추계의 방법에 의한 소득세 처분이 정당한지

1. 피고가 2018. 11. 5. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 99,773,370원(가산세 포함)의 부과처분 중 21,665,011원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2016. 0. 00.부터 00 00구 00로 00번길 0에 있는 ‘A’에서 실내장식업, 목공업, 탄성 및 도장공사업 등을 영위하는 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2016년 귀속 종합소득세를 신고하지 않았고, 이에 피고는 소득세법 제80조 제1항 에 따라 원고의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정하는 과정에서, ① 원고가 2016. 7. 25. 및 2017. 1. 25. 000세무서장에게 각 제출한 2016년 제1기분 및 2016년 제2기분 각 부가가치세 확정신고서(이하 ‘이 사건 각 부가가치세 확정신고서’라고 한다)에 기재된 2016년 제1기 매출액 142,415,522원과 2016년 제2기 매출액 659,189,470원의 합계액 801,604,992원(= 위 142,415,522원 + 위 659,189,470원)에 위 각 부가가치세액의 산정 시 공제된 신용카드발행세액공제 합계액 939,352원, 전자신고 세액공제 합계액 20,000원을 더한 802,564,344원(= 위 801,604,992원 + 위 939,352원 + 위 20,000원)을 원고의 2016년 귀속 수입금액(이하 ‘이 사건 수입금액’이라 한다)으로 본 다음, ② 원고의 2016년 귀속 소득금액을 결정하기 위해 이 사건 수입금액에서 공제할 경비의 계산과 관련하여 소득세법 제80조 제3항 단서, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 따로 특정하지 않는 한 같다) 제143조 제1항 제1호의 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없어 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우’에 해당한다고 보아 결국 위 소득금액을 추계조사의 방법에 따라 결정하였는바, ③ 구체적으로 ㉮ 이 사건 수입금액 802,564,344원에서 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 다목에 따라 이 사건 수입금액에 2016년 귀속 경비율 고시가 규정한 원고의 기준경비율 10.5%를 곱한 84,269,256원(= 위 802,564,344원 × 위 10.5%, 원 미만 버림)을 공제한 718,295,088원(= 위 802,564,344원 - 위 84,269,256원)을 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 본문의 기준소득금액으로 계산하고, ㉯ 이 사건 수입금액 802,564,344원에서 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 의2에 따라 이 사건 수입금액에 2016년 귀속 경비율 고시가 규정한 원고의 단순경비율 88.2%를 곱한 707,861,752원(= 위 802,564,344원 × 위 88.2%, 원 미만 올림)을 공제한 94,702,592원(= 위 802,564,344원 - 위 707,861,752원)에 구 소득세법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제781호로 개정되기 전의 것) 제67조에 의하여 원고에게 적용되는 배율인 2.6을 곱한 246,226,740원(= 94,702,592원 × 2.6, 원 미만 올림)을 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 단서의 비교소득금액으로 계산하였으며, ㉰ 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 단서에 따라 위 기준소득금액 이하인 위 비교소득금액 246,226,740원을 원고의 2016년 귀속 소득금액으로 결정하여, 2018. 11. 5. 원고에 대하여 2016년 귀속 종합소득세 99,773,370원(가산세 포함)을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 2. 18. 피고에게 이의신청하였으나 기각되었고, 2019. 7. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2020. 5. 15. 기각되었다.
• 라. 이 사건에 관계된 법령 등의 내용은 [별지] 관계 법령 기재와 같다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건 수입금액 중 75,000,000원은 원고가 거래상대방인 주식회사 B(변경 전 상호: 주식회사 B′, 이하 ‘B’라고만 한다)에 착오로 이중발급한 부가가치세금계산서에 기한 매출액인데, 위 이중 발급된 세금계산서의 발급이 취소되었으므로 위 75,000,000원 부분은 원고의 2016년 귀속 소득금액 산정의 기초가 되는 수입금액이라 할 수 없는데도 피고는 이 사건 수입금액 전액에 기초하여 원고의 2016년 귀속 소득금액을 산정하였다.
• 나. 또한 원고는 2016년 매입비용으로 합계 461,564,296원을 지출하였을 뿐만 아니라 원고의 은행 거래내역, 원고가 거래처와 주고받은 문자메시지 등의 자료를 통해 확인되는 인건비 98,321,950원 역시 경비로 지출하였는바, 위 각 비용은 원고의 2016년 귀속 소득금액 산정의 기초가 되는 필요경비로 반영되어야 하는데도 피고는 이를 반영하지 않고 원고의 2016년 귀속 소득금액을 산정하였다.
• 다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

