실질적인 주택에 해당하는지 여부

1. 피고가 2021. 3. 2. 자로 망 반XX에게 한 2019년 귀속 양도소득세 71,207,512원(가산세 포함)의 부과처분 중 41,864,049원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 토지와 그 지상 건물의 취득 및 보유

1. 망 반XX(이하 ‘망인’이라고 한다)은 1969. 12. 1. YY시 WW구 ZZ동3가 OOOO-4 대 195㎡를 취득하여 1970. 12. 16. 위 토지 지상에 지하 1층, 지상 3층 규모의 건물(이하 ‘이 사건 병원 건물’이라고 한다)을 신축하였고, 1974. 3. 22. 위 토지와 맞닿아 있는 YY시 WW구 ZZ동3가 OOOO-1 대 301㎡를 취득하여 1980. 9. 19. 위 토지들 지상에 지하 1층, 지상 2층 규모의 건물(이하 ‘이 사건 주거용 건물’이라고 한다)을 신축하였다. 이 사건 병원 건물은 1층 96.69㎡, 2층 96.69㎡, 3층 96.69㎡, 지층 13.22㎡ 합계 303.29㎡ 규모이고, 이 사건 주거용 건물은 1층 129.16㎡, 2층 122.42㎡, 지층 33.67㎡, 옥탑 8.1㎡ 합계 293.35㎡ 규모이다.

2. YY시 WW구 ZZ동3가 OOOO-4 대 195㎡는 2005. 8. 5. YY시 WW구 ZZ동3가 OOOO-1 대 301㎡에 합병되어 YY시 WW구 ZZ동3가 OOOO-1 대 496㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)가 되었다.

• 나. 이 사건 토지와 이 사건 병원 건물, 이 사건 주거용 건물의 양도 ZZ동3가 주택재개발 정비사업조합은 이 사건 토지 일대의 주택재개발 정비사업을 추진하여, 2017. 6. 12. 사업인정고시가 이루어졌다. 망인은 2019. 2. 21. ZZ동3가 주택재개발 정비사업조합으로부터 보상금 1,039,180,400원을 지급받고 ZZ동3가 주택재개발 정비사업조합에 이 사건 토지와 이 사건 병원 건물, 이 사건 주거용 건물을 양도하였다.
• 다. 양도소득세 예정신고 및 이에 대한 증액경정

1. 망인은 2019. 4. 30. 이 사건 병원 건물, 이 사건 주거용 건물 전체가 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보아 이 사건 토지와 이 사건 병원 건물, 이 사건 주거용 건물에 대하여 양도가액 1,039,180,400원, 환산취득가액 666,936,761원, 기타 필요경비 5,199,870원, 양도차익 367,043,769원, 1세대 1주택 비과세 양도차익 317,884,549원, 장기보유특별공제 39,327,376원을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 439,910원을 예정신고·납부하였다.

2. 피고는 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 하나의 주거생활단위가 아니어서 전체를 비과세 대상 주택으로 볼 수 없다는 이유로 이 사건 주거용 건물과 그 부수토지에 대하여만 비과세 양도소득 규정을 적용하여, 2021. 3. 2. 망인에게 2019년 귀속 양도소득세 71,207,512원(= 결정세액 56,608,329원 + 무신고 가산세 5,616,841원+ 납부불성실 가산세 9,422,252원 - 기납부세액 439,910원)을 증액경정·고지하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.

3. 망인은 이 사건 처분에 불복하여 2021. 5. 3. 감사원심사를 청구하였으나, 위 심사청구는 2023. 3. 30. 기각되었다. 망인은 위 심사 도중인 2022. 10. 15. 사망하였고, 원고들은 망인의 자녀로서 법정상속인들이다.

• 라. 이 사건 처분에 대한 직권 감액경정 피고는 2024. 1. 24. 이 사건 처분의 근거가 된 기준시가 안분 계산 과정에서 오류가 있어 41,864,049원이 과다하게 고지되었다는 이유로 이 사건 처분 중 41,864,049원을 직권으로 감액경정하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~4, 7~9, 13호증, 을 제1~5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고들의 주장 망인은 이 사건 병원 건물을 신축하여 1, 2층에서 산부인과 병원을 운영하고 3층에서 가족들과 함께 거주하던 중, 이 사건 병원 건물 바로 옆에 이 사건 주거용 건물을 신축하여 이 사건 병원 건물 3층과 이 사건 주거용 건물을 함께 주택으로 사용하였다. 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물 중 주택 부분의 면적은 합계 390.04㎡(= 이 사건 병원 건물 3층 면적 96.69㎡ ＋ 이 사건 주거용 건물 전체 면적 293.35㎡)로, 나머지 부분의 면적 합계 206.60㎡(= 이 사건 병원 건물 전체 면적 303.29㎡ －이 사건 병원 건물 3층 면적 96.69㎡) 보다 넓으므로, 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물 전부를 주택으로 보아야 하고, 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 전체로서 ‘1세대 1주택’에 해당한다. 따라서 이 사건 주거용 건물과 그 부수토지에 대해서만 비과세 양도소득 규정을 적용한 이 사건 처분 중 피고가 직권으로 감액경정한 41,864,049원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 피고의 주장 이 사건 병원 건물 3층은 주거의 용도로 사용되지 않았고, 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 별개의 건물로서 각 그 기능대로 개별적·독립적으로 사용되었으므로, 전체가 1세대 1주택에 해당한다고 볼 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 소득세법에서 말하는 “주택”이라 함은 가옥대장 등 공부상의 용도구분이나 건축 또는 용도변경에 대한 당국의 허가 유무 및 등기 유무와는 관계없이 주거에 공하는 건물을 뜻하고, 사실상의 용도가 주거용이고 사회통념상 전체로서 하나의 주택으로 볼 수 있는 이상 반드시 1동의 건물이어야 하는 것은 아니고 그 대지도 1필의 토지여야 하는 것은 아니며, “주택에 부수되는 토지”란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 뜻하고 주거용 건물과 한 울타리 안에 있는 토지는 특별한 용도구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수토지라고 보아야 한다(대법원 1992. 8. 18. 선고 91누10367 판결 등 참조). 또한 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등 참조).

