버섯 종균이 접종된 배지는 부가가치세 환급이 적용되는 농업용 기자재에 해당함

사 건 2018구합20070 부가가치세부과처분취소 원 고 심ss 피 고 ff세무서장 변 론 종 결 2018.05.25 판 결 선 고 2018.06.22

1. 피고가 2017. 6. 5. 원고에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 5,514,610원, 2016년 제2기분 부가가치세 6,405,150원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2011. 8.부터 gg시 kk면에서 ss표고농원이라는 상호로 표고버섯 재배 및 판매업에 종사하는 사업자이고, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 제1항 제1호 에 따라 농업경영체로서 농업경영정보를 등록한 자이다.
• 나. 원고는 2016. 3. 31.부터 그해 12. 5.까지 총 7회에 걸쳐 중국에서 표고버섯 종균이 접종된 배지(이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다) 95,820개를 수입하면서 부산세관장에게 아래 [표1]과 같은 내용으로 수입신고를 하였다.
• 다. 그리고 원고는 부산세관장에게 위 수입신고와 함께 이 사건 물품의 공급에 따른 부가가치세 합계 11,128,990원을 아래 [표2]와 같이 납부하였다.
• 라. 원고는 그 이후인 2016. 6. 29.부터 그해 12. 26.까지 총 4회에 결쳐 피고에게 다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 물품을 수입한 때에 부담한 위 부가가치세액 합계 11,128,990원을 환급하여 달라고 신청하였다. 이 사건 물품은 조세특례제한법 제105조의2 제1항 및 농 ․ 축산 ․ 임 ․ 어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 ‘부가가치세 특례규정’이라고 한다) 제7조 제1호, 그 [별표 5] 제9호에서 규정한 농민이 농업에 사용하기 위하여 직접 수입하는 농 ․ 임업용 기자재 중 농 ․ 임업용 배지(이하 ‘농업용 배지’라고만 한다)에 해당한다. 그리고 피고는 그때마다 원고에게 그가 신청한 부가가치세액을 전부 환급하였다.
• 마. 그런데 피고는 2017. 6. 5. 원고에게 이 사건 물품은 버섯종균이 접종된 참나무 토막인 것으로 확인되었으므로, 농업용 배지에 해당하지 아니하여 부가가치세 환급대상이 아니라는 이유로 2016년 제1기분 부가가치세 5,514,610원(가산세 포함), 제2기분 부가가치세 6,405,150원(가산세 포함)을 납부하라고 경정 ․ 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 7. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 11. 23. 그 심판청구가 기각되었다.

• 가. 원고의 주장

1. 절차상 위법사유 원고는 지난 십여 년간 이 사건 물품을 수입하면서 그때마다 피고로부터 부가가치세 환급을 받아왔다. 그런데 피고는 갑자기 공적인 견해를 바꾸어 이 사건 처분을 하면서도 원고에게 아무런 사전예고나 통지를 하지 아니하고, 의견 제출의 기회를 부여하지도 않았다. 또한 피고는 원고에게 이 사건 처분의 이유와 근거를 제시하지 않았다. 따라서 이 사건 처분은 행정절차법 제21조, 제23조, 제26조에서 규정한 절차를 위반하여 이루어진 것으로서 위법하다.

2. 실체상 위법사유

• 가) 이 사건 물품은 표고버섯을 재배하기 위하여 그 종균을 접종한 배지(이하 ‘종균접종배지’라고 한다)로서 조세특례제한법 제105조의2 제1항, 부가가치세 특례규정 제7조 제1호 및 그 [별표5] ‘부가가치세 환급이 적용되는 농 ․ 임업용 기자재’ 제9호에서 정한 농업용 배지에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 물품이 버섯 종균이 접종된 참나무 토막에 불과하여 부가가치세 특례규정에서정한 농업용 배지에 해당하지 않는다고 잘못 판단하였다.
• 나) 그뿐만 아니라 피고를 비롯한 여러 과세관청은 오랫동안 종균접종배지를 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지라고 인정하여 이를 수입하여 표고버섯을 재배하는 농민들에게 부가가치세를 환급하여 왔고, 이 사건 처분이 이루어진 후에도 여전히 부가가치세를 환급하고 있다.

3. 따라서 피고는 이와 같이 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 대한 해석을 그르치고, 신뢰보호 원칙, 자기구속의 원칙, 평등의 원칙을 위반하여 원고에게 당초 환급한 부가가치세액을 다시 납부하라고 경정 ․ 고지하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 절차상 위법 주장에 대한 판단

1. 인정사실 을 제1호증 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.

