양도자산의 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등기부 등에 기재된 날이 됨

사 건 2017구합20882 양도소득세부과처분취소 원 고 반○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2017. 9. 20. 판 결 선 고

2017. 10. 25.

1. 피고가 2016. 7. 14. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 98,670,640원의 부 과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 2006. 11. 30. 원고의 소유권이전청구권가등기 경료

1. ◯◯광역시 ◯구 ◯◯동 755-48 잡종지 2,088㎡에 관하여, 최◯◯은 1988. 4. 21.자 매매를 원인으로 1988. 4. 22. 소유권이전등기를 마쳤고, 김◯◯은 1998. 12. 16.자 매매예약을 원인으로 1998. 12. 17. 소유권이전청구권가등기를 마쳤다.

2. 최◯◯의 채권자인 ◯◯신용협동조합의 파산관재인 예금보험공사는 2003. 12. 29. ◯◯지방법원 2003가단◯◯호로 김◯◯에 대하여 위 소유권이전청구권가등기의 원인이 최◯◯의 채무면탈행위에 김◯◯이 적극가담하여 이루어진 반사회질서에 해당하거나 통정허위표시에 해당한다는 이유로 무효라고 주장하면서 최◯◯을 대위하여 그 말소를 구하는 소송을 제기하였다. 제1심법원은 2005. 7. 22. 예금보험공사의 청구를 기각하였고, 항소심법원 역시 2005. 12. 14. 위 소유권이전청구권가등기가 담보가등기의 설정을 위하여 체결되었을 가능성을 배제할 수 없어 무효라고 단정할 수 없다는 이유로 예금보험공사의 항소를 기각하였으며(◯◯지방법원 2005나◯◯), 위 판결은 2006. 3. 23. 예금보험공사의 상고가 심리불속행으로 기각됨으로써(대법원 2006다◯◯), 그 무렵 확정되었다.

3. 김◯◯이 2006. 9. 30. 사망하자, 그 상속인인 최●●이 2006. 11. 30. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 하여 위 가등기의 이전등기를 경료하였고, 원고는 같은 날 최●●으로부터 위 소유권이전청구권가등기를 이전받았다.

• 나. 부동산의 분할 한편, ◯◯광역시 ◯구 ◯◯동 755-48 잡종지 2,088㎡는 2007. 12. 7. 같은 동 755-48 잡종지 1,309㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 이 사건 부동산에 설정된 원고의 소유권이전청구권가등기를 ‘이 사건 가등기’라 한다)와 같은 동 755-76 잡종지 799㎡(이하 ‘755-76 토지’라 한다)로 분할되었다.
• 다. 이 사건 부동산과 755-76 토지의 각 양도 및 양도소득세 신고

1. 원고는 2008. 5. 15. 최◯◯으로부터 이 사건 755-76 토지에 관하여 거래가액을 1억 9,300만 원으로 하여 가등기에 기한 소유권이전등기를 마친 다음, 2008. 5. 29. ◯◯광역시에 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

2. 최◯◯은 2008. 7. 31.경 과세관청인 피고에게, 원고에 대한 위 2008. 5. 15.자 양도에 대하여 위 1억 9,300만 원을 양도가액으로 정한 다음 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 과세관청에 양도소득세 신고를 하였고, 같은 날 원고는 피고에게 위 755-76 토지를 최◯◯으로부터 2008. 5. 15. 취득한 다음 위 2008. 5. 29.에 양도한 것으로 하여 양도소득세액을 산정한 다음 이를 신고․납부하였다.

3. 원고는 2013. 2. 14. 최◯◯으로부터 이 사건 부동산에 관하여 거래가액을 475,000,000원으로 하여 이 사건 가등기에 기한 소유권이전등기를 마친 다음, 2013. 2. 14. 이◯◯, 오◯◯에게 2013. 1. 31.자 매매를 원인으로 거래가액을 495,000,000원으로 한 소유권이전등기를 경료하여 주었다.

