원고가 수취한 세금계산서가 허위임을 인식하지 못한 이상 장기부과제척기간 적용은 위법함

사 건 2024구합25038 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고

○○세무서장 원 심 판 결 xxxx. x. x. 변 론 종 결

2025. 10. 29. 판 결 선 고

2026. 1. 14.

1. 피고가 2023. 9. 7. 원고에 대하여 한 2017년 2기분 부가가치세 ,,원(가산세포 함), 2017 사업연도 귀속 법인세 ,,원(가산세 포함)의 부과처분 및 소득자를 BBB, 소득 종류를 상여, 소득금액을 ,*,***원으로 하는 소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 당사자들의 관계

1. 원고는 20. . . 자회사인 CC 주식회사(이하 ‘CC’라 한다)를 흡수합병한 법인이다. 합병 전 CC는 2016년경 주식회사 DD(이하 ‘이 사건 시행사’라 한다)와 사이에 이 사건 시행사가 시행하는 구 동 일대 지상 층 상가 및 오피스텔 건물 신축공사를 CC이 시공, 분양 및 관련 광고ㆍ홍보를 담담하는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 사업’이라 하고, 특별한 사정이 없는 한 ‘CC’ 대신 ‘원고’로 칭한다).

2. 원고는 20. . **.경 이 사건 사업 중 분양 및 홍보 업무를 EE 주식회사(이하 ‘EE’라 한다)에 하도급하였고, EE는 분양 업무 중 일부를 다시 FF, GG, HH, II, JJ 등 11개 업체에 다시 재하도급을 주었다.

• 나. 이 사건 세금계산서 등의 교부 원고는 20. . . EE으로부터 품목 ‘구청역 상가 광고홍보비 2차’, 공급가액 4억 ,000만 원, 부가가치세액 ,00만 원, 작성일자 20. . .로 된 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 이와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다)를 교부받았고, 원고는 20. . . 이 사건 거래에 따른 대금 억 ,00만 원을 EE에 지급하였다. 또한 원고는 이 사건 거래를 포함하여 이 사건 시행사의 신탁사인 KK에게 억 ,만 원(공급가액 억 ,00만 원 + 부가가치세액 ,0만 원)을 청구한 후 세금계산서를 발급하고, 20. . . 위 대금을 지급받았다. EE가 이 사건 세금계산서를 발행할 때에 그 근거가 된 재하도급업체들과의 하위 거래들의 구체적인 내역은 다음 표의 기재와 같다(이하 ‘하위 거래’라고 칭한다). <표 생략>
• 다. 세무조사

1. △△세무서장은 FF에 대한 개인통합조사를 거쳐 2017년 과세기간 동안 실물거래 없이 합계 ,,원 상당의 거짓 세금계산서를 발급한 사실을 확인한 후 □□세무서장에게 이를 통보하였으며, □□세무서장은 EE에 대한 세무조사를 거쳐서 이 사건 세금계산서 중 ,,원은 실거래 없이 과다 발행된 것으로 확정하고, 이를 피고에게 통보하였다.

2. □□세무서의 세무조사 중 이 사건 거래와 관련된 하위 거래 중 EE가 FF으로부터 교부받은 20. . . 자 공급가액 ,,원의 세금계산서는 가공거래로 작성된 것임을 확인하였고, 이 사건 거래대금 중 ,,원 중에서 부가가치세 및 소득세를 제외한 ,,원이 이 사건 시행사의 임직원들에게 수표 등으로 전달되었음을 확인하였다. 또한, EE가 HH으로부터 교부받은 공급가액 ,만 원 세금계산서 중 0만 원만이 실제 거래임이 밝혀졌고(20. . . ,000만 원이 취소되어 수정신고되었다), II로부터 교부받은 세금계산서 ,,원도 실제 거래를 확인할 수 없었다(20. . **. 세금계산서가 취소되었다).

• 라. 이 사건 처분 피고는 □□세무서장으로부터 과세자료를 송부받은 후 원고로부터 과세자료 해명자료을 제출받은 후 이 사건 거래 전부를 허위로 보아 이 사건 세금계산서는 전액 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 판단하고, 부가가치세 매입세액 ,00만 원을 불공제하고, 공급가액 억 ,000만 원을 법인세 손금 부인한 후 20. . . 2017년 제2기 부가가치세 ,,원, 2017 사업연도 법인세 ,,원을 각 경정ㆍ고지하였다. 또한 원고가 EE에 지급한 ,000,000원을 그 귀속이 불분명한 금액으로 보아 원고의 대표자에게 상여로 소득금액변동통지를 하였고, 이에 원고는 20. . 대표자 상여처분에 대한 2017년 귀속 원천세 ,,***원을 신고ㆍ납부하였다(이하 피고가 한 각 부과처분 등을 모두 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 전심절차 경료 및 재처분

1. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20. . . 피고에게 이의신청을 하였으나, 피고는 20. *. **. 이를 기각하였다.