• 가) 피고는 2017. 4. 19. 원고에게 이 사건 처분에 대하여 과세표준 및 세액 산출내역이 기재된 과세예고통지서를 발송하였고, 원고는 2017. 4. 21. 이를 직접 수령하였다.
• 나) 피고는 위 과세예고통지서에서 종균접종배지는 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 해당하지 아니하여 부가가치세액의 환급대상이 아니고, 그 예상 고지세액은 이 사건 처분으로 부과된 금액과 같은 11,919,782원이라고 안내하였다.
• 다) 또한 피고는 원고가 이에 대한 불복이 있을 경우 과세전적부심사청구를 할 수 있다는 내용도 함께 안내하였다.

2. 이 사건 처분에 절차상 위법이 있는지 여부 가) 행정절차법 제3조 제2항 제9호 와 그 시행령 제2조 제5호에 의하면, ① 행정절차법은 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항에 대하여는 행정절차법을 적용하지 않고, ② 위 대통령령으로 정하는 사항에는 조세관계법령에 의한 조세의 부과 ․징수에 관한 사항이 포함된다. 따라서 조세특례제한법과 부가가치세법 등 조세관계법령에 근거한 이 사건 처분에 대하여는 행정절차법이 적용되지 않는다.

• 나) 그뿐만 아니라 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고에게 이 사건 처분을 하기에 앞서 미리 처분하려는 원인이 되는 사실과 처분의 내용, 그 근거와 이유를 통지하였고, 이에 대하여 불복이 있을 경우 과세전적부심사청구를 할 수 있다는 위지로 안내하였다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 어떠한 절차상 위법이 있다고 할 수가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.
• 라. 실체상 위법 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 또한 조세법률주의 원칙상 합리적인 근거가 없이 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소해석하는 것은 허용되지 않으며, 그러한 규정이 단순한 입법의 미비로 인한 것으로 보인다고 할지라도 그 불이익을 납세자에게 부담하게 할 수는 없다.

2. 인정사실 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제8호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지(참고자료를 포함한다)를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

• 가) 표고버섯의 재배방식은 크게 ‘원목재배’와 ‘톱밥재배’ 방식으로 구분한다. 원목재배 방식은 참나무류 원목에 종균을 접종하여 재배하는 것이다. 톱밥재배 방식은 참나무 등의 톱밥에 영양원인 미강(쌀겨), 밀기울(밀을 빻아 체로 쳐서 남은 찌꺼기)과 각종 첨가제(석고, 탄산칼슘 등)를 혼합하여 배지를 만든 후 그 배지에 종균을 접종하여 재배하는 방식이다. 그리고 톱밥재배 방식에 의한 표고버섯의 재배 형태는 다시 표고버섯 종균을 구입하여 재배자가 배지를 직접 생산하는 형태와 당초부터 종균이 접종 ․ 배양된 완전배지를 구입하여 재배하는 형태로 구분한다.
• 나) 배지는 톱밥과 영양원 등을 혼합하여 생산하고, 혼합이 완료되면 이를 입봉(봉입)한 후 살균과정을 거치게 된다. 그리고 살균이 끝난 배지는 냉각실에서 하루 정도 보관한 후 거기에 버섯 종균을 접종하고 배양을 시작한다. 종균접종이 끝난 배지는 재배사로 이동하여 표고버섯이 생장하면 이를 수확한다. 일반적으로 알려진 배지의 생산 과정을 요약하면 아래 [표3]과 같다.
• 다) 이 사건 물품은 톱밥재배방식에 따라 표고버섯을 재배하기 위하여 톱밥과 영양원인 미강, 밀기울 등을 혼합 ․ 가공한 것으로서 거기에 표고버섯의 종균이 추가로 접종된 것이고, 참나무 원목과는 아무런 관계가 없다.
• 라) 원고는 이 사건 물품을 이용하여 톱밥재배방식에 따라 표고버섯을 생산하였고, 2016. 1. 1.부터 그래 12. 31.까지 총 80회에 걸쳐 ff원예농협 공판장사업소에 약 1억 2,000만 원 상당의 표고버섯을 판매하였다.

3. 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정의 환급대상인 농업용 배지에 해당하는지 여부 앞서 ‘1. 처분의 경위’와 ‘2. 라. 2) 인정사실’에서 살펴본 사실관계 및 관계 규정의 내용과 그 입법 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 여러 사정을 고려하면, 이 사건 물품은 농민인 원고가 농업에 사용하기 위하여 직접 수입한 기자재로서 농업용 배지에 해당한다고 봄이 타당하다. 그리고 피고가 원고에게 조세특례제한법 제105조의2 제1항 에 따라 원고가 이 사건 물품을 수입한 때에 부담한 부가가치세액 11,128,990원을 환급한 것은 정당하다. 따라서 피고가 그 이후에 원고로부터 이 사건 물품은 농업용 배지에 해당하지 않는다는 이유로 당초 환급한 부가가치세액 11,128,990원과 그에 대한 가산세를 추징할 수는 없다고 할 것이다. 결국 이 사건 처분은 신뢰보호 원칙, 자기구속의 원칙, 평등의 원칙을 위반하였는지 여부에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요도 없이 위법하다.