2. 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거와 갑 제10, 11, 12, 14호증에 변론전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하면, 이 사건 병원용 건물과 이 사건 주거용 건물은 사회통념상 전체로서 하나의 주택으로 볼 수 있으므로, 이 사건 토지와 이 사건 병원 건물, 이 사건 주거용 건물 전체에 대하여 1세대 1주택인 고가주택의 양도소득 규정을 적용하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에선 이 사건 처분 중 피고가 직권으로 감액경정한 41,864,049원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가) 망인은 이 사건 병원 건물을 신축한 무렵부터 이 사건 병원 건물에서 ‘QQ의원’이라는 상호로 산부인과 병원을 운영하였다. 한편 망인과 망인의 배우자인 손RR, 그 자녀인 원고들은 이 사건 병원 건물을 신축한 1970. 12. 16. 이 사건 병원 건물소재지로 전입하여 이 사건 주거용 건물이 신축된 1980. 9. 19.까지 누구도 다른 주소지로 전출하지 않았으므로, 이 사건 병원 건물 중 적어도 일부는 위 기간 망인과 그 가족들의 유일한 거주지였던 것으로 보인다.
• 나) 망인은 이 사건 주거용 건물을 신축한 뒤부터 그 양도 시까지 이를 주된 주거생활공간으로 사용하였는데(위 병원을 폐업한 2001. 6. 21. 이후에도 마찬가지였다), 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 한 울타리 안에 있어 하나의 대문으로 그 부지에 출입할 수 있고, 각 건물의 부지를 구분하는 담장이 없이 아래 위성사진처럼 서로 붙어있어 십여 걸음 안에 이 사건 주거용 건물에서 이 사건 병원 건물로 이동할 수 있다. (이하 ‘위성사진’ 생략)
• 다) ZZ동3가 주택재개발 정비사업조합은 2017. 9. 29. 조합원 자산에 대한 감정평가액을 통지하면서, 이 사건 병원 건물 3층 부분에 대하여는 ‘비고’란에 ‘주택’이라고 표시하였다. 또한 2019년경 이 사건 병원 건물의 내부를 촬영한 영상(갑 제14호증)에 의하면, 이 사건 병원 건물 1, 2층에는 병원 집기가 남아있고 시멘트로 마감된 복도로 각 방이 연결되어 있는 반면, 이 사건 병원 건물 3층에는 병원 집기가 없고, 3층 입구 부분에 시멘트로 마감된 바닥과 단차를 두어 신발을 벗고 올라갈 수 있는 현관 공간이 마련되어 있으며, 싱크대와 욕실이 설치되어 있던 흔적이 남아있다. 여기에 앞서 본 것처럼 이 사건 병원 건물은 약 10년간 망인과 그 가족들의 유일한 거주지였던 점, 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 충분히 하나의 주거생활공간으로 사용할 수 있을 정도의 거리인 점을 더하여 보면, 원고들의 주장처럼 망인은 이 사건 병원 건물을 신축한 무렵부터 이 사건 병원 건물 3층을 주거로 사용하였고, 이 사건 주거용 건물을 신축한 뒤에도 이를 이 사건 병원 건물 1, 2층처럼 사무용 공간으로 사용한 것이 아니라 그 구조·기능이나 시설을 주거용으로 유지·관리하면서 이 사건 주거용 건물에 부수하여 창고, 손님용 방 등 주거에 공하는 용도로 사용해왔을 것으로 보인다.
• 라) 이 사건 병원 건물과 이 사건 주거용 건물은 분리하여 처분 또는 임대된 적이 없이 망인과 그 가족들에 의하여 사용되어 왔고, 앞서 본 것과 같은 양 건물 사이의 거리 및 이용형태를 고려하면 사회통념상 전체로서 하나의 주택으로 취급하는 것이 타당하다.

원고들의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 별지 관계 법령 ▣ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 제156조(고가주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억 원을 초과하는 것을 말한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산)

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억 원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액