내국법인이 주택을 양도한 경우 법령에서 제외하는 것 이외에는 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가로 납부하여야 함

사 건 2024구합24929 법인세등부과처분취소청구의소 원 고 주식회사 ○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 25. 판 결 선 고

2025. 12. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20○○. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 2020 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다

• 가. 원고는 금속제창, 합성수지제창, 금속재패널, 교량난간, 금속구조물 제조업을 목적으로 20○○. ○○. ○○. 설립된 법인으로 20○○년경 건축공사업, 부동산임대 및 매매업 등을 등기부상 목적사업에 추가하였다.
• 나. 원고는 2020. ○○. ○○. ○○ ○○구 ○○동 ○○, ○○, ○○ 토지(이하 위 토지들을 통칭하여 ‘이 사건 부수토지’라 하고, 각 토지를 지칭할 때는 지번으로만 특정한다) 및 위 ○○ 토지 지상 경량철골구조 건물(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)을 양도하고 발생한 양도소득 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 양도소득’이라 한다)을 20○○. ○○. ○○.경 2020년 사업연도 법인세 신고시 익금에 산입하여 법인세를 신고·납부하면서 구 법인세법(2020. 8. 18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제1항에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 추가하여 신고·납부하지 않았다.
• 다. ○○지방국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시하면서 원고가 양도한 이 사건 주택은 주택을 신축하여 판매하는 법인이 양도한 주택에 해당하지 않으므로 구 법인세법 제55조의2 제1항 의 규정에 따라 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과하도록 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 20○○. ○○. ○○. 원고에게 이 사건 양도소득에 대하여 2020년 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 20○○. ○○. ○○. 감사원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 20○○. ○○. ○○. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 양도소득은 ‘주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택 및 부수토지를 양도함으로써 발생한 소득’에 해당하므로, 구 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 및 구 법인세법 시행령(2020. 8. 7. 대통령령 제30920호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제92조의2 제4항 제4호에 따라 법인세 과세대상에서 제외되어야 한다.
• 나. 판단

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 위 법리에 비추어 보건대, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 주택을 ‘판매용’으로 신축하여 양도하였다고 인정하기 부족하고, 오히려 앞서 본 사실관계 및 증거에 갑 제2, 3, 6, 7호증, 을 제3호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 애당초 이 사건 주택을 판매용으로 신축하였다기 보다는 이 사건 부수토지의 불법적인 형질변경 상태를 시정하기 위한 방편이자 원고 본인의 업무에 사용하기 위해 신축하였고 이후 수년간 스스로 사용·수익하다가(원고 본인이 사무실로 사용하거나 임대하는 방법으로) 양도한 것으로 보인다. 따라서 원고가 이 사건 주택을 양도한 것은 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 에 정한 비과세 요건을 충족한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

① 구 법인세법 제55조의2 의 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례제도’는 2001. 12. 31. 종전의 특별부가세제도가 폐지되면서 신설된 제도로서 법인이 양도하는 주택의 경우 지역적 요건 없이 추가 과세하는 것은 2003. 12. 30. 법률 제7005호로 법인세법 제55조의2 제1항 이 개정되면서 마련되었다. 이는 법인의 부동산 투기를 억제하고 개인에 대하여 부과되는 고율의 양도소득세와의 과세형평을 도모하기 위하여 법인이 일정한 토지 및 건물을 양도하는 경우 각 사업연도소득에 관한 법인세 외에 추가로 양도소득에 대한 법인세를 과세하는 것을 원칙으로 하는 제도이다.

② 이처럼 구 법인세법 제55조의2 제1항 은 내국법인에 대하여 일정한 토지 등을 양도하는 경우 추가 법인세를 납부하는 것을 원칙으로 규정하고 있는데, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 은 위 과세중과가 적용되는 주택을 ‘국내에 소재하는 주택’으로 포괄적으로 정하여 원칙적으로 중과 대상이 되고 예외적으로 일정한 요건을 갖춘 주택을 그 범위에서 제외하고 있다. 또한 구 법인세법 제55조의2 제4항, 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 주택을 신축하여 판매하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 구 법인세법 제55조의2 제1항 을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

