공급시기 전에 발급된 세금계산서라 하더라도 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하는 경우 매입세액은 공제되어야 함

사 건 2017구합24624 부가세 부당이득반환 원 고 이AA 외 1명 피 고 대한민국 변 론 종 결 2018.11.8. 판 결 선 고 2018.11.29.

1. 피고는 원고들에게 22,209,000원 및 이에 대하여 2018. 7. 25.부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고들은 2016. 5. 25. BB건설 주식회사(이하 ‘BB건설’이라고만 한다)와 사이에, CC시 DD동 1546 지상에 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)의 신축공사를 1,336,500,000원(공급가 1,215,000,000원, 부가가치세 121,500,000원)에 도급하기로 하는 내용의 아래와 같은 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.
• 나. BB건설은 2016년 제2기의 부가가치세 과세기간 동안 원고들에게 합계945,000,000원(공급가액) 상당의 토목건축공사 용역을 공급하였다는 내용의 세금계산서5매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 발행하였다.
• 다. 원고들은 2017. 1. 16. 피고에게 고정자산 매입을 사유로 하여 위 세금계산서 금액의 10%인 94,500,000원의 부가가치세 환급을 구하는 신고를 하였다.
• 라. 피고는 이 사건 세금계산서의 공급가액이 원고들이 BB건설에 지급한 공사대금보다 과다하다고 보았고, 이에 원고들은 2017. 2. 7. 피고에게 부가가치세 73,300,500원의환급을 구하는 것으로 수정신고를 하였다.
• 마. 피고는 원고들의 위 신고내용을 심사하고 2017. 2. 17. 원고들에게 최종적으로72,291,000원을 환급하였다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함),을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

• 가. 피고 항변의 요지 원고들은 국세기본법에 따라 심사청구 또는 심판청구를 제기하여야만 하는데, 원고들은 이를 제기한 사실이 없으므로, 전심절차를 거치지 않은 채 제기된 이 사건 소는 부적법하다.
• 나. 판단 1) 부가가치세법 제17조 제1항 은 “사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 ‘매출세액’이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 ‘매입세액’이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 ‘환급세액’이라 한다)으로 한다.”고 규정하면서, 제1호에서‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을, 제2호에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액’을 들고 있고, 제24조 제1항은 “사업장 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업자에게 환급하여야 한다.”고 규정하고 있다. 한편 이러한 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제72조 제1항 은 “법 제24조제1항에 규정하는 환급세액은 각 과세기간별로 그 확정신고기한 경과 후 30일 내에 사업자에게 환급하여야 한다.”고 규정하고 있고, 제4항은 “법 제24조에 따라 환급되어야할 세액은 법 제18조 제19조 또는 이 영 제73조 제4항에 따라 제출한 신고서 및 이에 첨부된 증빙서류와 법 제20조에 따라 제출한 매입처별세금계산서합계표, 신용카드매출전표 등 수령명세서에 의하여 확인되는 금액에 한정한다.”고 규정하고 있다. 이와 같이 부가가치세법령이 환급세액의 정의 규정, 그 지급시기와 산출방법에 관한 구체적인 규정과 함께 부가가치세 납세의무를 부담하는 사업자(이하 ‘납세의무자’라 한다)에 대한 국가의 환급세액 지급의무를 규정한 이유는, 입법자가 과세 및 징수의 편의를 도모하고 중복과세를 방지하는 등의 조세 정책적 목적을 달성하기 위한 입법적결단을 통하여, 최종 소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제 환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종 소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 전단계세액공제 제도를 채택한 결과, 어느 과세기간에 거래징수 된 세액이 거래징수를 한 세액보다 많은 경우에는 그 납세의무자가 창출한 부가가치에 상응하는 세액보다 많은 세액이 거래징수되게 되므로 이를 조정하기 위한 과세기술상, 조세 정책적인 요청에 따라 특별히 인정한 것이라고 할 수 있다(대법원 1992. 11. 27. 선고 92다20002 판결, 대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 이와 같은 부가가치세법령의 내용, 형식 및 입법취지 등에 비추어 보면, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래징수된 세액 상당을 국가가 실제로 납부 받았는지 여부와 관계없이 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득 반환의무가 아니라 부가가치세법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하다. 그렇다면 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 민사소송이 아니라 행정소송법 제3조 제2호 에 규정된 당사자소송의 절차에 따라야 한다(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결).

2. 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 피고의 부가가치세 환급세액 지급의무는 부가가치세법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 공법상 의무로 당사자소송에 의하여야하는데, 행정소송법은 행정심판 전치에 관한 원칙과 예외에 관하여 취소소송에서 규정하고(행정소송법 제18조 제1항, 국세기본법 제56조 제2항), 부작위위법확인소송에서 이를 준용하고 있으나(행정소송법 제38조 제2항), 무효등확인소송과 당사자소송에는 준용하고 있지 않으므로, 행정심판 전치주의는 항고소송 중 과세처분 취소소송과 부작위위법확인소송에만 적용되고, 이 사건과 같은 당사자소송에는 적용되지 않는다. 따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

