원고의 경우 이 사건 아파트를 구입할 때에는 비록 1세대 1주택자의 지위에 있지 않았다고 하더라도, 이혼 후에 2년의 실거주요건을 충족하여 1세대 1주택 비과세 특례를 누릴 수 있었음에도 불구하고 실제 거주를 하지 않았음

사 건 2024구합22701 양도소득세경정청구거부처분취소 원 고 aaa 피 고

○○○세무서장 원 심 판 결 변 론 종 결

2025. 7. 16. 판 결 선 고

2025. 8. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고의 원고에 대한 20

○○.

○○.

○○. 자 경청청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 7. 21. aa 1127 bb 000동 0000호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 529,100,000원에 분양받고(이하 ‘이 사건 아파트 분양계약’이라 한다), 2019. 11. 18. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고의 남편 cc는 2002. 8. 20. gg dd 000-00 제1층 제1호(이하 ‘dd 주택’이라 한다)에 대하여 2002. 6. 3. 자 상속을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다가, 2018. 6. 8. 이를 매도하였다.
• 다. 원고와 cc는 2017. 6. 1. 법원의 조정으로 이혼하였다.
• 라. 원고는 이 사건 아파트에 한 번도 거주하지 않은 상태에서 2022. 8. 26. 이 사건 아파트를 1,220,000,000원에 매도한 후 2022. 12. 30. 양도소득세 213,055,068원을 신고납부하였다.
• 마. 원고는 이 사건 아파트가 1세대 1주택에 해당함을 전제로 원고가 신고납부한 양도소득세 중 고가주택 기준(12억 원)을 초과한 부분에 대하여 2023. 2. 8. 피고에게 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 3. 14. 이에 대하여 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구하였으나, 조세심판원은 2024. 3. 20. 이를 기각하였다.

• 가. 이 사건의 배경 1세대 1주택 양도소득세 면제에 관하여, 구 소득세법 시행령(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호로 개정된 것) 제154조 제1항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)이 개정되면서 같은 조 제2항에 따른 조정구역에 있는 주택의 경우 주택 보유기간 2년 이외에도 종전에 없던 2년의 거주요건이 추가되었고, 이에 따라서 조정구역에 있는 주택은 2년 보유 및 보유기간 중 2년 거주요건을 충족하여야 1세대 1주택 양도소득세 면제의 특혜를 받게 되는 것으로 변경되었다. 한편 위 시행령 부칙 제2조 제2항 제2호는 위와 같은 개정에도 불구하고 종전 규정의 적용을 받는 경우로 『2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)』를 규정하였는데(이하 ‘이 사건 부칙 조항’이라 한다), 이에 따르면 무주택 세대가 2017년 8월 2일(이하 ‘이 사건 기준일’이라 한다) 이전에 부동산 매매계약을 체결한 경우에는 종전과 같이 2년 보유요건만으로 양도소득세를 면제받을 수 있다. 그러나 이 사건 기준일 이전에 이미 1세대 1주택인 경우에는 추가로 부동산 매매계약을 체결하더라도 그 추가된 부동산에 대하여는 1세대 1주택 양도소득세 특례를 적용받을 수 없다.
• 나. 원고의 경우 원고가 이 사건 아파트를 분양받은 시점은 2016. 7. 21.이므로 이는 이 사건 기준일 이전의 계약체결이다. 그러나 (비록 사이가 좋지 않아서 2016. 12.경 이혼 소송을 제기하기는 하였으나) 원고는 2016. 7. 21. 당시 혼인 중이었고, 원고의 남편 cc는 당시 dd 주택을 소유하고 있었기 때문에 1세대 무주택자에 해당하지 아니한다. 따라서 원고의 경우는 이 사건 부칙 조항에 따른 1세대 1주택 특례 적용을 받지 못하는 경우이다. 원고는 2017. 6. 1. 이혼을 하였으므로 그때부터는 1세대를 이루어 보유기간 중 2년을 거주함으로써 1세대 1주택 감면요건을 충족할 수 있었으나, 이 사건 아파트에 거주하지 않아 거주요건을 충족하지 않은 상태에서 2022. 11. 11. 이 사건 아파트를 매도하였기 때문에 이 사건 시행령 규정에 따른 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지도 못했다. 원고의 주장은 이러한 법인세법 시행령 개정 하에서 이해될 수 있다.

