원고가 8년 이상 자경한 것으로 볼 수 없으므로 조특법 제69조 제1항의 양도소득세 감면대상에 해당한다고 볼 수 없음.

사 건 대구지방법원-2019-구합-26020 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.08.13. 판 결 선 고 2020.06.18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

청구취지 피고가 2019. 2. 8. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 105,959,149원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1998. 6. 19. ○○시 ○○면 ○○리 000 전 2,688㎡, 같은 리 000-1 전399㎡, 같은 리 000-2 전 295㎡(이하 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 농지’라 한다)를 취득하였다가, 2016. 5. 17. 이 사건 농지를 AAA에게 양도하였다.
• 나. 원고는 2018. 12. 19. 피고에게 산출세액을 72,332,002원, 신고불성실 가산세를 14,466,400원, 납부불성실 가산세를 19,160,747원, 납부할 세액을 105,959,149원(= 72,332,002원 + 14,466,400원 + 19,160,747원)으로 하여 기한 후 양도소득 과세표준 신고서를 제출하였다(이하 ‘이 사건 기한 후 신고’라 한다).
• 다. 피고는 2019. 2. 8. 이 사건 기한 후 신고에 따른 세액에서 납부불성실 가산세만을 19,160,747원에서 20,007,031원으로 경정한 후 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 106,805,430원(가산세 포함)을 납부하라고 고지하였다(이하 ‘이 사건 납세고지’라 한다).
• 라. 원고는 2019. 8. 8. 피고에게 ‘이 사건 농지를 8년 이상 자경하였다’는 이유로 양도소득세 및 가산세를 0원으로 변경하여 달라고 경정을 청구하였으나, 피고는 2019. 9.11. 아래와 같은 사유로 원고의 경정청구를 기각한다고 통지하였다.

○ 청구인이 이 사건 농지를 자경하였다면 농지원부, 조합원증명서 등 구체적이고 객관적인 증빙을 제출하여야 함에도 양도 이후 3년여가 지나 작성된 사인간의 자경사실확인서를 제출하고 있고,

○ 자경사실확인서에 따르면 청구인이 마늘, 고추, 채소류를 경작하였다고 되어 있으나, 청구인 주소지와 이 사건 농지의 소재지가 직선거리로 27.61km이나 통상이동거리는 49.2km에 달하고 1,023평 면적에서 청구인이 밭작물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 재배하였다고 보기 어려움.

• 마. 원고는 2019. 9. 23. 국세청장에게 위 경정청구 기각통지에 대하여 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2019. 11. 6. 원고가 이 사건 기한 후 신고를 한 자로서 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자가 아니어서 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 신청권이 없으므로, 위 경정청구 기각통지는 과세관청이 민원회신의 측면에서 환급이 불가하다는 내용을 알려주는 사실행위에 불과한 것이지 불복의 대상이 되는 처분이라고 보기 어렵다는 이유로 원고의 심사청구를 각하하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고의 본안전 항변의 요지 원고는 이 사건 기한 후 신고를 하였으면서도 그 세액 105,959,149원(가산세 포함)을 납부하지 아니하였고, 피고는 2019. 2. 8. 원고에게 국세징수법에 따라 납부하지 아니한 양도소득세액(가산세 포함)을 납부하라는 취지의 이 사건 납세고지를 하였을 뿐이므로, 이 사건 납세고지는 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것으로서 이 사건 기한 후 신고에 의하여 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분이 아니다.
• 나. 관련 법리 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의3은 제1항에서 “법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.”라고 정하고 있고, 제3항에서 “제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 신고인에게 통지하여야 한다.”라고 정하고 있다. 또한 같은 법 제48조는 제1항과 제2항에서 ‘정부는 일정한 사유가 있는 때에는 가산세를 부과하지 않거나 감면한다’고 정하면서, 제3항에서 “제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 양도소득세 납세의무자가 기한후과세표준신고서를 제출하더라도 그 납세의무는 관할 세무서장이 양도소득세 과세표준과 세액을 결정하는 때에 비로소 확정되고, 과세관청이 납세의무자에 대하여 양도소득세 과세표준과 세액이 기한후과세표준신고서를 제출할 당시 이미 자진납부한 금액과 동일하므로 별도로 고지할 세액이 없다는 신고시인 결정 통지를 하였다면, 그 신고시인결정 통지는 구 국세기본법 제45조의3 제3항 이 정한 과세관청의 결정으로서 항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분에 해당한다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결 참조). 이와 같이 신고시인결정의 통지를 항고소송의 대상이 되는 처분으로 인정한 취지는 과세관청이 납세의무자가 제출한 신고서와 동일한 내용으로 과세표준과 산출세액을 결정한 것으로 봄으로써 특히 기한 후 신고에 대한 경정청구가 허용되지 않는 구 국세기본법 체제 아래서 납세의무자에게 쟁송을 통한 권리구제의 기회를 주는 데 그 의미가 있다(다만 2019. 12. 31. 개정된 국세기본법 제45조의2 에서는 기한 후 신고의 경우에도 경정청구를 허용하고 있다, 대법원 2020. 2. 27. 선고 2016두60898 판결 참조).
• 다. 판단 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 양도소득세 납세의무자인 원고가 이 사건 기한 후 신고를 하였다고 하더라도, 그 납세의무는 관할 세무서장인 피고가 양도소득세 과세표준과 세액을 결정하는 때에 비로소 확정되므로, 피고가 이 사건 기한 후 신고와 동일한 내용으로 그 세액을 납부하라는 취지인 이 사건 납세고지를 하였다면 이는 구 국세기본법 제45조의3 제3항 이 정한 과세관청의 결정으로서 항고소송의 대상이 되는 행정청의 처분에 해당한다고 할 것이다. 따라서 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 납세고지의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 농지를 취득한 1998. 6. 19.부터 이 사건 농지를 양도한 2016. 5. 17.까지 8년 이상 이 사건 농지를 자경하였음에도 피고는 이를 인정하지 아니한 채 이 사건 납세고지를 하였는바, 이 사건 납세고지는 사실을 오인한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 관련 법리

