원고의 지점에서 발생한 소득에 대한 법인세에는 중소기업 특별세액감면 규정이 적용되지 않음

사 건 2018구합21080 법인세부과처분등취소 원 고 주식회사 aa 피 고 ff세무서장 변 론 종 결 2018.11.9 판 결 선 고 2018.12.5

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지

1. 피고가 2017. 3. 10. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 38,349,090원의 부과처분을 취소한다.

2. 피고가 2017. 6. 1. 원고에게 한 2015 사업연도 및 2016 사업연도 각 법인세에 대한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 지위

1. 원고는 1976. 9. 28.부터 ss시 dd면 ff로 498번지에서 본점을 두고 화공약품 등의 제조 및 판매업을 영위하는 중소기업이다.

2. 원고는 1985. 10. 1. 서울 서초구 dd로에서 주식회사 aa서울사무소(이하 ‘서울사무소’라고 한다)를 설치하고, 그 업태를 ‘도매업’으로, 본점소재지를 위 본점 소재지로 정하여 사업자등록을 하였다.

3. 원고는 2014 사업연도(2013. 7. 1.~2014. 6. 30.)부터 2016 사업연도(2015. 7. 1.~2016. 6. 30.)까지 피고에게 원고의 본점과 서울사무소에서 발생한 소득 전체가 조세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항에서 정한 '중소기업이 수도권 외의 지역에서 제조업을 경영하는 사업장‘에서 발생한 소득에 해당한다는 이유로 그 소득에 대한 법인세에 100분의 15의 감면 비율을 곱하여 계산한 2014, 2015, 2016 각 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

• 나. 피고의 2014 사업연도 법인세 38,349,090원 부과처분 피고는 2017. 3. 17. 원고에게 서울사무소에서 발생한 소득은 ‘수도권 외의 지역에서 경영하는 사업장’에서 발생한 소득에 해당되지 아니하므로 조세특례제한법 제7조 제1항 에서 정한 중소기업 특별세액감면 적용대상이 아니라는 이유로 법인세 38,349,090원을 경정․고지하였다(이하 ‘제1처분’이라고 한다).
• 다. 피고의 2015 사업연도 및 2016 사업연도 각 법인세 경정거부처분

1. 피고는 원고에게 위 ‘나’항과 같은 이유로 서울사무소에서 발생한 소득에 대한 법인세에는 조세특례제한법 제7조 제1항 의 적용을 배제하여 법인세를 수정신고할 것을 요청하였다.

2. 이에 따라 원고는 2016. 12.경 피고에게 본점과 서울사무소의 소득을 구분하여 서울사무소에서 발생한 소득에 대한 법인세에는 조세특례제한법 제7조 제1항 에서 정한 감면 비율을 적용하지 아니하고, 2015 사업연도 및 2016 사업연도 각 법인세를 수정신고하였다.

3. 그리고 원고는 다시 2017. 4. 27. 피고에게 서울사무소는 단순한 연락사무소에 불과하여 그 소득도 제조업을 경영하는 본점에서 발생한 소득이라는 이유로 이에 대한 법인세에 조세특례제한법 제7조 제1항 에서 정한 중소기업 특별세액감면을 적용하여 달라는 내용으로 경정청구를 하였다.

4. 이에 대하여 피고는 2017. 6. 5. 원고에게 중소기업 특별세액감면은 법인 단위가 아닌 사업장 단위로 적용되는 것이고, 서울사무소는 원고가 수도권에서 경영하는 사업장에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘제2처분’이라고 하고, 제1처분과 함께 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

• 라. 전심절차 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2017. 6. 15. 및 그해 9. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 1. 17. 위 심판청구가 모두 기각되었다. [인정근거] 다툼없는 사실, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 인하여 위법하여 취소되어야 한다.

1. 서울사무소는 본점에서 생산한 제품의 수도권 영업을 목적으로 개설한 단순한 연락사무소로서 상시 5~6명의 영업사업이 영업관리만 하고 있을 뿐이지, 독자적으로 도매업을 영위하는 사업장에 해당하지 아니한다. 따라서 서울사무소에서 편의상 발급한 매출세금계산서의 매출에 대응하는 소득은 본점에서 발생한 소득과 마찬가지로 ‘수도권 외의 지역에서 제조업을 경영하는 사업장’에서 발생한 소득에 해당하므로, 이 부분에 대한 법인세에도 조세특례제한법 제7조 제1항 의 중소기업 특별세액감면 규정을 적용하여야 한다. 그럼에도 피고는 순전히 원고가 서울사무소에 관하여 사업자등록을 하였다는 형식적인 이유만으로 서울사무소를 본점과 구별되는 독자적인 사업장으로 보아 여기에서 발생한 소득에 대한 법인세는 특별세액감면 규정의 적용 대상이 되지 않는다고 판단하였다.