• 가) 관련 관세법령이 이 사건 물품의 농업용 배지 해당 여부를 판단하는 기준이 될 수 있는지 여부 (1) 관세법 제50조 제1항 [별표] 관세율표 및 그 시행령 제98조 제1항에 따라 기획재정부장관이 고시한 관세 ․ 통계통합품목분류표, 품목분류적용기준에 관한 고시 [별표1] HS해설서(이하 ‘관련 관세법령’이라고 한다)에 의하면, 버섯종균은 토양이나 식물성 물질과 혼합된 것인지에 상관없이 그 품목을 버섯의 종균(Mushroom Spawn)이라고 정의한다. 그리고 앞서 ‘1. 처분의 경위’에서 본 사실관계에 의하면, 원고가 관련 관세법령에 따라 이 사건 물품을 버섯의 종균(Mushroom Spawn)으로 품목분류하여 수입신고를 한 사실이 인정된다.

(2) 그러나 관련 과세법령의 규정은 수출입물품의 신속한 통관, 통계파악 등을 위하여 수출입물품의 주요특성이나 성분 등을 확인하고, 관세율표에 부합하는 품목번호를 적용하여 적정한 관세율을 결정하기 위한 것이므로, 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 조세특례제한법의 입법 취지와는 분명하게 구별된다. 또한 부가가치세 특례규정은 환급대상이 되는 농업용 배지가 무엇을 의미하는지를 판단하는 데에 있어 관련 관세법령의 규정을 인용하거나 참고하도록 규정하고 있지도 않다.

(3) 따라서 관련 관세법령과 부가가치세 특례규정은 그 입법 취지나 적용되는 영역이 서로 달라 독자적인 기능과 목적이 있다고 할 것이다. 그러므로 관련 관세법령의 규정은 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 해당하지는지 여부를 판단하는 데에 구속력 있는 기준이 된다고 할 수 없다.

• 나) 농업용 배지의 의미

(1) 법령에서 쓰인 용어에 대하여 별도의 정의 규정이 없는 경우에는 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미에 따라야 한다(대법원 2017. 12. 21. 선고 2015도8335 전원합의체 판결 참조).

(2) 부가가치세 특례규정은 농업용 배지에 대하여 아무런 정의 규정을 두고 있지 않다. 그 밖에 관련 관세법령을 비롯한 어떠한 법령에서도 농업용 배지의 정의에 관하여 언급하고 있는 규정을 찾아보기 어렵다. 따라서 농업용 배지는 그에 관한 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미에 따라 파악할 수밖에 없다. 그런데 국립국어원의 표준국어대사전은 배지를 “식물이나 세균, 배양 세포 따위를 기르는데 필요한 영양소가 들어있는 액체나 고체”라고 정의하고 있다.

(3) 이 사건 물품은 참나무 등의 톱밥과 미강, 밀기울 등의 영양원이 혼합되어 들어있는 고체로서 위에서 본 배지의 사전적인 정의와 거의 대부분이 일치한다. 그리고 종균접종배지는 완전배지라는 명칭으로서 배지의 한 종류로 분류되고 있는 것으로도 보인다. 원고도 이 사건 물품을 수입신고하면서 그 모델을 CULTURE MEDIUM, 즉 배지라고 분명히 기재하였다. 비록 이 사건 물품에는 버섯 종균이 추가로 접종되어 있기는 하지만 이와 같은 이유만으로 배지로서의 성질이 완전히 상실되고, 버섯 종균으로 변하는 것이라고 볼 수는 없다.

• 다) 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정에서 정한 ‘농업용 기자재’의 범위에 포함되는지 여부

(1) 부가가치세 특례규정 제7조 제1호 [별표 5] ‘부가가치세 환급이 적용되는 농 ․ 임업용 기자재’에 의하면, 조세특례제한법 제105조의2 제1항 에서 정한 ‘농민이 농업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재 또는 직접 수입하는 기자재로서 대통령령으로 정하는 것’에는 농업 ․ 임업용 배지(양액 ․ 버섯 재배용에 한정한다) 및 양송이 재배용 복토, 버섯재배용기, 농업 ․ 임업용 필름(비닐하우스용, 보온못자리용, 작물피복용, 과수 또는 수실류 재배용에 한정한다)과 그 부속자재(비닐 고정용 패드 및 클립, 파이프조리개, 고정구 및 연결핀, 파이프꽂이에 한정한다), 화훼․야생화용 종자류, 화훼․야생화 재배용 배지, 화훼․야생화 재재용 화분(폴리에틸렌, 플라스틱 및 고무재질에 한정한다), 조사료 생산용 종자류 등이 포함된다.

