이 사건 처분과 관련하여 법인이 손금산입한 경비가 법인의 실제 경비인지

사 건 2021구합25259 부가가치세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2022. 12. 14. 판 결 선 고

2023. 2. 8.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 5. 8. 원고에게 한 별지1 목록 기재 부가가치세 부과처분 및 별지2 목록기재 법인세 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 당사자의 지위

1. 원 고는 건설업, 복지사업, 금융업, 임대업 등을 사업목적으로 영위하는 법인이다.

2. 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’이라 한다)은 2014. 4. 4. 설립되어 웨딩홀 운영업, 목욕탕 운영업, 부동산 매매 및 임대업 등을 사업목적으로 영위하는 법인이다.

3. 가가가는 2017. 3. 3. 원고의 감사로 취임하였다가 2019. 6. 13. 사임하였고, 2019. 6. 13. 원고의 사내이사로 취임하였다. 가가가는 BBB의 주식 40%를 보유하고 있다.

4. 가가가의 부 나나나는 2017. 3. 3. 원고의 사내이사로 취임하였다가 2019. 6. 13. 사임하였고, BBB의 감사로 재직하고 있다.

5. 가가가의 모 다다다는 2015. 3. 13. 원고의 사내이사로 취임하였다가 2017. 3. 3. 사임하였고, 2015. 11. 30.부터 BBB의 사내이사로 재직하고 있다.

6. 가가가의 누나 라라라는 BBB의 주식 10%를 보유하고 있다가 2016. 1. 11. 가가가에게 양도하였다. 라라라는 2012. 3. 12. 원고의 감사로 취임하였다가 2017. 3. 3. 사임하였고, 2014. 9. 29. BBB의 사내이사로 취임하였다가 2015. 11. 30. 사임하였다.

• 나. 피고의 세무조사 피 고는 2020. 2. 5.부터 2020. 3. 25.까지 원고의 2014 사업연도 ~ 2018 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였다.
• 다. 피고의 부가가치세, 법인세 부과처분 피고는 2020. 5. 8. 원고에 대하여 아래 과세원인을 이유로 하여 별지1 목록 기재 부가가치세 부과처분(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다) 및 별지2 목록 기재 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)을 하였다(이하 위 각 부과처분을 합하여 부를 때는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

1. 실물거래 없이 월세 명목의 세금계산서 수취(이하 ‘제1과세원인’이라 한다) 원고는 특수관계법인인 BBB으로부터 2015. 6. 1.부터 2016. 12. 30.까지 ○○시 ○○동구 ○○동 1487 ○○○○○자이1단지 104동 403호를 보증금 없이 월세 1,500,000원에 임차하고, 2015. 6. 1.부터 2016. 4. 30.까지 ○○시 ○○동구 ○○동 1528 ○○○○○자이주상복합 102동 2502호를 보증금 없이 월세 3,000,000원에 임차하였으며, 이에 대한 세금계산서(공급가액 계 57,000,000원)를 수취하였다. 피고는 이를 특수관계법인에 자금을 지원할 목적으로 실물거래 없이 수취한 세금계산서에 해당한다고 보아 원고의 2015년 1기, 2기, 2016년 1기, 2기 부가가치세 매입세액의 합계 57,000,000원을 불공제하고, 위 금액을 손금불산입하여 원고의 2015 사업연도, 2016 사업연도에 법인세를 부과하였다.

수관계자 소유의 부동산 개발과 관련된 경비 지출(이하 ‘제2과세원인’이라 한다) 원고는 2017년~2018년도에 특수관계자인 원고의 대표이사 가가가, 가가가의 모 다다다와 누나 라라라 등 3명이 소유한 부동산의 개발과 관련된 비용 89,136,363원을 □□엔지니어링 등 3개 업체에 지급하고 세금계산서를 수취하였다. 피고는 이를 원고의 업무와 관련 없이 지출된 비용으로 보아 원고의 2017년 1기, 2기, 2018년 1기 부가가치세 매입세액의 합계 89,136,363원을 불공제하고, 위 금액을 손금불산입하여 원고의 2017 사업연도, 2018 사업연도에 법인세를 부과하였다.

3. 특수관계자 개인 대출 이자 납부(이하 ‘제3과세원인’이라 한다) 원고는 2017년에 원고의 대표이사 가가가 명의 대출금에서 발생한 이자비용 8,463,825원을 납부하고 손금처리하였다. 피고는 이를 원고의 업무와 관련 없이 지출된 비용으로 보아 위 8,463,825원을 손금불산입하고 원고의 2017년 사업연도에 법인세를 부과하였다.