4. 최◯◯은 2013. 4. 30. 피고에게, 원고에 대한 위 2013. 2. 14.자 양도에 대하여 위 475,000,000원을 양도가액으로 정한 다음 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용 하여 양도소득세 신고를 하였고(납부할 세액 0원), 원고 역시 그 무렵 피고에게 이 사건 부동산을 475,000,000원에 취득하여 495,000,000원에 양도한 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다(납부할 세액 0원).

• 라. 과세관청의 최◯◯에 대한 양도소득세 조사 및 경정결정 등

1. 피고는 2013. 8. 12.부터 2013. 8. 30.까지 최◯◯에 대하여 이 사건 부동산 및 위 755-76 토지에 관한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 최◯◯이 위 토지들을 2000년부터 2008년까지 조경업자인 서◯◯에게 가식장으로 임대한 사실 및 가건물과 통로 등으로 인하여 일부 면적은 경작이 불가능하다는 사실을 확인한 다음, 2013. 11. 5. 자경농지 감면을 일부 부인하여 최◯◯에게 양도소득세를 경정․고지하였다(이 사건 토지에 관한 양도소득세 113,002,602원, 755-76 토지에 관한 양도소득세 84,354,716원).

2. 그 후 최◯◯에 대한 납부독촉에도 불구하고 최◯◯이 양도소득세를 납부하지 않자, ◯◯지방국세청장은 최◯◯에 대한 체납자 재산 추적조사를 실시하였고, 그 과정에서 원고로부터 다음과 같은 내용의 소명서를 작성받았다. 소명서 본 부동산은 최◯◯이 1995. 산통(사채)으로 파산하자 일부 채권자에게 채무 변제로 김◯◯에게(1998. 12. 17.) 가등기해 준 것으로, 본인은 당시 고액채권자의 한 사람으로 김◯◯ 생존 시 김◯◯ 체권을 대위변제해주고 마침 김◯◯이 사망하자 가등기권을 본인이 인수하여 오랫동안 원매자를 기다렸습니다. 원매자가 있을 때 채무자 최◯◯에게 가등기권리에 의거 본등기를 요청하여 매도 정리한 것으로 매매 대금은 등기부를 참조하시고, ◯◯세무서 문답서 등을 참고하여 주시기 바랍니다.

3. 한편, 최◯◯은 2013. 5. 2. ◯◯지방법원으로부터 파산산고를 받았고, 2015. 9. 21. 사망하였다.

• 마. 피고의 이 사건 처분 피고는 2016. 7. 14. 원고에게, 원고가 최●●으로부터 이 사건 가등기를 이전받은2006. 11. 30.에 사실상 이 사건 부동산의 소유권을 취득하여 이◯◯, 오◯◯에게 495,000,000원으로 양도하였다고 보아, 취득가액을 소득세법 제114조 제7항 에 따른 환산가액 252,512,658원으로 정하여 2013년 귀속 양도소득세 98,670,640원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 전심절차 원고는 2016. 10. 6. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였는데, 2016. 12. 30. 기각되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 10호증의 각 기재, 변 론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

• 가) 김◯◯ 등 최◯◯의 채권자들은 최◯◯에 대한 채권을 담보하기 위하여 김◯◯을 대표자로 하여 그 명의로 이 사건 가등기를 마쳤고, 원고는 김◯◯로부터 김◯◯의 채권액인 50,000,000원을 지급하고 이 사건 가등기를 양수하였다. 그 후, 원고는 가등기담보를 청산하기 위하여 2013. 2. 14. 이 사건 부동산을 이◯◯ 등에게 매도하여 그 매매대금 475,000,000원 중 원고의 몫을 제외한 나머지를 최◯◯에게 지급하여 그로 하여금 채권자들의 채권을 청산하도록 하였다. 따라서 원고의 이 사건 부동산의 취득시기는 이 사건 가등기를 실행하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 2013. 2. 14. 로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 원고가 이 사건 가등기를 양수한 2006. 11. 30.을 취득시기로 본 이 사건 처분은 위법하다.
• 나) 원고는 2006. 11. 30. 이 사건 가등기를 양수하였을 뿐이므로, 이를 두고 원고가 이 사건 부동산을 취득하였다고 볼 수 없고, 이에 따라 계산한 환산가액을 취득가액이라 할 수도 없다.

