2. 이 사건 처분의 적법 여부
1. 원고는 이 사건 부동산을 650,000,000원에 취득하였는데, 이는 원고와 이 사건부동산의 실소유자인 CCC 사이에 재작성된 매매계약서의 내용, 이 사건 부동산에 설정되어 있던 근저당권의 채권최고액 710,000,000원이고 원고가 실제 피담보채무 550,000,000원을 취득가액의 일부로 자신이 대위변제한 경위 등에 의하여 확인 가능하므로, 피고가 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 가목에 의하여 양도차익을 계산할 때 취득가액을 ‘자산 취득에 든 실지거래가액’에 의하지 않고, 같은 법 제97조 제1항 제1호 단서 나목 ‘환산가액’으로 이 사건 부동산의 취득가액을 산정한 것은 잘못이므로, 이 사건 처분은 위법하다.
2. 설령 양도차익을 산정하면서 환산가액에 의하더라도, 피고가 이 사건 부동산의 양도차익을 산정하면서 이 사건 건물의 취득당시 기준시가에 건물신축가격을 ㎡당 400,000원을 적용하여 취득기준 가격을 ㎡당 348,000원으로 적용하여 계산한 부분, 숙박시설의 용도지수가 115임에도 110을 적용한 부분, 노래방의 용도지수가 105임에도 90을 적용한 부분, 양도 당시 건물기준시가를 산정함에 있어서 잔가율이 48%임에도 잔존가치로 0.568을 적용한 부분은 잘못이므로, 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단
1. 피고가 실지거래가액이 아닌 환산취득가액을 적용하여 이 사건 처분을 한 것이위법한지 여부
- 가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16384호로 개정되기 전의 것) 제114조 제7항은 “양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.”고 정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제1항은 “법 제114조 제7항에서 ’대통령령으로 정하는 사유‘란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 정하면서 제1호에서 “양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 된 경우”, 제2호에서 “장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우”를 각 정하고 있다.
- 나) 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서든 증거들, 갑 제11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 이 사건 부동산을 매수할 당시 작성한 매매계약서를 분실하였다고 인정하고 있는 점, ② 원고와 CCC 사이에 작성된 매매계약서에는 원고가 주장하는 취득가액과 달리 매대대금으로 450,000,000원이 기재되어 있을 뿐만 아니라 원고 주장에 의하더라도 위 매매계약서는 이 사건 부동산을 취득한 때로부터 22년이 경과하여 원고의 부탁을 받은 CCC와의 사이에 작성된 것으로 이 사건 부동산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 만한 객관적 증빙서류로 보기 어려운 점, ③ 원고는 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 부동산에 설정되어 있던 근저당권의 채권최고액 합계가 710,000,000원에 달하였고 취득가액의 일부로서 실제 채무액인 550,000,000원을 대위변제하였으므로 이를 통해 실지거래가액을 확인할 수 있다고 주장하기도 하나, 위 각 근저당권의 공동담보로 이 사건 부동산 외에도 같은 리 336 토지 및 그 지상 건물이 제공되었던 것으로 보이고 실제채무액이 얼마인지 확인할 수 있는 자료도 없는 점, ④ 이 사건 부동산의 경우 취득가액산정을 위하여 매매사례가액이나 감정가액을 적용하기는 어려운 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 부동산의 취득당시 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하여 환산가액에 의하여 취득가액을 정함이 타당하므로, 피고가 이 사건 부동산의 취득가액을 실지거래가액이 아닌 환산가액을 기초로 산정한 것에 위법이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
2. 피고가 양도차익을 산정함에 어떠한 잘못이 있는지 여부
- 가) 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호 단서 나목은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요한 경비로서 취득가액의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의하도록 정하고 있다. 같은 법 제99조 제1항 1호는 토지 또는 건물의 기준시가에 관하여 토지의 경우 가목 단서에서 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로, 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외)의 경우 나목에서 건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액으로 정하고 있다. 한편 구 소득세법시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제164조 제1항은 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액”이란분할 또는 합병, 지목 변경 등으로 개별공시지가가 없는 토지와 지목․이용상황 등 지가형성 요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산 가격공시에 관한 법률 제3조제8항 에 따른 비교표에 따라 납세지 관할세무서장이 평가한 가액을 말하고, 같은 조제5항은 법 제99조 제1항 제1호 나목 건물의 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득당시의 기준시가는 ’국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 ×당해 건물의 취득연도․신축연도․구조․내용연수 등을 감안하여 국세청장이 고시한기준율‘에 의하도록 정하고 있다.
- 나) 앞서 인정한 사실에 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목 규정에 의한 국세청 건물기준시가가 고시되기 전인 1996. 4. 2.에 이 사건 부동산을 취득한 점, ② 피고는 이 사건 토지에 관하여 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 가목 단서, 소득세법 시행령 제164조 제1항 에따라 이 사건 부동산의 취득 연도인 1996년도 개별공시지가 ㎡당 43,300원을 기준시가로 정한 것으로 보이는 점, ③ 피고는 이 사건 건물의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어서 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 나목, 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제164조 제5항에 따라서 이 사건 건물 면적에 국세청장이 최초로 고시(2001. 1. 1. 시행)한 기준시가(건물신축가격기준액: ㎡당 400,000원)에 구조지수(철근콘크리트 100)․용도지수[여관: 110, 근린생활시설(노래방): 90]․위치지수(㎡당 개별공시지가 200,000원 미만: 90)․잔가율[0.88(내용연수 40, 잔존가액 20%, 상각방법 정액법, 신축연도1995, 취득연도 1996)]을 감안하여 산정하였고, 이 사건 건물의 양도당시 기준시가를산정함에 있어서도 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목 규정에 의한 국세청장 고시(2019. 1. 1.시행)한 기준시가(건물신축가격기준액: ㎡당 710,000원)에 구조지수(철근콘크리트: 100) 용도지수[여관: 115, 근린생활시설(노래방): 105]․위치지수(㎡당 개별공시지가 70,000원 이상 100,000원 미만: 87)․잔가율[0.568(내용연수 50년, 최종잔존가치율 10%, 상각방법 정액법, 연상각률 0.018, 신축연도 1995, 양도연도 2019)]을 감안하여 산정한 점 등에 비추어 피고의 양도차익 산정에 어떠한 잘못이 있다고 보기 어렵고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.