국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 일정한 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않으면 법인으로 볼 수 없음

사 건 2023구합22391 양도소득세등경정거부처분취소 원 고 AAAAAA파종중 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 5. 2. 판 결 선 고

2024. 6. 20.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. 6. xx. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 별지1 목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 20xx. 5. xx. ○○○○ 주식회사에 이 사건 각 토지를 대금 x,xxx,xxx,xxx원에 매도하는 계약을 체결하였고, 같은 날 위 매도 대금을 모두 지급받고 이 사건 각 토지에 관하여 ○○○○ 주식회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 원고는 20xx. 6. x. 이 사건 각 토지의 양도에 따른 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx원(농어촌특별세xx,xxx,xxx원 포함)을 피고에게 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 그 후 원고는 20xx. 5. xx. 피고에게 “원고는 법인세법이 적용되는 비영리내국법인이므로 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납세의무를 지지 않고, 이 사건 각 토지는 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 자산이어서 그 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않는다.”는 취지로 위와 같이 신고ㆍ납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 이에 대하여 피고는 20xx. 6. xx. “종중인 원고가 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 세무서장에게 ‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받은 바가 없으므로 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하여 법인세법상 비영리내국법인에 해당하지 않는다.”는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 9. 28. 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 20xx. 2. xx. 그 청구를 기각하였다.
• 바. 한편, 원고는 20xx. 8.경 제목이 ‘사업자등록신청서(개인사업자용)(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)’인 서식에 필요사항을 기재한 서면(을 제2호증 참조, 이하 ‘이 사건 신청서’라 한다)을 피고에게 제출하였고, 이에 기하여 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ‘고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등)(고유번호: xxx- 80-xxxxx)’(갑 제13호증)을 발급한 바 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12, 13호증, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고가 20xx. 8.경 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 ‘법인으로 보는 단체’의 실질을 갖추고 그 승인을 받을 의사로 서류를 구비하여 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였고, 피고로부터 20xx. 8. xx. ‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급받았으므로, 당시 원고가 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 관할 세무서장의 승인을 받지 않았더라도 실질과세원칙에 따라 원고는 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 ‘법인으로 보는 단체’로 보아야 한다. 따라서 원고는 ‘법인으로 보는 단체’로서 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납부의무를 지지 않고, 이 사건 각 토지는 ‘법인으로 보는 단체’인 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산이어서 원고는 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않으므로, 원고가 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 신고ㆍ납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 또한, 위와 같이 원고는 ‘법인으로 보는 단체’의 실질을 갖추고 그 승인을 받을의사로 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였고, 피고로부터 20xx. 8. xx. ‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급받았는바, 이는 피고가 원고에게 “원고가 ‘법인으로 보는 단체’ 에 해당한다.”는 공적인 견해를 표명한 것에 해당하고, 원고로서도 피고로부터 교부받은 고유번호증이 ‘법인으로 보는 단체’에 교부되는 고유번호증인 것으로 알고 있었다. 그럼에도 피고가 “원고는 관할 세무서장에게 ‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받은 바가 없으므로 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않는다.”는 이유로 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 위반된다.

별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고가 국세기본법 제13조 제2항 에 규정된 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부에 관한 판단

1. 관련 법리 국세기본법 제13조 는 ‘법인 아닌 사단ㆍ재단, 그 밖의 단체’를 ‘법인 아닌 단체’ 라고 하면서, 그러한 단체 중 ‘법인으로 보는 단체’에 관하여 규정하고 있다. 국세기본법 제13조 제1항 은, ‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 등은 법인으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리하는 등 일정 요건을 갖추고 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다. 위와 같은 국세기본법 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단ㆍ재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조). 이러한 규정의 성격과 아울러 국세기본법 제13조 제1항 은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 국세기본법 제13조 제2항 이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 볼 수 없다고 할 것이다.

2. 구체적인 판단

• 가) 살피건대, 국세기본법 제13조 는 앞서 본 바 같이 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이고, 같은 법 제13조 제2항은 ‘법인 아닌 단체’ 중 ‘법인으로 보는 단체’를 관할 세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라고 할 것인바, 이러한 규정의 성격과 내용 등에 비추어 보면, 관할 세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없고, 그 승인을 받지 않더라도 법인으로 보아야 한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 나) 나아가 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제14, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들 즉, ① 원고는 20xx. 8.경 ‘법인으로 보는 단체’의 승인신청서가 아니라 제목이 ‘사업자등록신청서(개인사업자용)’이고 그 아래에 ‘(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 이 사건 신청서를 피고에게 제출하였는바, 이 사건 신청서의 서식은 ‘법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체’의 고유번호를 부여받는 경우 소득세법 등이 정하는 바에 따라 사용하는 서식이고, 이에 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급한 점, ② 소득세사무처리규정(국세청 훈령) 제11조 제1항은 ‘법인 아닌 단체’는 부가가치세법 시행규칙 별지 제4호 서식 ‘사업자등록 신청서(개인사업자용)’에 의하여 고유번호를 신청할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 규정 제11조 제2항은, 제1항의 고유번호 신청을 하는 경우 ‘법인 아닌 단체’의 대표자 증명서류, 정관ㆍ규약 등 단체의 성격을 파악할 수 있는 서류 등 세적관리에 필요한 서류를 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 이에 원고는 이 사건 신청서에 당시 원고 대표자 △△△의 주민등록증사본과 함께 종중 규약 및 20xx. 3. xx.자 종중 회의록을 첨부하여 피고에게 제출하였는데, 이와 같이 원고가 이 사건 신청서에 첨부한 서류는 소득세법 등에 따라 ‘법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체’의 고유번호를 부여받기 위해서 제출할 서류였던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 20xx. 8.경 피고에게 이 사건 신청서를 제출할 당시에 피고로부터 고유번호증을 발급받음으로써 종중인 원고가 종중원 개인들과는 별개의 ‘단체’로서 행위하는 데 필요한 등록을 한다는 것에서 더 나아가 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사가 명백하였다고 보기도 어렵다.
• 나. 신뢰보호원칙 위반 여부에 관한 판단

1. 일반적으로 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호원칙이 적용되기 위해서는, ① 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며,③ 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, ④ 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, ⑤ 그 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두52805 판결 등 참조).

2. 살피건대, 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급한 사실은 있으나 이를 두고 피고가 원고에게 “원고가 세법상 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다.”는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기는 어렵고, 설령 원고가 피고로부터 고유번호증을 발급받음으로써 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 것으로 신뢰하였다고 하더라도 이는 원고의 일방적인 기대일 뿐 피고의 어떠한 공적인 견해표명에 기인한 것이라고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다