2. 피고의 주장 원고가 2013. 2. 14. 최◯◯에게 이 사건 부동산의 매매대금을 지급하였다거나, 당시 최◯◯의 채권자들과 사이에 이를 분배하였다는 점을 인정할 자료가 없으므로, 김◯◯이 1998. 12. 17. 이 사건 가등기를 설정하였을 때 이미 이 사건 부동산을 사실상 취득하였다고 보아야 한다. 따라서 원고는 2006. 11. 30. 이 사건 가등기를 양수하여 이 사건 부동산에 대한 사실상의 처분권한을 취득하였으므로, 이를 취득시기로 한 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법령 및 법리 가) 소득세법 제98조 는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있고, 위 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우’로 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항 제1호는 ‘대금을 청산한날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일’을 제2호는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일’을 각 들고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두165 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 등 참조).

• 나) 그리고 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으므로, 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에 의한 취득시기나 양도시기 또한 원칙적으로 과세권자인 피고가 이를 입증하여야 한다. 그리고 과세요건 사실에 대한 입증책임이 위와 같이 과세관청에게 있는 이상, 그 요건사실에 대한 원고의 주장이 입증되지 아니한다고 하여 곧바로 과세요건사실이 추정되는 것은 아니고 이와 같은 경우에도 여전히 과세요건사실에 대한 입증책임은 과세관청이 부담하되 다만 원고의 주장이 입증되지 않는다는 사정을 중요한 자료로 참작할 수 있음에 그친다(대법원 2001. 6. 15. 선고 2000두2952 판결의 취지 참조).

2. 판단 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 가등기를 양수한 2006. 11. 30.을 원고의 이 사건 부동산에 대한 취득시기라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.

• 가) 피고는 원고가 김◯◯로부터 이 사건 가등기를 이전받은 2006. 11. 30.을 이 사건 부동산의 취득시기로 보아 이 사건 처분을 한 것이므로, 위 관련 법령 및 법리에 따라 위 일자에, 원고가 이 사건 부동산의 대금을 청산하였다거나, 청산일자가 분명하지 않은 경우에는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호에서 각 정하고 있는 등기를 접수하였다는 점이 과세관청에 의하여 증명되어야 할 것이다.
• 나) 그런데 우선 가등기는 그 본등기시에 본등기의 순위를 가등기의 순위에 의하도록 하는 순위보전적 효력만이 있을 뿐이고, 가등기만으로는 아무런 실체법상 효력을 갖지 않는 것이어서(대법원 2001. 3. 23. 선고 2000다51285 판결 참조), 소유권이전의 본등기와는 그 법적 성격이 전혀 다르고, 한편 조세법률주의에 따라 요구되는 엄격해석의 원칙상 위 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하고 있는‘등기' 또는 ’소유권이전등기‘를 가등기의 경우를 당연 포함하는 것으로 해석할 수도 없으므로, 결국 원고 명의로 이 사건 가등기가 경료된 2006. 11. 30.을 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 및 제2호에서 말하는 등기 접수일로는 볼 수 없다.
• 다) 다음으로, 아래의 사정에 비추어 보면 피고가 제출한 증거와 자료만으로는 2006. 11. 30.을 이 사건 부동산에 대한 대금청산일로 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 먼저, 피고는 김◯◯이 이 사건 부동산에 대한 가등기를 경료한 1998. 12. 27.경 김◯◯이 잔금 청산을 완료하여 그 무렵 사실상 소유권을 취득하였고, 그 후 원고가 2006. 11. 30. 위 김◯◯의 권리를 양수하였다고 주장한다. 그러나 1998. 12. 27.경 김◯◯이 최◯◯에 대하여 이 사건 부동산에 대한 대금 청산을 완료하여 그 무렵 이 사건 부동산에 대한 소유권을 이미 사실상 취득하였다고 볼 만한 아무런 증거가 없다. 오히려 앞서 본 바와 같이 관련 민사소송에서, 김◯◯은 일관되게 자신 명의의 가등기는 최◯◯의 처인 소외 김◯◯에 대하여 자신이 가지고 있는 5천만 원의 대여금채권 및 다른 친척들의 김◯◯에 대한 금전채권을 담보하기 위하여 경료되었다고 주장하였고, 결국 여러 사정을 고려하여 김◯◯ 명의의 위 가등기가 담보가등기일 가능성이 있다는 취지의 판결이 확정되었다. 더욱이 과세관청 역시 종전에는 자체 조사를 거쳐 최◯◯이 2013. 2. 14. 원고에게 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료함으로써 비로소 대금을 청산하였다고 보아 최◯◯에게 양도소득세를 부과하였다. 또한 과세관청은 최◯◯에게 양도소득세를 부과하면서, 김◯◯ 명의로 가등기가 경료된 이후에도 여전히 최◯◯이 이 사건 부동산 지상에서 농사를 짓는 등 계속하여 소유자로서의 권리행사를 한 것으로 조사하였고, 반면 김◯◯이 가등기 경료일 이후부터 줄곧 소유권을 행사하여 왔다는 유의미한 자료는 없다 {최◯◯ 문답서(갑 제8호증)에 의하면, 최◯◯의 처남인 김◯◯이 서◯◯에게 토지를 임대하였다는 취지로 최◯◯이 진술한 사실은 있으나, 이러한 진술만으로 김◯◯이 소유권을 취득하였다는 유력한 자료로는 보기 어렵다 }.