1. 구 조세특례제한법(2016. 5. 29. 법률 제14198호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으므로, 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에서 거주하면서 양도한 토지를 8년 이상 자경한 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 면제를 주장하는 납세의무자에게 있고(대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 참조), 양도한 토지가 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니므로, 양도한 토지를 농지로 직접 경작한 사실은 이와 같은 사실을 주장하는 양도자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조). 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 은 “법 제69조 제1항의 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’은 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것’을 말한다.”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언 및 입법취지 등을 종합하여 보면, 양도소득세 감면대상에 해당하는 농지의 ‘직접 경작’ 여부는 농업에 상시 종사하는 사람에 대하여는 자기 노동력 비율에 관계없이 직접 경작한 것으로 인정하되, 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 자기의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).

• 라. 판단 살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 국세청장에 대한 심사청구를 하면서 작성한 불복이유서에 이 사건 농지의 실제 경작 상황에 관하여 ‘매년 초봄에 경운기 또는 트랙터를 가진 동네분에게 부탁하여 거름을 사서 뿌린 다음 로타리를 의뢰하여 작물을 심을 준비를 하였고, 4월 말이나 5월 초순에 BBB에게 부탁하여 일꾼을 고용하여 마늘 수확 및 고추 모종 및 채소(도라지, 파, 배추, 무, 상추 등)를 이랑에 심었으며, 주말이나 시간 여유있을 때 가족과 함께 가서 잡초를 제거하고 채소류의 성장 상태를 관리하였으며, 가을에는 마늘을 심었다’고 기재하고 있는데, 위 진술에 의하더라도 원고가 농업에 상시 종사한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 대부분의 작업을 타인에게 부탁하거나 타인을 고용하거나 배우자 등 가족의 도움을 받아서 한 것으로 보이는 점, ② 이 사건 농지는 면적 합계가 3,382㎡(= 2,688㎡ + 399㎡ + 295㎡)에 이르고, 원고의 거주지와 이 사건 농지 사이의 거리는 직선거리로 약 27.6km, 실제 운행거리로는 약 40km 이상에 이르러, 원고가 직접 이 사건 농지에서 재배되는 농작물을 관리하는 데에는 상당한 노력과 시간, 비용이 소요될 것으로 보이는데, 원고는 농기구나 종묘의 구매 내역, 농기구의 임차 내역, 인부의 고용 내역 등 이 사건 농지에서 농작물을 재배하는 데 필수적으로 소요되는 비용 등에 관하여 어떠한 객관적인 자료도 제출하지 못하고 있는 점 등에,

③ 원고가 제출한 이 사건 농지 인근 주민들(BBB, CCC, DDD)의 각 자경사실확인서(갑 제1호증의 2, 3, 4)는 모두 ‘원고가 이 사건 농지에 직접 마늘, 고추, 채소류를 십여 년간 경작하는 것을 보아 왔기에 원고가 자경한 사실을 확인한다’는 취지로서 그 내용이 구체적이지 않은데다가 각각의 기재 내용이 모두 동일하며 원고가 이 사건 농지를 양도한 후 약 3년 이상이 경과한 후에야 작성된 것으로 보아 위 확인자들이 원고가 요청한 내용대로 서명, 날인만을 하였을 뿐인 것으로 보이는 점을 더하여 보면, 위 각 자경사실확인서는 이를 그대로 믿기 어렵거나 증거로서 부족하고, 그 밖에 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 농지에서 8년 이상 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였음을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 농지의 양도소득이 구 조세특례제한법 제69조 제1항 의 양도소득세 감면대상에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한