소득세법 제97조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제163조 제3항은 조세평등주의에 반하지 않음

사 건 2024구합21173 양도소득세부과처분취소 원 고 최AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 11. 27. 판 결 선 고

2025. 1. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 7. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 296,454,490원(가산세 포함) 의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2014. 10. 2. 경주시 ㅇㅇ동 산000 임야 13,091㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다), 같은 동 산0000 임야 2,678㎡를 합계 145,000,000원에 매수하여 취득하였다.
• 나. 원고는 2017. 2. 6. aaa 및 bbb과 사이에 이 사건 부동산에 관하여 매매대금을 750,000,000원으로 하되, 같은 날 계약금 200,000,000원을 지급받고, 잔금 550,000,000원을 2017. 5. 8. 지급받기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 그 후 이 사건 매매계약의 잔금지급일이 2017. 9. 7.로 연장되었고, 이 사건 부동산에 관하여 2017. 9. 7. 채권자 ddd새마을금고, 채무자 fff(bbb의 인척), 채권최고액 1,495,000,000원의 근저당권설정등기(이하 ‘이 사건 근저당권’이라 한다)가 경료되었으며, bbb은 2017. 9. 7. 이 사건 부동산을 담보로 대출받은 돈 중 550,000,000원을 원고에게 매매잔금으로 지급하였다.
• 다. 원고는 2022. 3. 18. 피고에게 이 사건 부동산에 대한 토목공사 관련 비용 502,179,811원을 자본적지출액으로, 양도시 중개수수료 20,000,000원과 신고수수료 1,000,000원을 양도비로 보아 이를 필요경비(합계 523,179,811원)에 산입하여 2017년 귀속 양도소득세 31,985,470원을 신고·납부하였다.
• 라. 피고는 원고가 신고한 2017년 귀속 양도소득세에 대하여 검토한 결과, 이 사건 부동산에 관한 필요경비로 신고된 토목공사설계비, 보증보험료, 개발채권매입액, 중개수수료, 양도세 신고수수료 합계 80,179,811원은 필요경비로 인정하였으나, 토목공사비 합계 443,000,000원(이하 ‘이 사건 토목공사비용’이라 한다)은 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제2호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다), 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항(이하 ‘이 사건 시행령조항’이라 한다)이 정하는 바에 따라 구 소득세법 제160조의2 제2항 에서 정한 증명서류(이하 ‘적격증빙’이라 한다)를 갖추지 못하였다는 사유로 필요경비 산입을 부인하고, 2022. 12. 7. 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 296,454,490원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 7. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 27. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가) 이 사건 시행령조항은 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되었는데, 그 지출에 관한 적격증빙을 수취·보관하는 경우뿐만 아니라 실제 그 지출 사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 자본적지출액 증빙 요건으로 추가하는 내용으로 개정(이하 ‘이 사건 개정 시행령조항’이라 한다)되었다. 이는 이 사건 시행령조항이 과도한 규제라는 반성적 고려에서 개정된 것이므로 이 사건 개정 시행령조항은 원고의 이 사건 토목공사비용 지출에도 적용되어야 하나, 소득세법 시행령 부칙(2018. 2. 13.) 제19조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)는 비용 지출 시기를 한정함으로써 그 적용을 배제하고 있다. 따라서 이 사건 시행령조항 및 이 사건 부칙조항은 합리적 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하여 조세평등주의에 반한다(제1주장).
• 나) 이 사건 부동산에 대하여 토목공사가 진행된 사실이 객관적으로 명백하고, 이 사건 토목공사비용의 적격증빙을 수취·보관하지 못한 데 원고의 귀책만 있다고 할 수 없음에도, 피고가 이 사건 토목공사비용 전부를 필요경비로 인정하지 않는 것은 경험칙 및 실질과세원칙에 반한다(제2주장).

