실물거래 없이 수취한 가공의 세금계산서인지 여부

사 건 2020구합26651 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2022. 10. 27. 판 결 선 고

2023. 2. 2.

1. 피고가 2018. 6. 21. 원고에게 한 2016년 제1기 부가가치세 14,422,400원, 2016년 사업연도 법인세 24,449,600원의 각 부과처분 및 2016년 귀속 88,000,000원의 소득금액변동통지 처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구는 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 21. 원고에게 한 2015년 제2기 부가가치세 16,462,290원, 2016년 제1기 부가가치세 14,422,400원, 2015년 사업연도 법인세 29,033,600원, 2016년 사업연도 법인세 24,449,600원의 각 부과처분 및 2015년 귀속 97,511,700원, 2016년 귀속 88,000,000원의 각 소득금액변동통지 처분을 각 취소한다. 2020. 5. 8. 원고에게 한 별지1 목록 기재 부가가치세 부과처분 및 별지2 목록기재 법인세 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 ○○○시 ○구 ○○로 110에서 부동산 매매업, 임대업, 컨설팅업, 개발업 등을 영위하는 주식회사로서, 2016. 12. 2. 주식회사 ☆☆☆☆개발을 흡수합병 하였다(이하 편의상 원고와 주식회사 ☆☆☆☆개발을 구별하지 않고 원고라고만 한다).
• 나. 원고는 2015년 제2기 과세기간에 □□화물, ◆◆화물, △△운수로부터 매입세금계산서 8매 88,647,000원, 2016년 제1기 과세기간에 매입처 DDD로부터 매입세금계산서 2매 80,000,000원을 각 수취하였고, 위 각 금액을 부가가치세 신고 시 매입세액, 법인세 신고 시 법인의 손금액으로 각 계상하였다.
• 다. 한편 CC세무서장은 □□화물, ◆◆화물에 대한 자료상 조사를 각 실시하여, 2015년 제2기 과세기간에 □□화물이 원고에게 발행한 세금계산서 6매 합계 38,647,000원(이하 ‘이 사건 제1세금계산서’라 한다), ◆◆화물이 원고에게 발행한 20,000,000원의 세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 제2세금계산서’라 한다)가 실제 거래가 없었음에도 허위로 발행된 세금계산서라 보고, 그 조사결과를 피고에게 통보하였다. 또한 EEE세무서장은 △△운수와 DDD에 대한 자료상 조사를 실시하여, 2015년 제2기 과세기간에 △△운수가 원고에게 발행한 30,000,000원의 세금계산서 1매(이하 ‘이 사건 제3세금계산서’라 한다), 2016년 제1기 과세기간에 DDD가 원고에게 발행한 세금계산서 2매 합계 80,000,000원(2016. 1. 11.자 세금계산서 40,000,000원, 2016. 2. 26.자 세금계산서 40,000,000원, 이하 2매의 세금계산서를 합쳐서 ‘이 사건 제4세금계산서’라고 하고, 이 사건 제1 내지 4 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)이 실제 거래가 없었음에도 허위로 발행한 세금계산서라 보고, 그 조사결과를 피고에게 통보하였다.
• 라. 피고는 이 사건 매입세금계산서를 허위의 세금계산서로 판단하여 해당 금액을 부가가치세 매입세액으로 공제하지 아니하고, 법인세 손금에 산입하지 않기로 하여, 2018. 6. 21. 원고에 대하여 2015년 제2기 부가가치세 16,462,290원, 2015년 사업연도 법인세 29,033,600원, 2016년 제1기 부가가치세 14,422,400원, 2016년 사업연도 법인세 24,449,600원(이하 해당연도별 부가가치세, 법인세 결정․고지를 함께 지칭할 때 ‘이 사건 ○○○○년 대상 과세처분’이라 한다)을 각 결정․고지하는 한편, 해당 금액이 원고로부터 유출되어 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 원고의 대표자에 대하여 2018. 6. 21. 2015년 귀속 97,511,700원, 2016년 귀속 88,000,000원의 각 소득금액변동통지(이하 해당연도의 소득금액변동통지를 구분하여 지칭할 때 ‘이 사건 ○○○○년 상여처분’이라 하고, 이를 합쳐서 지칭할 때 ‘이 사건 상여처분’이라 한다)를 하였다.
• 마. □□화물의 운영자 가가가은 이 사건 제1세금계산서를 포함하여 허위의 세금계산서를 발급하였다는 등의 범죄사실로 2018. 7. 12. ○○지방법원 2018고단1111호로 징역 6월에 집행유예 2년을 선고받아 그 무렵 판결이 확정되었다. ◆◆화물의 운영자 나나나은 이 사건 제2세금계산서를 포함하여 허위의 세금계산서를 발급하였다는 등의 범죄사실로 2018. 6. 21. ○○지방법원 서부지원 2018고합11호로 징역 2년 및 벌금 1,020,000,000원을 선고받고 피고인이 ○○고등법원 2018노111호로 항소하였으나 항소기각판결을 선고받았고, 대법원 2018도11111호로 상고하였으나 2018. 11. 2. 상고기각 되어 그 판결이 확정되었다. △△운수의 대표 다다다는 이 사건 제3세금계산서를 포함하여 허위의 세금계산서를 발급하였다는 등의 범죄사실로 2018. 8. 16. ○○지방법원 서부지원 2018고합11호로 징역 2년 및 벌금 1,500,000,000원을 선고받고 ○○고등법원 2018노111호로 항소하였으나 2018. 11. 1. 항소기각 판결을 선고받아, 그 무렵 판결이 확정되었다(이하 위 각 판결을 ‘관련 확정판결’이라 한다). 한편 DDD의 운영자 라라라호는 허위로 이 사건 제4세금계산서를 발급하였다는 혐의에 관하여 ○○지방검찰청 ○○지청에서 불기소처분을 받았다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 9. 7. 국세청에 심사청구를 제기하였으나 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 19호증, 을 제1, 2, 6 내지 8호증(가지번 호가 있는 경우 이를 포함하고, 이하 같다), 이 법원의 ○○지방검찰청 ○○지청에 대 한 문서송부촉탁 결과, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 2015년 대상 과세처분

