개인사업 영위후 법인전환 사업자의 주식양도는 벤처기업출자에 대한 과세특례 요건에 해당되지 않음

사 건 2015구합22211 양도소득세경정거부처분취소 원 고 1.○○○, 2. ○○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2015. 11. 20. 판 결 선 고

2015. 12. 23.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2014. 7. 28. 원고 ○○○에 대하여 한 217,862,115원에 관한, 원고 ○○○에대하여 한 137,542,456원에 관한 각 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 ○○○은 ‘AAA’라는 상호로 개인기업을 운영하다가, 2001. 6. 20. 주식회사 AAA[이하 ‘㈜AAA’라 한다]를 설립하였다.
• 나. 원고들(원고 ○○○는 원고 ○○○의 어머니이다)은 ㈜AAA의 발기인 겸 이사로서, 설립 당시 원고 ○○○이 주식 20,000주, 원고 ○○○가 주식 12,500주를 각 취득하였고, 이후 유상증자, 액면분할 등을 통해 각각 ㈜AAA의 주식을 추가로 취득하였다. 원고들의 ㈜AAA 주식 취득 내역은 아래와 같다. (단위: 1주, %) 주주 날 짜 2001.6.20. 2002.12.28. 2003.5.8. 2003.10.20. 2004.7.3. 2008.2.4. 변동 사유 최초출자 (액면 1만원) 유상증자 유상증자 액면분할 (1:20, 주당 500원) 유상증자 무상증자 (무상증자 비율 0.3주)

○○○ 기초 20,000 2,000 28,000 56,000 1,120,000 1,554,245 변동 8,000 28,000 434,245 466,273 기말 20,000 28,000 56,000 1,120,000 1,554,245 2,020,518 지분율 40.0 40.0 45.71 45.71 31.98 31.98

○○○ 기초 12,500 12,500 17,500 35,000 700,000 971,415 변동 5,000 17,500 271,415 기말 12,500 17,500 35,000 700,000 971,415 1,262,839 지분율 25.0 25.0 28.57 28.57 19.99 19.99

• 다. 개인기업 AAA와 ㈜의AAA 벤처기업확인서 유효기간은 다음과 같다. 유효기간 개인기업 AAA

2000. 7. 31. ∼ 2002. 7. 30. ㈜AAA

2002. 7. 16. ∼ 2008. 6. 02.

• 라. 원고들은 2011. 9. 15. BBBB 주식회사(이하 ‘BBBB’이라 한다) 등과 사이에㈜AAA 주식에 관한 양도계약을 체결하고, 2011. 11. 10. 다음과 같이 주식을 양도하였으며(갑 제2호증의 8), 2012. 2. 28. 양도소득세를 신고·납부하였다. 주주 양도주식수 양도가액 취득가액 양도소득금액 납부세액

○○○ 1,920,768 3,975,989,760 960,384,000 3,015,605,760 301,310,576

○○○ 1,212,649 2,510,183,430 606,324,500 1,903,858,930 190,135,893

• 마. 원고들은 2014. 5. 30. BBB에 양도한 ㈜AAA의 주식 중 ㈜AAA 설립 일로부터 3년 내에 취득한 주식(원고 ○○○: 1,384,119주, 원고 ○○○: 873,833주, 이하‘이 사건 주식’이라 한다)이 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제4호(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)의 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’에 해당하여 양도소득이 아니라는 이유로, 기납부양도소득세의 환급(원고 ○○○: 217,862,115원, 원고 남○○○: 137,542,456원)을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2014. 7. 28. ‘㈜AAA는 원고 ○○○이 운영하던 개인벤처기업을 법인으로 전환한 것이고, ㈜AAA의 창업자에 해당하는 원고들은 ㈜AAA 설립 당시 이미 특수관계자에 해당하므로, 이 사건 주식 취득에 대하여 이 사건 특례규정이 적용될 수없다’는 이유로, 원고들의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 사. 원고들이 이에 불복하여 2014. 9. 19. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015.2. 26. 기각결정을 하였다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 이 사건 특례규정의 요건 충족 여부는 원고들이 ㈜AAA에 출자한 시점, 또는 출자로 인한 주식 취득시점을 기준으로 판단해야 하는바, 원고들이 2001. 6. 20. ㈜AAA를 설립하면서 출자를 통해 주식을 취득할 당시에는 원고들과 ㈜AAA 사이에 특수관계가 없었다. 또한 개인벤처기업을 벤처법인으로 전환하였다고 하더라도 벤처기업에 대한 세제지원이라는 이 사건 특례규정의 입법취지에 비추어 볼 때 원고들의 이 사건주식 취득·양도에 대하여도 과세특례가 적용되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련규정 구 조세특례제한법 제14조 제1항 본문은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식의 양도에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 (주식 등의 양도로 발생하는 소득을 양도소득으로 한다는 내용이다)를 적용하지 않는다고 규정하면서, 제4호에서 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식’을 들고 있다. 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어 2012.1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항은 법 제14조 제1항 제4호에서 ‘대통령령으로 정하는 주식‘이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다고 규정하면서, 제1호에서 ’창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것‘, 제2호에서 ’개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한출자일 것‘을 들고 있다.위 관련규정을 종합해보면, 이 사건 특례규정이 적용되기 위해서는, ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 출자하여야하고, ② 출자자가 해당 벤처기업과 특수관계가 없어야 하며, ③ 출자일로부터 5년이 지난 후 주식을 양도하여야 한다.

2. ㈜AAA 설립 당시 취득한 주식에 관한 판단 구 조세특례제한법, 같은 법 시행령 등 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지와 개정 연혁 등을 종합하여 보면 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호 의 ‘창업후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ‘벤처기업으로 창업한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미하고, 일반 기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업당시 출자하여 취득한 주식은 위 규정에서 말하는 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않는다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11250 판결 참조). ㈜AAA는 2001. 6. 20. 설립 당시 벤처기업이 아니었고, 개인기업 □□□가 벤처기업이었다고 하더라도 이는 ㈜AAA와 별개의 사업체이므로, 이 사건 주식 중 원고들이 ㈜AAA의 설립 당시 출자하여 취득한 주식은 벤처기업에 대한 출자로 취득한주식이 아니다. 따라서 이 부분 주식 양도는 이 사건 특례규정에서 정한 양도소득세과세특례의 적용대상에 해당하지 않는다.

3. 제1, 2차 유상증자 시 취득한 주식에 관한 판단 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항은 특수관계인의 범위를 규정하면서, 제1호에서 ‘법인의 경영에 대하여 사실상영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족’을 들고 있다. 원고 ○○○은 ㈜AAA 설립 이후부터 줄곧 대표이사로 재직하였고, 원고 ○○○는 원고 ○○○의 어머니로서 친족에 해당하는 점, 제1, 2차 유상증자 시 원고 ○○○과 원고 ○○○는 이미 ㈜AAA의 전체 주식의 65%(= 40% + 25%)를 소유하고 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고들은 제1, 2차 유상증자 시 ㈜AAA의 경영에 대하여사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 사람과 그 친족에 해당하므로, ㈜AAA와 사이에 특수관계가 있다. 따라서 원고들이 제1, 2차 유상증자 시 취득한 주식 역시 앞서 본 ‘출자자가 해당 벤처기업과 특수관계가 없을 것’의 요건을 갖추지 못하여 이사건 특례규정에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 않는다.

4. 소결론 이 사건 주식은 이 사건 특례규정이 정한 요건을 갖추지 못하였으므로, 양도소득세 과세특례의 적용대상이 될 수 없다. 원고들의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.