, 위 조항만을 근거로 B이 위 근로계약 개시일인 2021.

○.

○. 이전에 원고 회사에서 정상적으로 근무했다고 인정할 수는 없다.

③ B이 2019년 원고에 고용되어 정상적으로 출근하여 근무한 것처럼 기록된 출근부가 존재하긴 한다. 그러나 C의 증언에 의하면 위 출근부는 원고의 직원이 임의로 작성하여 제출한 것으로, 실제 B의 출근내역이 반영된 것이라고 볼 수 없으므로, 이를 근거로 B이 원고에서 근무했음을 인정할 수는 없다.

④ 원고는 원고의 업무 관련 문서에 B의 이름이 기재되어 있고, 회사 조직표에도 B의 이름이 기재되어 있으므로 B은 원고에서 실근무하였다는 취지로 주장한다. 그러나 C는 B에 대하여는 출퇴근 관리도 하지 않았고 B이 마음대로 출근하거나 퇴근하였다는 취지로 증언하였는바, 이러한 B을 원고의 관리․감독을 받는 근로자의 지위에 있는 자라고 볼 수는 없다. 오히려 원고는 관련 법령에 의하여 필요한 관리약사의 숫자를 맞추기 위하여 원고 대표자인 C의 처인 B의 약사 면허를 빌린 것이 아닌지 강한 의심만 들 뿐이고, 원고가 제출한 증거나 C의 증언만으로 B이 원고에서 실근무한 원고의 근로자라고 보기는 어렵다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.