1. 이 사건 제1 내지 3세금계산서 중 □□화물의 2015. 9. 30.자 세금계산서 2,000,000원, 2015. 11. 30.자 세금계산서 3,000,000원, 2015. 12. 24. 자 세금계산서 1,647,000원 합계 6,647,000원은 원고가 □□화물로부터 실제로 공급받은 운송용역에 대한 대가로 지급한 운송료에 관한 것으로서 이와 관련된 돈이 □□화물의 대표인 가가가의 계좌로 입금되었고, □□화물은 약 200대 가량의 지입차량으로 실제 운영되는 곳인바, 비록 가가가이 이 사건 제1세금계산서를 포함하여 약 500회의 허위세금계산서를 발급한 것으로 전체 범죄사실을 자백하기는 하였으나 이는 일부 범행 사실을 다투는 것이 의미 없다는 판단 하에 이루어진 허위자백에 불과하다.

2. 나머지 80,000,000원의 세금계산서는 경북 ○○군 ○○면 ○○리 290-1에 있는 ☆☆빌딩 신축공사 중 목공사 일부를 사업자등록이 없는 마마마에게 수행하게 하고 공사비용으로 지급하였으므로 이를 허위세금계산서라 하더라도 법인의 손금으로는 인정되어야 한다.

• 나. 이 사건 2016년 대상 과세처분 이 사건 제4세금계산서는 원고가 DDD 라라라호에게 지급한 지반보강공사의 대금에 관하여 발행된 것으로서, 허위세금계산서가 아니다.
• 다. 이 사건 상여처분 이 사건 매입세금계산서는 허위세금계산서가 아니고, 설령 허위세금계산서라고 하더라도 각 거래처 계좌에 입금된 돈이 마마마, 라라라호의 채권자 등 제3자에게 최종 귀속된 것이 분명하므로, 피고가 사외로 유출된 돈의 귀속이 불분명하다는 이유로 원고의 대표자에게 상여처분을 한 것은 위법하다.

