제척기간 특례규정을 적용한 양도소득세 재처분의 당부

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 3. 2. A에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 312,205,960원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 망 A(이하 ‘망인’이라 한다)은 2005. 12. 29. B과 사이에, 망인이 소유하던 [별지 1] 부동산의 표시 기재 각 부동산(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 B에게 6억 5,000만 원에 매도하되, 계약금 6,500만 원은 계약 시에, 중도금 3억 1,500만 원은 2005. 12. 29.에, 잔금 2억 7,000만 원은 2006. 1. 19.에 각 지급받기로 하고, 중도금 지급과 동시에 소유권이전등기를 하며, 잔금 2억 7,000만 원은 B가 현금 지급에 갈음하여 이 사건 부동산에 관한 근저당권(채권최고액 2억 원, 근저당권자 C) 피담보채무 및 전세금채무 7,000만 원을 면책적으로 인수하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 망인과 B은 이 사건 매매계약서상 매수인 명의를 B의 동생인 D로 기재하였다.
• 나. 망인은 2005. 12. 29. 및 2005. 12. 30. 이 사건 매매계약서상의 매수인인 D 앞으로 이 사건 부동산에 관하여 각 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 이전등기’라고 한 다)를 마쳤고, B는 이 사건 매매계약에서 정한 대로 매매대금 중 계약금 및 중도금을 현금으로 지급하였으며, 2006. 1. 20. 이 사건 부동산에 관한 근저당권을 말소함으로써 잔금의 지급에 갈음하기로 한 채무인수의무를 전부 이행하였다.
• 다. 망인은 2006. 2. 6. F세무서장에게 양도소득세 예정신고를 하면서, 이 사건 부동산의 양도가액을 검인계약서 기재 매매대금액인 3억 2,000만 원으로, 양도소득세액을 위 3억 2,000만 원에 기초하여 계산한 22,700,353원으로 각 신고하였고, 같은 날 위 세액을 자진납부하였다.
• 라. F세무서장은 세무조사 후 2012. 12. 10. 망인에 대하여 이 사건 부동산의 실지거래가액을 6억 5,000만 원으로 인정하여 2005년 귀속 양도소득세를 189,809,060원(가산세 포함)으로 경정하는 처분(이하 ‘선행 부과처분’이라 한다)을 고지하였다.
• 마. 망인은 선행 부과처분에 대한 심판청구를 거쳐 ◯◯지방법원 2014구합20000호로 선행 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, ◯◯지방법원이 2014. 9. 19. 망인의 청구를 기각하는 판결을 선고하자 ◯◯고등법원 2014누0000호로 항소를 제기하였으며, ◯◯고등법원이 2015. 4. 17. 망인의 항소를 기각하는 판결을 선고하자 대법원 2015두00000호로 상고를 제기하였다. 대법원은 2018. 11. 9. ‘구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제98조, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제2호는 양도소득세에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어 대금 청산 전에 소유권이전등기를 한 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 양도시기로 한다고 규정하고 있으나, 이 사건 이전등기는 3자간 등기명의 신탁 약정에 따라 명의수탁자 명의로 마친 소유권이전등기로서 위 규정에서 말하는 소유권이전등기에 해당하지 않는다고 봄이 타당하므로, 이 사건 부동산의 양도시기는 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 본문에 따라 대금 청산일인 2006. 1. 20. 무렵이라고 보아야 하는바, 이 사건 부동산의 양도소득이 2005년도에 귀속함을 전제로 한 선행 부과처분은 그 자체로 위법하다’는 이유로 위 항소심판결을 파기하고, 사건을 ◯◯고등법원에 환송하였다.
• 바. 환송 후 ◯◯고등법원(2018누4000호)은 2019. 6. 7. ‘이 사건 부동산 양도소득의 귀속연도는 2005년도가 아닌 2006년도이다’라는 이유로 대구지방법원이 2014. 9. 19. 선고한 제1심 판결을 취소하고, 망인이 청구한 바에 따라 선행 부과처분 중 22,700,353원을 초과하는 부분을 취소한다는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2019. 10. 17. 그대로 확정되었다.
• 사. 피고는 F세무서장으로부터 망인에 대한 양도소득세 부과 권한을 승계한 행정청으로서, 위 판결 확정 후 선행 부과처분 중 잔여 부분을 취소하고, 2020. 3. 2. 망인에게 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제114조, 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제6항 제1호의2(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)에 근거하여 2006년 귀속 양도소득세 312,205,960원(가산세 포함)을 부과고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)하였다.
• 아. 망인은 2020. 5. 18. 조세심판원에 이 사건 부과처분에 대한 심판청구를 하였으나, 2021. 11. 12. 기각되었다.
• 자. 망인은 2021. 6. 1. 사망하였고, 원고들은 망인의 상속인으로서 국세기본법 제24조 제1항 에 따라 망인의 납세의무를 승계하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 그 취소를 구한다.

