이 사건 매입세액은 과세사업과 비과세사업에 사용된 것으로 보이므로 공통매입세액으로서 안분하여야 함.

사 건 대구지방법원-2018-구합-24300 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.06.10. 판 결 선 고 2020.09.09.

1. 피고가 2017. 11. 14. 원고에게 한 2016년 제1기 103,602,297원, 2016년 제2기 55,561,323원, 2017년 제1기 6,799,316원의 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 00시 00로 507에 있는 AA센터의 운영과 컨벤션을 포함한 BB산업(이하 ‘BB산업’이라 한다)의 유치 및 개최 지원을 위한 홍보, 섭외, 교류, 조사, 연구 등의 활동을 통하여 지역산업 발전과 관광산업 진흥에 기여함을 목적으로 2014. ××. ××. ‘재단법인 AA 설립 및 지원에 관한 조례’에 따라 설립된 법인이다.
• 나. 원고는2014. ××. ××. 사업장 소재지를 AA센터로 하여 부가가치세 과세사업자로 사업자등록(업태: 서비스업, 부동산, 종목: 전시관 운영업, 전시, 광고용역, 문화, 이벤트행사 대행, 알선 용역, 임대)을 마친 다음, AA센터의 회의실, 전시장 등 행사장을 임대하고 행사참석자에게 식음료를 제공(케이터링)하는 사업(이하 ‘이 사건 과세사업’이라 한다)을 하였다.
• 다. 원고는 2016년 제1기부터 2017년 제1기(예정)까지(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다) 아래 표 기재와 같은 내용으로 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하면서 매입세액 전부가 이 사건 과세사업을 위하여 사용한 것으로 보아 매출세액에서 공제하였고, 그에 따라 피고로부터 부가가치세 중 일부를 환급받았다. <표 생략>
• 라. 피고는 2017. 5. 15.부터 2017. 5. 19.까지 원고에 대한 부가가치세 환급 현지 확인을 실시한 후 원고가 이 사건 과세사업과 비과세사업(BB산업 유치 및 지원 등 고유목적사업)을 겸영하고 있고 매입세액의 실지 귀속을 구분할 수 없다는 이유로, 매입세액 전부를 공통매입세액으로 하여 안분 계산하기로 하면서, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항에 따라 원고가 이 사건 과세기간 동안 00시, 000도 등으로부터 받은 보조금 및 출연금 합계 6,913,484,000원(이하 ‘이 사건 보조금 등’이라 한다)을 비과세공급가액으로 산입하여 계산하기로 하였다. 피고는 위 조사결과에 따라 2017. 6. 8. 원고에게 2016년 제1기 94,517,666원, 2016년 제2기 156,655,046원, 2017년 제1기 101,373,230원 합계 352,545,942원의 부가가치세를 과세한다는 내용의 과세예고통지를 하였다.
• 마. 이에 원고는 2017. 7. 10. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였고, 그 결과 매입세액에 대하여 과세, 면세, 비과세 및 공통매입세액으로 실지 귀속을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하고, 이 경우 공통매입세액을 안분 계산할 때 이 사건 보조금 등은 명목에 관계없이 전액을 비과세공급가액으로 본다는 취지의 재조사결정이 내려졌다.
• 바. 피고는 재조사결정에 따라 ➀ AA센터 행사장 임대를 위한 행사장 설치, 케이터링 자재구입 비용 등은 과세사업 관련 매입으로 보아 매입세액을 공제하고, ➁ AA센터의 수선·보수 등 유지와 관리에 필요한 비용 등(이하 ‘이 사건 유지·관리 비용’이라 한다)은 과세사업 및 비과세사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 공통매입세액으로 안분 계산하며, ➂ BB산업 유치 및 행사 개최 지원을 위한 홍보·마케팅 비용(이하 ‘이 사건 홍보·마케팅 비용’이라 한다) 등은 비과세사업 관련 매입으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하여 2017. 11. 14. 원고에게 2016년 제1기 104,373,699원, 2016년 제2기 80,988,265원, 2017년 제1기 7,468,025원 합계 192,829,989원의부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 2018. 1. 24. ‘이 사건 유지·관리 비용에 대한 매입세액을 과세사업 관련 매입세액으로 공제하고, 이 사건 홍보·마케팅 비용에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 안분 계산하여야 한다’며 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였다. 이에 대하여 조세심판원은 2018. 6. 29. 이 사건 홍보·마케팅 비용에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분 계산하여 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다는 결정을 하였다.
• 아. 이에 피고는 조세심판원의 결정에 따라 2018. 7. 13. 원고에게 2016년 제1기 771,402원, 2016년 제2기 25,426,942원, 2017년 제1기 668,709원 합계 26,867,053원의 부가가치세를 감액 경정하는 결정을 하였다. 【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 제14호증, 을 제1 내지 4호증, 제7, 12호증, 제14 내지 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 회의실, 전시장 등 행사장을 임대하고 행사개최를 대행하는 등 부가가치세법상 과세사업을 영위하는 사업자이고, BB산업도 행사참석자들의 지출로 인하여 지역 업체들의 수익이 증대되는 효과가 있으므로 비과세사업이라고 단정할 수 없다. 그런데 이 사건 유지·관리 비용, 이 사건 홍보·마케팅 비용은 위와 같이 원고가 임대하는 AA센터의 시설을 유지·관리하거나 AA센터를 홍보하여 임대수익을 증가시키는 등 이 사건 과세사업을 영위하기 위하여 사용하는 비용으로서 그 실지 귀속을 구분할 수 있다. 따라서 이 사건 유지·관리 비용, 이 사건 홍보·마케팅 비용은 과세사업을 위한 매입으로서 전부 매입세액으로 공제하여야 함에도 이를 공통매입세액으로 보아 안분 계산한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다(제1주장).