• 가. 원고들의 주장 원고들은 BB건설과 도급계약을 체결한 후 해당 공사를 진행해왔고, 공사가 진행되는 과정에서 일부는 미리 공사대금을 지급하기도 하고, 일부는 후에 지급하기도 하는 등 공사 전반적으로 융통성을 발휘하여 공사대금을 지급하였을 뿐인데, 피고는 세금계산서 발행시기와 지급시기 상의 불일치를 이유로 원고들이 정당하게 환급받아야하는 금액인 94,500,000원 중 일부만을 환급하였는바, 원고들은 피고에게 나머지22,209,000원의 환급 및 이에 대한 지연손해금을 구한다.
• 나. 인정 사실 아래 표 기재와 같이 원고들이 BB건설에 공사대금을 지급한 사실 및 BB건설이세금계산서를 발행한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1) 부가가치세법 제37조 에서 채택한 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서는 과세기간별로 각 거래 단계에서 사업자가 공제받을 매입세액과 전단계 사업자가 거래징수할 매출세액을 대조하여 상호 검증하는 것이 필수적인 점을 고려하여, 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문은 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 제한함으로써 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기위한 제재장치를 마련하고 있다. 그러나 한편 같은 호 단서에서는 필요적 기재사항이사실과 다르게 적힌 세금계산서이더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합하는 점을 고려하여, 이에 해당 하는 경우를 시행령으로 정하도록 위임하고 있고, 그 위임에 따른 시행령 제75조제2호는 매입세액의 공제가 허용되는 경우의 하나로 ‘법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’를 규정하고 있다. 이들 규정의 문언 내용과 체계 및 취지 등에 비추어 보면, 사업자가 부가가치세를 부담하지 아니한 채 매입세액을 조기환급 받을 의도로 공급시기 전에 미리 세금계산서를 발급받는 등의 특별한 사정이 없는 한, ‘공급시기 전에 발급된 세금계산서’이더라도 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 그 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우에는 시행령 제75조 제2호에 의하여 그 거래에 대한 매입세액은 공제되어야 할 것이다(대법원 2004. 11. 18. 선고2002두5771 전원합의체 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두35706 판결 등 참조).

2. 앞서 본 인정 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음의 사정들에 의하면, 이 사건 세금계산서는 부가가치세법 시행령 제75조 제2호 에서 정한 ‘세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우’에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행 교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것일 뿐만 아니라, 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있다. 따라서 실제 공급시기와 지급시기를 달리하여 작성 교부된 세금계산서는 원칙적으로 매입세액의 공제를 부인하여야 하나, 재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 위와 같은 세금계산서의 본질적 기능을 해하지 않는 한도내에서는 매입세액 공제를 허용하여 납세의무자의 피해를 구제해 줄 필요가 있고, 그렇게 하는 것이 전단계세액공제법에 의하여 세액이 산출되는 현행 부가가치세 제도의 본질 및 실질과세의 원칙, 조세공평의 원칙에도 부합한다.

② 이러한 사정으로 대법원 판례는 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제3호가 신설되기 이전에도 용역의공급시기 이후 교부받은 세금계산서에 대하여 당해 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 작성연월일이 ‘착오’로 기재되었는지 여부에 구애됨이 없이 같은 조 제2항 제2호를 적용하여 매입세액 공제를 허용하여 왔고(대법원 2004. 11. 18. 선고2002두5771 전원합의체판결 등 참조), 이러한 법리는 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 경우라 하여 반드시 달리 볼 것은 아니다.

③ 이 사건 계약에 따른 착공일은 2014. 6. 25.이고, 준공예정일은 같은 해 9. 30.인 점, 피고도 이 사건 세금계산서 중 원고들이 2016. 10. 12. BB건설에 지급한223,000,000원을 제외한 나머지 부분을 인정하여 원고들에게 부가가치세를 환급한 점에 비추어 보면 이 사건 계약에 따른 BB건설의 용역 공급시기는 이 사건 세금계산서가 발행된 2016년 제2기인 것으로 보인다.

④ 공급시기 이전에 교부받은 세금계산서에 대하여 이후 재화 또는 용역의 공급 및 대금지급이 이루어진 사실이 확인된다는 사정만으로 매입세액 공제를 허용한다면 사업자가 대금을 지급하지도 않은 상태에서 미리 세액 환급을 받는 부당한 이익을 누릴 염려도 있으나, 원고들은 동일한 과세기간인 2016년 제2기에 이 사건 세금계산서의 공급가액인 948,000,000원 중 946,236,362원을 BB건설에 공사대금으로 지급하였는 바, 이와 같이 원고들이 위 세금계산서의 공급가액 대부분을 BB건설에게 지급하였고, 그 차액이 미미한 점에 비추어 보면, 원고들에게 세액을 부당하게 환급받으려는 의도가 있다고 보기 어렵다.

⑤ 또한, 원고들은 이 사건 계약 시 특약사항으로 공사의 각 단계마다 공사대금을 나누어 지급하기로 약정하였고, 실제 원고들은 이 사건 계약에 따른 공사가 원활하게 진행되기 위하여 수시로 BB건설에 공사대금을 지급한 점을 고려하면, 원고 들이이 사건 세금계산서를 수취함에 있어 공사대금의 총액만 일치하면 될 것으로 안일하게 생각한 것으로 보이기는 하나, 이러한 점만으로 원고들에게 달리 탈세 등의 의도가 있었다고 볼 만한 자료가 없고, 넓은 의미에서는 착오에 기인하여 필요적 기재사항 중일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 발급받은 것으로 볼 수 있다.

3. 그러므로 이 사건 세금계산서는 일부 금액에 관하여 공급시기 전에 미리 발급된 세금계산서이기는 하나, 그 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고 그 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래 사실이 진정한 것으로 확인되는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 그 공급가액 945,000,000원에 대한 매입세액은 전부 공제되어야 할 것이다. 따라서 피고는 원고들에게 위 가액의 10% 상당의 매입세액 부가가치세인94,500,000원을 환급하여야 함에도 그 일부인 72,291,000원만을 환급하였으므로 피고는 원고들에게 그 차액인 22,209,000원(= 94,500,000원 - 72,291,000원) 및 이에 대하여 원고들이 구하는 이 사건 소장 부본이 송달된 다음 날인 2018. 7. 25.부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법에서 정한 연 15%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.