2. 이 사건 토목공사비용이 필요경비에 해당하지 않는다고 하더라도, 원고가 이 사건 토목공사비용의 적격증빙을 수취·보관하지 못한 데 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항의 정당한 사유가 존재한다고 보아야 하므로, 이 사건 처분 중 가산세 124,141,830원 부과부분은 위법하여 취소되어야 한다(제3주장).

• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1주장에 관한 판단

• 가) 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현으로서 이는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다. 한편 정책의 변경에 따라 조세법규가 개정된 경우라도 그 법령에서 정한 과세요건이 개정 전에 완성되었다면 법령에 특별한 규정이 없는 한 그에 대하여 개정 전의 법령을 적용하는 것이 당연하고, 동일한 조세법규가 과세요건 완성당시의 납세의무자들을 차별 취급하는 것으로 규정하고 있다면 이는 평등의 원칙 또는 조세공평의 원칙에 어긋날 여지가 있지만, 법규가 개정된 결과 그 개정전 후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도 이를 평등의 원칙에 어긋난다고 할 수는 없다(헌법재판소 1995. 2. 23. 선고 93헌바24 결정 등 참조).
• 나) 구 소득세법 제97조 제1항 제2호 는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있다. 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제163조 제3항 은 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전에는 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”는 내용으로 규정되어 있다가, 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되면서 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.”는 내용으로 개정되었고(이 사건 시행령조항), 위 규정은 다시 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 “법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’ 등 다음 각 호의 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.”는 내용으로 개정되었다(이 사건 개정 시행령 조항). 한편 소득세법 시행령 부칙(2016. 2. 17.) 제11조는 “제163조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 부칙(2018. 2. 13.) 제19조(이 사건 부칙조항)는 “제163조 제3항의 개정규정은 2018. 4. 1. 이후 양도하는 분부터 적용한다.”고 하면서도, “다만 자본적지출액 등으로서 2016년 2월 16일 이전에 지출한 분은 대통령령 제26982호 소득세법 시행령 일부개정령 부칙 제24조(이 영 시행 전의 자본적지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다)를 적용한다.”고 규정하고 있다. 갑 제4, 7, 8, 10 내지 16호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 이 사건 부동산의 양도일은 2017. 9. 7.이고, 이 사건 토목공사비용은 2017. 3. 8.부터 2021. 2. 25.까지 발생한 사실이 인정되는바, 이 사건 토목공사비용은 2018. 4. 1. 전에 양도된 이 사건 부동산에 관하여 2016. 2. 16. 이후 지출된 것으로서 이 사건 시행령조항의 적용을 받는다. 따라서 원고가 이 사건 토목공사비용의 지출에 관한 적격증빙(세금계산서, 현금영수증, 신용카드매출전표)을 수취·보관하여야 이 사건 토목 공사비용을 필요경비로 인정할 수 있다.
• 다) 원고의 경우 이 사건 개정 시행령조항이 시행되기 전에 이미 이전 법령인 이 사건 시행령조항에서 정한 과세요건이 완성된 점, 이 사건 부칙조항이 2016. 2. 16. 이전에 지출한 비용에 대하여 종전의 규정에 따르도록 한 것은 소득세법 시행령 부칙 (2016. 2. 17.) 제24조의 경과규정에 따른 것으로 원고를 합리적인 이유 없이 차별한다고 보기 어려운 점 등의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시행령조항 및 이 사건 부칙조항이 조세평등주의에 위반된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 제2주장에 관한 판단

• 가) 인정사실

(1) 원고는 2016. 9. xx. ㅇㅇ시장으로부터 이 사건 부동산 외 1필지에서의 ㅇㅇ개발 사업계획 승인을 받았다(이하 위 사업을 ‘이 사건 사업’이라 한다). 원고는 이 사건 사업과 관련하여 2016. 9. xx. 산지전용에 따른 원상복구비 예치금 보증보험에 가입하였고, 같은 날 지역개발채권을 매입하였다.