4. 특수관계법인에 원고 소유 부동산 저가 임대(이하 ‘제4과세원인’이라 한다) 원고는 2014. 4. 9. 특수관계법인인 BBB과 사이에 ☆☆ ☆☆☆ ☆☆ 1435-1 ◎◎◎◎◎◎ 2606호에 관하여 임대기간을 2014. 4. 14.부터 2016. 6. 15.까지로 하여 월세 없이 보증금 1,000,000원에 임대하는 전대차계약을 체결하였다. 피고는 이를 특수관계법인에 부동산을 저가 임대한 것으로 보아 2014년 1기, 기기, 2015년 1기, 2기, 2016년 1기에 합계 21,448,083원(위 임대료 정상적인 거래가격과의 차액)의 부가가치세를 과세하고 위 금액을 익금산입하여 원고의 2014 사업연도, 2015 사업연도, 2016사업연도에 법인세를 부과하였다.

• 라. 원고의 조세불복 원고는 2020. 6. 26. 감사원에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 9. 3. 위 심사청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증, 을 제3호증의1, 2, 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 제1과세원인 관련 원고의 지점법인이 실제로 BBB으로부터 ○○시 ○○동구 ○○동 1487 ○○○○○자이1단지 104동 403호(이하 ‘○○자이 403호’라 한다) 및 ○○시 ○○동구 ○○동 1528 ○○○○○자이주상복합 102동 2502호(이하 ‘○○자이 2502호’라 한다)를 임차하고 위 각 부동산을 사무실 등으로 사용하였으므로, 실물거래 없는 세금계산서를 발급한 것이 아니다.
• 나. 제2과세원인 관련 가가가, 다다다 공동소유의 ☆☆ ☆☆진구 ☆☆동 산43-1, 산43-2, 산44, 313-7, 312-32 소재 부동산 및 가가가와 라라라 공동소유의 ☆☆ ☆☆진구 ☆☆동 312-2 소재 부동산(이하 위 부동산들을 합쳐 ‘이 사건 ☆☆ 토지’라 한다)에서 진행되는 부동산개발사업은 원고, 가가가, 다다다, 라라라의 공동사업에 해당한다. 원고, 가가가, 다다다, 라라라는 원고의 비용으로 엔지니어링 등 실사 업무를 담당하기로 약정하였으므로, 이 사건 ☆☆ 토지의 개발과 관련하여 지출한 비용 89,136,363원은 원고의 업무와 관련 없이 지출된 비용으로 볼 수 없다.
• 다. 제3과세원인 관련 원고의 대표이사 가가가의 □□□□에 대한 대출금 채무는 가가가의 부 나나나가 2008. 9. 2. ☆☆ ☆☆☆ ☆☆ 1435-1 ◎◎◎◎◎◎ 2606호(이하 ‘◎◎◎◎◎◎ 2606호’라 한다)를 매수할 당시 발생한 것으로 실채무자는 나나나이며, 나나나가 2014. 4. 14. 위 오피스텔을 원고에게 매도하는 과정에서 가가가의 대출이 원고에게 승계되었으나 대출 명의 변경이 이루어지지 않아 가가가의 명의를 유지한 채 원고가 관련 이자를 납부한 것이다. 따라서 원고가 납부한 가가가의 □□□□에 대한 대출금 채무 이자 8,463,825원은 업무와 관련 없이 지출된 비용이라고 볼 수 없다.
• 라. 제4과세원인 관련 원고는 특수관계법인인 BBB의 사업자등록을 위하여 BBB에게 ◎◎◎◎◎◎ 전체가 아닌 일부(10.89㎡)만을 임대하였으므로, 월세 없는 보증금 1,000,000원은 저가임대에 해당하지 아니한다.

별지3 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568 판결 참조). 나. 제1과세원인 관련 주장에 대한 판단

1. 관련 규정 및 법리 부가가치세법 제39조 제1항 제2호, 제4호는 발급받은 세금계산서에 공급가액과 부가가치세액 등 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 매입세액 내지 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 법인세법 제19조 제2항 은 손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제27조는 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액은 손금불산입한다고 규정하고 있다. 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 갑 제7, 9, 10, 12, 13호증, 을 제2호증의1, 2 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 원고가 BBB으로부터 ○○자이 403호, 2502호를 임대하고 월세를 지급하였다는 명목으로 작성한 공급가액 합계 57,000,000원의 세금계산서는 그 기재내용이 사실과 다르다고 봄이 타당하고, 위 비용은 원고의 업무와 직접 관련이 없는 지출금액에 해당하므로, 위 매입세액을 불공제하고 동액 상당액을 손금불산입한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

① 원고는 BBB과 임대차계약을 체결하고 실제 월세를 송금한 사실이 있으므로 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것이 아니라고 주장한다. 그러나 위 법리에서 본 바와 같이 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우에는 사실과 다른 세금계산서를 발급하였다고 보아야 하는 것이므로, 원고가 BBB과 임대차계약을 체결하고 월세를 송금하였다는 사실만으로는 실제 사실에 부합하는 내용으로 세금계산서를 발급하였다고 볼 것은 아니다.