2. 그뿐만 아니라 피고는 관계 법령에 따라 본점과 서울사무소의 소득을 구분한 다음 각각의 소득에 대한 법인세에 감면 비율을 적용하여야 함에도 본점과 서울사무소의 소득에 대하여 동일한 매출총이익률을 적용하였다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계 규정의 내용과 그 해석 가) 조세특례제한법 제7조 제1항 에 의하면, ① 특별세액감면 대상이 되는 법인세의 과세표준을 ‘해당 사업장에서 발생한 소득’이라고 규정하고 있는 점, ② 특히 특정 업종을 영위하는 법인을 그 규모에 따라 소기업과 중기업으로 구분하고, 사업장의 소재지에 따라 수도권과 수도권 외의 지역으로 구분하며, 해당 사업장에서 경영하는 업종에 따라 도매 및 소매업, 의료업(이하 ‘도매업 등’이라고 한다), 도매업 등을 제외한 업종, 지식기반산업 등으로 구분하여 감면 대상인지 여부와 그 감면 비율을 달리 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 어떠한 법인이 두 개 이상의 사업장을 경영하고 있다면 그 법인의 소득이 조세특례제한법 제7조 제1항 에서 정한 중소기업 특별세액감면 규정의 적용 대상인지 여부는 소득이 발생하는 사업장의 소재지와 여기에서 경영하는 업종에 따라 사업장 단위별로 각각 다르게 판단․적용하여야 한다고 해석함이 타당하다.

• 다) 그렇다면, 이 사건 각 처분은 서울사무소가 조세특례제한법이나 부가가치세법 등 관계 법령에서 정한 ‘사업장’에 해당하는지에 따라 그 적법 여부가 결정된다고 할 것이다.

2. 인정사실 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3, 10호증 및을 제8, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.

• 가) 원고의 2014 사업연도 매출 현황

(1) 원고의 2014 사업연도 제품(원고가 생산한 물건을 말한다. 이하 같다) 및 상품(원고가 다른 회사의 생산제품을 구매하여 판매한 물건을 말한다. 이하 같다) 매출현황은 아래 [표]와 같다. 구분 제품(원) 상품(원) 합계(원) 본점 27,133,334,930 60,949,800 27,194,284,730 서울사무소 15,959,104,133 50,798,000 16,009,902,133 합계 43,092,439,063 111,747,800 43,204,186,863

(2) 원고는 피고에게 2014 사업연도 소득구분계산서를 작성․제출하였다. 이에 의하면, 원고는 당초 감면분에 해당하는 매출액 합계 43,204,186,863원에서 위 서울사무소의 매출액 합계인 16,009,902,133원을 공제하고(대신 이를 감면되지 아니하는 기타매출로 구분하였다), 그 부분에 상응하는 매출총이익, 매출총이익률, 소득금액을 계산하여 감면세액을 산출하였다. 그 구체적인 내용은 아래 [표]와 같다. 구분 정기신고 수정 업종 감면분 기타 감면분 기타 제조 도매 제조 도매 매출 43,092,439 111,747

• 27,133,334 60,949 16,009,902 매출총이익 7,161,316 69,083

• 4,509,171 23,270 2,671,569 매출총이익률 16.6% 61.8%

• 16.6% 38.2% 16.6% 소득금액 3,071,028 34,381 234,439 1,764,236 18,913 1,287,878 감면율 15% 5%

• 15% 5%

• 감면세액 81,328 332

• 51,203 182

• (단위: 천 원)

• 나) 원고의 2015 사업연도 매출 현황

(1) 원고의 2015 사업연도 제품 및 상품 매출 현황은 아래 [표]와 같다. 구분 제품(원) 상품(원) 합계(원) 본점 27,242,923,379 16,856,000 27,259,779,379 서울사무소 16,181,416,601 36,044,000 16,217,460,601 합계 43,424,339,980 52,900,000 43,477,239,980

