부과제척기간이 경과하여 행해진 처분이므로 무효임.

사 건 대구지방법원 2019구합22615 원 고

○○○○○○(주) 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 10. 16. 판 결 선 고

2019. 10. 30.

1. 피고가 2018. 12. 4. 원고에게 한 2011년 제1기 부가가치세 353,949,400원(가산세포함)의 부과처분은 무효임을 확인한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 세제, 도료, 계면활성제 등의 제조 및 판매 등을 영위하는 법인으로서 본점과 포항지점 등 6개의 사업장을 운영하고 있다.
• 나. 서울지방국세청장은 2016. 6.경부터 같은 해 11.경까지 원고에 대한 법인세제 통합조사를 실시한 결과, 원고와 ○그룹, 주식회사 ○○○ 등 사이에서 2011년 제1기부터 2015년 제1기까지 이루어진 화학제품 판매거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)가 재화의 공급이 없는 가공거래에 해당한다고 판단하였다.
• 다. 이에 따라 구로세무서장 등 과세관청은 2016. 12. 5. 원고에게 ① 이 사건 거래 중 그 본점에서 이루어진 부분에 관하여 2011년 제1기 부가가치세 650,307,440원 등을 부과하는 처분을 하고(이하 ‘관련 처분’이라 한다), ② 이 사건 거래 중 포항지점에서 이루어진 부분에 관하여 2011년 제1기 부가가치세 353,949,400원을 환급하였다.
• 라. 원고는 관련 처분에 불복하여 2017. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 이에 대하여 조세심판원은 2018. 11. 20. ‘이 사건 거래 중 일부는 가공거래가 아닌 정상거래에 해당하는 것으로 보아 관련 처분의 과세표준 및 세액을 경정한다’는 취지의 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다).
• 마. 이 사건 결정에 따라 구로세무서장은 관련 처분을 취소한 후 원고에게 본점의 거래와 관련된 2011년 제1기 부가가치세 671,654,570원(환급가산금 21,347,430원 포함)등을 환급하였다. 한편 피고는 2018. 12. 4. 원고에게 포항지점의 거래와 관련하여 환급했던 2011년 제1기 부가가치세 353,949,400원을 다시 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의취지

• 가. 원고의 주장 부가가치세법은 원칙적으로 사업장단위 과세 원칙의 입장에서 각 사업장을 하나의 납세의무자로 취급하므로, 하나의 사업자가 운영하는 여러 사업장은 각각 별개의 납세의무자에 해당한다. 그런데 원고는 본점에 부과된 관련 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였을 뿐 원고의 포항지점에 환급된 2011년 제1기 부가가치세에 관하여 불복한 것은 아니고, 이 사건 결정에서도 원고 포항지점의 2011년 제1기 부가가치세는 쟁송대상이 아니었다. 따라서 원고의 포항지점에 부과된 2011년 제1기 부가가치세는 심판청구에 따른 결정이 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로, 국세기본법(2011. 5. 2. 법률 제10621호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제2항 제1호에서 정한 부과제척기간, 즉 심판청구에 따른 결정이 확정된 날부터 1년 이내에 경정결정을 할 수 있다는 규정(이하 ‘이 사건 특례제척기간 규정’이라 한다)을 적용할 수 없고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에서 정한 5년의 부과제척기간 규정을 적용하여야 한다. 결국 이 사건 처분은 2011년 제1기 부가가치세의 신고기한 다음 날인 2011. 7. 26.부터 5년의 부과제척기간을 경과하여 이루어진 것으로서 무효이다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계 규정의 내용 및 쟁점의 정리 가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 또는 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 5년이 만료된 후에는 부과할 수 없다. 다만 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 (이 사건 특례제척기간 규정)에 의하면, 제1항의 규정에 도 불구하고 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 다른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정·판결 등에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 한편 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항에 의하면, 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간의 말일부터 25일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

• 나) 위 관계 규정의 내용에 비추어 보건대, 원고의 2011년 제1기 부가가치세(2011. 1. 1.부터 2011. 6. 30.까지)의 부과제척기간은 신고기한의 다음 날인 2011. 7. 26.부터 5년이고, 피고는 2011. 7. 26.부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2018. 12. 4. 비로소 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 원칙적으로 국세기본법 제26조 제1항 제3호 에서 정한 5년의 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것이다. 이에 대하여 피고는 이 사건 특례제척기간 규정을 적용하여 이 사건 처분을 하였다고 주장하고 있으므로, 아래에서는 이 사건 처분이 이 사건 특례제척기간 규정의 적용 요건에 해당하는지 여부를 살펴보기로 한다.

2. 이 사건 특례제척기간 규정의 적용 가부

• 가) 관련 법리 이 사건 특례제척기간 규정의 당초 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있고 난 뒤에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었다. 또한 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되므로 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 이 사건 특례제척기간 규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없다(대법원2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조).
• 나) 판단

(1) 부가가치세법에 의하면, 원칙적으로 사업자는 사업장마다 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 하고(제5조 제1항 본문), 사업장마다 부가가치세를 신고·납부하여야 한다(제4조 제1항). 다만, 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있고(제5조 제2항), 사업자 단위로 등록한 사업자(이하 ‘사업자단위 과세사업자’라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고·납부할 수 있으며, 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고·납부와 관련하여 이 법을 적용할 때각 사업장으로 본다(제4조 제3항).

(2) 이와 같이 부가가치세는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업장마다 납부하여야 하고 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세상 독립된 장소적 단위로서 실질적인 과세단위가 되므로(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두23170 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조), 둘 이상의 사업장을 운영하는 사업자의 경우 과세처분과 관련된 사업장이 다를 경우 과세단위도 달라지게 된다.

(3) 이 사건에서 살피건대 앞서 든 각 증거와 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 결정의 쟁송대상이 된 관련 처분은 원고 본점의 2011년 제1기 내지 2015년 제1기 부가가치세에 관한 것인 반면 이 사건 처분은 위 본점과는 다른 사업장인 원고 포항지점의 2011년 제1기 부가가치세에 관한 것이어서 관련 처분과 이 사건 처분은 서로 과세단위를 달리하므로, 이 사건 결정의 효력 범위는 관련 처분에 제한될 뿐이고, 설령 이 사건 결정에서 이 사건 처분과 관련된 판단이 이루어졌다거나 관련 처분이 이사건 처분과 실질적인 상관관계가 있다 하더라도 달리 볼 수는 없다 할 것이다.

(4) 결국 이 사건 결정은 이 사건 처분의 근거가 되는 이 사건 특례제척기간 규정상의 ‘결정’에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 소결 따라서 피고는 이 사건 처분과 관련하여 이 사건 특례제척기간 규정을 적용할 수 없다 할 것이고, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간을 경과하여 이루어진 것으로서 당연 무효라 할 것이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2003두1752 판결 등 참조).

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.