2. 설령 이 사건 유지·관리 비용, 이 사건 홍보·마케팅 비용에 대한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 공통매입세액으로 보아 안분 계산하여야 한다고 하더라도, 안분 계산을 하는 방법에 있어 이 사건에 적용되는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 의 ‘비과세공급가액’에 이 사건 보조금 등을 포함하여서는 아니 된다(제2주장).

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 관련 법리 1) 부가가치세법 제37조 제2항, 제39조 제1항 제7호에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고, 이 경우 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 부가가치세법 제40조 에 의하면, 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 비과세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다. 위 각 규정의 문언과 취지를 종합하여 보면, 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지 귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 제40조, 구 부가가치세법 시행령 제81조 에 따라 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조)

2. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 공통매입세액의 안분에 관한 구 부가가치세법 시행령 제81조 를 적용하여 불공제 대상인 매입세액을 가려야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조). 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해다아는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 과세사업과 비과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하도록 정한 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 의 규정을 적용할 수 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분 계산에 적합한 것을 적용하여 불공제대상인 매입세액을 가려야 할 것이다(대법원 2016. 6. 23. 선고 2015두45731 판결, 대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등 참조) 한편 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받는 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결, 대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결 참조)

• 라. 인정사실 1)원고의 정관 중 수행사업 및 재원 등에 관한 중 내용은 아래와 같다. < 표 생략 >

2. 원고는 이 사건 과세기간 동안 아래 표(이하 ‘이 사건 보조금 등 내역표’라 한다) 기재와 같이 000도, 00시,00공사로부터 이 사건 보조금 등을 받았다. <표 생략 >

3. 원고는 이 사건 과세기간 동안 AA센터의 로비를 증축하거나 건물 환경을 개선하는 데 필요한 공사비용, 건물 관리 및 경비에 필요한 용역비 등으로 이 사건 유지·관리 비용을 지출하였고 그에 대한 매입세액은 250,162,673원이다.