② 원고는 ○○자이 403호, 2502호를 임차하여 사무실 등으로 사용하였다고 주장하나, 이를 뒷받침할 만한 증거는 보이지 않는다. 오히려 원고가 BBB과 ○○자이 403 호, 2502호에 관한 임대차계약을 체결할 당시 원고의 주소는 ☆☆ ☆☆☆ ☆☆☆☆로 303, 1230호(☆☆, 오션타워)이고, 사업장 소재지가 ○○ ○○구 ○○로 247(○○동)인 점에 비추어 볼 때, 원고가 ○○자이 403호, 2502호를 사무실로 사용하였을 가능성은 높지 않은 것으로 보인다. 게다가 ○○자이 2502호의 경우 원고의 특수관계인인 라라라와 다다다가 2015. 5. 2.부터 2016. 3. 16.까지 전입신고를 한 점에 비추어 보더라도, ○○자이 2502호를 원고의 사무실로 사용했을 가능성은 낮다.

③ 원고는 건설업, 복지사업, 금융업, 임대업 등을 사업목적으로 하고 있는데, 원고가 위 ○○자이 403호, 2502호를 타인에게 임대하여 임대수익을 얻었다는 자료는 보이지 아니하며, 그밖에 원고의 등기부상 사업목적으로 기재되어 있는 다른 사업목적으로 위 부동산을 사용하였다는 점을 인정할 만한 자료 역시 보이지 아니한다.

• 다. 제2과세원인 관련 주장에 대한 판단 원고는, 원고와 가가가, 다다다, 라라라가 공동으로 이 사건 ☆☆ 토지를 개발하기로 하고, 위 ☆☆ 토지 개발에 소요되는 실사비용은 원고가 부담하기로 하였다고 주장 하면서 이에 부합하는 듯한 2017. 3. 2.자 개발사업계약서(갑 제21호증)를 제출하였다. 그러나 갑 제1, 7호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① 원고의 사업목적 범위에 부동산개발사업이 포함되어 있지 아니한 점, ② 원고가 2020. 3. 26. 피고에게 해명서를 제출할 당시 위 개발사업계약서를 제출하지 않았던 점, ③ 위 개발사업계약서에는 원고의 대표자로 나나나가 기재되어 있으나, 2017. 3. 2. 당시 원고의 사내이사는 나나나가 아닌 다다다였던 점, ④ ☆☆ ☆☆진구 ☆☆동 산43-1, 산43-2, 산44, 313-7, 312-32 부동산은 다다다 단독소유이고, ☆☆ ☆☆진구 ☆☆동 312-2는 라라라, 가가가의 공동소유이므로, 개발사업계약서에 다다다, 라라라, 가가가 사이의 이익분배에 관한 내용이 포함되어 있어야 할 것으로 보이나, 위 개발사업계약서에는 이들 간의 이익분배에 관한 조항이 없는 점, ⑤ 위 개발사업계약서 제17조에는 “상기와 같이 본 계약을 체결하고 이를 증명하기 위하여 계약서 4부를 작성하여 공증한 후 서명 날인 후 각 1통씩 보관한다”고 되어있으나 위 계약서에 관하여 공증 절차를 거치지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 위 개발사업계약서는 신빙성이 부족하여 믿기 어렵다. 그 밖에 갑 제25 내지 27호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다다다가 2017. 8. 2. ☆☆ 진구 ☆☆동 산44, 산43-1. 313-7에 관하여 건축허가 신청을 하였다가 2018. 7. 25. 취하한 사실은 인정되나, 이는 다다다가 본인 소유 부동산에 대하여 건축허가를 신청했다는 의미는 될 수 있을 뿐 원고가 다다다 등과 공동으로 이 사건☆☆ 토지 개발사업을 하기로 하였다는 사실을 추인할 수 있는 사정에 해당한다고 보기 어려우므로, 위와 같은 사정만으로는 원고, 가가가, 다다다, 라라라가 공동으로 이사건 ☆☆ 토지를 개발하기로 하면서 위 ☆☆ 토지 개발에 소요되는 실사비용을 원고가 부담하기로 약정하였다는 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 제2과세원인에 대한 주장도 받아들일 수 없다.
• 라. 제3과세원인 관련 주장에 대한 판단 갑 제7, 22, 28, 29호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의사정들에 비추어 볼 때, 원고가 2017년에 가가가의 개인 대출과 관련하여 발생한 이자 비용 8,463,825원을 납부한 것은 원고의 업무와 관련 없이 지출된 비용에 해당하므로, 피고가 위 금액을 손금불산입하고 2017 사업연도에 법인세를 부과한 것은 적법하다. 따라서 원고의 제3과세원인 관련 주장은 이유 없다.

