지방자치단체로부터 운영을 위탁받은 노인전문병원의 수익이 법인세 과세대상인지 여부 및 법인세를 신고하지 않은 것에 정당한 이유가 있는지 여부

사 건 2020구합20905 법인세등부과처분취소 원 고 AA시 XX노인전문병원 피 고 DD세무서장 변 론 종 결 2020.10.8. 판 결 선 고 2020.11.19.

1. 피고가 2019. 1. 21. 원고에게 한 2016년 귀속 법인세(무신고가산세) 6,111,930원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. AA시장은 2000. 5. AA시 노인전문병원 설치·운영 조례(이하 ‘노인전문병원 조례’라 한다) 제4조 제1항에 따라 위탁운영자의 선정공고를 하였고, 재단법인 BB재단(이하 ‘BB재단’이라 한다)이 수탁자로 선정됨에 따라 AA시장과 BB재단은 2000. 7. 6. 노인전문병원의 운영에 대한 위·수탁협약을 체결하였다.
• 나. BB재단은 2002. 6. 25. 원고를 개설하였고, 원고는 2003. 3. 19. 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제13조 제2항에 의하여 법인으로 보는 단체로 승인받았다.
• 다. 원고는 개업 이후 소득금액에 대한 법인세 신고를 하고 있지 않다가 2017. 12.경 피고로부터 2016 사업연도 등에 대한 법인세 신고 안내문을 받고 납부할 세액을 0원으로 하여 2016 사업연도 법인세를 기한 후 신고하였다. 이에 대하여 피고는 2019. 1. 21. 원고가 신고한 세액에 무신고 가산세 6,283,580원을 가산하고 기납부세액 171,650원을 차감한 후 법인세 6,111,930원을 경정 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2019. 4. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 11. 14. 원고의 청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분에는 아래와 같은 사유가 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고는 노인전문병원 조례에 따라 AA시장이 설치·운영하여야 하는 노인전문병원으로, BB재단은 AA시의 사무를 위탁받았을 뿐 원고의 업무는 AA시의 업무이다. 법인세법 제2조 제3항 에 따르면 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없는바, 원고의 소득은 법인세 비과세 대상에 해당하여 원고에게 법인세 신고의무가 없다.

2. 설령 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 처분은 법인세 무신고 가산세 부과처분인데, 원고는 CC세무서장(DD세무서 개청 전 관할세무서는 CC세무서)으로부터 2010 사업연도에 원고의 소득이 비과세 소득에 해당한다는 이유로 기 신고 법인세를 환급받았고, 2011 사업연도에도 위 과정을 상세히 소명하여 기한 후 신고를 하지 않게 되었다. 이후 원고는 원고의 소득이 비과세 대상 소득에 해당한다는 과세관청의 견해를 신뢰하게 된 것으로 원고에게는 법인세 신고의무가 없다고 믿을만한 정당한 사유가 있으므로 이 사건 처분은 부당하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 소득이 법인세 비과세 대상에 해당하는지 여부

• 가) 관련 법리 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제2조에 따르면, 내국법인은 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있고(제1항 제1호), 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다(제3항). 구 법인세법 제4조 제1항 제1호, 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제4호 라목에 따르면, 노인전문병원의 소득은 법인세 과세대상 소득이다.
• 나) 구체적 판단 위 인정사실, 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 소득을 AA시의 소득으로 볼 수 없고, 원고의 소득은 법인세 과세대상에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고가 2003. 3. 19. 구 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 경우 세법상 법인으로 인정되므로 원고는 AA시나 BB재단과 별개로 법인세법 제2조 제1항 제1호 에 의한 납세의무자에 해당한다.

(2) 노인전문병원 조례 제4조, AA시와 BB재단의 위·수탁 협약서에 따르면, (가) 원고의 운영은 독립회계로서 별도 계리하여야 하고, 원고의 운영 이익금은 원고의 운영과 시설 재투자에 사용하여야 하며, (나) 독립회계 운영이 불가능한 경우에는 AA시와 BB재단이 협의하여 BB재단의 회계 항목별 경비에 의거 비례 계리할 수 있고, (다) AA시는 원고의 운영상 필요하다고 인정될 경우 BB재단에 운영비의 일부와 의료장비비 등을 예산의 범위 안에서 지원할 수 있다. 위와 같은 규정들의 내용은 원고의 운영에서 이익이 나면 원고에 유보되고, 손실이 나면 AA시가 예산의 범위 안에서 지원할 수 있다는 것이므로, 원고의 손익이 실질적으로 AA시에 귀속된다고 할 수 없다.

(3) 원고의 자산이 AA시의 소유이고, 원고의 운영 수익이 원고의 운영 및 시설 재투자에만 사용된다고 하더라도, 원고와 AA시는 세법상 별개의 법인이므로, 원고가 해산하여 법인격이 소멸하지 않는 한, 물적시설의 소유권이 AA시에 있다는 이유만으로 원고의 소득이 AA시에 실질적으로 귀속하는 것이라고 볼 수 없다.

2. 원고에게 법인세 신고의무가 없다고 믿을만한 정당한 사유가 있는지 여부

• 가) 관련 법리 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 당사자 사이에 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 을 제4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고는 원고의 소득에 대해 2017년도에 이르러 비로소 법인세 부과처분을 하는 등 원고의 소득이 법인세 과세대상인지에 대한 확실한 견해를 가지지 못하였던 것으로 보이고, 원고로서는 과세관청의 태도를 근거로 원고의 소득이 비과세 대상에 해당한다고 신뢰를 하였으므로, 원고에게 가산세를 부과하는 것은 지나치게 가혹하다. 따라서 원고가 사업소득에 대한 법인세를 신고·납부하지 않았다고 하더라도 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

(1) 원고는 개설 이래 자신의 사업소득에 대해 법인세를 신고·납부하지 않았는데, CC세무서장이 2011. 3. 2. 원고에게 법인세를 신고·납부하라는 지적을 하여 원고는 2011. 3. 31. 2010 사업연도 법인세 359,390원을 신고·납부하였다. 원고는 2011. 10. 25. CC세무서장에게 EE도 FF노인전문요양병원의 소득이 법인세 비과세 대상이라는 내용의 과세전적부심사결정서를 제출하며 원고의 소득이 법인세 비과세 대상인지 여부의 검토를 요청하였다. CC세무서장이 원고의 소득은 법인세 비과세 대상이라는 답변을 하자, 원고는 2010 사업연도의 납부할 법인세를 0원으로 수정한 법인세 과세표준 수정신고서를 제출하였고, CC세무서장은 원고가 기 납부한 2010 사업연도 법인세 359,390원을 환급하였다.

(2) 다음해인 2012. 12.경 CC세무서장은 원고에게 2013. 1. 11.까지 2011 사업연도에 대한 법인세를 기한 후 신고·납부하라는 안내장을 발송하였고, 원고는 2013. 1. 4. 소명서를 통해 지난 해 CC세무서장이 원고의 소득을 법인세 비과세 대상으로 인정하고 기 납부한 2010 사업연도 법인세를 환급한 경위를 설명하였고, CC세무서장은 이를 받아들여 원고는 2011 사업연도에 대한 법인세 기한 후 신고·납부를 하지 않게 되었다. 이후 원고는 2017. 12.에 이르기까지 사업소득에 대한 법인세를 신고·납부하지 않았고, 이에 대하여 CC세무서장이나 피고로부터 지적을 받지 않았다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.