2. 원고는 20. . . 국세청장에 대한 심사청구를 하였는데, 국세청장은 20. . **. 이 사건 세금계산서 중 실제 거래로 보이는 일부 금액, EE가 납부한 부가가치세 ,*00만 원에 관한 실제 귀속자를 재조사하여 다시 부과처분을 하라는 재조사결정을 하였다.

3. 피고는 20. . **. 재조사 결과 원고가 제출한 소명자료만으로는 이 사건 처분을 수정하기 부족하다고 보아 당초 과세처분을 유지하였다.[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제3 내지 5, 8 내지 12호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지 번호 포함), 변론 전체의 취지

원고는 이 사건 처분에는 다음과 같은 위법사유가 있다고 주장한다.

• 가. 이 사건 거래는 가공된 허위 거래가 아니다(① 주장).
• 나. 부과제척기간 도과(② 주장) 설령 이 사건 거래 중 일부가 가공 거래라고 하더라도, 원고는 EE와 FF의 거래가 허위였고, 20. . . 및 같은 달 . 각 취소된 HH과 II가 발급한 세금계산서가 취소되었음을 알지 못하였다. 이럴경우 수취한 증명이 거짓임을 알지 못하였을 때에는 부당한 방법으로 과소신고한 경우에 해당하지 않는다는 대법원 법리(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등)에 따라서 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없고, 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.
• 다. 사외 유출된 소득의 귀속자가 명백하다(③ 주장). 피고는 이 사건 거래 대금 억 ,00만 원의 귀속이 불명하다고 보아 이를 원고의 대표자에 대한 상여로 보았으나, 억 ,00만 원의 귀속은 이 사건 시행자의 대표자 및 직원들에게 귀속되었음이 밝혀졌다. 또한 이 사건 거래 대금 중 ,,000원은 EE의 하도급업체들에게 귀속되었고, 부가가치세 ,***만 원은 EE가 납부한 것이 밝혀졌으므로 EE에게 귀속되었다.
• 라. 이 사건 세금계산서는 공급가액을 과다 기재한 것에 불과하여 1%의 가산세율이적용되어야 한다(④ 주장).
• 마. 원고와 EE 사이의 거래가 허위 거래라면, 원고와 이 사건 시행사(KK) 사이의 거래도 허위 거래가 된다. 이럴 경우 원고의 매출세액(,***만 원)은 부가가치세 과세표준에서 차감되어야 한다. 결국 원고는 억 ,00만 원을 잘못 익금 산입하고, 억 ,000 만 원을 잘못 손금 산입하였기 때문에. 원고는 법인세와 부가가치세를 오히려 더 납부하였으며 이를 탈루한 사실이 없고, 오히려 세액을 새로 정산하여야 한다(⑤ 주장).

별지와 같다.

• 가. ① 주장에 대한 판단 원고는 이 사건 거래가 허위 거래가 아니라고 주장하나 다음과 같은 사정들에 의하면, 이 사건 거래 중 상당 부분이 허위임을 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 일부 이유 있다.

1. 을 제11, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 △△세무서 및 □□세무서의 세무조사 당시 이 사건 거래의 하위 거래라 할 FF으로부터 교부받은 20. . . 자 공급가액 ,,*원의 세금계산서는 가공거래로 작성된 것임을 확인하였고, EE 대표 NN도 위 세금계산서는 이 사건 시행사 직원들의 요구로 작성된 것이라면서 이와 동일한 취지로 진술하였다.

2. 위 증거들에 의하면, EE가 II로부터 교부받은 세금계산서 ,,*원도 실제 거래를 확인할 수 없었고, HH으로 교부받은 세금계산서 중 **,000,0000원은 허위 거래로 취소된 사실도 인정된다.

3. 그러나, HH으로부터 교부받은 공급가액 ,만 원 세금계산서 중 만 원만은 실제 거래임이 밝혀졌고, LL부터 교부받은 ,만 원의 세금계산서는, LL으로 발급받아야 할 것을 MM으로 잘못 기재한 것에 불과함이 NN의 진술에서 확인되었다. 또한, 또한 갑 제3호증의 기재에 의하면 갑 제9호증의9(GG 세금계산서)의 경우 실제 일보 인터넷판에 광고가 있었음이 국세심사청구 단계에서 확인되었다(갑 제3호증 제7/56면)