4. 원고는 이 사건 과세기간 동안 AA센터에서 국제회의, 전시회 등을 개최하여 BB산업을 육성하고 다수의 국제회의 참석자, 전시회 관람객 등이 00를 방문함으로써 지역 관광산업 및 경제를 활성화시킬 목적으로, 국제회의 유치·홍보 비용(유치제안서·홍보물 제작, 해외유치·홍보활동 경비 등), 개최비용(참가자 수송·숙박, 식음료비, 행사자료·기념품 제작비 등)이나 전시회 홍보비, 전시장 조성비 및 부대행사 개최비용의 일부를 지원하는 내용의 국제회의, 전시회 등 개최 지원사업을 시행하였다. 또한 원고는 2016. 4. 19.부터 2016. 4. 21.까지 독일 프랑크푸르트에서, 2016. 6. 9.부터 2016. 6. 10.까지 인천에서, 2016. 12. 6.부터 2016. 12. 7.까지 일본 요코하마에서 개최된 전시박람회 등에 참가하여 00시 BB산업 인프라를 홍보하고 해외 행사 유치활동을 하였다. 이와 같이 각종 회의, 전시회 등 행사를 AA센터에 유치하고 위 행사를 지원하는 데 사용된 이 사건 홍보·마케팅 비용에 대한 매입세액은 40,193,805원이다. 【인정근거】갑 제7 내지 13호증, 을 제5,6,7,8,9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 마. 판단

1. 제1주장에 대한 판단 위 인정사실에 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매입세액이 비과세사업인 BB산업 유치 및 개최 지원사업과 무관하다고 볼 수 없으므로 이 사건 매입세액은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 매입세액은 공통매입세액 안분의 방법으로 공제되어야 할 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 원고는 원고가 운영하는 AA센터에 BB산업을 유치하여 다수의 행사참가자들이 00시를 방문하도록 홍보, 섭외, 교류, 조사, 연구 등의 활동을 함으로써 지역산업을 발전시키고 관광산업을 진흥하며 00시를 관광컨벤션 및 문화·관광도시로 육성하는 등의 비과세사업을 함께 영위하기 위하여 설립된 비영리법인으로서, ‘재단법인 AA 설립 및 지원에 관한 조례’, ‘00시 BB산업 육성에 관한 조례’ 등에 따라 00시, 0000도 등으로부터 이 사건 보조금 등을 교부받아 BB산업 유치 및 개최 지원사업에 관한 업무 등을 수행하고 있다.
• 나) 원고는 AA센터를 이 사건 과세사업의 장소로 사용할 뿐 아니라 위 AA센터를 국제회의, 전시회 등을 00시에 유치하여 지역산업 발전과 관광산업 진흥에 기여하기 위한 마이스 산업의 기반시설로도 제공하고 있다. 따라서 이 사건 유지·관리 비용은 이 사건 과세사업의 수익 증대를 위한 목적과 동시에 AA센터의 환경을 개선하여 보다 많은 회의나 전시회를 유치함으로써 00시 BB산업을 활성화하기 위한 목적으로도 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없다 할 것이다.
• 다) 이 사건 홍보·마케팅 비용은 원고가 AA센터에 국제회의, 전시회 등의 개최를 유치하기 위하여 홍보·마케팅 용도로 지출한 비용으로서 AA센터의 임대 수익을 늘림과 동시에 00시 BB산업을 활성화하기 위하여 사용되어 그 실지 귀속을 구분할 수 없다 할 것이다.
• 라) 원고는, 서울 CC, 부산 DD, 대구 EE 등을 운영하는 회사의 경우 행사장을 임대하고 회의, 전시회를 유치하는 등의 사업 목적이 원고와 동일함에도 매출세액에서 건물의 유지보수 및 시설 투자에 대한 매입세액을 공제하고 있다고 주장하나, 위 회사들은 주식회사로서 이 사건 과세사업 외에 00시 등으로부터 보조금을 받아 비과세사업을 겸영하는 원고와 다르므로 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다.