(2) 원고는 2017. 1. 14. ㅇㅇ개발(대표 ㅇㅇㅇ)의 실제 운영자인 ggg과 사이에 공사대금 550,000,000원에 이 사건 사업 조성을 위한 이 사건 부동산 토목공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다.

(3) 이 사건 매매계약서 특약사항 제2항에는 “이 사건 부동산 매매와 동시에 매도인은 공사착공에 필요한 착공계를 발부해주고 매수인은 감리비를 지불하여 바로 공사를 하기로 한다.”고 규정되어 있다. 원고는 이 사건 매매계약 체결일(2017. 2. 6.) 이후인 2017. 2. 17. ㅇㅇ시장에게 이 사건 사업 부지조성 공사에 관한 착수계를 제출하였다.

(4) aaa과 bbb이 2017. 2.경 작성한 이행약정서에는 ‘토목공사를 ggg에게 맡기기로 하고 토목공사 대금은 ggg과 상의하에 정하기로 하되 ggg에게 공사착수금으로 일억 원을 지급하기로 하며 나머지 공사대금은 공사상황 및 진척도에 따라 ggg과 상의하여 처리키로 한다’라고 기재되어 있다.

(5) 이 사건 부동산에 관하여 2019. 4. 2. 이 사건 근저당권에 기한 임의경매 개시결정이 내려졌다(ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원 2019타경0000). ggg은 2019. 6.경 위 경매절차에 이 사건 공사계약에 따른 200,000,000원의 공사대금 채권이 있다고 주장하며 담보채권 200,000,000원의 유치권신고를 하였다.

(6) 원고가 피고에게 이 사건 부동산의 필요경비라고 신고한 내역 및 필요경비로 인정되거나 부인된 내역은 아래 표와 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 7 내지 18호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나) 관련 법리 과세처분 취소소송에서 과세근거가 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조).
• 다) 구체적 판단

(1) 원고가 주장하는 이 사건 토목공사비용은 이 사건 부동산을 개량하기 위한 자본적지출액으로 양도소득세 산정에 있어 원고에게 유리한 사실이고, 또 그 기초적 사실관계는 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청인 피고로서는 조사하기 어려운 반면 원고로서는 입증하기 용이한 것이므로, 위와 같은 사실은 원고가 입증할 필요가 있다고 보는 것이 공평의 원칙에 부합한다.

(2) 앞서 본 바와 같이 이 사건 토목공사비용이 필요경비로 인정되기 위해서는 원고가 이 사건 토목공사비용의 지출에 관한 세금계산서, 현금영수증, 신용카드매출전표 등 적격증빙을 수취·보관하여야 한다. 그러나 원고가 이 사건 토목공사비용의 지출에 관한 적격증빙을 수취·보관하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원칙적으로 이 사건 토목공사비용은 이 사건 부동산의 필요경비로 인정될 수 없다.