별지 기재와 같다.

원고의 주장들은 이해가 쉽지 않으나, 대략 다음과 같이 선해하여 정리한다.

• 가. 이 사건 부칙 조항에서 거주요건 성립시기를 이 사건 기준일(2017. 8. 2.)로 하지 않고 그 이전의 매매계약일로 한 것은 소급 과세 금지의 원칙에 반하므로(원고는 2017. 6. 1. 이혼했기 때문에 그때부터는 단독 세대가 되므로, 이 사건 부칙 조항에서 2017. 6. 2.부터 이 사건 기준일 사이로 매매계약일을 정했다면, 원고는 거주요건 없이 보유요건만으로 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있다), 거주요건을 적용할 수 없다(①주장).
• 나. 원고는 이 사건 아파트 분양계약을 체결할 때에도 사실상 이혼 상태였고, 이 사건 부칙 조항이 시행될 당시(2017. 9. 19.) 및 이 사건 기준일 당시에는 이혼하여 혼자 1세대를 구성하였으며, 2019. 8. 21. 이 사건 아파트의 잔금을 지급할 때에도 단독 세대였으므로, 원고는 이 사건 아파트 분양계약일 당시(2016. 7. 21.)에 1세대 1주택자로 보아야 한다(② 주장).
• 다. 입법 연혁 상 1세대 1주택에 대한 비과세는 소유를 기준으로 하였고, 거주를 기준으로 하지 않았기 때문에 이 사건 시행령 조항에서 2년 거주요건을 추가한 것은 위헌이다(③ 주장).
• 라. 이 사건 부칙 조항에서 이 사건 기준일(2017. 8. 2.) 이전의 매수인에 대하여 계약금 지급 당시 전세대원이 무주택일 것까지 요구하는 것은 위임입법의 한계를 벗어난 것으로 아무런 근거가 없는 위헌이다. 또한 이 사건 부칙 조항은 계약금 지급 당시 일시적으로 1세대 2주택자가 될 수 있는 경우조차 원천적으로 비과세를 배제하고 있어모법에서 인정한 면제 범위를 합리적 이유 없이 축소하였다(④ 주장).
• 마. 이 사건 부칙 조항은 이 사건 기준일을 설정하여 주택 소유자의 지위와 주택 매수인의 지위를 합리적 이유 없이 차별하였다(⑤ 주장).

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 참조). 이러한 법리 하에 원고 주장의 당부를 차례대로 살핀다.

