가액의 구분이 불분명한 토지와 미완성건물을 함께 공급한 경우 그 미완성건물은 부가가치세법 시행령 제64조에서 규정하는 건물 또는 구축물 등에 해당함

사 건 2022구합20923 부가가치세과세처분취소 원 고 손○○ 외 1명 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 8. 17. 판 결 선 고

2022. 9. 14.

1. 원고들의 주위적 청구를 기각한다.

2. 피고가 원고들에 대하여 한 2020. 12. 9.자 2020년 제2기 부가가치세 73,125,000원의 환급거부처분 중 40,591,508원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 소송비용은 원고와 피고가 각 1/2씩 부담한다. 청 구 취 지

피고가 원고들에 대하여 한 2020. 12. 9.자 2020년 제2기 부가가치세 73,125,000원의 환급거부처분 중 38,500,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

주문 제2항과 같다.

• 가. 원고들은 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○, 같은 리 ○○○-○, ○○○-○, 같은 리 ○○○-○(이하 ‘○○시 ○○읍 ○○리 ○○○ 외 3필지’라고 한다)에서 신축건물 개발 및 공급업을 영위하는 공동사업자이다.
• 나. ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○ 외 3필지는 원고 손○○가 2/10, 원고 김○○가 7/10, 김○○이 1/10 지분을 각 소유하고 있었다.
• 다. 원고들은 2019. 3. 8. ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)와 사이에 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○ 외 3필지에 숙박시설 제1, 2동을 공사대금 1,540,000,000원에 신축하는 공사도급계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제1, 2동 공사도급계약’이라 한다).
• 라. 원고들은 2020. 5. 1. ○○과 사이에 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○ 외 3필지 에 숙박시설 제3동을 공사금액 2,850,000,000원에 신축하는 공사도급계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 제3동 공사도급계약’이라 한다).
• 라. 원고들과 김○○은 2020. 7. 6. 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’라 한다)에 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○, 같은 리 ○○○-○(이하 위 토지를 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)을 1,250,000,000원에 매도하는 부동산매매계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 위 매매계약의 특약사항에는 ‘위 계약은 포괄양도·양수계약이며, 포괄양도·양수계약서를 별도 작성한다’는 내용과 ‘매도인이 건축허가를 받은 사항과 동일하게 매수인이 사업을 승계한다’는 내용이 기재되어 있었다.
• 마. ○○○○은 2020. 7. 10. 원고들에게 이 사건 제3동 공사도급계약에 대한 1차 기성고 385,000,000원을 청구하였고, 원고들은 2020. 7. 17. ○○○○으로부터 공급가액 350,000,000원(매입세액 35,000,000원, 공급대가 385,000,000원)의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.
• 바. 원고들은 2020년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 매출세액을 0원으로, 매입세액 124,363,636원으로 각 신고하고, 121,545,455원(= 매입세액 124,363,636원 - 가산세액 2,818,181원)에 대하여 부가가치세 조기환급신고를 하였다.
• 사. 피고는 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○ 외 3필지에 대한 현장확인을 실시하고, 이 사건 매매계약은 이 사건 토지와 미완성 건물을 함께 공급하는 경우로서 그 가액의 구분이 불분명하다고 보아 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 및 국세청 고시 제2018-36호 제4조가 적용된다고 판단하여, 이 사건 매매계약의 매매대금 1,250,000,000원 중 625,000,000원을 미완성 건물의 공급가액으로 산정하여 위 미완성 건물에 대한 매출세액 62,500,000원과 가산세 18,750,000원을 납부세액으로 결정하고, 2020. 12. 9. 원고들에게 부가가치세 40,295,450원(= 매입세액 124,363,626원 - 매출세액 62,500,000원 - 기가산세액 18,750,000원 – 추가 인정된 가산세액 2,818,181원)을 환급하고, 81,250,000원(= 121,545,455원 - 40,295,450원)에 대하여는 부가가치세 환급을 거부하였다(이하 ‘1차경정 처분’이라 한다).
• 아. 피고는 이 사건 토지의 공급가액 중 김○○ 지분(1/10)에 해당하는 62,500,000원을 감액하여 2020. 12. 29. 원고들에게 8,125,000원을 추가로 환급하였다(이하 1차경정 처분에서 2020. 12. 29. 추가환급 결정한 8,125,000원을 차감하고 남은 73,125,000원의 환급거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 자. 원고들은 국세청장에게 이 사건 처분에 대한 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2021. 6. 1. 원고들의 심사청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2, 4 내지 8, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 주위적 청구 원고들은 이 사건 토지만을 ○○○에 양도하였을 뿐 토지와 미완성 건물을 함께 공급한 것이 아니다. 이 사건 세금계산서상의 공급가액은 이 사건 토지에 관한 성토공사 및 옹벽공사 관련 공사비와 관련된 비용으로서 이 사건 토지의 가치를 증가시키는 데에 소요된 비용에 해당하므로, 위 세금계산서상의 매입세액은 본래 부가가치법상 공제대상이 될 수 없는 매입세액에 해당하나, 원고들은 이를 착각하여 매입세액 공제 대상으로 신고한 것이다. 피고는 이 사건 세금계산서상 공급가액이 건물 공사비용에 해당한다는 전제에서 원고들이 이 사건 토지와 미완성 건물을 함께 공급하였다고 보아 미완성 건물에 대한 매출세액을 인정한 위법이 있으므로, 이 사건 처분 중 38,500,000원(= 73,125,000원 - 추가로 환급받아야 할 34,625,000원)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.
• 나. 예비적 청구 설령 원고들이 ○○○에 토지와 미완성 건물을 함께 공급한 경우로 보더라도, 이 사건 토지에 관하여 기준시가, 장부가액이 있는 반면 미완성 건물에 대한 기준시가, 감정평가액이 없고 장부가액(취득가액)만 있으므로, 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 가 아닌 제64조 제2호가 적용되어야 한다. 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 를 적용하면 원고들이 추가로 환급받아야 할 부가가치세액은 32,533,492원이므로, 이 사건 처분 중 40,591,508원(= 73,125,000원 - 32,533,492원)을 초과한 부분은 취소되어야 한다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 주위적 청구에 대한 판단

