공사계약서상 금액만으로 실지취득가액을 추정하기 어려우므로 추계조사의 방법으로 산정하여야 함.

사 건 대구지방법원-2019-구합-24529 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.04.29. 판 결 선 고 2020.06.17.

1. 피고 ○○세무서장이 2018. 6. 1. 원고 AAA에게 한 2017년 귀속 양도소득세 33,868,220원(가산세 포함)의, 피고 ●●세무서장이 2018. 6. 5. 원고 BBB에게 한 2017년 귀속 양도소득세 33,868,220원(가산세 포함)의, 피고 ◎◎세무서장이 2018.

6. 7. 원고 CCC에게 한 2017년 귀속 양도소득세 33,868,220원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 주문과 같다. 1)

• 가. 원고들은 1990. 4. 28. ○○ ○구 ○○동 000-0 잡종지 503.4㎡(이하 ‘제1토지’라 한다) 및 ○○ ○구 ○○동 000-0 잡종지 336㎡(이하 ‘제2토지’라 하고, 제1토지와 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 1990. 4. 24.자 증여를 원인으로 각 1/3 지분씩 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고들은 이 사건 각 토지 지상에 RC(철근콘크리트) 경량철골구조 3층 근린생활시설 및 주유소(지층 대피소 49.88㎡, 1층 소매점 및 주유소 333.78㎡, 2, 3층 각 소매점 198.78㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하고, 1994. 10. 5. 이 사건 건물에 관하여 각 1/3 지분씩 소유권보존등기를 마쳤다.
• 다. 원고들은 2017. 9. 27. 주식회사 ◇◇에 이 사건 각 토지 및 건물을 58억 6,000만 원(이 사건 각 토지 50억 1,000만 원, 이 사건 건물 8억 5,000만 원)에 매도하고, 2017. 11. 27. 주식회사 ◇◇에 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고들은 2018. 1. 31. 피고들에게 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 기준시가를 기준으로 환산한 가액인 624,346,782원을 취득가액으로 하여 아래와 같이 산정한 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 마. 피고들은 이 사건 건물에 대한 취득가액의 적정성에 관하여 조사한 결과 원고들이 1993. 11. 9. 이 사건 건물과 관련하여 ○○○○청에 착공신고를 하면서 수급인 주식회사 DDD(이하 ‘DDD’이라 한다), 공사명 **빌딩신축공사, 도급금액 3억 500만 원(부가가치세 별도), 공사기간 1993. 11. 8.부터 1994. 2. 28.까지로 기재된 건설공사도급계약서(이하 ‘이 사건 공사계약서’라 한다)를 제출한 사실을 확인하였다. 이에 피고들은 이 사건 건물의 취득가액을 3억 500만 원으로 보아 원고들에게 아래와 같은 내용의 양도소득세를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 6. 11. 심판청구를 모두 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 제7, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장

1. 이 사건 공사계약서에 따라 원고들이 DDD에 도급한 공사는 제1토지 지상에 있는 3층 근린생활시설의 신축공사이다. 원고들은 1994. 3. 7. 위 3층 근린생활시설의 구조변경을 하고 추가로 제2토지에 주유소 시설을 설치하기로 하는 내용의 건축변경허가를 받고 직접 그 공사를 수행하여 1994. 8.경 최종적으로 이 사건 건물을 완공하였다. 즉, 이 사건 공사계약서에 기재된 도급금액은 위 3층 근린생활시설 신축공사에 관한 공사대금이고 주유소 시설의 신축 및 위 3층 근린생활시설의 구조변경에 관한 비용은 포함되어 있지 아니하다.

2. 또한 이 사건 건물과 관련하여 DDD의 시공상 하자로 인하여 원고들이 하자보수비를 지출하였다.

3. 그런데 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 주유소 시설의 신축비용, 위 하자보수비 등 이 사건 건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없으므로 결국 이 사건 건물의 취득가액은 환산가액으로 산정되어야 한다.

4. 그럼에도 피고는 위 3층 근린생활시설에 관한 이 사건 공사계약서만을 근거로 이 사건 건물의 취득가액을 3억 500만 원으로 산정하여 이 사건 처분을 하였으므로 이는 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 관련 법리

1. 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 ‘취득가액’을 규정하고 있고, 취득가액은 해당 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제114조 는 납세지 관할세무서장 등이 양도소득세 신고내용에 탈루또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하면서 그 취득가액을 실지거래가액에 의하되(제2항), 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정·경정할 수 있다(제7항)고 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28511호로 개정되기 전의 것)은 타인으로부터 매입한 자산의 경우 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액으로, 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액으로 취득에 든 실지거래가액을 산정하도록 규정하고(제163조 제1항, 제89조 제1항 제1호, 제2호), 구 소득세법 제114조 제7항 에서 ‘대통령령으로 정하는 사유’란 ‘취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’를 말한다고 규정하고 있다(제176조의2 제1항 제1호).

2. 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하고(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조), 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결 등 참조).

3. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것이지만, 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하는 것이므로, 과세관청이 실지조사 또는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 그 금액을 입증하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에만 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조).

• 라. 인정사실

1. 원고들은 1993. 10. 26. 제1토지 지상에 철근콘크리트 구조 3층 근린생활시설 (지층 대피실 49.88㎡, 1층 소매점 199.50㎡, 2, 3층 각 사무실 199.50㎡, 이하 ‘이 사건 변경전 근린생활시설’이라 한다)의 건축허가를 신청하여 1993. 10. 29. ○○○○청장으로부터 건축허가를 받았다.