4. 피고는 이 사건 거래 및 그 하위 거래 전부가 허위라고 주장한다. 그러나, 국세심사 단계에서도, 국세청장은 이 사건 거래 대금 중 ,*,***원 상당은 실제 거래로 인한 것으로 보았고(갑 제3호증 53/56면), □□세무서도 이 사건 거래 전체가 허위라고 보지 않았다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고가 갑 제9호증의 4 내지 11의 거래가 실거래임을 입증할 자료를 원고가 제출하지 못하고 있다고 주장하면서 이 사건 거래 전부가 허위라고 주장한다. 그러나, 앞서 △△세무서 및 □□세무서의 세무조사 당시 가공인 허위 거래들을 특정하여 이를 피고에게 통보하였고, 피고로서는 △△세무서나 □□세무서에 관련 자료를 받아 쉽게 실거래임을 확인할 수 있음에도 불구하고 과세연도로부터 상당 기간이 경과한 후에 원고가 해명자료를 제대로 제출하지 못하고 있다는 이유만으로 이 사건 세금계산서 거래를 허위라고 단정한 것은 부당하다(피고는 국세심사결정에 나온 증거들조차 제대로 반영하지 않았다). 또한 피고는 NN의 심문조서(을 제11호증)도 일부만을 이 법원에 제출하고 있는 등 제대로 허위 거래를 제대로 입증하지 못하고 있다.

• 나. ② 주장에 대한 판단

1. 법리 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조). 2) 원고는 이 사건 거래가 허위임을 알지 못했기 때문에 구 국세기본법(2017. 12.19. 법률 제15220호로 일부 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 “사기 기타 부정한 행위로 인하여 국세를 포탈한 경우”가 아니므로 10년의 부과제척기간이 적용되지 않는다고 주장한다. 이에 대하여는 피고는 당시 CC이 EE와 합의하여 이 사건 세금계산서를 발행하였고, 이 사건 세금계산서에는 다른 세금계산서와 달리 ‘수량’ 항목에 아무런 표시가 없는 점, 당시 CC은 원고의 자회사로서 자금 집행 및 세금계산서 수수 등의 행위를 입증할 시스템을 갖추고 있는 것으로 판단되는데, 원고는 아무런 자료를 제출하지 못하는 점 등을 감안하면, 원고가 이 사건 거래가 허위임을 알지 못했다는 주장을 수긍하기 어렵다면서 이를 반박한다.

3. 구체적 판단 원고는 이 사건 세금계산서가 이 사건 시행사의 요청으로 추가 집행되는 광고홍보비용을 사업 정산시 반영하여 정산받는 조건으로 선집행한 것이라고 밝히고 있고(을 제6호증), 이 사건 거래의 하위거래들에 대하여는 세금계산서 이외에 구체적인 증거들을 제출하지 못하고 있기는 하다. 그러나 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이러한 사정들만으로는, 원고(구체적으로는 CC)가 이 사건 거래가 허위임을 알았다고 보기에는 부족하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. 앞서 본 바와 같이 △△세무서, □□세무서의 세무조사와 형사 고발로 인한 형사사건 수사가 있었고, 을 제9호증의 기재에 의하면 EE의 대표 NN은 허위 세금계산서 발행 사실이 인정되어 약식명령이 제기되었으며, 을 제12호증의 기재에 의하면, △△세무서 세무조사 당시 금융거래 현지 확인 절차를 거쳐서 이 사건 시행사의 임직원들이 EE로부터 이 사건 거래로 인한 대금에서 소득세와 부가가치세를 제외한 ,,***원을 수표 등으로 이를 지급받은 사실을 확인하였는데, CC 임직원들의 이 사건 세금계산서의 발행 관여에 관하여는 이를 구체적으로 확인하지 못한 것으로 보이고, 위와 같이 광범위한 조사를 거쳤음에도 불구하고 피고는 CC의 공모와 관련된 아무런 증거를 제출하지 못하고 있다. 을 제12호증에는, 이 사건 시행사 직원들과 EE 대표 NN이 CC과 관계를 유지하기 위하여 가공 세금계산서를 발행할 것을 공모한 사실은 적시되어 있으나, 그러한 사실만으로는 CC의 직원들이 관여된 것임을 추론하기 부족하다. 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 세금계산서를 발행함에 있어서 이 사건 시행사와 추후 정산된 것임을 전제로 선발행한 사실은 인정되나, 추후에 사후 관리나 점검을 잘못한 과실은 있다고 볼 수 있어도, 이 사건 세금계산서와 거래가 허위이고, 부가가치세 등을 면탈하기 위한 인식이 있었음을 인정하기는 어렵다.