(2) 원고는 2016. 12. 28. 피고에게 2015 사업연도 소득구분계산서를 작성․제출하였다. 이에 의하면, 원고는 당초 감면분에 해당하는 매출액 합계 43,477,239,980원에서 위 서울사무소의 매출액 합계인 16,217,460,601원을 공제하고(대신 이를 감면되지 아니하는 기타 매출로 구분하였다), 그 부분에 상응하는 매출총이익, 매출총이익률, 소득금액을 계산하여 감면세액을 산출하였다. 그 구체적인 내용은 아래 [표]와 같다. 구분 정기신고 수정 업종 감면분 기타 감면분 기타 제조 도매 제조 도매 매출 43,424,339 52,900

• 27,242,923 16,856 16,217,460 매출총이익 8,863,020 25,183

• 5,560,351 8,024 3,319,828 매출총이익률 20.4% 47.6%

• 20.4% 47.6% 20.4% 소득금액 4,869,228 22,118 152,008 3,054,222 7,258 1,981,874 감면율 15% 5%

• 15% 5%

• 감면세액 143,180 217

• 89,809 71

• 차감납부세액 523,876 584,730 (단위: 천 원)

• 다) 원고의 2016 사업연도 매출 현황

(1) 원고의 2016 사업연도 제품 및 상품 매출 현황은 아래 [표]와 같다. 구분 제품(원) 상품(원) 합계(원) 본점 24,811,235,429 24,721,781 24,835,957,210 서울사무소 14,785,569,012 34,020,000 14,819,589,012 합계 39,596,804,441 58,741,781 39,655,546,222

(2) 원고는 2016. 12. 28. 피고에게 2016 사업연도 소득구분계산서를 작성․제출하였다. 이에 의하면, 원고는 당초 감면분에 해당하는 매출액 합계 39,655,546,222원에서 위 서울사무소의 매출액 합계인 14,819,589,012원을 공제하고(대신 이를 감면되지 아니하는 기타 매출로 구분하였다), 그 부분에 상응하는 매출총이익, 매출총이익률, 소득금액을 계산하여 감면세액을 산출하였다. 그 구체적인 내용은 아래 [표]와 같다. 구분 정기신고 수정 업종 감면분 기타 감면분 기타 제조 도매 제조 도매 매출 39,596,804 58,741

• 24,811,235 24,721 14,819,589 매출총이익 9,759,981 26,677

• 6,135,076 6,186 3,645,396 매출총이익률 24.6% 45.4%

• 24.7% 255% 24.6% 소득금액 5,557,048 20,785 153,665 3,501,614 3,661 2,226,223 감면율 15% 5%

• 15% 5%

• 감면세액 163,802 204

• 103,215 35,976

• 차감납부세액 457,186 522,657 (단위: 천 원)

• 라) 서울사무소의 부가가치세 등 신고 내역

(1) 서울사무소는 2013. 7. 1.부터 2016. 6. 30.까지 그 사업자등록 명의로 공급가액 합계 6억 1,800만 원 상당의 매입세금계산서를 발급받고, 공급가액 합계 470억 원 상당의 매출세금계산서를 발급하였다.

(2) 그리고 서울사무소는 2013년 제2기(7.1.~12.31.)부터 2016년 제1기(1. 1.~6.30.)까지 본점과 별개로 합계 19억 7,356만 원 상당의 부가가치세를 신고하였다(다만, 원고는 부가가치세법 제51조 에서 정한 총괄납부 방식에 따라 주된 사업장인 본점에서 이를 총괄하여 납부한다).