• 가. ① 주장에 대한 판단 소급과세금지원칙은 조세법령의 시행 이전에 종결된 사실에 소급하여 이를 조세부과의 요건으로 삼지 못한다는 것을 의미하는 것인데(대법원 2001. 9. 14. 선고 2000두406 판결 참조), 원고는 2016. 7. 21. 이 사건 아파트 분양계약을 체결하였고, 이 사건 시행령 조항이 시행된 2017. 9. 19.에는 이 사건 아파트는 준공조차 되지 않은 상태였기 때문에 거주요건이나 보유요건을 논할 수 있는 상태라고 보기 어려웠다. 즉, 이 사건 소득세법 조항이나 이 사건 부칙 조항 시행 이전에 원고의 비과세요건이 완성되거나 법률관계가 확정된 것이 아니다. 이러한 상황 하에서 이 사건 시행령 조항과 이 사건 부칙 조항이 이 사건 기준일 이전에 1세대 무주택자가 매매 계약을 체결한 경우에는 종전과 같이 보유요건만으로 1세대 1주택의 감면 요건을 충족하도록 혜택을 확대한 것이므로 여기에는 소급과세의 위법이 없다. 원고는 1세대 1주택 상태에서 추가로 주택을 구매한 경우로, 이런 경우에는 처음부터 1세대 1주택자 양도소득세 감면 혜택을 받지 못하므로, 처음부터 소급과세의 문제가 생기지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. ② 주장에 대한 판단 이 부분 주장은 마치 원고의 이혼에 소급효를 부여하여, 원고가 이 사건 아파트 분양계약 당시 이혼한 것으로 보고 1세대 1주택의 특례를 부여하여 달라는 취지의 주장으로 이해된다. 살피건대, 조세법규의 해석은 법문대로 해석하는 것이 원칙임은 이미 본 바와 같고, 양도소득세의 비과세요건인 ‘1세대 1주택’에 해당하는지를 판단할 때 거주자와 함께 1세대를 구성하는 배우자는 법률상의 배우자를 의미한다고 해석된다(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 참조). 소득세법 제88조 제6호 는 ‘1세대’를 거주자 및 그 배우자가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자로 규정하고 있지만, 배우자를 해석할 때에는 법률상의 배우자를 의미하는 이상, 이 사건 기준일 당시 이혼을 한 상태였다고 하더라도, ① 이혼에 소급효를 인정하여 이 사건 아파트 분양계약일 당시에 원고가 이혼하여 독자적으로 1세대를 구성한다고 해석할 아무런 법적인 근거가 없고, ② 이 사건 부칙 조항은 “해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정”라고 명확하고 규정하여 달리 해석할 여지도 없는 점에 비추어, 이 사건 아파트의 분양일인 2016. 7. 21. 기준으로 원고가 법적으로 혼인 중이었던 이상, 원고를 무주택세대에 속한 거주자로 볼 수 없다. 특히 원고의 주장에 따르면, 원고는 이혼 시기를 달리 주장하여 양도소득세 감면 여부의 적용시기를 다르게 할 수 있기 때문에 국가의 조세징수권을 무력화하는 심히 부당한 주장이라고 할 수 있다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
• 다. ③ 주장에 대한 판단 원고의 이 부분 주장은 연혁적으로 소득세법은 1세대 1주택자의 경우 주택을 보유만 하면 비과세를 해 왔고, 거주요건을 요구하지 않았음에도 불구하고, 이 사건 시행령 조항이 거주요건을 추가로 요구하는 것은 위헌이라는 것으로 이해된다. 이는 종전부터 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목이 “1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족한 경우”로 규정하고 있어, 법에서 1세대 1주택 비과세 요건으로 보유요건만을 규정하고 있다는 점에 착안한 주장으로 보인다. 그러나 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 “1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택”을 감면요건을 규정하여 보유요건 이외의 다른 요건들은 대통령령으로 이를 규정할 수 있도록 위임하였으므로, 보유요건만을 감면 요건으로 볼 수는 없다. 한편, 헌법재판소는 이미 1세대 1주택을 양도소득세 비과세대상으로 정하는 구 소득세법(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호 가.목(이 사건 소득세법 감면규정과 내용이 같다)이 ‘1세대 1주택’의 구체적인 범위를 대통령령으로 위임한 것은 정당하다고 판시한 적이 있다(헌법재판소 2024. 2. 28. 선고 2021헌바208 결정, 헌법재판소 1997. 2. 20. 선고 95헌바27 결정 참조). 따라서 소득세법이 1세대 1주택자의 경우 보유요건만을 규정하고 있는데, 여기에 이 사건 시행령 조항으로 2년의 거주요건을 추가로 규정하였다고 하더라도, 이는 모법의 위임에 의한 것으로 위헌의 문제가 발생하지 않는다. 다만 그 위임의 범위를 벗어 나지는지 여부는 다음에서 계속하여 살핀다.
• 라. ④ 주장에 대한 판단(위임입법 한계 위반 주장)

1. 원고는 이 사건 부칙 조항이 1세대 1주택 양도소득세 면제를 받기 위하여 전세대원이 무주택자일 것을 요구하고, 이 사건 기준일 이전에 일시적으로 1세대 2주택 가구가 된 경우에 대하여 면제사유를 두지 않은 것은 모법의 위임을 벗어난 것으로 위법하다고 주장한다.

