1세대 1주택 비과세특례에 해당하지 않음

사 건 2024구합213 양도소득세부과처분취소 원 고 강○○ 피 고 북대구세무서장 원 심 판 결 변 론 종 결

2025. 3. 13. 판 결 선 고

2025. 4. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 6. 1. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 112,380,790원, 농어촌특별세 2,164,400원, 가산금 3,436,350원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2012. xx. xx.경 대구 ○○구 ○○동 xxx-xxx 대 xxx㎡ 및 지상 세멘벽돌조스라브즙 평가건 주택(이하 토지 및 주택을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득한 후 2019. xx. xx. ○○동 ○○조합에 이 사건 부동산을 2019. xx. xx.자 수용을 원인으로 하여 434,770,402원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였으나, 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 한편, 원고는 2019. xx. xx. 대구 ○○구 ○○동 xxx-xxx 대 xxx㎡ 및 지상 철근콘크리트구조 (철근)콘크리트지붕 4층 단독주택을, 원고의 남편 배○○은 2014. xx. xx. 별지1 목록 기재 건물(이하 ‘이 사건 재건축아파트’라 한다)을 각 취득하였다.
• 다. 이 사건 재건축아파트의 주택재건축정비사업조합은 2015. xx. xx. 관리처분인가를 받았다.
• 라. 피고는 원고에 대한 세무조사를 거쳐 원고가 이 사건 양도 당시 1세대 3주택(2주택, 1조합원입주권) 1) 보유자라고 보아 2023. 6. 1. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 112,380,790원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,164,400원(가산세 포함)을 결정.고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 피고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2023. xx. xx. 이를 기각 2) 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 1세대 1주택 비과세특례 규정 적용 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장 원고는 이 사건 양도일인 2019. xx. xx. 기준으로 1세대 1주택 1조합원입주권자로, ‘국내에 1주택을 소유하다가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득하게 된 것이므로, 이 사건 양도는 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조의2 제3항 또는 제4항에 따라 1세대 1주택의 양도에 해당하고, 따라서 원고의 이 사건 양도에 관하여 1세대 1주택 비과세특례 규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 판단

• 가) 관련 법리 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고, 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).
• 나) 구체적인 판단

① 구 소득세법 제89조 제2항 본문에 의하면, 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 원칙적으로 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않는다. 다만 구 소득세법은 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투기를 억제하는 한편, 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득한 1세대 1주택자에 대하여 양도소득세를 비과세하고자 하는 취지에서 도시정비법에 따른 주택재건축사업 또는 재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우와 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 예외적으로 1세대 1주택의 특례를 적용하고 있다. 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 과 제4항은 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하거나 또는 3년이 지나 종전의 주택을 양도하더라도 일정한 요건을 갖춘 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’고 규정하고 있다.

② 원고는 2012. xx. xx. 이 사건 부동산을 취득하였고, 원고의 남편이 2014. xx. xx.이 사건 재건축아파트를 취득한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 구 소득세법 제89조 제2항 단서에서 정한 ‘재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우’에 해당하지 아니함은 명백하다. 그러므로 원고가 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 또는 제4항에 정하는 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득한 사람’에 해당되는지 여부가 문제된다. 위 규정을 앞서 본 법리 및 1세대 1주택 특례를 규정한 구 소득세법 관련 법령의 취지에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 또는 제4항의 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우’라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말하는 것이고, 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우는 그에 해당하지 않아 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 또는 제4항에 의한 비과세특례는 적용이 없다고 봄이 타당하다. 만약 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우도 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 또는 제4항의 적용을 받는다고 해석할 경우, 조합원입주권 전환 전의 주택의 보유 기간은 묻지 않고 조합원입주권 취득일로부터 3년 내에 종전 주택을 양도하였는지 또는 3년 이후에 양도하더라도 위 제4항 각호의 요건을 준수하였는지만 보게 되는 것이므로 앞서 본 입법취지에도 부합하지 않고, 이러한 해석은 위 규정의 문언에도 부합하지 않는다.

③ 원고는 1세대 2주택(이 사건 부동산 및 이 사건 재건축아파트)을 소유하던 중 이 사건 재건축아파트에 관하여 2015. xx. xx. 관리처분계획이 인가됨으로써 그때 1주택이 1조합원입주권으로 전환된 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 1조합원입주권으로 전환된 경우에 해당한다. 따라서 원고를 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 또는 제4항에서 말하는 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득한 사람’으로 볼 수 없다.

• 다) 소결 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나. 양도소득세를 재산정.부과하여야 한다는 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장

2019. xx. xx. 당시 원고는 1세대 1주택 1조합원입주권자 임에도 피고는 원고에 대하여 1세대 3주택자에 대한 양도소득세를 부과하였으므로, 피고는 이 사건 처분을 취소하고, 원고에게 1세대 1주택 1조합원입주권 보유자에 관한 양도소득세를 재산정.부과하여야 한다.

2. 판단 이 사건 부동산은 조정 대상지역 외에 있으므로, 구 소득세법상 1세대 2주택자(1세대 1주택 1입주권자)와 1세대 3주택자는 양도소득세 산정 시 동일하게 기본세율만 적용받게 된다. 피고 역시 이 사건 양도에 관하여 구 소득세법상 기본세율 38%를 적용하여 양도소득세를 산정한 다음 이 사건 처분을 하였기에 피고의 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다.

3. 소결 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

• 다. 가산세 감면 주장에 관한 판단

1. 원고의 주장 원고는 2021년경 세무서의 공무원에게 이 사건 양도에 대하여 고지하였음에도 당시 담당공무원이 아무런 조치를 취하지 아니하는 바람에 양도소득세를 신고.납부하지 못한 것이므로, 이 사건 처분 중 가산세는 감면받아야 한다.

2. 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고.납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

3. 구체적인 판단 피고의 담당 공무원이 원고에게 이 사건 양도 관련 양도소득세의 신고.납부를 거절하거나 법에서 정한 것과 다른 내용의 안내를 하였음을 인정할 아무런 증거가 없고, 피고의 담당 공무원이 이 사건 처분이 있기 전까지 이 사건 양도와 관련하여 원고에게 아무런 조치를 취하지 아니하였다고 하더라도, 이를 피고의 담당공무원의 업무소홀에 기인하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 그러한 사정만으로 원고가 양도소득세를 신고하지 않은 데에 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 소결 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 피고는 이 사건 부동산에 관하여 ㅇㅇ5동 ㅇㅇ02주택개발정비사업조합 앞으로 소유권이전등기를 경료한 날인 2019. 6. 26.을 이 사건 양도일로 판단하였다. 2) 조세심판원장은 이 사건 부동산에 관하여 수용개시일인 2019. 4. 30.을 이 사건 부동산 양도일로 보고, 이 사건 양도 당시 원고는 1세대 3주택 보유자가 아닌, 1세대 1주택, 1조합원입주권을 보유한 것이라고 판단하였다. 그럼에도 불구하고 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 비과세 특례규정의 적용요건을 갖추지 못하였으므로, 피고의 이 사건 처분이 정당하다고 판단하였다.