[별지] 관계 법령의 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 인정사실

1. □□화물이 원고에게 발행한 이 사건 제1세금계산서의 발행내역, 위 세금계산서의발행을 전후하여 이루어진 원고, □□화물, 수취자들의 계좌 거래내역은 아래 표와 같다.

2. ◆◆화물은 2015. 12. 21. 원고에게 공급가액 20,000,000원의 이 사건 제2세금계산서를 발행하였고, 원고는 2015. 12. 23. ◆◆화물의 거래계좌인 바바바의 계좌로 22,000,000원을 이체하였고, 바바바은 같은 날 사사사의 계좌로 22,000,000원을 이체하였으며, 사사사은 같은 날 마마마의 딸인 아아아의 계좌로 위 돈을 이체하였다.

3. △△운수는 원고에게 공급가액 30,000,000원의 이 사건 제3세금계산서를 발행 하였고, 이와 관련하여 주식회사 ☆☆이앤씨는 2016. 1. 25. △△운수의 운영자 다다다의 계좌로 33,000,000원을 이체하였으며, 다다다는 사사사의 계좌로 30,000,000원을 사사사의 계좌로 이체하였고, 사사사은 2016. 1. 27. 자자자의 계좌로 25,100,000원을 이체하였다.

4. 대광이앤씨가 원고에게 발행한 이 사건 제4세금계산서의 발행내역, 위 세금계산서의 발행을 전후하여 이루어진 원고, 대광이앤씨 및 수취자들의 계좌 거래내역은 아래표와 같다. [인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제4, 6 내지 9호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 나. 이 사건 2015년, 2016년 대상 과세처분

1. 관련 법리 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16945호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 ‘발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고, 제32조 제1항 제1호는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두15469 판결 등 참조). 부가가치세법 제11조 제1항 은 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것(제1호) 내지 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것(제2호)을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두 13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조). 한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조)

2. 구체적 판단

• 가) 이 사건 2015년 대상 과세처분에 대하여 앞에서 인정한 사실에 앞에서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 제1 내지 3세금계산서는 허위의 세금계산서로 봄이 타당하다. 이와 다른 전에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 제1 내지 3세금계산서 발행과 관련하여 원고가 □□화물, ◆◆화물, △△운수의 거래계좌에 입금한 돈은 즉시 또는 얼마 지나지 않아 그 대부분이 출금되어 아아아, 사사사 등의 계좌로 각 이체되었다.

② 관련 확정판결에서는 가가가, 나나나, 다다다가 원고에게 발행한 이 사건 제1 내지 3세금계산서가 모두 허위의 세금계산서라고 판단하였다. 원고가 □□화물로부터 실제로 운송용역을 공급받은 부분에 대한 것이라는 합계 6,647,000원의 세금계산서에 관하여는 마마마이 이에 부합하는 듯한 증언을 하고 있으나, □□화물로부터 위 금액에 해당하는 운송용역을 공급받았음에도 □□화물에 입금된 돈 중 5,121,000원을 사사사이 수취하였다는 것은 쉽게 수긍이 가지 않는다.

③ 원고의 주장은 합계 80,000,000원의 세금계산서가 실제로 마마마이 공사를 수행하였음에도 마마마에게 사업자등록이 없어서 □□화물, ◆◆화물, △△운수를 공급자로 하여 세금계산서를 발급받은 것이라는 취지인데, 이는 원고의 주장 자체로 보더라도 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우로서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

④ 마마마은 4억 원에 달하는 ☆☆빌딩 신축공사 계약을 원고와 구두계약 후 진행하였고, 원고가 그 비용처리를 위해 8,000만 원에 대한 세금계산서를 요구하였다고 증언하였다. 그러나 계약서도 작성하지 않고 4억 원에 이르는 공사계약을 체결한 점, 더구나 4억 원 중 8,000만 원에 대하여만 세금계산서를 발급받은 점 등은 쉽게 수긍하기 어렵고, 마마마이 원고로부터 수령한 돈을 ☆☆빌딩 신축공사를 위하여 지출하였다고 볼만한 자료도 없다.