① 나나나는 2008. 7. 10. ◎◎◎◎◎◎ 2606호를 12억 5천만 원에 매수하고, 2009. 9. 2. 소유권이전등기를 마쳤다. 나나나는 2009. 9. 2. ◎◎◎◎◎◎ 2606호에 관하여 채무자를 가가가으로, 근저당권자를 □□□□ 주식회사로, 채권최고액을 995,800,000원으로 한 근저당권설정등기를 마쳤다. 한편 원고는 가가가의 위 대출금으로 매매대금을 지급하였다고 주장하나 이를 뒷받침하는 금전거래 내역 등의 자료는 보이지 않는다.

② 나나나는 2014. 4. 11. 원고에게 ◎◎◎◎◎◎ 2606호를 8억 원에 매도하였고, 원고는 나나나에게 매매대금 8억 원 전액을 지급하였다. 통상 부동산을 매수하면서 대출금 채무를 인수하였다면 매매대금에서 대출금 채무를 차감하고 남은 금액을 지급하는 것이 간명하고 일반적인 관행에 해당하는바, 원고가 매매대금에서 대출금 채무를 공제한 금액이 아닌 매매대금 전액을 지급한 점에 비추어 볼 때, 가가가 명의의 대출금 채무를 인수하였다는 주장은 믿기 어렵다.

③ 원고는 나나나로부터 ◎◎◎◎◎◎ 2606호를 매수하면서 가가가 명의로 된 채무를 인수하였다고 주장하나 부동산매매계약서, 약정서 등 채무인수를 입증할 수 있는 자료는 제출하지 않고 있다. 게다가 회계장부에 위 ◎◎◎◎◎◎ 2606호를 매수할 당시 위 부동산의 가치를 얼마로 계상하였는지 등에 대하여도 아무런 자료를 제출하지 않고 있다.

④ 또한 원고는 가가가 명의의 위 대출금의 원금을 상환하면서 가수금 반제로 회계처리하였다. 가수금 반제는 대표이사가 개인자금으로 회사에 지급하였던 돈을 다시 찾아간 것을 의미하므로, 이러한 회계처리는 나나나의 대출금 채무를 인수하였다는 원고의 주장과도 상충되며, 대출금 채무의 원금과 이자를 다르게 회계처리한 것이므로, 이 점에 비추어 보더라도 가가가 명의의 대출금의 이자비용이 원고의 업무와 관련 있는 비용에 해당한다는 주장은 믿을 수 없다.

• 마. 제4과세원인 관련 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 참조).

2. 구체적 판단 갑 제9, 12호증, 을 제7호증의 1, 2 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 ① 원고와 BBB의 2014. 4. 9.자 임대차계약서에는 ‘☆☆ ☆☆ ☆☆ ☆☆☆☆1로 147 ◎◎◎◎◎◎ 동관 2606호 중 사무실 일부’라고만 기재되어 있을 뿐 임대면적이 구체적으로 기재되어 있지 아니한 점, ② 위 임대차계약서에 건물 내 모든 시설물 관리, 수리, 각종 부과금 및 공과금을 임차인(원고)의 부담으로 한다고 기재되어 있는데, 건물의 극히 일부만을 임차한 임차인이 건물 내 관리비와 각종 공과금을 전부 부담하는 것은 이례적인 것으로 보이는 점, ③ BBB의 사업자등록신청서에도 임차면적이 기재되어 있지 아니한 점, ④ ○○자이 403호, 2502호 부동산 임대차계약서에 BBB의 주소가 ◎◎◎◎◎◎ 2606호로 기재되어 있고, 원고의 주소가 ☆☆☆ ☆☆☆☆로 303, 1230호(☆☆, 오션타워)로 기재되어 있는바, ◎◎◎◎◎◎ 2606호는 원고가 아닌 BBB이 주된 사무실로 사용한 것으로 보이는 점, ⑤ BBB이 사용하지 아니한 나머지 공간을 누가 어떠한 방법으로 사용·수익하였는지에 대하여 원고가 아무런 주장·입증을 하지 않고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 BBB에게 ◎◎◎◎◎◎ 2606호의 3.3평(10.89㎡)만을 임대하였다고 인정하기 부족하고, 오히려 위와 같은 사정에 비추어 볼 때 원고는 BBB에게 ◎◎◎◎◎◎ 2606호를 시가보다 낮은 가격으로 임대하였다고 볼 수 있으므로, 피고가 원고의 2014년 1기, 2기, 2015년 1기, 2기, 2016년 1기에 합계 21,448,083원의 부가가치세를 과세하고 위 금액을 익금산입하여 원고의 2014 사업연도, 2015 사업연도, 2016 사업연도에 법인세를 부과한 것은 적법하다. 따라서 원고의 제4과세원인에 대한 주장도 이유 없다

원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.