1. 관련 법리 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제7호에서 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 들고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조는 위 규정에서 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 등’을 말한다고 규정하고 있다. 여기서 말하는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하는 것으로 해석되고, 토지와 구분되는 구축물 등의 건설공사에 해당하는 비용은 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당하지 않는다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004다39511 판결 참조).

2. 판단 갑 제1, 2호증, 을 제6, 8호증, 9호증의1의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서의 공급가액은 이 사건 토지의 조성비용이 아닌 건설공사에 해당하는 비용에 해당하는 것으로 볼 수 있고, 원고들은 미완성 건물을 이 사건 토지와 함께 ○○○에 공급하였다고 봄이 타당하므로, 피고가 미완성 건물의 공급에 관하여 매출세액을 인정한 것은 정당하다. 따라서 원고들의 주위적 청구는 이유 없다.

① 원고들은 ○○○○과 이 사건 제3동 공사도급계약만 체결하였을 뿐 부지 조성을 위한 별도의 토목공사 계약 등을 체결한 바 없고, 이 사건 제3동 공사도급계약서에 도 공사명이 ‘○○ ○○리 숙박시설 신축공사’라고만 기재되어 있다.

② 이 사건 토지는 경사도가 있고 수풀이 있어 숙박시설의 건설을 위해서는 필수적으로 토공사가 수반되어야 하고, 숙박시설의 설계도면도 처음부터 이 사건 토지에 대한 토공사/옹벽공사를 전제로 하여 설계된 것으로 보인다. 그리고 ○○○○이 진행한 공사는 이 사건 제3동 공사도급계약이 본래 예정하고 있었던 숙박시설의 공사 과정 중 일부에 해당하며, 이 사건 토지 위에 설치된 옹벽과 평탄화 작업도 제3동 숙박시설의 신축이라는 특수한 목적을 위해 이루어진 것으로 보이며, ○○○도 원고들이 설치한 옹벽과 평탄화를 마친 토지 위에 숙박시설 공사를 계속 이어나갔다. 이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 세금계산서상의 공급가액은 숙박시설의 설치가 가능하도록 하기 위하여 필수적으로 수반되는 기반을 조성하는 기초공사에 소요된 비용으로 봄이 상당하다.

③ 원고들은 2020년 제2기 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서상의 매입세액을 공제대상인 매입세액으로 신고하였다. 원고들이 이 사건 세금계산서상의 공사비용을 토지가 아닌 건물 관련 매입세액으로 보아 신고한 점에 비추어 볼 때, 원고들 스스로도 위 공사비용은 토지 조성비가 아닌 건물 공사비의 일부라고 인식하고 있었다고 봄이 합리적이다.

