2. 이 사건 처분의 적법 여부
- 가. 원고의 주장 원고는 1992. 2. 16. 이 사건 각 토지를 증여받은 후 2018. 6. 7. 이 사건 각 토지가 수용될 때까지 26년 3개월 23일 동안 이 사건 각 토지에서 직접 농작물을 경작하였으므로 이 사건 양도는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 에 따른 양도소득세 감면의 대상이다. 그런데 이 사건 처분은 이와 달리 이 사건 각 토지가 양도 당시 농지가 아니었다는 전제에서 이루어졌으므로 위법하여 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지1 관계 법령 기재와 같다.
- 다. 판단
1. 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 ‘농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.’고 규정하고 있다. 그리고 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 에 의하면, 위 감면규정의 적용을 받기 위해서는 양도일 현재 농지에 해당하여야 한다. 위와 같은 양도소득세 감면요건으로서 양도일 현재 농지에 해당하는 사실 등에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).
2. 살피건대, 앞서 든 증거들과 갑 제10, 25호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실이 인정된다.
- 가) 원고 등 오이를 재배하는 농민들은 2001. 8. 3. 농산물 수출에 관한 사업, 농산물 유통구조 개선 및 판매에 관한 사업, 농산물 저온저장 매취사업, 농산물 재배 및 공동작업에 관한 사업 등을 목적으로 하는 AA영농조합법인을 설립하였고, 피고는 2015. 12. 16. 사업부진을 이유로 AA영농조합법인에 관하여 직권으로 폐업처리 하였다.
- 나) 한국토지주택공사는 2016. 9. 7.경 이 사건 각 토지의 영업현황을 조사하였는데, 이 사건 각 토지의 면적 합계 818㎡ 중 422.23㎡ 지상에 집하 및 출하장으로 이용되는 창고(160.8㎡), 저온저장고가 설치되어 있는 창고(192.5㎡), 숙소로 이용되는 컨테이너(27㎡), 사무실로 이용되는 컨테이너(18㎡) 및 차양(6㎡), 계근대(16.25㎡), 화장실(1.68㎡) 등의 지장물(이하 ‘이 사건 창고 등’이라 한다)이 설치되어 있었다.
- 다) 이 사건 각 토지의 2012년과 2014년 항공사진에 의하면, 이 사건 각 토지 중 일부에서 농작물의 경작이 이루어졌던 것으로 보이나, 이 사건 각 토지의 2017년 항공사진(별지2)에 의하면, 00 0구 00동 000 과수원 542㎡ 중 위와 같이 지장물이 설치된 부분을 제외한 나머지 부분에는 차량 등의 출입이 용이하도록 쇄석이 깔려 있었고 이 사건 각 토지 중 극히 일부분에만 경작이 가능한 상태였음을 확인할 수 있다.
- 라) 한국토지주택공사는 이 사건 각 토지를 수용하면서, 이 사건 각 토지 및 그 지상 농기구에 대하여는 원고에게 보상금을 지급하였고, 이 사건 창고 등은 원고가 대표이사인 AA영농조합법인의 영업시설이라고 보아 AA영농조합법인에게 이 사건 창고 등에 대한 보상금을 지급하였다.
- 마) 원고에 관한 농지원부에 의하면, 이 사건 각 토지는 2016. 1. 28.부터 휴경상태에 있다가 2018. 7. 7. 이 사건 양도로 인하여 삭제되었다.
3. 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 갑 제27호증의 기재와 증인 BBB의 증언만으로는 이 사건 각 토지가 이 사건 양도 당시 농지였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다. 가) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제1항 에 의하면 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지여야 하는데, 이 사건 각 토지에 관한 농지원부의 기재에 의하면 2016. 1. 28.경부터 이 사건 양도 당시까지 이 사건 각 토지에서 농작물의 경작이 이루어지지 아니한 것으로 보인다.
- 나) 한국토지주택공사가 2016. 9. 7. 이 사건 각 토지의 영업현황에 관하여 한 조사결과, 이 사건 각 토지에 관한 2017년 항공사진 등에 의하면, 이 사건 각 토지의 대부분에 이 사건 창고 등이 설치되어 있고 쇄석이 깔려 있는 등으로 위 각 일시로부터 이 사건 양도 당시까지 이 사건 각 토지에서 농작물의 경작이 사실상 불가능한 상태였던 것으로 판단된다. 다) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제1항 은 ‘농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 농지에 포함한다’고 규정하고 있다. 이 사건 창고 등에 관한 보상금이 AA영농조합법인에 지급되었고, 원고도 이 사건 각 토지에 농산물 공동선별장과 농산물 저온창고를 지어 AA영농조합법인에게 무상으로 제공하였다고 주장하고 있으므로, 이 사건 창고 등은 이 사건 각 토지에서 하는 농지의 경영에 제공된 것이 아니라 AA영농조합법인이 영위하는 농산물 유통에 관한 사업에 제공된 것으로 보아야 한다.
- 라) 또한 한국토지주택공사가 이 사건 각 토지를 수용하면서 지급한 보상금의 내역에도 이 사건 각 토지 중 근소한 부분에 식재되어 있던 8년생 감나무 5주, 8년생 오미자 2주 외에는 농작물에 대한 보상내역이 존재하지 아니한다.