• 가. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되어 2017. 1. 1. 시행된 것, 이하 ‘개정 전 국세기본법’이라 한다) 부칙 제8조 제1항에 따라 2017. 1. 1. 전에 국세의 부과제척기간이 만료된 경우에는 이 사건 특례규정이 적용될 수 없다. 그런데 2017. 1. 1. 당시 선행 부과처분에 대한 망인의 취소소송이 계속 중이었다는 점에서 이 사건 부과처분에 관한 부과제척기간의 기산점은 2005년 귀속 양도소득세 신고기한을 기준으로 한 2006. 6. 1.로 보아야 하고, 망인은 2006년 귀속 양도소득세에 관해 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 적이 없으며 단지 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않았을 뿐이라는 점에서 이 사건 부과처분에 관한 부과제척기간은 7년이라고 보아야 하므로, 2017. 1. 1. 당시 이 사건 부과처분은 그 부과제척기간이 만료되었다. 따라서 피고가 이 사건 특례규정에 근거하여 이 사건 부과처분을 한 것은 이미 완성된 과세요건사실에 대하여 그 후 개정된 법령을 적용한 것으로서 소급과세금지의 원칙을 위반하여 위법하다.
• 나. 이 사건 부동산의 양도에 관하여 이미 선행 부과처분이 내려졌음에도 피고는 같은 과세요건사실에 관해 소득의 귀속시기만을 달리 판단하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 이 사건 부과처분은 이 사건 특례규정의 적용요건인 ‘판결이 확정됨에 따라 그 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우’와 무관한 것일 뿐만 아니라, 같은 과세요건사실에 대한 중복된 과세처분으로서 위법하다.
• 다. 선행 부과처분에 관한 위 확정판결에서 망인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 사실이 확인되지 않았는데도, 피고는 망인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 2006년 귀속 양도소득세를 포탈하였다는 전제에서 이 사건 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분은 확정판결의 효력에 반하여 위법하다.

[별지2] 관련 법령 기재와 같다.

• 가. 소급과세금지의 원칙 위반 여부

1. 관련 법령의 규정 개정 전 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 는 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 국세의 부과제척기간은 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년이 된다고 규정하고 있고, 같은 항 제1호 전문은 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 국세의 부과제척기간은 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 된다고 규정하고 있으나, 제2항 제1호의2는 납세자가 위와 같이 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우나 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 국세의 부과제척기간을 7년 또는 10년으로 정한 규정의 존재에도 불구하고, 과세관청은 위와 같이 판결이 확정됨에 따라 그 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 필요한 처분을 할 수 있다는 특례를 규정하고 있으며, 부칙 제8조 제1항은 같은 법 시행일인 2017. 1. 1. 전에 부과제척기간이 만료된 경우에는 같은 법 제26조의2 제2항 제1호의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 그리고 이 사건 특례규정은 개정 전 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의2와 같은 내용을 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 선행 부과처분에 관한 확정판결에서 설시한 법리에 따르면, 이 사건 부동산의 양도소득은 2006년에 귀속되는 것으로 봄이 타당하다. 그리고 망인이 이 사건 부동산의 진정한 매매대금인 6억 5,000만 원이 기재된 이 사건 매매계약서와 별도로 그 매매대금이 3억 2,000만 원으로 기재된 검인계약서를 작성하고, 2006. 2. 6. F세무서장에게 이 사건 부동산의 양도가액을 위 3억 2,000만 원으로, 양도소득세액을 위 3억 2,000만 원에 기초하여 계산한 22,700,353원으로 각 신고한 사실은 앞서 살펴본 바와 같은바, 이와 같은 망인의 행위는 개정 전 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 전문, 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제6항 제2호, 제4호에 따른 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당함이 분명하므로, 이 사건 부과처분에 관한 부과제척기간은 그 부과할 수 있는 날부터 10년이 된다고 봄이 타당하다(양도소득의 귀속시기는 규범적 평가의 문제에 불과하고, 망인은 위와 같은 행위로써 2006년 귀속 양도소득에 관하여 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하였으므로, 망인이 2006년 귀속 양도소득에 관해 단지 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 것에 불과하여 7년의 부과제척기간이 적용되어야 한다는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다). 그렇다면 이 사건 부과처분에 관한 부과제척기간의 기산점은 2006년 귀속 양도소득세를 부과할 수 있는 날로서 개정 전 국세기본법 제26조의2 제5항, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 소득세법 제110조 제1항 에 따라 2006년 귀속 양도소득과세표준 및 세액 신고기한의 다음 날인 2007. 6. 1.이 되므로, 이 사건 부과처분의 부과제척기간은 2007. 6. 1.로부터 기산하여 10년이 경과한 2017. 5. 31. 만료한다고 할것이고, 개정 전 국세기본법의 시행일인 2017. 1. 1.을 기준으로 하여 이 사건 부과처분의 부과제척기간이 만료되지 않았음은 역수상 명백하므로, 부칙 제8조 제1항의 반대해석상 이 사건 부과처분에는 부과제척기간을 연장하는 규정인 이 사건 특례규정이 적용될 수 있다. 따라서 피고가 이 사건 특례규정에 근거하여 이 사건 부과처분을 한 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이라 할 수 없고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 나. 중복 과세로서 위법한지 여부 선행 부과처분에 관한 위 확정판결은 이 사건 부동산의 양도소득이 2005년도에 귀속되는 것이 아니라 2006년도에 귀속되는 것임을 확인하여 소득의 귀속연도가 2005년도임을 전제로 한 선행 부과처분을 취소한 것이고, 피고는 이 사건 특례규정의 적용요건인 ‘판결이 확정됨에 따라 그 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우’에 해당하여 같은 법률조항에 따라 위 판결이 확정된 날인 2019. 10. 17.로부터 1년 이내에 이 사건 부과처분을 한 것인바, 선행 부과처분이 확정판결을 통해 위법성이 확인되어 이미 취소되었으므로, 이 사건 부과처분은 중복 과세처분에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 다. 확정판결의 효력에 반하여 위법한지 여부 피고는 선행 부과처분에 관한 위 확정판결의 취지에 따라 이 사건 부동산 양도소득이 2006년에 귀속되는 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 점, 위 확정판결은 망인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 2006년 귀속 양도소득세를 포탈한 것이 아니라는 판단을 포함하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부과처분은 확정판결의 기속력에 반하는 것이 아니므로, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.