2. 소득세법에서 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 비과세하는 취지는, 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 참조). 이 사건 시행령 조항과 이 사건 부칙 조항이 개정된 이유는 그 개정 당시 집값이 상승하여 서민 주거생활이 불안정해지자, 주택의 실수요자 보호와 투기수요 억제를 통해 주택시장을 안정화하기 위한 것으로, 종래 1세대 1주택 양도소득세 특례 요건이 단순히 보유요건만을 요구한 결과 부동산을 거주 목적이 아닌 투자 내지 투기의 목적으로 취득하는 것을 막지 못하자 이를 차단하기 위하여 2년의 실거주요건을 추가한 것이다. 다만 이 사건 부칙 조항은 이 사건 기준일 이전에 주택 매수 계약을 체결한 1세대 무주택자들은 실거주 의무가 갑자기 부과되어 예상치 않은 손해를 입을 수 있기 때문에 이러한 무주택자들을 소급하여 구제하여 준 것으로, 무주택자가 이 사건 기준일 이전에 주택을 매수한 경우에도 이를 1세대 1주택 보유자로 보아 종전의 보유요건만을 충족하면 1세대 1주택자 양도소득세 면제의 혜택을 부여하도록 한 것이다. 원고처럼 이 사건 기준일 이전에 1세대가 1주택을 보유하고 있어서 그 주택이 1세대 1주택 양도소득세 감면의 혜택을 받을 수 있음에도 불구하고, 추가로 주택을 매수하는 계약을 체결한 상태라면, 이미 1주택을 보유함으로써 양도소득세 면제를 받을 수 있는데, 두 번째 계약으로 취득할 주택에 대하여도 보유요건만으로 양도소득세를 면제해 줄 필요는 없다고 보아야 한다.

3. 원고는 이 사건 아파트 분양계약일(2016. 7. 12.) 당시를 기준으로 원고처럼 일시적으로 1세대 2주택자로 간주된 경우에 1세대 1주택 양도소득세 면제 혜택을 원천적으로 부여하는 규정을 두지 않은 것은 입법의 부작위로 위헌이라고 주장한다. 그 당시 적용되던 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목은 1세대 1주택자가 다른 주택을 대체취득하거나, 상속, 동거봉양, 혼인 등 대통령령으로 정하는 예외적인 경우에는 일시적인 1세대 2주택자가 되더라도 양도소득세를 면제하는 특례 규정을 두고 있고, 원고도 이를 근거로 위와 같은 주장을 하고 있다. 그러나 원고가 실제 거주를 하지 않은 이상 이 사건 아파트는 이혼에 대비하여 실거주할 주택을 취득한 것이라고 보기 어렵다. 1세대 1주택 양도소득세의 특례를 정함에 있어서 원고와 같이 이혼을 대비하여 미리 집을 구매하였으나 실제로는 그 집에 거주하지 않는 경우까지 양도소득세 면제의 특혜를 부여할 필요가 없음은 두말할 필요가 없다. 게다가 이혼 후에 단독 세대가 되면 그때부터 1가구 1주택자로 보유 중 2년 거주요건을 충족하면 양도소득세 감면 요건을 충족하므로, 이혼에 대비한 1세대 2주택자를 구제하지 않았다고 하더라도 부당하지 않다. 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

• 마. ⑤ 주장에 대한 판단 원고는 이 사건 시행령 조항과 이 사건 부칙 조항은 주택 매수인의 지위와 주택 소유자의 지위를 부당하게 차별한다고 주장한다. 그러나 위 조항은 이 사건 기준일 이전의 1세대 무주택자인 매수인에게도 기존의 1세대 1주택 소유자와 동일하게 양도소득세 감면의 특례를 확장하여 주택 매수인을 구제하기 위한 것이므로 부당한 차별이 아니다. 앞서 본 바와 같이 1세대 1주택자가 추가로 주택을 매수한 경우에는 그러한 매수인을 보호할 필요가 없으므로, 부당한 차별의 문제는 없다고 할 것이다.
• 바. 소결론 원고의 경우 이 사건 아파트를 구입할 때에는 비록 1세대 1주택자의 지위에 있지 않았다고 하더라도, 이혼 후에 2년의 실거주요건을 충족하여 1세대 1주택 비과세 특례를 누릴 수 있었음에도 불구하고 실제 거주를 하지 않았다. 원고가 이 사건 소를 제기한 목적은 비거주 부동산의 전매로 인한 차익을 모두 가지겠다는 것으로 보인다. 그러나 부동산의 전매 이익은 대표적인 불로소득으로 그 이익의 일부를 세금으로 환수하여 부동산 투기를 막고, 불로소득의 발생을 방지하여 국민 전체의 근로정신을 고양시킬 필요가 있음은 두말할 나위가 없다. 이 사건 시행령 조항에서 투기 발생이 우려되는 조정지역에서 실거주 의무 요건을 추가한 것은 종래 보유요건만으로 소위 갭투자를 통한 부동산 투기를 막을 수 없고 이를 오히려 조장한다는 반성적인 고려에 기인한 것이다. 이상의 사정들을 고려하면, 원고의 주장은 이유 없음이 명백하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.