이 사건 조사는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 아니하며, 쟁점 매출누락액의 과세처분은 정당하다.

사 건 대구지방법원2020구합970 법인세와부가가치세처분중일부취소 원 고 NN 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2021. 5. 13. 판 결 선 고

2021. 6. 10.

1. 이 사건 소 중 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 피고가 2019. 9. 17.1) 원고에 대하여 한, 2011년 내지 2017년 법인세 236,949,237원(가산세 포함) 중 본세 113,437,133원 및 가산세 19,641,905원의 부과처분, 2011년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세 951,849,835원(가산세 포함)2) 중 본세 45,467,896원 및 가산세 7,896,014원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2010년 11월경 설립되어 가스시설 시공사업 등(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하는 회사이다.
• 나. 피고는 2018. 11. 29.부터 2019. 2. 1.까지 원고에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과 2011년부터 2017년까지 원고 명의의 계좌 및 대표자 CC 명의의 계좌에 입금된 금액 중 52억 2,200만 원을 이 사건 사업의 매출누락액으로 확인하고, 2019. 9. 17. 원고에게 2011년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세994,638,360원(가산세 포함)과 2011년 내지 2017년 법인세 284,148,190원(가산세 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 원고는 이에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 ‘매출누락액 중 다툼이 있는 CC 명의의 계좌(이하 ‘이 사건 쟁점계좌’라 한다)에 입금된 694,419,900원(이하 ‘쟁점 매출누락액’이라 한다)에 대하여 매출누락액 해당 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.‘는 내용의 결정을 하였다.
• 라. 피고는 위 결정에 따라 쟁점 매출누락액에 대한 재조사를 한 후 그 중 230,132,710원을 매출누락액에서 제외한 다음 2020. 8. 18. 원고에게 2011년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세를 951,849,835원(가산세 포함)으로, 2011년 내지 2017년 법인 세를 236,949,237원(가산세 포함)으로 경정․고지하였다.
• 마. 원고는 이에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 ’원고에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분 중 가산세 부분에 대하여 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.‘는 내용의 결정을 하였다.
• 바. 피고는 위 결정에 따라 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분 중 가산세 부분에 대하여 일반과소신고가산세를 적용한 후 2021. 5. 26. 원고에게 2011년 1기 내지 2017년 2기 부가가치세를 815,729,331원(가산세 포함)으로, 2011년 내지 2017년 법인세를 212,095,865원(가산세 포함)으로 경정․고지하였다(2019. 9. 17.자 당초 처분에서 위와 같이 감액되고 남은 나머지 각 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 7호증, 을 제1, 2, 5호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분 중 부가가치세 가산세 7,896,014원 및 법인세 가산세 19,641,905원 부분에 대한 부과처분은 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용해야 함에도 피고는 부당과소신고가산세를 적용하여 위 부과처분을 하였으므로 이는 취소되어야 한다.
• 나. 판단 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조). 직권으로 살피건대, 피고가 2021. 5. 26. 조세심판원의 결정에 따라 원고의 주장과 같이 이 사건 처분 중 가산세 부과처분에 관하여 일반과소신고가산세를 적용한 후 부가가치세 가산세 중 136,120,504원(= 951,849,835원 – 815,729,331원), 법인세 가산세 중 24,853,372원(= 236,949,237원- 212,095,865원)을 직권으로 취소한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 원고가 동일한 이유로 취소를 구하는 부가가치세 가산세 7,896,014원 및 법인세 가산세 19,641,905원을 초과하는바, 이 사건 소 중 가산세 부과처분의 취소 를 구하는 부분은 이미 효력을 상실하여 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 것으 로 소의 이익이 없어 부적법하다.

• 가. 원고의 주장

1. 피고는 2019. 2. 1.까지 이 사건 조사를 마쳤음에도 쟁점 매출누락액에 대하여 원고의 대표자인 CC을 상대로 대면질의를 하고 추가 소명자료를 요구하는 등 재조사가 금지되는 세무조사를 실시하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하 다(이하 ’제1 주장‘이라 한다).