• 가. 세금계산서 취소 부분의 수입금액 포함 가부 과세처분취소소송에서 과세원인, 과세표준 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 다른 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 입증책임이 있는바(대법원 1983. 6. 28. 선고 83누118 판결 등 참조), 앞서 본 대로 이 사건 각 부가가치세 확정신고서에 기재된 원고의 2016년 매출액에 기초한 이 사건 수입금액이 802,564,344원인 것은 사실이나, 을 제4, 5, 6, 7, 9호증의 각 기재만으로는 이 사건 수입금액 중 원고가 세금계산서의 발급이 취소되었다고 주장하는 75,000,000원 부분에 해당하는 원고의 수입금액이 실제로 발생하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고가 원고의 2016년 귀속 소득금액의 계산 과정에서 75,000,000원을 원고의 2016년 귀속 수입금액에 포함시킨 것은 위법하다. 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.
• 나. 추계과세의 적법 여부

1. 관계 법령 및 관련 법리 소득세법 제80조 제3항 은 그 본문에서 납세지 관할 세무서장 등이 과세표준 확정신고의무자의 미신고로 인해 과세표준과 세액을 결정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증빙서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고, 그 단서에서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다고 규정하며, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호 는 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없는 경우’를 추계조사결정이 가능한 경우로 열거하고 있는데, 위와 같이 추계과세는 과세표준과 세액 결정의 근거가 되는 납세자의 장부와 증빙서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것이므로 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 추계과세할 수 있다(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누2241 판결 등 참조). 또한 과세처분의 취소소송에 있어서 소송당사자는 그 취소소송의 변론종결 당시까지 모든 자료를 제출하고 그때까지 제출한 자료에 의하여 과세처분의 적법 여부를 심판할 것을 주장할 수 있으므로 과세관청이 그 처분 당시 장부의 미비로 추계과세를 하였다 하더라도 그 처분의 취소소송에서 장부 기타의 증빙서류가 나타났을 때에는 그 장부 등에 의한 실지조사의 방법으로 수입금액이나 과세표준을 결정하여야 하고 추계조사의 방법으로 결정할 수는 없고(대법원 1986. 12. 9. 선고 86누516 판결 등 참조), 과세관청으로서는 그 장부 또는 증빙서류에 의하더라도 실지 소득금액을 계산할 수 없음을 입증할 책임이 있으며 이 입증을 하지 못하는 한 추계에 의한 과세처분은 위법한 것으로서 취소될 수밖에 없다(대법원 1988. 9. 13. 선고 85누988 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 본 대로 피고는 원고의 2016년 귀속 소득금액을 결정하기 위해 이 사건 수입금액에서 공제할 경비의 계산과 관련하여 추계의 사유가 있다고 보아 위 소득금액을 추계조사의 방법에 따라 결정하였으나, 이 사건이 그와 같이 장부 또는 증빙이 없는 경우에 해당한다고 볼 수는 없고, 오히려 갑 제6, 7, 8, 9호증의 각 기재를 종합하면, 원고의 2016년 귀속 소득금액은 원고가 제출한 2016년 00사단 공사현장 인부들에게 노임을 이체한 농협은행 및 하나은행 각 계좌이체 내역(갑 제6호증), 00사단 공사현장 책임자 C 및 00사단 군수참모처 관계자가 등이 작성한 각 사실확인서(갑 제7,8호증), C가 2016년 00사단 공사현장 출입허가 등과 관련하여 00사단 관계자 등과 주고받은 문자메시지(갑 제9호증) 등과 원고의 2016년도 1, 2기 매입세금계산서 등을 통하여 계산 가능하다고 보일 뿐이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 다. 취소의 범위 과세관청이 소송에서 추계과세의 요건에 관하여 입증하지 못하였다면 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 한 추계과세가 위법하므로 이를 전부 취소할 수밖에 없는바(대법원 1999. 10. 8. 선고 98두915 판결 등 참조), 위에서 살펴본 것과 같은 이유에서 추계과세의 방법에 따른 이 사건 처분은 위법하여 그 전부가 취소되어야 할 것이나, 원고는 이 사건 처분 중 21,665,011원을 초과하는 부분만의 취소를 구하고 있으므로 이 사건 처분 중 원고가 취소를 구하고 있는 부분만을 취소할 수밖에 없다.

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.