② 한편, 원고가 이 사건 가등기를 경료한 시점에 최◯◯에게 직접 이 사건 부동산에 관한 대금을 모두 청산함으로써 최◯◯으로부터 그 소유권을 사실상 취득하였다고 볼 만한 증거가 없고, 달리 원고가 그 무렵부터 이 사건 부동산에 대한 실질적소유자로서 그 권리를 행사하여 왔다고 볼 만한 자료도 없다.

③ 채권 담보를 목적으로 부동산에 소유권이전등기청구권 보전을 위한 가등기를 경료한 경우, 본등기에 필요한 서류를 미리 교부받고 그 채권의 변제기까지 경과하더라도 가등기담보등에관한법률상의 청산절차를 거치지 않은 이상 취득세에 있어서의‘사실상의 취득’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2001. 6. 12. 선고 2000두499 판결참조). 피고는, 원고가 2013. 2. 14. 이 사건 부동산을 매도한 후 그 매매대금을 최◯◯에게 지급하였다거나 최◯◯의 채권자들과의 사이에 이를 분배하였다는 증거가 없으므로, 위 2013. 2. 14.을 이 사건 가등기의 청산일로 볼 수 없고, 따라서 원고가 김◯◯로 부터 가등기를 양수한 시점을 대금 청산일로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 원고는 채권자의 대표로서 이 사건 부동산의 매수인으로부터 지급받은 매매대금 중 자신의 몫을 공제하고 나머지를 최◯◯에게 주어 그로 하여금 분배를 하도록 하였다고 진술하고 있고, 한편 앞서 본 법리와 같이 원고가 주장하는 위와 같은 청산 경위 및 구체적인 분배 내역에 관하여 설령 원고가 뚜렷한 입증을 하지 않고 있다고 하여 원고가 이 사건 가등기의 취득시점에 이미 대금 청산을 마친 것으로 곧바로 인정되는 것도 아니므로, 그와 같은 사정만으로는 이 사건 가등기 경료시점에 대금 청산이 완료되어 원고가사실상의 소유권을 취득하였다는 점이 과세관청인 피고에 의하여 구체적으로 증명되었다고 보기 어렵다.

원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.