쟁점건물은 주거용 주택에 해당하지 않으므로 1세대1주택 비과세를 적용할 수 없음

사 건 2024구합25335 양도소득세경정거부처분취소 원 고 최AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 24. 판 결 선 고

2025. 10. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 11. 22. 원고에게 한 2023년 귀속 양도소득세 53,352,794원의 경정거부 처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2023. 4. 26. 며느리 정○○에게 도 군 면 리 - 대 162㎡, 같은 리 - 대 77㎡ 총 2필지(이하 ‘쟁점토지’라 한다) 및 위 2필지 지상의 조립식판넬구조 판넬지붕 단층 제1종 근린생활소매점 48.52㎡(이하 ‘쟁점건물’이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 통틀어 ‘쟁점부동산’이라 한다)을 5억 원에 양도하였다.
• 나. 이후 원고는 2023. 6. 20. 쟁점부동산 양도에 대한 2023년 과세연도 양도소득세 107,168,532원을 신고하였으나, 신고한 세액을 납부하지 아니하였다. 이에 피고는 2023. 8. 8. 원고에게 2023년 과세연도 신고 무납부분 양도소득세 108,064,460원(가산세 포함)을 고지하였다.
• 다. 이후 원고는 쟁점건물이 1세대1주택에 해당한다는 취지로 2023. 10. 24. 피고에게 경정청구를 하였으나, 피고는 쟁점토지 내에 쟁점건물과 별개로 존재하는 무허가주택 20㎡(이하 ‘쟁점외주택’이라 한다)에 대해서만 1세대1주택 비과세를 인정하고, 쟁점 건물은 상시 주거용 주택으로 인정되지 않는다고 보고, 2023. 11. 22. 원고에게 108,064,460원 중 쟁점외주택에 대한 비과세 인용세액 40,296,325원을 제외한 67,768,135원에 대하여 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2023. 12. 13. 이의신청을 하였으나, 2024. 1. 26. 기각되었고, 2024. 5. 2. 다시 심사청구를 하였다. 국세심사위원회는 2024. 8. 14. 쟁점외주택의 면적이 실제로 20㎡가 아니라 35㎡이므로 이를 기준으로 1세대1주택 비과세를 적용하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정할 것을 의결하였고, 이에 피고는 2024. 9.

9. 추가로 14,515,431원을 감액하여 53,352,794원(가산세포함)으로 경정하고, 원고는 같은 날 그와 같은 내용의 양도소득세 결정결의서(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 송달 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

쟁점건물에는 침대, 화장실, 취사기구, 세탁기, 냉장고 등이 모두 갖추어져 있어 원고 1인이 거주하는 것이 가능한 상태였고, 원고는 쟁점건물에 50년 이상 주민등록을 두고 계속하여 거주하여 왔으므로, 쟁점건물은 주택으로 보아야 하고, 쟁점외주택은 창고 용 도로 사용하였기 때문에 주택이 아니다. 쟁점건물과 쟁점외주택은 양도일 기준으로 한 울타리 안에 2동 이상의 건물이 있는 겸용주택에 해당하고, 쟁점건물이 비과세대상에서 제외된다는 점은 피고가 증명책임을 부담하므로, 피고는 쟁점건물의 용도를 구체적․객관적으로 충분히 확인해보아야 하는 데도, 건물 내부에 들어가 현장을 확인한 사실이 없다.

• 가. 관련 법리 건물이 소득세법 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 정한 주택'에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고(대법원 1987. 9. 8. 선고 87누584 판결 참조), 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 참조). ‘1세대1주택과 이에 부수되는 토지’에 해당되어 양도소득세의 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 증명책임이 있다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2005두8443 판결 참조).
• 나. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제4호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

① 원고는 1980. 1. 12. 도 군 면 리 ***- 대 162㎡ 지상에 건평 9평 규모의 목조 아연즙 평가건 주택(쟁점외주택)을 신축하고 이에 대한 소유권보존등기를 마쳤다. 쟁점외주택은 2023. 8.경 철거되었다.

② 쟁점건물은 2006. 10. 31. 원고 명의로 소유권보존등기가 마쳐진 후 2023. 4. 26. 정○○에게 그 소유권이 이전될 때까지 용도나 구조변경이 없었다.