(2) 그런데 이 사건 물품은 톱밥재배 방식에 따라 표고버섯을 재배하는 데에 사용되고, 버섯에 대한 생장 ․ 수확이 완료된 이후에는 톱밥과 영양원 등으로 구성된 배지 부분은 버섯과 분리되어 폐기될 성질의 것이다. 그러므로 이 사건 물품은 위 부가가치세 특례규정 [별표 5]에서 규정한 여러 기자재들과 같이 기구, 재료, 도구로만 사용된다는 측면에서는 별다른 차이가 없다.

(3) 즉, 이 사건 물품은 농민이 농업에 사용하기 위한 기자재라는 일반적인 의미와도 부합하므로, 이 사건 물품을 농민인 원고가 농업에 사용하기 위하여 수입하는 기자재의 범위에 포함된다고 해석하는 것이 법문의 통상적인 의미를 벗어난다고 볼 수도 없다.

• 라) 원고에게 부가가치세 특례규정에 따라 세제 혜택을 지원하는 것이 부당한지 여부

(1) 부가가치세 특례규정에서 지원하는 세제 혜택의 내용에 비추어 보면, 부가가치세 특례규정은 농민, 임업에 종사하는 자와 어민(이하 ‘농어민등’이라고 한다)이 농업 ․ 임업 또는 어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재나 직접 수입하는 기자래로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입 또는 수입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민등에게 환급하는 세제 혜택을 지원함으로써 농어민등이 농업시장의 개장과 그 확대를 대비하여 위 기자재를 사용하여 재배 ․ 수확 ․ 판매하는 생산물의 경쟁력을 확보하도록 하려는 데에 그 입법 취지가 있다고 할 것이다.

(2) 그런데 원고는 표고버섯을 재배․판매하는 농민으로서 2016년 한 해 동안 이 사건 물품을 사용하여 표고버섯을 재배하고, 약 1억 2,000만 원의 표고버섯 판매수익을 올렸다. 따라서 원고는 국내에서 표고버섯을 재배 ․ 판매하는 자에 해당하므로, 이러한 원고에게 부가가치세 특례규정에 따라 이 사건 물품을 구입 또는 수입한 때에 부담한 부가가치세액을 환급하는 혜택을 지원하는 것이 그 입법 취지에 어긋난다고 볼 수도 없다.

(3) 또한 부가가치세 특례규정은 당초부터 농민이 직접 수입하는 기자재의 경우에도 그때 부담한 부가가치세액을 해당 농민에게 환급할 수 있다고 규정하고 있으므로, 기본적으로 기자재의 공급자가 국외에 있는 경우도 당연히 전제하고 있다. 따라서 이 사건 물품의 대부분이 수입되기 때문에 농업용 배지로 볼 수 없다는 피고의 주장은 합리적이거나 객관적인 근거가 있다고 볼 수 없다.

• 마) 조세법률주의에 부합하는 세법 해석의 방법

(1) 이와 같이 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 해당한다고 해석하는 것은 법률 문언의 통상적인 의미를 벗어난다고 할 수 없으므로, 조세법률주의와 조세공평의 원칙에 반하는 확장해석이나 유추해석에 해당하지 아니한다. 오히려 조세법률주의의 원칙상 합리적인 근거가 없이 납세자에게 이익이 되는 세법 규정을 축소해석하는 것은 허용되지 않는 점에 비추어 보면, 농업용 배지 중 버섯 종균을 접종한 배지(종균접종배지)는 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 해당하지 않는다고 해석하는 것은 오히려 위와 같이 허용되지 않는 부당한 축소해석이라고 할 것이다.

(2) 설령 피고의 주장대로 원고가 버섯 종균을 수입하면서 이를 운반하기 위한 수단으로 이 사건 물품을 함께 수입한 것이라고 보더라도 이 사건 물품은 배지와 버섯 종균의 두 가지 성질을 함께 가지고 있다고 볼 것이다. 그리고 이에 따라 원고가 농업에 사용하기 위하여 직접 수입한 이 사건 물품 중 버섯 종균에 해당하는 부분에 대한 부가가치세액까지 원고에게 환급하는 결과가 되더라도, 입법의 미비로 인한 불이익을 납세자에게 부담하게 할 수 없다는 점에 비추어 보면 이는 조세 수입의 손실을 초래하더라도 불가피하다고 할 것이다

그렇다면, 원고의 청구는 이유가 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.