공업지역 편입일 이후에 토지를 취득한 경우 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용대상에 해당하지 않음

사 건 2018구합25594 양도소득세등부과처분취소 원 고 김○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2019. 5. 15. 판 결 선 고

2019. 7. 3.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 5. 10. 원고에게 한 2015년 귀속 양도소득세 133,768,380원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 아버지인 망 김○○(이하 ‘망인’이라 한다)은 1979. 5. 14.부터 1994. 8. 16. 까지 사이에 ○○시 ○○면 ○○리 ○○○, ○○○-○, ○○○-○, ○○○, ○○○-○, ○○○-○, 산○, 산○-○(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 그 중 ○○리 ○○○ 중 2,892㎡, ○○○-○, ○○○-○, ○○○-○, ○○○, ○○○-○, ○○○-○ 토지를 ‘이 사건 농지’라 한다)에 관한 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 농지에서 직접 경작을 하여 왔다.
• 나. 이 사건 토지는 2009. 9. 30. 한국○○공사가 시행하는 ○○ 하이테크밸리 산업단지계획에 따라 공업지역으로 지정·고시되어 이에 편입되었다.
• 다. 망인은 2009. 12. 22. 사망하였고, 원고는 같은 날 이 사건 토지를 상속받아 이를 취득하였으며 2015. 10. 14. 한국○○공사에 공공용지의 협의를 원인으로 이 사건 토지를 양도하였다.
• 라. 원고는 2015. 12. 31. 및 2016. 8. 31. 피고에게 이 사건 토지의 양도로 발생한 소득에 대하여 양도소득세 과세표준 신고 및 수정신고를 하였는데 이 사건 농지에 대하여는 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에서 정한 자경농지에 해당한다는 이유로 그 양도소득세를 감면받았다.
• 마. 1) 국세청은 2017. 6. 19.부터 같은 해 7. 7.까지 피고에 대한 감사를 실시한 결과, 이 사건 농지는 원고가 이를 상속으로 취득하기 전에 이미 공업지역에 편입되었으므로 조세특례제한법 제69조 단서에 따라 감면할 양도소득이 존재하지 않는 것으로 판단하고, 피고에게 이에 대한 감면을 배제할 것을 지시하였다.

2. 이에 따라 피고는 2018. 5. 10. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 133,768,380원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 6. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 9. 17. 위 심판청구가 기각되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이 사건 농지는 망인이 8년 이상 직접 경작하던 토지로서 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 모두 충족하였다.

2. 같은 항 단서는 해당 토지가 공업지역에 편입된 경우 공업지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있으나 이는 농지의 취득이 편입일보다 앞서는 것을 전제하는 규정이므로, 이 사건과 같이 편입일 이후에 농지의 취득이 이루어진 경우에는 위 조항 단서가 적용될 수 없고, 본문에서 정한 감면규정을 적용하여야 한다. 또한 ① 상속인이 피상속인의 자경 요건을 승계할 수 있도록 규정한 조세특례제한법 등 관계 법령의 취지와 상충되며, ② 이 사건의 경우 같은 항 단서에 따라 조세특례제한법 시행령 제69조 제7항 에서 정한 계산식을 적용하면 편입 당시의 기준시가(2009. 1. 1.자 개별공시지가)와 취득 당시의 기준시가가 동일하여 분자가 0이 되고, 분모가 마이너스가 되어 양도소득세액이 전혀 계산되지 아니하는 결과가 발생하므로 이 사건 단서 조항이 적용될 수 없다.

3. 그럼에도 피고는 이 사건 농지의 양도에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항 단서를 적용하여 양도소득세를 감면하지 아니하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 조세특례제한법 제69조 제1항 은 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되(본문), 다만 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 ‘공업지역 등’이라 한다)에 편입된 경우에는 공업지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다(단서, 이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다). 이와 같이 이 사건 단서 조항에서 본문에 의한 양도소득세의 면제범위를 제한한 것은, 농지가 공업지역 등에 편입된 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두57038 판결 등 참조).

2. 위 관계 규정의 내용과 관련 법리에 비추어 보건대, 설령 이 사건 농지가 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 정한 ‘자경농지에 대한 양도소득세의 감면’ 요건을 모두 충족하였다고 하더라도, 그 감면되는 범위는 공업지역에 편입되기 전까지 발생한 양도소득세액에 한정된다 할 것이다. 그런데 갑 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 과세표준이 되는 양도차익을 산출하면서 필요경비로 공제되는 취득가액을 공업지역 편입일 이후인 2009. 12. 22.(상속일)을 기준으로 계산한 사실을 인정할 수 있고 이에 따라 피고는 원고에게 이 사건 농지의 공업지역 편입일 이후로서 원고의 이 사건 농지 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 처분으로 부과된 양도소득세에 관련하여서는 감면되는 양도소득세가 존재하지 아니한다 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.