③ 원고는 2001. 12. 28.부터 2021. 10. 13.까지 리 *-2를 사업장소재지로 하여 ‘AA대게’라는 이름의 음식점을 쟁점건물에서 운영하였다.

④ 한국전력공사와 원고가 체결한 전기공급계약에 대한 종합정보내역(갑 제4호증의 7)에 의하면, 쟁점건물의 경우에는 용도가 ‘상업용’, 주생산품이 ‘식당’, 산업분류가‘한식 일반 음식점업’으로 기재되어 있고, 쟁점외주택의 경우에는 용도가 ‘주거용’으로 기재되어 있다.

• 다. 구체적 판단 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보건대, 쟁점건물은 일시적으로 원고가 주거용으로 사용한 사실이 인정될 뿐, 공부상 용도 및 실제 현황 등에 비추어 볼 때, 상가로 봄이 타당하다. 따라서 쟁점건물을 1세대1주택의 범위에서 제외한 이 사건 처분은 위법하다고 볼 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

① 쟁점건물은 도로에 인접하여 있고, 2023. 4. 당시 촬영된 사진을 보면 건물 외관에 ‘AA대게’라는 큰 간판이 붙어 있다. 그 평면도와 내부 사진에 의하더라도, 영업용 식당에서 흔히 볼 수 있는 주방기기 및 설비들이 주방에 설치되어 있고, 남성용 소변기 등이 화장실에 설치되어 있으며, 신발장과 여러 개의 테이블, ‘당기세요’라는 팻말이 붙은 여닫이 대형 유리문 등 전형적인 단층 식당 건물의 모습을 띄고 있다.

② 원고가 쟁점외주택이 노후화되면서 일시적으로 쟁점건물 내에 침대 등을 갖추어 놓고 거주하였다 하더라도, 그 구조와 시설상태가 주거에 적합하지 않다. 제3자가 쟁점건물을 매수하거나 임차하게 되면 언제든지 음식점 운영이 가능한 상태로 보이고, 제3자가 이를 주택으로 사용할 것으로 기대하기는 어렵다.

③ 소득세법 시행령 제154조 제3항 은 “하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.”라고 정하고 있다. 이 사건에서 쟁점외주택의 연면적은 35㎡, 쟁점건물의 연면적은 48.52㎡으로 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적다(단서조항 적용). 따라서 주택외의 부분에 해당하는 쟁점건물은 주택으로 볼 수 없고, 쟁점건물과 쟁점외주택이 겸용주택이라는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

④ 정○○은 쟁점외주택을 철거한 다음, 그 자리에 주택을 신축(증축)하였고, 신축 주택은 쟁점건물과 별도로 주택으로 기능하고 있다(갑 제2호증 27/37면 및 갑 제4호증의 5 3/4면 참조). 그리고 -*를 사업장소재지로 정○○이 ‘AA대게’라는 상호로 수산물 도매 및 소매업을, 이○○이 ‘BB식당’이라는 상호로 한식 음식점을 운영하고 있는 것으로 확인된다. 이와 같이 피고가 제출한 증거들에 의하여 쟁점건물이 본래 주거용이 아니었고, 주거용에 적합한 상태가 아니며, 제3자가 상가로 사용하는 이상 주택으로 볼 수 없음이 명백하게 증명된 이상, 피고가 건물 내부에 들어가 현장을 확인하지 아니하였다고 하더라도, 결론에 아무런 영향을 미치지 아니한다. 따라서 피고가 건물 내부에 들어가 현장 확인을 한 사실이 없음을 이유로 피고가 쟁점건물이 비과세 대상에서 제외된다는 점에 대하여 증명을 다하지 못하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

⑤ 원고는 쟁점외주택이 노후되어 주택으로 평가될 수 없다고 주장하나, 쟁점외주택은 무허가로 주택의 기능을 해왔었던 이상 이를 재축(증축)하기 전에 가재도구 등을 보관하여 창고 용도로 사용했더라도, 주거로 봄이 타당하다(앞서 본 대법원 2004두14960 판결 참조. 만약 쟁점외주택이 주택이 아니라고 본다면, 원고는 이에 대한 1세대1주택 비과세도 받지 못하게 된다).

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.