(3) 원고가 원용하는 판결(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결)은 세금의 종류와 법률규정, 과세요건 완성시기가 다른 사안에 대한 것이므로 이 사건에 그대로 적용할 수 없다. 설령 원고의 주장대로 필수적 적격증빙을 갖추지 않은 이 사건에도 ‘경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영으로 보는 것은 경험칙에 반하므로 과세관청이 가능한 범위내에서 필요경비 금액을 입증하여야 한다’는 법리가 적용된다고 보더라도, 원고에게 필요경비의 발생이 명백하다고 할 수 있으려면, 이 사건 토목공사비용의 지출 주체가 원고라는 점이 드러나야 할 것이다. 그러나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 매매계약서 특약사항에 매수인인 bbb, aaa이 감리비를 지불하고 바로 토목공사를 하기로 한 점, ② bbb, aaa이 2017. 2.경 작성한 이행약정서에는 ggg에게 토목공사를 맡기고 공사대금은 ggg과 상의하여 정하되 착수금 1억 원을 지급하기로 한 점, ③ 이 사건 토목공사비용의 약 80%인 345,000,000원은 bbb, aaa이 지급한 것인 점, ④ 원고는 bbb, aaa이 지급한 공사비용을 이들로부터 차용한 것이라고 주장하나 3억 원을 초과하는 돈을 차용하면서 차용증 등 처분문서를 작성하지 않았고, 이자약정도 없는 것으로 보이며, 현재까지 원고가 위 금원을 전혀 변제하지 않은 점, ⑤ aaa은 2020. 9. 4. 원고를 상대로 소유권이전등기 이행불능에 따른 손해배상을 청구하는 소를 제기하였는데(ㅇㅇ지방법원 ㅇㅇ지원 2020가단0000), 당시 aaa은 원고에게 기지급한 매매대금 1억 원과 위약금 1억 원 합계 2억 원의 손해배상만을 구할 뿐 이 사건 토목공사비용의 반환에 대해서는 구하지 않은 점, ⑥ ggg은 이 사건 부동산의 임의경매 절차에서 이 사건 공사계약 후 2억 원 상당의 공사를 진행하다가 공사를 중단하였다고 주장하면서 위 2억원 전액의 공사대금채권에 대한 유치권신고를 하였는데, ggg이 이 사건 부동산의 경매절차를 통하여 공사대금을 받을 목적으로 원고에게 공사대금채권이 있다고 신고하였을 가능성도 배제할 수 없고, 시행된 공사내역, 발생한 공사금액, 지급된 공사금액에 관하여 당사자 사이에 다툼이 있는 것으로 보이는 점, ⑦ 원고가 ggg에게 현금지급하였다고 주장하는 부분의 증빙자료는 지급인과 수취인이 모두 제3자인 금융거래내역 뿐이어서 원고가 현금을 지급한 사실이 전혀 확인되지 않는 점, ⑧ 원고가 ggg에게 직접 송금한 내역도 이 사건 토목공사비용으로 사용되었음을 확인할 수 있는 객관적 자료가 없는 점, ⑨ 원고가 이 사건 사업의 승인, 관련 보험의 명의자이고 이 사건 공사계약의 발주자인 것은 당시 원고가 이 사건 부동산의 소유자였기 때문이고, 이 사건 매매계약 이후에도 이 사건 부동산의 명의변경이 이루어지지 않아서 원고가 형식상 이 사건 부동산 및 사업의 명의자로 등장하는 것으로 보이는 점, ⑩ 원고가 이 사건 부동산에 관한 필요경비 중 자본적지출액으로 인정받은 내역은 모두 2014. 12. 29.부터 2016. 9. 23.까지 지출한 것으로서 원고가 이 사건 부동산을 매도하기 이전에 지출한 내역인 점 등을 종합하면, 원고가 주장하는 사정들만으로는 원고가 이 사건 토목공사 비용을 지출한 주체라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건에서는 원고의 이 사건 토목공사비용 지출 여부가 분명하지 않으므로, 이를 전제로 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 제3주장에 관한 판단

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는다. 따라서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 가산세가 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).
• 나) 원고에게 가산세가 부과된 것은 원고가 이 사건 토목공사비용이 이 사건 부동산의 양도에 관한 자본적지출액이라고 판단하면서도 적격증빙을 갖추지 않은 것에서 기인한다. 원고가 이 사건 토목공사비용의 실제 지출자인지 불분명한 점은 별론으로 하더라도, 원고가 적격증빙을 갖추지 못한 사유에 관한 주장은 진위가 확인되지 않을 뿐 아니라 정당한 사유라고도 하기 어렵고, 단순히 원고의 귀책사유에 불과하다고 보인다. 원고가 다른 조세를 성실하게 납부하였다거나, 상당한 시간이 경과하여 가산세 금액이 커졌다는 등의 사정만으로는 원고가 납부의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 하기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.