③ 한편, 위 구 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 와 같은 취지를 규정한 구 법인세법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14080호로 개정되기 전의 것) 제124조의3 제5항은 ‘주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 일정한 면적 이내의 토지’는 특별부가세 과세 대상이 되는 토지 및 건물에서 제외하였는데, 위 법인세법 시행령 규정은 원칙적으로 주택을 ‘판매용’으로 신축하여 양도하는 경우를 예정한 것이었다(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누13091 판결 참조). 따라서 원고가 이 사건 주택을 신축하면서 스스로 사용·수익하다 언젠가는 판매할 의사가 있었다는 것만으로는 이 사건 주택을 판매용으로 신축하였다고 보기 어렵다.

④ 원고는 20○○. ○○. ○○. 지목이 ‘답’인 이 사건 부수토지를 매수하였다. 그리고 원고 대표이사(김○○)의 처인 김○○은 20○○. ○○. ○○. 이 사건 부수토지에 인접한 ○○ ○○구 ○○동 ○○ 토지(이하 ‘○○동 ○○ 토지’라 한다)를 매수하여 20○○. ○○.경 그 지상에 일반철골구조의 4층 건물(이하 ‘○○동 ○○ 건물’이라 한다)을 신축하였고, 원고는 20○○. ○○. ○○1. 위 ○○동 ○○ 건물의 1층을 원고의 본점 소재지로 등록하였다. 원고는 20○○. ○○. ○○.경 이 사건 부수토지에 인접한 ○○ ○○구 ○○동 ○○ 토지 및 그 지상 건물을 임차하여 원고의 창고로 사용하였다. 원고는 20○○. ○○. ○○. 이 사건 부수토지 중 ○○ 토지에 경량철골구조의 단층 단독주택인 이 사건 주택(면적 ○○.○㎡)을 신축하였는데, 이 사건 주택은 위 본점(○○동 ○○ 건물)과 창고(○○동 ○○ 건물) 사이에 위치하고 있었다.

⑤ 원고의 대표이사는 ○○지방국세청에서 조사받으면서 ‘이 사건 부수토지는 주차장으로 사용하였는데, 20○○. ○○.경 위 토지의 지목이 ’답‘인데 불법으로 콘크리트 작업 후 주차장으로 사용한다는 민원이 제기되어 ○○광역시 ○○구청으로부터 시정명령을 받았고, 이에 원고는 위 토지의 지목을 ’대지‘로 변경하기 위해 경량철골구조로 이 사건 주택을 신축하여 건축허가를 받은 위 토지의 지목을 대지로 변경하였으며, 이 사건 주택을 사무실, 휴게공간 등으로 활용하였고, 이 사건 주택의 건축비용은 대표이사 개인자금으로 지출하였다’는 취지로 진술하였다.

⑥ 원고는 20○○. ○○. ○○.창호금속공사업을 주업종으로 사업자등록을 하였고, 이후 20○○. ○○. ○○. 금속구조물 제조업과 시설물유지관리업을 부업종으로 추가 등록하였으며, 20○○. ○○. ○○. 주택임대업을 부업종으로 추가 등록하였다. 이후 원고는 이 사건 주택을 임대하여 사용하였는데, 이 사건 주택에 전입신고를 했던 임차인은 20○○. ○○. ○○. 김○○, 20○○. ○○. ○○. 김○○, 20○○. ○○. ○○. 정○○로 3명이다.

⑦ 원고 대표이사의 개인자금으로 이 사건 주택을 신축함에 따라 원고는 재무제표에 이 사건 주택을 자산으로 계상하지 않았고, 이 사건 양도소득을 영업이익이 아닌 유형자산처분(영업외이익)으로 계상하였다.

⑧ 원고는 20○○. ○○. ○○. 주식회사 ○○에게 이 사건 주택, 이 사건 부수토지를 매도하였는데(김○○도 같은 날 주식회사 ○○에 ○○동 ○○ 토지 및 건물을 매도하였다), 이 사건 주택 이외에는 주택을 신축하여 판매한 적이 없고, 이 사건 주택을 신축한 이후 판매하기까지 약 3년이라는 상당한 기간이 소요되었음에도 그동안 이 사건 주택을 판매하기 위한 행위를 하였다고 볼 만한 자료가 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.