구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)은 제97조 제1항 제1호에 규정한 양도차익 산정을 위한 필요경비산정의 적정 여부

사 건 2021구합23574 양도소득세등부과처분취소 원 고 AAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2022. 3. 24. 판 결 선 고

2022. 4. 21.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 9. 11. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 48,348,860원의 부과처분을취소한다.

• 가. 원고는 2012. 11. 14. 미분양 아파트인 서울 성동구 상왕십리동 000 000동 000호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)를 매수하여 2014. 3. 26. 대금으로 444,560,000원을 지급하였으며 2019. 12. 4. 840,000,000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 2019년 귀속 양도소득세를 신고하면서, 조세특례제한법 제98조의7 제1항 에 따라 양도소득세 과세대상소득금액 351,738,000원에서 이 사건 아파트의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 공제하면서 조세특례제한법 시행령 제98조의6 제4항, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 (두 조항을 통틀어 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에서 정한 계산식에 정해진 ‘기준시가’ 대신 ‘매매사례가액’을 적용하는 방법으로 319,958,920원을 공제하고 양도소득세 3,506,430원을 신고․납부하였다.
• 다. 피고는 이 사건 아파트에 대한 원고의 양도소득세 신고에 이 사건 규정에 어긋나는 잘못이 있다고 판단하고 양도소득세 과세대상소득금액 351,738,000원에서 기준시가로서 공동주택 공시가격을 적용하여 이 사건 아파트의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 146,752,641원을 공제하여 이 사건 아파트 과세표준을 202,485,359원으로 산정하였고, 2020. 9. 11. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 48,348,860원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)
• 라. 원고는 이에 불복하여 2020. 12. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2021. 5. 14. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 규정은, 취득가액을 원칙적으로 실지거래가액으로 산정하도록 한 소득세법 제97조 ․제100조에 위배되고, 이 사건 규정에 따라 기준시가로 계산할 경우 공제되는 양도소득금액이 매매사례가액을 적용할 때 공제되는 양도소득금액보다 지나치게 적어질 뿐만 아니라, 실질과세원칙에도 부합하지 않으며, 원고는 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 양도소득세가 과세되지 않는다는 기사나 분양대행사들의 대대적인 홍보를 믿고 이 사건 아파트를 취득하였음에도 위 규정으로 인하여 그것이 불가능하게 되어 신의성실 원칙에 반하고, 피고는 취득일로부터 4년 4개월 후의 매매사례가액보다도 낮은 취득일부터 5년이 되는 날의 환산가액으로 추계과세 하였으므로 근거과세 원칙에 위배되며, 이 사건 규정에 따라 적용되는 기준시가가 실제 거래시가를 제대로 반영하지 못하여 위 규정에 따른 과세처분은 현실성과 타당성을 결여하였다. 따라서 이 사건규정은 무효이고, 그에 근거하여 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 이 사건에 관하여 보건대 첫째, 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)은 제97조 제1항 제1호에서 양도차익 산정을 위한 필요경비로 공제할 취득가액을 규정하면서 실지거래가액에 의하되 이를 확인할 수 없는 경우 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 적용하도록 정하고 있는 것에 반하여 소득세법 제90조 제2항 에서는 양도소득금액에 조세특례제한법에서 정하는 바에 따라 감면대상 양도소득금액을 차감하여 양도소득과세표준을 계산하는 것으로 정하면서도 ‘감면대상 양도소득금액’의 의미나 계산방식 등에 관하여는 위와 같은 제한을 두고 있지 않은 점, 둘째, 조세특례제한법 제98조의7 는 제1항은 미분양 주택 해소를 통한 경제 활성화 지원을 위하여 약 3개월간 한시적으로 내국인이 미분양 주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하는 조세감면 우대조치로서 조세평등주의에 대한 예외적 성격을 가지고 국가나 지방자치단체 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하므로 엄격하게 해석할 필요가 있는 점(헌법재판소 1996. 6. 26. 선고 93헌바2 결정 취지 참조), 셋째, 조세법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 감면요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속하고(대법원2010. 11. 25.자 2010아48 결정 등 참조) 입법자는 조세특례제한법 제98조의7 는 제1항에서는 ‘미분양 주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우 감면대상 양도소득금액을 ‘미분양 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 정하면서도 그 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하였고 그에 따라 이 사건 규정에서 구체적인 계산방법을 정하고 있는 것이며(대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결 취지 참조), 이 사건과 같이 기준시가에 의하여 면제되는 양도소득금액을 산정하면 면제되는 양도소득금액이 매매사례가액에 의하여 산정하는 경우보다 적어지는 결과가 되어도 이러한 사정만으로 이를 실질과세의 원칙에 반한다고 보기도 어려운 점, 넷째, 피고 등 행정기관이 원고에 대하여 양도소득세 감면에 관한 공적인 견해를 표명하였다고 볼 만한 자료가 없어 이를 신의성실에 반한다고 보기 어려운 점, 다섯째, 피고는 원고의 양도소득세 신고에 이 사건 규정에 따르지 않은 잘못을 발견하고 소득세법 제114조 제2항 에 따라 위 시행령을 적용하여 양도소득과세표준과 세액을 경정하였을 뿐 추계조사를 시행한 것이 아닌 점 등에 비추어 보면, 이 사건 규정이나 이 사건 부과처분이 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.