2001. 1. 이후 임대를 개시한 장기임대주택의 양도는 조세특례제한법 제97조에서 정하는 감면대상 장기임대주택의 양도에 해당하지 아니함

사 건 2023구합124 양도소득세부과처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 6. 21. 판 결 선 고

2023. 8. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 2. 14. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 27,988,412원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 11. 17. 주식회사 ○○○○○○로부터 ○○ ○구 ○○로○○길 ○○, ○○○동 ○○○호(○○동, ○○○○○○더샵○○차, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 226,500,000원에 매수하고, 2014. 5. 23. 이 사건 주택에 관하여 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 2015. 9. 17. 임대사업자 등록을 하였고, 2014. 4. 5.부터 2018. 4. 4.까지 김○○에게, 2018. 1. 1.부터 2019. 12. 30.까지 강○○에게 이 사건 주택을 임대하였다.
• 나. 원고는 2019. 12. 30. 최○○에게 이 사건 주택을 374,000,000원에 매도한 후 2020. 1. 30. 피고에게 이 사건 주택의 양도에 대한 2019년 귀속 양도소득세 27,988,412원을 예정신고하고 2020. 2. 27. 이를 납부하였다.
• 다. 원고는 2021. 12. 30. 피고에게 구 민간임대주택에 관한 특례법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제2조 제6호에서 규정하는 4년의 임대기간을 준수하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에서 규정하는 양도소득세가 면제되는 장기임대주택에 해당한다고 주장하면서 위 양도소득세 전액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 2022. 2. 14. 원고에게 ‘이 사건 주택은 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시한 경우에 해당되지 않아 조세특례제한법 제97조 제1항 에 따른 양도소득세 면제 대상이 아니다’라는 이유로 위 경정청구를 거부하는 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 5. 31. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2022. 12. 14. 청구기각 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 특별법 우선 원칙에 따라 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 민간임대주택법에 따른 의무임대기간을 도과한 후 주택을 양도한 경우 양도소득세를 면제하는 취지의 규정으로 해석되고, 원고는 구 민간임대주택법에 따른 단기민간임대주택 의무임대기간인 4년의 임대기간이 지난 후 이 사건 주택을 양도하였는바, 조세특례제한법 제97조 제1항 단서에 따라 이 사건 주택에 대한 양도소득세는 면제되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추적용하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특례규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 주택 양도는 ‘2000. 12. 31. 이전 임대개시’라는 감면요건을 충족하지 못하였으므로 조세특례제한법 제97조 제1항 을 적용할 수 없고 이와 같은 취지에서 한 이 사건 처분은 적법하다. 가) 조세특례제한법 제97조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제97조 제1항에 의하면, ① 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 ② 1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 및 1985. 12. 31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986. 1. 1. 현재 입주된 사실이 없는 주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 ③ 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여 ④ 5년 이상 임대한 후 ⑤ 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

• 나) 일반적으로 같은 법률 조항 내에서 본문과 단서의 관계는 본문이 원칙을, 단서가 예외를 규정하는 것이고, 단서는 본문을 전제로 한다고 보아야 한다. 조세특례제한법 제97조 의 취지 및 제97조 제1항 본문이 양도소득세 감면 요건을 정하고 있음에 비하여 같은 항 단서는 양도소득세의 완전 면제의 특례를 정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 제97조 제1항 본문보다 같은 항 단서의 요건을 보다 엄격하게 보는 것이 타당하다. 그러므로 조세특례제한법 제97조 제1항 단서는 조세특례제한법 제97조 제1항 본문의 ① 내지 ⑤요건을 갖춘 자 중, 그 임대주택이 ⅰ) 민간임대주택법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 것이거나, ⅱ) 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 것(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 이거나 ⅲ) 10년 이상 임대한 것인 경우에는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다고 보아야 한다. 따라서 조세특례제한법 제97조 제1항 단서를 독립적인 것으로 보아 본문의 ‘2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시’하였음을 조건으로 하여 위 단서를 해석하지 않는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.
• 다) 또한 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 제97조 제1항 본문에 ‘2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여’라는 부분이 추가되는 것으로 이전의 제97조 제1항이 변경되었는데, 이로써 2001. 1. 1. 이후 임대개시분부터는 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면제도가 폐지되었다.
• 라) 원고는 2014. 5. 23. 이 사건 주택을 취득하여 임대를 개시한 후 양도하였으므로, 조세특례제한법 제97조 제1항 본문 중 임대개시 시기에 대한 요건, 즉 2000. 12. 31. 이전 임대 개시라는 요건을 충족하지 못하였다.
• 마) 원고는 구 민간임대주택법이 조세특례제한법의 특별법이라고도 주장하나, 구 민간임대주택법과 조세특례제한법은 그 입법목적과 규율하는 사항을 달리하고 있어 일반법과 특별법의 관계 또는 우선적용관계에 있다고 할 수 없으므로, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.