4. 소결론 그렇다면, 원고가 이 사건 세금계산서가 허위임을 인식하지 못한 이상, 이 사건 거래와 관련된 제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이라고 할 것이다. 따라서, 이 사건 처분 중 ① 2017년 2분기 부가가치세 부과처분의 경우, 부가가치세 확정신고기간인 2018. 1. 25. 다음날로부터, ② 2017년도 귀속 법인세 부분은 법인세 납부기간인 사업연도의 종료일로부터 3월이 경과한 2017. 4. 1.부터, ③ 원고의 대표자에 대한 2017년도 소득금액변동통지의 경우에는 종합소득세 신고기간인 2018. 5. 31. 다음날부터 각 5년이 지났음이 명백한 20**. . . 이 사건 처분이 부과되었음음이 명백하므로, 이 점에도 이 사건 처분은 위법하다.

• 다. ③ 주장에 대한 판단 원고는 이 사건 거래로 인한 대금의 귀속자가 다 밝혔다는 입장인데, 피고는 이 사건 거래 대금 중 일부가 CC에게 흘러 들어갔다는 전제하에서 대금의 귀속이 명확하지 않다고 주장하면서, 원고에 대표자에 대한 상여 처분은 적법하다고 주장하고 있다. 살피건대, 아래와 같은 사정들에 의하면, 이 사건 세금계산서의 발행으로 인한 대부분의 대금의 귀속자들은 이미 다 밝혀졌다고 봄이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 있다. 앞서 본 바와 같이, 국세심사에서 국세청장은 이 사건 거래의 대금 중에서 ,,원만이 사외유출된 것으로 보았다(갑 제3호증 53/56면). 그러나 을 제12호증의 기개에 의하면, △△세무서 세무조사 당시 금융거래 현지 확인 절차를 거쳐서 이 사건 시행사의 임직원들이 EE로부터 이 사건 거래로 인한 대금에서 소득세와 부가가치세를 제외한 ,,원을 수표 등으로 이를 지급받은 사실을 확인하였으므로, 위 돈은 이 사건 사업 시행자 내지 임직원들에게 귀속되었음이 명확하다. 당시 CC에게 위 대금의 전부 또는 일부가 귀속되었다는 점에 대하여 피고는 아무런 증거를 제출하지 않고 있는 이상 귀속자가 불명하다는 피고의 주장은 이를 받아들이기 어렵다. 국세심사 단계에서 국세청장은 이 사건 대금 중 ,,***원은 이 사건 거래의 하위 거래로 실제 거래로 보고 있고, 부가가치세 상당액인 ,*00만 원은 EE에서 부가가치세를 납부함으로써 EE에 귀속되었다고 판단하였다.
• 라. ④ 주장에 대한 판단 구 부가가치세법(2017. 12. 29. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제5호는 “세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트”를, 같은 조 제3항 제2호는 “재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우”에는 공급가액의 2%의 가산세를 부과하도로 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 거래 및 세금계산서 중 일부가 이 사건 사업 시행자 및 EE 간의 허위 거래로 인한 것임을 알았다고 보기 어려운 이상, 원고는 이 사건 세금계산서의 일부가 사실과 다른 경우를 착오 또는 과실로 발급하였다고 봄이 타당하므로, 구 부가가치세법 제60조 제2항 제5호 에 따라 1%의 가산세율이적용된다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.
• 마. ⑤ 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은 예비적 주장이다. 살피건대, 이 사건 세금계산서가 허위 거래에 기한 것이라는 피고의 논리에 의하더라도, 원고는 이 사건 세금계산서를 매입하고 대금을 EE에게 지급하였고, 이를 근거로 이 사건 시행사에게는 이 사건 거래를 포함한 세금계산서를 발행한 후 매입세액과 매출세액의 신고를 마치고 부가가치세액을 납부하였으므로, 이 사건 세금계산서를 허위로 볼 경우에는 원고가 이 사건 시행사에게 발급한 매출 세금계산서를 취소하고 매출세액을 공제하여 부가가치세액 등을 새로이 계산하는 절차를 거쳐야 할 것이 므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 있다.

이상의 결과를 종합하면, 이 사건 세금계산서 중의 일부 거래는 허위임이 인정되지만 일부는 사실에 부합하는 거래이므로, 이를 전부 허위로 보고 한 이 사건 처분은 부적법하다. 또한 이 사건 각 처분은 부과제척기간을 도과하여 한 처분으로 전부가 부법하며, 대금의 귀속자도 대부분 명백하게 밝혀져 있다. 또한 이 사건 처분 중 부가가치세에 대한 가산세율의 적용에도 오류가 있으며, 원고가 납부한 이 사건 시행사와의 부가가치세 매출세액도 정산될 필요가 있다. 그렇다면, 이 사건 처분은 부적법하여 이를 전부 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.