2. 원고들은 1993. 11. 8.경 DDD과 이 사건 공사계약서를 작성하고 1993. 11. 9. 이 사건 변경전 근린생활시설에 대하여 착공신고를 하였다.

3. 원고들은 1994. 3. 7. 이 사건 각 토지에 주유소 시설을 추가로 설치하기 위하여 이 사건 변경전 근린생활시설을 이 사건 건물로 변경하여 건축하기로 하는 건축허가 변경신청을 하고, 그 무렵 건축변경허가를 받았다.

4. 원고들은 이 사건 건물에 관하여 1994. 8. 27. 사용승인을 받았다.

5. 한편 원고들은 이 사건 건물에서 주유소업 및 부동산임대업을 하였는데, 원고들이 제출한 종합소득세 확정신고서에 첨부된 재무상태표의 계정과목 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같다.

• 마. 판단

1. 취득가액 산정의 적법 여부 살피건대 위 인정사실에 앞선 증거, 갑 제15호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면 이 사건 공사계약서 및 2014년 내지 2016년 재무상태표만으로는 이 사건 건물 전체의 취득 당시 실지거래가액을 확인하기 어렵다 할 것이다. 따라서 피고는 추계조사의 방법으로 이 사건 건물의 취득가액을 산정하여야 함에도 이 사건 공사계약서에 기재된 도급금액 3억 500만 원을 이 사건 건물 전체의 취득 당시 실지거래가액으로 인정하여 양도소득세를 부과하였다 할 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) ① 이 사건 건물은 이 사건 각 토지에 건축되어 있으나 이 사건 공사계약서에는 공사장소로 제1토지만 기재되어 있는 점, ② 이 사건 공사계약서는 원고들이 1993. 10. 29. 이 사건 변경전 근린생활시설에 관한 건축허가를 받은 직후인 1993. 11. 9. 착공신고를 하면서 첨부한 서류인 점, ③ 이 사건 공사계약서상 공사기간은 1993. 11. 8.부터 1994. 2. 28.까지이나 1994. 3. 7.경 이 사건 건물을 신축하는 내용으로 건축변경허가가 이루어졌고 이 사건 건물은 1994. 8. 27.경 사용승인을 받은 점, ④ 위 건축허가변경으로 이 사건 변경전 근린생활시설의 용도가 ‘근린생활시설’에서 ‘근린생활시설 및 주유소’로 변경되고, 주유시설, 주유탱크, 송유관, 캐노피 등의 주유소 시설설치공사가 이루어진 점, ⑤ 이 사건 공사계약서 작성 당시 건축변경허가 이후에 이루어질 공사에 대하여 미리 공사대금을 산정하여 기재한다는 것은 통상적으로 납득하기 어려운 점, ⑥ 이 사건 건물의 건축물대장에 공사시공자로 DDD이 기재되어 있으나 이는 이 사건 변경전 근린생활시설의 시공자이자 종합건설업면허가 있는 DDD을 공사시공자로 기재한 것으로 보이고 위와 같은 사정만으로 DDD이 이 사건 건물 전부를 건축하였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 공사계약서의 도급금액에 이 사건 건물의 공사대금이 전부 포함되었다고 보기 어렵다.
• 나) 원고들이 제출한 종합소득세 확정신고서에 첨부된 2014년 내지 2016년 재무상태표의 자산 항목에는 이 사건 건물과 관련하여 건물 2억 800만 원, 구축물 9,700만 원으로 기재되어 있고, 그 합계액은 이 사건 공사계약서상의 도급금액 3억 500만 원과 일치한다. 그러나 ① 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없는 점(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결, 대법원 1992. 10. 9. 선고 92누 4598 판결 참조), ② 1996년 및 1997년 재무상태표에는 건물만 기재되어 있었는데 그 가액이 3,199만 원으로, 1998년 내지 2013년 재무상태표에도 그 건물만 기재되어 있었는데 그 가액이 2억 800만 원으로 기재되어 있었고, 2014년 내지 2016년 재무상태표에만 구축물 9,700만 원이 추가로 기재되어 있었던 점, ③ 2014년 내지 2016년 재무상태표는 이 사건 건물의 취득일로부터 20년이 지난 시점에서 작성된 점 등에 비추어 볼 때 앞서 본 사정만으로는 이 사건 건물의 실지취득가액이 2014년 내지 2016년 재무상태표 기재와 같이 3억 500만 원(건물 2억 800만 원, 구축물 9,700만 원)이라고 보기 어렵다.

2. 취소의 범위

• 가) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조). 또한 과세관청이 소송에서 그 추계방법과 내용이 합리적이고 타당하다는 데 대하여 입증하거나 달리 합리적이거나 타당성 있는 별개의 추계방법을 제시 입증한 경우를 제외하고는 법원이 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 추계의 방법을 찾아내어 과세관청이 납세의무자에게 부과할 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누588 판결 참조)
• 나) 관련 법리에 비추어 볼 때 이 사건 처분은 위법하다 할 것이고, 이 사건 건물의 취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 추계조사의 방법으로 산정하여야 할 것인데 이 경우 합리적이고 타당성 있는 추계조사의 방법을 선택․적용하여 이 사건 건물의 취득가액을 산정하는 것은 과세관청인 피고에게 맡겨져 있다 할 것이므로 이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다.

그렇다면 원고들의 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.