3. 쟁점에 대한 판단 앞서 본 관계 규정의 내용과 위 인정사실 및 이 사건 변론에 나타난 다음의 여러 사정을 종합하면, 서울사무소는 중기업인 원고가 수도권에서 도매업 또는 제조업을 경영하는 사업장에 해당한다고 할 것이므로, 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 의 각 목에서 정한 감면 비율을 적용하는 사업장에 해당하지 아니한다. 따라서 서울사무소에서 발생한 소득에 대한 법인세에는 중소기업 특별세액감면 규정이 적용되지 않는다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 각 처분이 위법하다는 원고의 주장은 이유가 없다. 가) 조세특례제한법 제2조 제2항, 부가가치세법 제6조 제2항 및 그 시행령 제8조 제1항, 제3항, 제4항에 의하면, ① 조세특례제한법 제1조 에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 부가가치세법 등에서 사용하는 용어의 예에 따르고, ② 부가가치세법 제6조 제1항 에 따른 사업장은 “사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소”를 말하며, ③ 제조업의 경우 그 사업장의 범위는 최종제품을 완성하는 장소이고(다만, 따로 제품 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 개별소비세법 제10조의5 에 따른 저유소는 제외한다), ④ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 직접 판매하기 위하여 특별히 판매시설을 갖춘 장소(이하 ‘직매장’이라고 한다)는 사업장으로 보며, ⑤ 이러한 사업장 외의 장소도 사업자의 신청에 따라 추가로 사업장으로 등록할 수 있다. 한편 조세특례제한법 제2조 제3항 에 의하면, 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 그리고 한국표준산업분류표상에서 정하는 “도매 및 상품 중개업”이란 구입한 새로운 상품 또는 중고품을 변형하지 않고 소매업자, 산업 및 상업 사용자, 단체, 기관 및 전문 사용자 또는 다른 도매업자에게 재판매하는 산업활동을 말하거나 개인이나 사업자를 위하여 상품매매를 중개하거나 또는 대리하는 활동을 포함한다. 그뿐만 아니라 위 도매업에는 ‘광업 및 제조업체에서 별도로 운영하는 도매 사업체 또는 도매 지부도 포함되고, 건축 자재 및 기타 산업용품을 판매하는 활동과 상업 및 기타 산업 사용자에게 각종 상품을 대량으로 공급하는 산업활동도 도매업으로 본다.

• 나) 위 관계 법령에 비추어 살피건대, ① 원고는 1985년경 서울사무소에 관하여 본점과는 독자적으로 사업장 소재지를 서울 ooo로, 업태를 ‘도매업’으로 정하여 사업자등록을 한 점, ② 서울사무소에서는 주로 원고가 제조․생산하는 제품을 주문받고 이를 배송하는 등 본점과 독자적인 영업활동을 하고 있는 점, ③ 원고 역시 서울사무소에서는 상시 5~6명의 영업사원이 수도권에 소재한 거래업체들을 상대로 영업활동을 한다고 자인하고 있는 점, ④ 원고는 본점과는 별개로 서울사무소의 명의로 매출․매입세금계산서를 발급하거나 발급받고 있고, 그에 대한 부가가치세도 신고하고 있는 점 등을 종합하면, 서울사무소는 사업자인 원고가 도매업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로서 사업자의 신청에 따라 추가로 등록한 사업장에 해당한다고 할 것이다.
• 다) 더군다나 서울사무소에서는 원고가 제조․생산한 상품뿐만 아니라 다른 회사로부터 공급받은 상품을 판매하기도 하였으므로, 이러한 사실에 의하더라도 서울사무소는 부가가치세법령에서 정한 사업장이라고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는 서울사무소가 ‘도매업을 경영하는 사업장’과 ‘제조업을 경영하는 본점의 연락사무소’라는 두 가지 성격을 함께 가지고 있고, 후자의 경우는 본점에서 제조한 물품을 판매한 것이므로, 여기에서 발생한 소득은 본점에서 발생한 제조업 소득에 포함하여야 한다고 주장한다. 그러나 원고의 위 주장은 다음의 이유로 이를 받아들이기가 어렵다.

① 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부뿐만 아니라 ‘일부’를 하는 고정된 장소도 사업장이 될 수가 있다. 그러므로 원고의 주장대로 서울사무소가 제조업의 일부로서 제품의 판매 등 영업을 한 것이라고 하더라도 당연히 부가가치세법 제6조 제1항 에 따른 사업장에 해당한다.

② 부가가치세법 제8조 제3항 은 원칙적으로 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것도 재화의 공급으로 보아 별도의 사업장 간 거래로 취급하고 있다(다만, 부가가치세를 총괄납부하고 있는 경우에는 예외적으로 재화의 공급으로 보지 아니한다)

③ 중소기업에 대한 특별세액감면 제도의 입법 취지는 수도권 외의 지역에서 특정한 규모 및 업종의 사업을 경영하여 경제적으로 열악한 상황에 처한 중소기업에게 세제상 혜택을 지원하기 위한 데에 있다. 그런데 수도권에서 경영한 사업장의 영업활동이나 계약의 체결 등을 통하여 발생한 소득에 대해서까지 세제상 혜택을 부여하는 것은 이러한 입법 취지에 전혀 부합하지 않는다.

• 라) 한편 원고는 피고가 본점과 서울사무소의 소득을 구분하지 아니하고 동일한 매출총이익률을 적용하였다고 주장한다. 그러나 피고는 원고가 제출한 소득구분계산서에 따라 본점과 서울사무소의 소득을 구분하였으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유가 없으므로, 주문과 같이 판결한다.