• 나) 이 사건 2016년 대상 과세처분에 대하여 앞에서 인정한 사실에 갑 제10 내지 17호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 더하여 보면, 이 사건 제4세금계산서가 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① DDD의 운영자 라라라호는 이 사건 제4세금계산서를 포함하는 허위 세금계산서 발행 혐의에 관한 수사 과정에서 수사관으로부터 제시받은 58개의 업체 명단 중에서 원고를 포함한 11개의 업체 명단을 특정하여 실제로 용역을 공급하고 세금계산서를 발행하여 준 것이라 일관되게 진술하였다.

② 원고가 2016. 1. 11. 라라라호에게 입금한 4,400만 원은 같은 날 전재윤에게 출금되었는데, 전재윤은 라라라호의 채권자로서 위 돈은 라라라호가 자신의 채무변제에 사용한 것으로 보인다. 그리고 라라라호는 수사과정에서 원고로부터 2016. 2. 26. 입금된 4,400만 원 중 같은 날 박○○, 최○○, 김○○. 서○○, 김○○, 임○○, 김○○에게 각 출금된 돈에 대하여 모두 자신의 채무변제에 사용한 것이라 진술하였고, 그것이 허위라고 볼만한 자료는 없다.

③ 원고는 2015. 11. 25. DDD와 사이에 ☆☆빌딩 신축공사 중 지반보강공사에 관하여 공사기간 2015. 12. 1.부터 2016. 1. 20.까지, 공사금액 8,000만 원으로 하는 건설공사 하도급계약서를 작성하였다.

④ DDD 소속 인부들은 2015. 11. 30.부터 2016. 1. 30.경까지 ☆☆빌딩 신축공사를 위하여 공사현장 인근에 있는 펜션이나 식당을 이용하였던 것으로 보인다.

• 다. 이 사건 상여처분

1. 관련 법리 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다’는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다고 할 것이다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 참조)

2. 구체적 판단

• 가) 이 사건 2015년 대상 상여처분에 대하여 앞에서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 제1내지 3세금계산서에 관하여 원고가 □□화물, ◆◆화물, △△운수의 계좌로 입금한 돈은 최종적으로 사사사, 아아아, 자자자의 계좌로 각 입금된 점, ② 가가가의 계좌거래 내역에 의하면 원고 외에도 △△개발 주식회사, △△개발, 주식회사 △△개발, 주식회사 △△건설 등으로부터 입금된 돈은 즉시 또는 얼마 지나지 않아 사사사의 계좌로 입금되는 거래내역이 다수 보이는 점, ③ □□화물, ◆◆화물, △△운수의 계좌로 입금되었던 돈이 ☆☆빌딩 신축공사를 위하여 지출하였다고 볼만한 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 제1 내지 3세금계산서와 관련하여 □□화물, ◆◆화물 및 △△운수에 입금된 97,511,000원은 원고로부터 유출되어 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로, 이를 이유로 한 이 사건 2015년 상여처분은 적법하다고 보이고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나) 이 사건 2016년 대상 상여처분에 대하여 앞에서 인정한 사실에 의하면 이 사건 제4세금계산서와 관련하여 DDD에 지급된 88,000,000원은 대부분 운영자 라라라호의 개인 채무변제 등으로 사용된 것으로서 라라라호에게 귀속되었다고 봄이 타당하다. 따라서 이를 귀속이 불분명한 경우에 해당한다는 전제에서 한 이 사건 2016년 상여처분은 위법하다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

그렇다면 이 사건 청구 중 2016년 제1기 부가가치세, 2016년 사업연도 법인세 부과처분 및 2016년 귀속 소득금액변동통지는 위법하여 각 취소되어야 할 것인바, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.