2. 제2주장에 대한 판단 살피건대 다음과 같은 사정에 비추어 보면 피고가 이 사건 보조금 등의 성격에 대하여 구체적으로 조사하지 아니한 채 이 사건 보조금 등 전부를 비과세공급가액에 산입하여 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에 따라 비공제되는 매입세액을 산정한 것은 위법하다.

• 가) 관계 법령 및 관련 법리에 비추어 보면 국고보조금이 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당하는 경우에는 공통매입세액 안분 계산을 함에 있어 그 산정기준으로 위 국고보조금을 비과세공급가액에 산입하는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 을 적용하여서는 아니 되고 구 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 등을 적용하여야 할 것이다(대법원 2018. 1. 25. 선고 2017두55329 판결 등 참조).
• 나) 그런데 을 제10,13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 보조금 등의 상당 부분은 원고가 AA센터를 운영하고 BB산업의 유치 및 개최를 지원하는 과정에서 입게 되는 전체적인 손실을 보전하는 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금의 성격을 가지고 있다 할 것이다. 그렇다면 피고는 적어도 이 사건 보조금 등 중 위와 같은 성격을 가진 부분에 관하여서는 구 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분 계산에 적합한 것을 적용하여 비공제대상인 매입세액을 계산한 다음 원고에 대하여 부가가치세를 부과하였어야 한다.

(1) 이 사건 보조금 등은 ‘재단법인 AA센터 설립 및 지원에 관한 조례’, ‘00시 BB산업 육성에 관한 조례’ 등에 따라 00시, 000도, 00공사가 관광컨베년과 00시의 문화관광도시 육성, BB산업 활성화 및 육성 등을 위한 목적으로 원고의 AA센터 운영 및 사업수행에 필요한 경비 등을 보조 또는 출연한 것이다.

(2) 이 사건 보조금 등은 원고가 사업을 수행함에 따라 사후적으로 발생하는 매출액이 아니라 사업 수행에 앞서 미리 지급되는 돈으로 보인다.

(3) 원고의 2016년도 손익계산서상 이 사건 보조금 등으로 이 사건 과세사업으로 인한 손실을 보존하였다.

(4) 원고는 이 사건 보조금 등으로 국제회의 및 전시회 개최비용의 일부를 지원하는 사업을 시행하였다.

(5) 원고는 과세전적부심사를 청구하면서 스스로 이 사건 보조금 등 내역표 중 순번 2,4,6,8 내지 10,13 내지 16 기재 BB 산업 활성화 관련 보조금 합계 1,421,000,000원을 비과세사업의 공급가액으로 인정하였는데, 이 사건 보조금 등의 지급 근거 및 경위, 구체적인 사용내역과 방법 등을 조사하기 전에는 위 보조금 등이 BB산업 관련 용역의 공급대가에 해당하는지 여부를 알 수 없고 이에 관한 자료도 나타나 있지 아니하다.

• 다) 한편 구 부가가치세법 시해영 제81조 제1항은 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되어 ‘면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다)’ 부분이 ‘면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다)’라는 내용으로 개정되었으나, 개정된 부가가치세법 시행령은 2018. 2. 13. 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용하므로(부가가치세법 시행령 부칙(2018. 2. 13.) 제2조), 2016년 제1기부터 2017년 제1기에 해당하는 이 사건 과세기간에 공급한 재화나 용역에 대한 이 사건에는 적용되지 아니한다.

3. 소결론

• 가) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).
• 나) 관련 법리에 비추어 볼 때, 이 법원의 변론종결 시까지 제출된 자료만으로는 구 부가가치세법 시행령 제81조 에 따른 공통매입세액 안분 계산의 기준인 금액 및 방법을 확정할 수 없어 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출하는 것이 불가능하므로 이 사건 처분을 전부 취소하기로 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한