④ 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 식재, 신축 건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물 신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사 착수가 있었다고 할 수 없으나, 터파기나 구조물 공사와 같이 건축물을 신축하기 위한 공사에 착수한 경우에는 착공을 한 것으로 볼 수 있는데(대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두58406 판결 등 참조), 원고들은 2020. 5. 1. 이 사건 토지 위에 제3동 숙박시설의 신축을 위하여 기초공사, 토공사, 옹벽공사 등 신축 공사에 착공하였고, 2020. 7. 6. ○○○에 이 사건 토지와 공사 중인 제3동 숙박시설을 일체로 양도하였으므로, 원고들은 토지와 그 토지에 정착된 미완성 건물을 함께 공급하였다고 볼 수 있다.

• 나. 예비적 청구에 대한 판단

1. 구 부가가치세법 제29조 제9항 은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등(이하 ‘건물 등’이라 한다)의 실지거래가액을 공급가액으로 하되 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 등에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 은 제2호에서 ‘토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는 한편, 제3호에서는 ‘제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다’고 규정되어 있다. 위 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 의 위임에 따라 제정된 ‘토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법’(국세청 고시 제2018-36호, 이하 ‘이사건 고시’라 한다) 제4조에 의하면, 사업자가 토지와 미완성된 건물 등을 함께 공급하며 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지는 기준가액으로 하고, 미완성된 건물 등은 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)으로 하여 그 가액에 비례하여 실지거래가액을 안분계산한다고 정하고 있다.