2. 피고는 쟁점 매출누락액 중에서 조세심판원의 재조사결정에 따른 230,132,710원을 제외한 나머지 금액을 원고의 매출누락액으로 인정하였으나 쟁점 매출누락액 중 위 금액을 제외한 나머지 금액 또한 원고가 이미 매출로 신고한 금액이거나 이 사건 사업과 무관한 금액이거나 2019. 2. 1. 이 사건 조사를 마치면서 확인한 매출누락액에 포함된 금액이므로, 이를 반영하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ’제2 주장‘이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1 주장에 관한 판단

• 가) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2016두64043 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 앞서 인정한 사실, 갑 제3, 5 내지 7호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 이 사건 조사 종료일인 2019. 2. 1. 원고가 이 사건 사업과 무관하다고 주장한 금액을 반영하여 매출누락액에 관한 원고의 자술서를 작성하였으나, 그 후 검토 과정에서 쟁점 매출누락액에 대해서는 소명이 충분치 않다고 보아 원고에게 쟁점 매출누락액을 포함한 과세처분이 내려질 수 있음을 알린 것으로 보이는 점, ② 원고의 대표자가 00세무서를 방문하여 담당자와 쟁점 매출누락액에 대한 질의․응답의 과정을 거친 것으로 보이나 피고가 원고의 사무실․사업장․공장 등을 방문하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하는 등의 절차를 거치지는 않았고, 이 사건 조사를 마친 후 원고가 피고에게 추가적인 서류를 제출한 바도 없는 것으로 보이는 점, ③ 2019. 2. 1. 이후에 있었던 쟁점 매출누락액 관련피고의 원고에 대한 질의․응답 과정이 원고의 영업의 자유 등에 큰 영향을 미친 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 보면, 2019. 2. 1. 이후에 있었던 쟁점 매출누락액과 관련된 피고의 행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기는 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 제2 주장에 관한 판단 살피건대, 앞서 인정한 사실, 갑 제3, 5 내지 7호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 피고는 이 사건 조사를 마치면서 원고가 이 사건 사업과 무관하다고 주장한 금액을 반영하여 원고로부터 매출누락액을 확인받기는 하였으나, 위 금액을 검토하던 중 쟁점 매출누락액에 대해서는 소명이 충분치 않다고 보아 이를 전체 매출누락액에 추가시킨 것인바, 쟁점 매출누락액은 원고로부터 확인받은 매출누락액과 별개일 뿐 중복된 것으로 보기 어려운 점, ② 피고는 원고의 대표자가 00세무서를 방문하여 담당자와 쟁점 매출누락액에 대한 질의․응답의 과정을 거친 후 2019. 9. 17.자 당초 처분을 내렸을 뿐만 아니라 조세심판원의 재조사결정에 따라 쟁점 매출누락액에 대하여 재조사를 한 후 원고의 주장을 반영하여 그 중 230,132,710원을 매출누락액에서 제외하는 등 원고에게 추가적인 소명의 기회를 준 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 조사를 통하여 이 사건 쟁점계좌 입금액 중 상당액이 원고의 매출누락액으로 확인된 바 있는 점, ④ 이 사건 쟁점계좌는 이 사건 사업으로 발생한 매출에 대한 주된 입금․관리계좌 중 하나로 사용된 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 쟁점 매출누락액에서 추가적으로 제외되어야 하는 항목에 대하여 개별적이고 구체적인 소명을 하고 있지 않은 점, ⑥ 피고는 쟁점 매출누락액을 포함한 전체 매출액에서 원고가 매출액으로 이미 신고한 금액을 차감한 후 원고의 매출누락액을 계산한 것인바, 쟁점 매출누락액 중에서 매출액으로 이미 신고한 금액을 차감할 경우 이중으로 신고금액이 공제되는 결과가 되는 것인 점 등에 비추어 보면, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

이 사건 소 중 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각한다