2. 원고들이 ○○○에 이 사건 토지와 미완성 건물을 함께 1,250,000,000원에 매도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 매매계약서에 이 사건 토지와 함께 양도하는 미완성 건물에 대한 매매대금이 구분되지 않은 채 기재되어 있으므로, 이 사건 매매계약은 구 법인세법 제29조 제9항 제1호 에서 정하고 있는 실지거래가액 중 토지와 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다. 한편, 이 사건 토지의 기준시가가 342,831,000원(= ○○시 ○○읍 ○○리 378-1의 2020년 공시지가 200,285,000원 + ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-3의 2020년 공시지가 142,546,000원)이고, 장부가액이 873,377,000원인 사실, 이 사건 토지와 미완성 건물에 대한 감정평가가액이 없는 사실, 미완성 건물에 대한 기준시가는 없으나 피고가 이 사건 처분을 하면서 이 사건 세금계산서의 공급가액 350,000,000원을 미완성 건물의 취득가액으로 인정한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다. 즉 이 사건은 토지에 관하여는 기준시가와 장부가액이 있고, 미완성 건물에 관하여는 기준시가가 없고 장부가액(취득가액)만이 인정될 수 있는 경우에 해당하는데, 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하여 보면, 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제3호 가 아닌 제2호가 적용된다고 해석함이 타당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호, 제2호, 제3호의 체계와 문언에 의하면, 토지와 건물 등 양 자산 모두에 기준시가가 있는 경우에는 기준시가를 적용하되 감정평가액이 있으면 그 감정평가가액에 비례하여 안분계산을 하고(제1호), 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에는 감정평가액이 있으면 그 가액에 비례하여 안분계산하고 감정평가가액이 없고 장부가액이 있으면 그 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 자산별로 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 개별 기준시가에 의하여 안분계산하는 것이며(제2호), 이러한 기준을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에만 보충적으로 국세청장이 정하는 바에 따라 안분 계산하여야 한다(제3호)고 해석함이 타당하다.
• 나) 국세청이 제작한 부가가치세 집행기준 29-64-1(토지와 함께 공급한 건물 등의 공급가액 안분계산)에는 사업자가 토지와 함께 건물 등을 공급하는 경우 그 건물 등의 과세표준은 다음의 순서에 의한 가액으로 계산한다고 규정되어 있는바, 이에 의하면 ① 실거래가액이 모두 있는 경우 → ② 감정평가액이 모두 있는 경우 → ③ 기준시가가 모두 있는 경우 → ④ 기준시가가 일부 있는 경우 → ⑤ 기준시가가 모두 없는 경우 → ⑥ 국세청장이 정한 공급가액 안분 계산방법의 순서대로 과세표준을 계산한다고 되어 있다. 이 사건에서는 토지와 건물을 함께 공급하였으나 그 중 일부인 토지에 대하여만 기준시가가 있는 경우에 해당하므로, ⑥ 국세청장이 정한 공급가액 안분 계산방법이 아닌 ④ 기준시가가 일부 있는 경우에 해당하는 공급가액 계산방법을 우선 적용하는 것이 타당하다. 위 부가가치세 집행기준에 의하면 ‘기준시가가 일부 있는 경우’에는 먼저 장부가액(장부가액이 없는 경우 취득가액)에 비례하여 안분계산, 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 비례하여 안분계산한다‘고 규정되어 있는데, 이는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 를 적용하라는 의미이다.
• 다) 조세심판원은 장부가액이 있는 미완성 건물과 기준시가 및 장부가액이 모두 있는 토지를 함께 양도한 경우로서 실지거래가액이 불분명한 경우 총 거래가액을 토지의 장부가액과 미완성 건물의 장부가액을 기준을 안분하도록 결정한 바 있다(2007. 5. 9. 국심 2006구0215 참조).
• 라) 피고는 미완성 건물의 경우 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 규정된 ‘건물 또는 구축물 등’에 포함되지 아니하므로, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 와 제2호가 적용될 수 없다고 주장한다. 그러나 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 규정된 ‘건물 또는 구축물 등’에 대한 정의조항이 없으므로 미완성 건물은 건물에 포함된다고 보아야 하는 점, 미완성 건물을 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 및 제2호의 ‘건물 또는 구축물 등’에서 제외한다는 명문의 규정이 없는 점, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 은 구 부가가치세법 제29조 제9항 제1호 에 따라 토지가 ‘건물 또는 구축물 등’과 함께 양도된 경우에 적용되는 것인데, 구 부가가치세법 제29조 제9항 에 규정된 ‘건물 또는 구축물 등’과 시행령에 규정된 ‘건물 또는 구축물 등’은 문언이 일치하므로 별도의 정의조항이 없는 한 모법인 구 부가가치세법 제29조 제9항 과 모법에 따른 시행령인 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에서 규정된 ‘건물 또는 구축물 등’은 동일하게 해석되어야 한다 할 것인데, 피고의 주장과 같이 미완성 건물이 ‘건물 또는 구축물 등’에 포함되지 않는다고 해석할 경우에는 애초에 모법인 구 부가가치세법 제29조 제9항 의 적용대상에서 배제된다고 보아야 하는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장은 이유 없다.
• 마) 피고는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 는 단서 후문에서 기준시가 있는 자산끼리의 2차 안분을 예정하고 있으므로, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 는 기준시가 있는 자산 간의 안분계산이 가능한 경우에 적용되는 것이고, 이번 사안과 같이 기준시가 있는 자산이 토지 1개에 불과할 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 가 적용될 수 없다고 주장한다. 그러나 기준시가 있는 자산이 최소 2개 이상 존재하는 경우에만 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 가 적용된다고 해석할 근거가 없고, 오히려 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 는 ‘토지와 건물 등 모두의 기준시가가 없는 경우’에도 적용된다고 명시적으로 규정되어 있는 점, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제2호 단서 후문은 기준시가가 있는 자산들이 있는 경우에는 해당 자산끼리 다시 안분계산을 하도록 하여 실질과세원칙과 객관성을 유지할 것을 요구하는 취지의 규정인 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장은 이유 없다.
• 바) 피고는 이 사건 세금계산서 공급가액이 미완성 건물에 대한 장부가액 또는 취득가액으로 보기 곤란하므로, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제3호 가 적용될 수 있다고도 주장한다. 그러나 피고가 이 사건 세금계산서의 공급가액을 미완성 건물에 대한 취득가액으로 보아 이 사건 처분을 하였으므로 미완성 건물의 장부가액 또는 취득가액 산정이 곤란한 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 피고의 선행처분과도 모순되는 주장에 해당하는 점, 이 사건 고시 제4조는 미완성된 건물 등은 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)으로 실지거래가액을 안분계산한다고 되어있는데, 피고의 주장과 같이 이 사건 세금계산서 공급가액을 미완성 건물에 대한 장부가액 또는 취득가액으로 보는 것이 곤란하다면 이 사건 고시 제4조에 따른 안분계산도 가능할 수 없게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

3. 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 피고가 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호, 이 사건 고시 제4조를 적용하여 이 사건 토지의 기준가액과 미완성 건물의 장부가액을 안분계산한 것은 위법하므로, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 에 따라 이 사건 토지의 장부가액과 미완성 토지의 취득가액을 안분계산하여 정당한 세액을 계산하면 아래 표 기재와 같이 매출세액 31,224,238원, 매입세액 124,363,636원, 가산세 12,185,451원이 산출되므로, 피고가 2020. 12. 9. 원고들에 대하여 한 73,125,000원(= 조기환급신고액 121,545,455원 - 1차 환급액 40,295,455원 – 2차 환급액 8,125,000원)의 부가가치세 거부처분 중 40,591,508원(= 73,125,000원 – 추가로 환급받아야 하는 세액 32,533,492원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고들의 예비적 청구는 이유 있다. <표 생략>

원고들의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 예비적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.